2'-deoxy-3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-iodouridine | 148134-86-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-deoxy-3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-iodouridine
• 英文别名: 5-iodo-2'-deoxyuridine 3',5'-di-tert-butyldimethyl silyl ether；3',5'-bis-(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-iodo-2'-deoxyuridine；3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-5-iodo-2'-deoxyuridine；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-iodopyrimidine-2,4-dione
• CAS: 148134-86-5
• 化学式: C₂₁H₃₉IN₂O₅Si₂
• 分子量: 582.627
• InChiKey: XCSVWKREMARNHH-GVDBMIGSSA-N

物化性质

• 密度：
  1.29±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.84
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-iodouridine 在 四丁基氟化铵 、 sodium hydride 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 生成 5-羟甲基脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  5-取代嘧啶 2'-脱氧核苷的不同合成及其掺入寡脱氧核苷酸中用于尿嘧啶 DNA 糖基化酶的研究

  摘要：

  最近的研究表明，DNA 中的 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 残基可以被氧化并可能脱氨基为相应的胸腺嘧啶类似物。其中一些氧化性 DNA 损伤被认为是新的表观遗传标记，可能对染色质功能和疾病病理学产生深远影响。为了应对氧化损伤，细胞具有复杂的修复系统网络，可以识别、去除和重建病变。然而，如何检测和修复修饰的核碱基仍然难以捉摸，这主要是由于含有这些新型 DNA 修饰的合成寡脱氧核苷酸 (ODN) 的可用性有限。已经开发出一种简洁且发散的 5mC 衍生物合成策略。这些衍生物被进一步加工成相应的亚磷酰胺，从而能够使用标准固相 DNA 合成将修饰的核碱基位点特异性掺入 ODN 中。该合成方法以及 ODN 组对于研究表观遗传学重要核碱基的生物学功能以及阐明化学损伤修复的多样性具有重要价值。

  DOI：

  10.1039/d0sc04161k
• 作为产物：
  描述：

  咪唑 、 叔丁基二甲基氯硅烷 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 2'-deoxy-3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-iodouridine
  参考文献：
  名称：

  Nucleoside derivatives for library preparation

  摘要：

  核苷衍生物作为模板库的构建模块被描述。

  公开号：

  US20030143561A1

文献信息

• Deamination, Oxidation, and C–C Bond Cleavage Reactivity of 5-Hydroxymethylcytosine, 5-Formylcytosine, and 5-Carboxycytosine
  作者：Stefan Schiesser、Toni Pfaffeneder、Keyarash Sadeghian、Benjamin Hackner、Barbara Steigenberger、Arne S. Schröder、Jessica Steinbacher、Gengo Kashiwazaki、Georg Höfner、Klaus T. Wanner、Christian Ochsenfeld、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ja403229y

  日期：2013.10.2

  of high concentration of thiols and are acid catalyzed. While hmdC dehydroxymethylates very slowly, fdC and especially cadC react considerably faster to dC. Thiols are active site residues in many DNA modifiying enzymes indicating that such enzymes could play a role in an alternative active DNA demethylation mechanism via deformylation of fdC or decarboxylation of cadC. Quantum-chemical calculations

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC
• In Situ Synthesis of Alkenyl Tetrazines for Highly Fluorogenic Bioorthogonal Live-Cell Imaging Probes
  作者：Haoxing Wu、Jun Yang、Jolita Šečkutė、Neal K. Devaraj

  DOI：10.1002/anie.201400135

  日期：2014.6.2

  5‐tetrazine derivatives through an elimination–Heck cascade reaction. By using this strategy, we provide 24 examples of π‐conjugated tetrazine derivatives that can be conveniently prepared from tetrazine building blocks and related halides. These include tetrazine analogs of biological small molecules, highly conjugated buta‐1,3‐diene‐substituted tetrazines, and a diverse array of fluorescent probes suitable

  尽管 1,2,4,5-四嗪具有广泛的应用潜力，特别是在活细胞和体内成像中，但一个主要的限制是缺乏实用的合成方法。在这里，我们报告了 ( E)-3-取代的 6-烯基-1,2,4,5-四嗪衍生物通过消除-赫克级联反应。通过使用这种策略，我们提供了 24 个 π 共轭四嗪衍生物的例子，它们可以方便地从四嗪结构单元和相关卤化物制备。这些包括生物小分子的四嗪类似物、高度共轭的丁-1,3-二烯取代四嗪，以及适用于活细胞成像的各种荧光探针。当与环丙烯和反式环辛烯等亲二烯体反应时，这些高度共轭的探针显示出非常强的荧光开启（高达 400 倍），我们展示了它们在活细胞成像中的应用。这项工作为四嗪衍生物提供了一种高效实用的合成方法，并将促进共轭四嗪的应用，
• Synthesis of the first conjugates of 5-ethynyl-2′-deoxyuridine with closo-dodecaborate and cobalt-bis-dicarbollide boron clusters
  作者：Andrey Semioshkin、Anna Ilinova、Irina Lobanova、Vladimir Bregadze、Edyta Paradowska、Mirosława Studzińska、Agnieszka Jabłońska、Zbigniew J. Lesnikowski

  DOI：10.1016/j.tet.2013.06.100

  日期：2013.9

  thoxy)-3-methylbutyn-1-yl)-2′-deoxyuridine was effectively synthesized in four easy steps. Its reactivity toward a range of cyclic oxonium adducts of closo-dodecaborate and cobalt-bis-dicarbollide boron clusters was studied. The cleavage reactions of cluster oxonium rings by the N,N-dimethylamino group of the modified nucleoside led to 5-ethynyl-2′-deoxyuridine conjugates with [B12H12]2− and [Co(C2B9H11)2]−

  一种新的2'-脱氧尿苷修饰，3'，5'-双-（二甲基-叔丁基甲硅烷基）-5-（3-（2-（二甲基氨基）乙氧基）-3-甲基丁炔-1-基）-2'-通过四个简单的步骤有效地合成了脱氧尿苷。其朝向的范围的环状氧鎓加合物的反应性闭合碳-dodecaborate和钴-双- dicarbollide硼簇进行了研究。修饰的核苷的N，N-二甲基氨基基团对氧鎓环簇的裂解反应导致生成带有[B 12 H 12 ] 2−和[Co（C 2 B 9 H 11）的5-乙炔基-2'-脱氧尿苷共轭物。2 ] -， 分别。检查了这些新缀合物在几种细胞系中的细胞毒性。杂十二酸酯结合物在所有检查的细胞系中均显示出低细胞毒性，这是用于肿瘤的硼中子俘获治疗（BNCT）的潜在硼递送药物的有利和优选特性。
• TETRAZINE-CONTAINING COMPOUNDS AND SYNTHETIC METHODS THEREOF
  申请人：The Regents of the University of California

  公开号：US20160223559A1

  公开（公告）日：2016-08-04

  Described herein are tetrazine derivatives and efficient synthetic methods of synthesis thereof using elimination-Heck cascade reaction. Provided herein is the synthesis of conjugated tetrazines from the tetrazine derivatives. Also provided herein are methods of use of the conjugated tetrazines as fluorogenic probes for live-cell imaging.

  本文描述了四唑衍生物及利用消除-Heck级联反应的高效合成方法。本文提供了从四唑衍生物合成共轭四唑的方法。本文还提供了将共轭四唑用作活细胞成像的荧光探针的使用方法。
• A Practical Method for Regioselective 5′-O-tert-Butyldimethylsilyl Deprotection of Persilylated Nucleosides by Methanolic Phosphomolybdic Acid
  作者：Shan-Shan Gong、Qi Sun、Hua-Shan Huang、Rui Kong、Xiu-An Zheng、Wei-Jie Chen、Shuai-Bo Han、De-Yun Zeng

  DOI：10.1055/s-0037-1610300

  日期：2018.11

  In nucleoside/nucleotide chemistry, the regioselective cleavage of 5′-O-TBS groups of persilylated nucleosides is a desired approach for structural functionalization at the 5′-position. However, efficient and practical methods for this purpose are still limited. In our research, we found that homogeneous methanolic phosphomolybdic acid (PMA) efficiently catalyzes the regioselective deprotection of

  在核苷/核苷酸化学中，全甲硅烷基化核苷的 5'-O-TBS 基团的区域选择性切割是 5' 位结构功能化的理想方法。然而，用于此目的的有效和实用的方法仍然有限。在我们的研究中，我们发现均相甲醇磷钼酸 (PMA) 可有效催化多种全甲硅烷基化核苷底物的 5'-O-TBS 基团的区域选择性脱保护，并可用于实际合成，规模可达 15 g。31P NMR 结果表明形成了阴离子簇，且均相 PMA 的路易斯酸度取决于有机溶剂。甲醇 PMA 的功效和显着的区域选择性是由于磷酸钼阴离子溶剂化后路易斯酸强度降低的结果。