5-carboxylmethyl-3',5'-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine | 1361013-63-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-carboxylmethyl-3',5'-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 3',5'-(tert-butyldimethylsilyl)-5-carboxymethyl-2'deoxycytidine；methyl 4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]tetrahydrofuran-2-yl]-2-oxo-pyrimidine-5-carboxylate；methyl 4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidine-5-carboxylate
• CAS: 1361013-63-9
• 化学式: C₂₃H₄₃N₃O₆Si₂
• 分子量: 513.782
• InChiKey: GIJPMJZPVXVFIN-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 熔点：
  129-131 °C
• 沸点：
  521.4±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.12±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.31
• 重原子数：
  34.0
• 可旋转键数：
  7.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.78
• 拓扑面积：
  114.9
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-carboxylmethyl-3',5'-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine 在 吡啶 、 氟化氢吡啶 作用下， 以 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 19.0h， 以73%的产率得到5-carboxylmethyl-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 5-Hydroxymethyl-, 5-Formyl-, and 5-Carboxycytidine-triphosphates and Their Incorporation into Oligonucleotides by Polymerase Chain Reaction

  摘要：

  The synthesis of the triphosphates of 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxycytidine and the incorporation of these building blocks into long DNA fragments using the polymerase chain reaction (PCR) are reported. In this way DNA fragments containing multiple hmC, fC, and caC nucleobases are readily accessible.

  DOI：

  10.1021/ol3033219
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧胞嘧啶核苷 在 咪唑 、 双(乙腈)氯化钯(II) 、 ammonium cerium (IV) nitrate 、 碘 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 65.0 ℃ 、350.01 kPa 条件下， 反应 34.5h， 生成 5-carboxylmethyl-3',5'-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  仿生铁复合物实现 TET 酶反应性**

  摘要：

  表观遗传标记 5-甲基-2'-脱氧胞苷 (5mdC) 是最常见的 DNA 修饰。它尤其通过主动去甲基化途径被去除：通过10-11易位5-甲基胞嘧啶双加氧酶(TET)氧化，随后通过碱基切除修复或直接解修饰去除。最近，我们发现合成的铁(IV)-氧配合物[Fe IV (O)(Py 5 Me 2 H)] 2+ ( 1 )可以通过氧化核碱基5-甲基胞嘧啶作为TET的仿生模型(5mC) 与其天然代谢物。在这项工作中，我们使用一系列 HPLC 和 MS 技术证明核苷甚至短寡核苷酸链也可以作为底物。我们发现5mC的5位优选被1氧化，副反应仅发生在所用寡核苷酸的链末端。对1对核苷反应性的详细研究证实了我们的结果；异头中心 (1') 的氧化是最常见的副反应。

  DOI：

  10.1002/anie.202107277

文献信息

• Retracted Article: Divergent synthesis of 5-substituted pyrimidine 2′-deoxynucleosides and their incorporation into oligodeoxynucleotides for the survey of uracil DNA glycosylases
  作者：Ai Tran、Song Zheng、Dawanna S. White、Alyson M. Curry、Yana Cen

  DOI：10.1039/d0sc04161k

  日期：——

  developed. These derivatives were further elaborated to the corresponding phosphoramidites to enable the site-specific incorporation of modified nucleobases into ODNs using standard solid-phase DNA synthesis. The synthetic methodology, along with the panel of ODNs, is of great value to investigate the biological functions of epigenetically important nucleobases, and to elucidate the diversity in chemical

  最近的研究表明，DNA 中的 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 残基可以被氧化并可能脱氨基为相应的胸腺嘧啶类似物。其中一些氧化性 DNA 损伤被认为是新的表观遗传标记，可能对染色质功能和疾病病理学产生深远影响。为了应对氧化损伤，细胞具有复杂的修复系统网络，可以识别、去除和重建病变。然而，如何检测和修复修饰的核碱基仍然难以捉摸，这主要是由于含有这些新型 DNA 修饰的合成寡脱氧核苷酸 (ODN) 的可用性有限。已经开发出一种简洁且发散的 5mC 衍生物合成策略。这些衍生物被进一步加工成相应的亚磷酰胺，从而能够使用标准固相 DNA 合成将修饰的核碱基位点特异性掺入 ODN 中。该合成方法以及 ODN 组对于研究表观遗传学重要核碱基的生物学功能以及阐明化学损伤修复的多样性具有重要价值。
• Improved Synthesis and Mutagenicity of Oligonucleotides Containing 5-Hydroxymethylcytosine, 5-Formylcytosine and 5-Carboxylcytosine
  作者：Martin Münzel、Ulrike Lischke、Dimitrios Stathis、Toni Pfaffeneder、Felix A. Gnerlich、Christian A. Deiml、Sandra C. Koch、Konstantin Karaghiosoff、Thomas Carell

  DOI：10.1002/chem.201102782

  日期：2011.12.2

  5‐Formylcytosine (fC or 5‐CHOdC) and 5‐carboxylcytosine (caC or 5‐COOHdC) have recently been identified as constituents of mammalian DNA. The nucleosides are formed from 5‐methylcytosine (mC or 5‐MedC) via 5‐hydroxymethylcytosine (hmC or 5‐HOMedC) and are possible intermediates of an active DNA demethylation process. Here we show efficient syntheses of phosphoramidites which enable the synthesis of

  最近已鉴定出5-甲酰基胞嘧啶（fC或5-CHO dC）和5-羧基胞嘧啶（caC或5-COOH dC）是哺乳动物DNA的成分。核苷由5-甲基胞嘧啶（mC或5-Me dC）经由5-羟甲基胞嘧啶（hmC或5-HOMe dC）形成，并且可能是活性DNA去甲基化过程的中间体。在这里，我们显示了亚磷酰胺的有效合成方法，该方法能够合成包含这些基于Pd 0的胞嘧啶修饰的DNA链5-碘代脱氧胞苷的催化功能化。fC的第一个晶体结构表明，在环外胺和甲酰基之间存在分子内H键，该键控制甲酰基取代基的构象。使用新设计的体外诱变试验，我们显示fC和caC只是轻微诱变，这是碱基充当表观遗传控制单位的前提。
• Mechanism and Stem-Cell Activity of 5-Carboxycytosine Decarboxylation Determined by Isotope Tracing
  作者：Stefan Schiesser、Benjamin Hackner、Toni Pfaffeneder、Markus Müller、Christian Hagemeier、Matthias Truss、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.201202583

  日期：2012.6.25

  Eraserhead: Stem cells seem to erase epigenetic information by decarboxylation of the newly discovered epigenetic base 5‐carboxycytosine (caC; see picture). This reaction is likely to involve a nucleophilic attack of the C5C6 double bond.

  橡皮擦：干细胞似乎通过新发现的表观遗传碱基5-羧胞嘧啶的脱羧作用来擦除表观遗传信息（caC；见图）。此反应可能涉及C5C6双键的亲核攻击。