5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine | 938186-73-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine
• 英文别名: 1-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-5-(octa-1,7-diynyl)uracil；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-octa-1,7-diynylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 938186-73-3
• 化学式: C₃₈H₃₈N₂O₇
• 分子量: 634.729
• InChiKey: SHAZGZCJMLPHLV-BMPTZRATSA-N

物化性质

• 密度：
  1.30±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.4
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine 在 copper(l) iodide 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 5.0h， 以85%的产率得到3-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-6-(hexynyl)-furo[2,3-d]pyrimidin-3H-2-one
  参考文献：
  名称：

  带有带有末端三键的炔基侧链的Pyrrolo-dC寡核苷酸：通过叠氮化物-炔烃“点击”反应制备的合成，碱基配对和荧光染料偶联物。

  摘要：

  通过铜催化的环化作用将5-（Octa-1,7-二炔基）-2'-脱氧尿苷转化为呋喃-dU衍生物7。通过氨解反应形成吡咯并C衍生物3。使用铜（I）-将双环核苷3和7以及相应的全部包含末端C [三键] C键的非环状前体4和6与非荧光3-叠氮基-7-羟基香豆素5缀合。催化Huisgen-Sharpless-Meldal环加成反应“点击反应”。形成强荧光的1H-1,2,3-三唑共轭物（30-33），其中掺入了两个荧光报告分子-pyrdC核苷和香豆素部分。含有6-炔基和6-烷基7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2（3H）-的一个寡核苷酸已经通过固相合成使用亚磷酰胺结构单元10和13制备了；一个核苷（3和2f）；吡咯-dC寡核苷酸是在氨处理过程中形成的。研究了含有3个及相关衍生物的寡核苷酸的双链稳定性。具有末端三键键合核苷（如3）的寡核苷酸比没有侧链末端不饱和键的寡核苷酸更稳定。开链导数（4）甚至更有效。

  DOI：

  10.1039/b719459e
• 作为产物：
  描述：

  1-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-(8-(trimethylsilyl)octa-1,7-diyn-1-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine
  参考文献：
  名称：

  单击化学是炔烃修饰的DNA高密度合成后功能化的可靠方法。

  摘要：

  [反应：见正文]我们报道了炔烃修饰的DNA的多个合成后标记的Cu（I）催化的惠斯根环加成（点击）反应的发展。制备了一系列增加炔烃密度的炔烃修饰的寡脱氧核糖核苷酸（ODN），并研究了使用各种叠氮化物标记的点击反应。对于包含多达六个连续炔烃功能的ODN，可以观察到完全的高密度转化。用炔修饰的引物获得的PCR产物显示了点击条件与长DNA链的相容性。

  DOI：

  10.1021/ol0610946

文献信息

• Nucleosides and Oligonucleotides with Diynyl Side Chains: Base Pairing and Functionalization of 2′-Deoxyuridine Derivatives by the Copper(I)-Catalyzed AlkyneAzide ‘Click’ Cycloaddition
  作者：Frank Seela、Venkata Ramana Sirivolu

  DOI：10.1002/hlca.200790055

  日期：2007.3

  cycloaddition (‘click chemistry’) (Scheme 2). An aliphatic azide, i. e., 3′-azido-3′-deoxythymidine (AZT; 4), as well as the aromatic azido compound 5 were linked to the terminal alkyne group resulting in 1H-1,2,3-triazole-modified derivatives 6 and 7, respectively (Scheme 2), of which 6 forms a stable duplex DNA (Table 3). The Husigen–Meldal–Sharpless cycloaddition was also performed with oligonucleotides (Schemes 4

  描述了包含带有5个取代的2'-脱氧尿苷1b或1d的带有侧链CC端的侧链的寡核苷酸，并将其双链体稳定性与包含5个炔基化合物1a或1c的侧链中只有一个非末端CC键的寡核苷酸进行了比较。。为此，在Sonogashira交叉偶联反应（方案1）中，使用5-碘-2'-脱氧尿苷（3）和二炔或炔作为起始原料。制备了亚磷酰胺2b – d（方案3），并将其用作固相合成的基础。Ť米测量表明，含有辛-1,7-二炔基侧链或二丙酸-2-炔基醚残基，DNA双链体即，含有1B或1D，比仅含有一个三键的那些更稳定的，即，图1A或1C（表3）。通过使用Cu I催化的Huisgen–Meldal–Sharpless [2 + 3]环加成（“点击化学”）方案（方案2），将二炔修饰的核苷用于进一步的官能化反应。脂族叠氮化物，即3'-叠氮基3'-脱氧胸苷（AZT; 4）以及芳香族叠氮化合物5与末端炔基相连，分别得到1 H -1,2,
• PHOSPHOROAMIDATE ESTERS, AND USE AND SYNTHESIS THEREOF
  申请人：Stratos Genomics, Inc.

  公开号：US20160145292A1

  公开（公告）日：2016-05-26

  Phosphoramidate esters and related nucleotide analogs useful in polynucleotide sequencing techniques, and synthetic methods for preparing those compounds, are disclosed. These compounds include nucleotide phosphoramidates analogs that are modified on the alpha-phosphate to enable attachment of a variety of application-specific substituents such as tether molecules.

  本发明公开了在多核苷酸测序技术中有用的磷酰胺酯和相关的核苷酸类似物，以及用于制备这些化合物的合成方法。这些化合物包括核苷酸磷酰胺类似物，在α-磷酸上进行修饰，以便连接各种应用特定的取代基，如连结分子等。
• Circular Antisense Oligonucleotides for Specific RNase-H-Mediated microRNA Inhibition with Reduced Off-Target Effects and Nonspecific Immunostimulation
  作者：Amu Gubu、Wenbo Su、Xiaoran Zhao、Xueli Zhang、Xinli Fan、Jing Wang、Qian Wang、Xinjing Tang

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c01421

  日期：2021.11.11

  circular c-ODNs significantly decreased their off-target effects as microRNA inhibitors. Compared with their linear corresponding phosphorothioated AMOs, circular phosphorothioated AMOs could more effectively reduce the amount of carcinogenic miR 21 and miR 222 and upregulate the expression levels of downstream antitumor proteins of PTEN and PDCD4. In addition, c-PS-antimiRs induced much less nonspecific

  反义 microRNA 寡脱氧核苷酸 (AMO) 是调节 microRNA 功能的强大工具。不幸的是，有时会观察到严重的脱靶效应。由于环状寡核苷酸（c-ODNs）的特殊拓扑和酶学特性，我们合理设计和开发了环状AMOs，它有效地抑制了microRNA的功能，具有高靶向特异性和低脱靶效应。结合和酶促分析表明，小的环状 AMO 可以选择性地结合并进一步消化目标成熟 miR 21，这表明环状 c-ODN 的拓扑特性显着降低了它们作为 microRNA 抑制剂的脱靶效应。与其线性对应的硫代磷酸化 AMO 相比，环状硫代磷酸化AMOs可以更有效地降低致癌性miR 21和miR 222的量，上调下游抗肿瘤蛋白PTEN和PDCD4的表达水平。此外，与线性伙伴 PS-ODN 相比，c-PS-antimiR 诱导的非特异性免疫刺激作用要小得多，进一步表明环状 ODN 在非特异性免疫刺激中的优势。
• Phosphoroamidate esters, and use and synthesis thereof
  申请人：Stratos Genomics, Inc.

  公开号：US10301345B2

  公开（公告）日：2019-05-28

  Phosphoramidate esters and related nucleotide analogs useful in polynucleotide sequencing techniques, and synthetic methods for preparing those compounds, are disclosed, including compounds having the following structure: wherein R1, R2, R3 and R4 are as defined herein. These compounds include nucleotide phosphoramidates analogs that are modified on the alpha-phosphate to enable attachment of a variety of application-specific substituents such as tether molecules

  本发明公开了用于多核苷酸测序技术的磷酰胺酯和相关核苷酸类似物，以及制备这些化合物的合成方法，包括具有以下结构的化合物：其中 R1、R2、R3 和 R4 如本文所定义。 这些化合物包括核苷酸磷酰胺类似物，这些类似物在α-磷酸上进行了修饰，可以连接各种特定应用的取代基，如系链分子。
• CLICK CHEMISTRY FOR THE PRODUCTION OF REPORTER MOLECULES
  申请人：baseclick GmbH

  公开号：EP2089343B1

  公开（公告）日：2011-07-06