5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 | 98796-51-1

• 物质功能分类: 有机原料 - 氨基化合物 - 酰胺类化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
• 中文别名: 5'-(4,4'-二甲氧基三苯基)-3'-脱氧胸苷 2'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺；5'-(4,4'-二甲氧基三苯基)-3'-脱氧胸甙2'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺；DMT保护性-2'-脱氧胸苷亚磷酰胺；5'-(4,4'-二甲氧基三苯基)-3'-脱氧胸苷2'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺；5"-(4,4"-二甲氧基三苯基)-3"-脱氧胸苷2"-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺；DMT-dT亚磷酰胺单体；5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-3'-脱氧胸苷-2'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺；DMT-dT酰胺；5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺；5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxythymidine-3'-O-[O-(2-cyanoethyl)-N,N'-diisopropylphosphoramidite]
• 英文别名: 5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)thymidine 3'-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine-3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)；5’-O-dimethoxytritylthymidine 3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite；DMT-dT Phosphoramidite；3-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 98796-51-1
• 化学式: C₄₀H₄₉N₄O₈P
• 分子量: 744.825
• InChiKey: UNOTXUFIWPRZJX-CEXSRUIHSA-N

物化性质

• 密度：
  1.22 at 20℃
• 溶解度：
  可溶，透明
• LogP：
  5.8 at 20℃

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.7
• 重原子数：
  53
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

安全信息

• 危险性防范说明：
  P280,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302
• 储存条件：
  -20°C

SDS

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模块 1. 化学品
1.1 产品标识符
: DMT-dT PhOSphoramidite
产品名称
1.2 鉴别的其他方法
无数据资料
1.3 有关的确定了的物质或混合物的用途和建议不适合的用途
仅用于研发。不作为药品、家庭或其它用途。

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模块 2. 危险性概述
2.1 GHS-分类
根据全球协调系统(GHS)的规定，不是危险物质或混合物。
2.3 其它危害物 - 无

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模块 3. 成分/组成信息
3.1 物 质
: C40H49N4O8P
分子式
: 744.81 g/mol
分子量
无

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模块 4. 急救措施
4.1 必要的急救措施描述
吸入
如果吸入,请将患者移到新鲜空气处。 如呼吸停止,进行人工呼吸。
皮肤接触
用肥皂和大量的水冲洗。
眼睛接触
用水冲洗眼睛作为预防措施。
食入
切勿给失去知觉者通过口喂任何东西。 用水漱口。
4.2 主要症状和影响，急性和迟发效应
据我们所知，此化学，物理和毒性性质尚未经完整的研究。
4.3 及时的医疗处理和所需的特殊处理的说明和指示
无数据资料

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模块 5. 消防措施
5.1 灭火介质
灭火方法及灭火剂
用水雾,抗乙醇泡沫,干粉或二氧化碳灭火。
5.2 源于此物质或混合物的特别的危害
无数据资料
5.3 给消防员的建议
如必要的话,戴自给式呼吸器去救火。
5.4 进一步信息
无数据资料

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模块 6. 泄露应急处理
6.1 作业人员防护措施、防护装备和应急处置程序
避免粉尘生成。 避免吸入蒸气、烟雾或气体。
6.2 环境保护措施
不要让产品进入下水道。
6.3 泄漏化学品的收容、清除方法及所使用的处置材料
扫掉和铲掉。 放入合适的封闭的容器中待处理。
6.4 参考其他部分
丢弃处理请参阅第13节。

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模块 7. 操作处置与储存
7.1 安全操作的注意事项
在有粉尘生成的地方,提供合适的排风设备。
7.2 安全储存的条件,包括任何不兼容性
贮存在阴凉处。 使容器保持密闭，储存在干燥通风处。
建议的贮存温度： 2 - 8 °C
7.3 特定用途
无数据资料

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模块 8. 接触控制和个体防护
8.1 容许浓度
最高容许浓度
没有已知的国家规定的暴露极限。
8.2 暴露控制
适当的技术控制
常规的工业卫生操作。
个体防护设备
眼/面保护
请使用经官方标准如NIOSH (美国) 或 EN 166(欧盟) 检测与批准的设备防护眼部。
皮肤保护
戴手套取 手套在使用前必须受检查。
请使用合适的方法脱除手套(不要接触手套外部表面),避免任何皮肤部位接触此产品.
使用后请将被污染过的手套根据相关法律法规和有效的实验室规章程序谨慎处理. 请清洗并吹干双手
所选择的保护手套必须符合EU的89/686/EEC规定和从它衍生出来的EN 376标准。
完全接触
物料: 丁腈橡胶
最小的层厚度 0.11 mm
溶剂渗透时间: 480 min
测试过的物质Dermatril® (KCL 740 / Z677272, 规格 M)
飞溅保护
物料: 丁腈橡胶
最小的层厚度 0.11 mm
溶剂渗透时间: 480 min
测试过的物质Dermatril® (KCL 740 / Z677272, 规格 M)
, 测试方法 EN374
如果以溶剂形式应用或与其它物质混合应用，或在不同于EN
374规定的条件下应用，请与EC批准的手套的供应商联系。
这个推荐只是建议性的,并且务必让熟悉我们客户计划使用的特定情况的工业卫生学专家评估确认才可.
这不应该解释为在提供对任何特定使用情况方法的批准.
身体保护
根据危险物质的类型，浓度和量，以及特定的工作场所选择身体保护措施。,
防护设备的类型必须根据特定工作场所中的危险物的浓度和数量来选择。
呼吸系统防护
不需要保护呼吸。如需防护粉尘损害，请使用N95型（US）或P1型（EN 143)防尘面具。
呼吸器使用经过测试并通过政府标准如NIOSH（US）或CEN（EU）的呼吸器和零件。

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模块 9. 理化特性
9.1 基本的理化特性的信息
a) 外观与性状
形状: 固体
b) 气味
无数据资料
c) 气味阈值
无数据资料
d) pH值
无数据资料
e) 熔点/凝固点
无数据资料
f) 沸点、初沸点和沸程
无数据资料
g) 闪点
无数据资料
h) 蒸发速率
无数据资料
i) 易燃性(固体,气体)
无数据资料
j) 高的/低的燃烧性或爆炸性限度 无数据资料
k) 蒸气压
无数据资料
l) 蒸汽密度
无数据资料
m) 密度/相对密度
无数据资料
n) 水溶性
无数据资料
o) n-辛醇/水分配系数
辛醇--水的分配系数的对数值: 8.092 在 25 °C
p) 自燃温度
无数据资料
q) 分解温度
无数据资料
r) 粘度
无数据资料

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模块 10. 稳定性和反应活性
10.1 反应性
无数据资料
10.2 稳定性
无数据资料
10.3 危险反应
无数据资料
10.4 应避免的条件
无数据资料
10.5 不相容的物质
强氧化剂
10.6 危险的分解产物
其它分解产物 - 无数据资料

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模块 11. 毒理学资料
11.1 毒理学影响的信息
急性毒性
无数据资料
皮肤刺激或腐蚀
无数据资料
眼睛刺激或腐蚀
无数据资料
呼吸道或皮肤过敏
无数据资料
生殖细胞致突变性
无数据资料
致癌性
IARC:
此产品中没有大于或等于 0。1%含量的组分被 IARC鉴别为可能的或肯定的人类致癌物。
生殖毒性
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（一次接触）
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（反复接触）
无数据资料
吸入危险
无数据资料
潜在的健康影响
吸入 吸入可能有害。 可能引起呼吸道刺激。
摄入 如服入是有害的。
皮肤 通过皮肤吸收可能有害。 可能引起皮肤刺激。
眼睛 可能引起眼睛刺激。
接触后的征兆和症状
据我们所知，此化学，物理和毒性性质尚未经完整的研究。
附加说明
化学物质毒性作用登记: 无数据资料

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模块 12. 生态学资料
12.1 生态毒性
无数据资料
12.2 持久性和降解性
无数据资料
12.3 潜在的生物累积性
无数据资料
12.4 土壤中的迁移性
无数据资料
12.5 PBT 和 vPvB的结果评价
无数据资料
12.6 其它不良影响
无数据资料

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模块 13. 废弃处置
13.1 废物处理方法
产品
将剩余的和不可回收的溶液交给有许可证的公司处理。
受污染的容器和包装
按未用产品处置。

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模块 14. 运输信息
14.1 联合国危险货物编号
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.2 联合国运输名称
欧洲陆运危规: 非危险货物
国际海运危规: 非危险货物
国际空运危规: 非危险货物
14.3 运输危险类别
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.4 包裹组
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.5 环境危险
欧洲陆运危规: 否 国际海运危规 国际空运危规: 否
海洋污染物（是/否）: 否
14.6 对使用者的特别提醒
无数据资料

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模块 15 - 法规信息
N/A

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模块16 - 其他信息
N/A

制备方法与用途

生物活性 DMT-dT 磷酸胺脂通常用于合成 DNA。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 在 2,6-二甲基吡啶 、 四氮唑 、 sulfur 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 4.67h， 生成
  参考文献：
  名称：

  通过磷酸三酯方法合成二核苷和二核苷酸二硫代磷酸酯

  摘要：

  5'-O-二甲氧基三苯甲基和S-保护的胸苷-3'-硫代磷酸二硫酯，3'-O-乙酰基胸苷或胸苷-3'-O- [β-氰基乙基-（S-2,4-二氯苄基）]-二硫代磷酸酯，1 -甲基咪唑与2,4,6-三异丙基苯磺酰氯反应生成二核苷二硫代磷酸酯的产率很高。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)88887-5
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 吡啶 、 四氮唑 、 四丁基氟化铵 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 生成 5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
  参考文献：
  名称：

  5-取代嘧啶 2'-脱氧核苷的不同合成及其掺入寡脱氧核苷酸中用于尿嘧啶 DNA 糖基化酶的研究

  摘要：

  最近的研究表明，DNA 中的 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 残基可以被氧化并可能脱氨基为相应的胸腺嘧啶类似物。其中一些氧化性 DNA 损伤被认为是新的表观遗传标记，可能对染色质功能和疾病病理学产生深远影响。为了应对氧化损伤，细胞具有复杂的修复系统网络，可以识别、去除和重建病变。然而，如何检测和修复修饰的核碱基仍然难以捉摸，这主要是由于含有这些新型 DNA 修饰的合成寡脱氧核苷酸 (ODN) 的可用性有限。已经开发出一种简洁且发散的 5mC 衍生物合成策略。这些衍生物被进一步加工成相应的亚磷酰胺，从而能够使用标准固相 DNA 合成将修饰的核碱基位点特异性掺入 ODN 中。该合成方法以及 ODN 组对于研究表观遗传学重要核碱基的生物学功能以及阐明化学损伤修复的多样性具有重要价值。

  DOI：

  10.1039/d0sc04161k

文献信息

• Solid-Phase Synthesis and Screening of Macrocyclic Nucleotide-Hybrid Compounds Targeted to Hepatitis C NS5B
  作者：Michael Smietana、Robert B. Johnson、Q. May Wang、Eric T. Kool

  DOI：10.1002/chem.200305402

  日期：2004.1.5

  potential cyclic hybrid inhibitor compounds targeting hepatitis C virus NS5B enzyme (the replicating polymerase of HCV) was generated by means of the parallel-pool strategy. Screening of the library revealed that cyclic hybrid c(C(OME)EthenodA) was a significant inhibitor of NS5B, with an IC(50) of 40 microM. Preliminary structure-activity studies of this lead compound are described.

  报道了一种在受控孔玻璃上合成环状核苷酸杂合分子的收敛策略。该方法的一个主要优点是对序列和结构变化没有限制，允许掺入修饰的核糖核苷（如 2'-OMe-核糖核苷酸）以及苏氨醇衍生物。该方法允许通过标准亚磷酰胺化学进行全自动组装，并且基于最近公布的用于制备 DNA 系列中环状寡核苷酸的程序 (M. Smietana, ET Kool, Angew. Chem. 2002, 114, 3856-3859 ; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2002, 41, 3704-3707)。通过平行池策略生成了针对丙型肝炎病毒 NS5B 酶（HCV 的复制聚合酶）的潜在环状杂合抑制剂化合物库。筛选库显示环状杂化 c(C(OME)EthenodA) 是 NS5B 的重要抑制剂，IC(50) 为 40 microM。描述了该先导化合物的初步结构-活性研究。
• Pd0-Catalyzed Methyl Transfer on Nucleosides and Oligonucleotides, Envisaged as a PET Tracer
  作者：Damien James、Jean-Marc Escudier、Magali Szlosek-Pinaud、Eric Fouquet

  DOI：10.3390/molecules181113654

  日期：——

  The methyl transfer reaction from activated monomethyltin, via a modified Stille coupling reaction, was studied under “ligandless” conditions on fully deprotected 5'-modified nucleosides and one dinucleotide. The reaction was optimized to proceed in a few minutes and quantitative yield, even under dilute conditions, thus affording a rapid and efficient new method for oligonucleotide labelling with carbon-11.

  研究了通过改良的Stille偶联反应，在完全去保护的5'-修饰核苷和一种二核苷酸上，在“无配体”条件下进行的活化单甲基锡的甲基转移反应。该反应被优化至仅需几分钟并可获得定量产率，即使在稀释条件下亦是如此，从而提供了一种快速高效的新方法用于碳-11标记的寡核苷酸制备。
• Nucleic acid synthesizing dimer amidite and nucleic acid synthesizing method
  申请人：Fujihara Tsuyoshi

  公开号：US08889843B2

  公开（公告）日：2014-11-18

  To provide an excellent dimer amidite which can be subjected to purification, preferably, whose protective groups can be removed under mild conditions, and a method for synthesizing a nucleic acid using the dimer amidite, a dimer amidite having a structure represented by the following General Formula (1) and a method for synthesizing a nucleic acid including performing condensation reaction of the dimer amidite are provided: wherein in General Formula (1), R1 and R2 each independently represent any one of groups selected from General formulas (2) to (4) and Structural Formulas (12) to (15) with a compound where R1 and R2 are each represent Structural Formulas (12) being excluded:  and wherein in the General Formulas (2) to (4), R3 represents any one group represented by the following Structural Formulas (16) to (25):

  提供一种优质的二聚体酰胺，可进行纯化，最好是其保护基在温和条件下可被去除，并提供一种使用该二聚体酰胺合成核酸的方法，所述二聚体酰胺具有以下一般式（1）所代表的结构，以及包括对二聚体酰胺进行缩合反应的核酸合成方法： 在一般式（1）中，R1和R2分别独立地代表从一般式（2）到（4）和结构式（12）到（15）中选择的任一组，并且排除R1和R2分别代表结构式（12）的化合物： 并且在一般式（2）到（4）中，R3代表以下结构式（16）到（25）中所代表的任一组：
• New approach to solid phase synthesis of polyamide nucleic acids analogues (PNA) and PNA-DNA conjugates
  作者：Dmitry A. Stetsenko、Elena N. Lubyako、Viktor K. Potapov、Tatyana L. Azhikima、Evgeny D. Sverdlov

  DOI：10.1016/0040-4039(96)00624-7

  日期：1996.5

  New version of sequential DNA and polyamide solid phase synthesis is applied to the preparation of PNA and PNA-DNA conjugates bearing free 3′-end. N-Mmt protected uracil and thymine PNA monomers are obtained in high yields. Novel support derived from TSK Gel Toyopearl® and efficient coupling procedure with 2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyloxy-l-benzotriazole (TPSOBt) are also developed. Preliminary

  新版本的顺序DNA和聚酰胺固相合成技术可用于制备带有3'端的PNA和PNA-DNA共轭物。以高收率获得N-Mmt保护的尿嘧啶和胸腺嘧啶PNA单体。从TSK凝胶的Toyopearl衍生的新的支持®和高效的偶联方法与2,4,6- triisopropylbenzenesulfonyloxy -1-苯并三唑（TPSOBt）也开发。报告了所制备化合物的生物学测试的初步结果。
• Oligonucleotide with protected base
  申请人：Ajinomoto Co., Inc.

  公开号：US09371353B2

  公开（公告）日：2016-06-21

  The present invention provides a protected nucleotide for elongation, which can be purified efficiently and in a high yield by a liquid-liquid extraction operation, and can achieve an oligonucleotide production method by a phosphoramidite method. It has been found that the above-mentioned problem can be solved by a particular oligonucleotide comprising a protected base and/or particular oligonucleotide protected by a branched chain-containing aromatic group at 3′-position.

  本发明提供了一种用于延伸的受保护核苷酸，可以通过液液萃取操作高效地和高产率地纯化，并且可以通过磷酰胺酯法实现寡核苷酸的生产方法。已经发现，上述问题可以通过包含受保护碱基和/或在3'-位置含有支链含芳基团的特定寡核苷酸来解决。