胸苷-d3 | 74848-84-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 胸苷-d3
• 英文名称: 2'-deoxy-5-(trideuteriomethyl)uridine
• 英文别名: 2'-deoxythymidine-methyl-d3；Thymidine；thymidine-methyl-d3；d₃-thymidine；α,α,α-trideuterio-thymidine；Thymidin-5-Methyl-D；thymidine-d3；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-(trideuteriomethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 74848-84-3
• 化学式: C₁₀H₁₄N₂O₅
• 分子量: 245.208
• InChiKey: IQFYYKKMVGJFEH-BXKFBODDSA-N

物化性质

• 熔点：
  184-184°C
• 溶解度：
  DMSO（少许）、甲醇（少许）、水（少许）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  胸苷-d3 在 吡啶 、 咪唑 、 四丁基氟化铵 、 三甲基乙酰氯 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 54.25h， 生成
  参考文献：
  名称：

  通过同位素标记阐明孢子光产物的形成

  摘要：

  造成一些损害：孢子光产物 (SP) 是细菌内生孢子中主要的 DNA 光损伤产物。氘标记的 TpT 二核苷酸的 NMR 光谱研究揭示了 SP 形成机制的细节（见方案）。在紫外线照射 [D 3 ]TpT（带有 3'-T CD 3基团）时，一个氘原子专门转移到 6-H pro - S位置。当使用带有 3'-T CH 3基团的[D 4 ]TpT时，迁移的原子是氢原子。

  DOI：

  10.1002/anie.201005228
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 platinum(IV) oxide 氘 作用下， 以 重水 为溶剂， 反应 72.0h， 以85%的产率得到胸苷-d3
  参考文献：
  名称：

  2'-脱氧胸苷内部运动的固态氘核磁共振研究

  摘要：

  /sup 2/H NMR 光谱用于表征固态 2'-脱氧胸苷的动力学。制备了三种不同的特定氘化核苷，分别在甲基、C6 位置和 5'-亚甲基上带有标记。分析/sup 2/H NMR 四极杆回波线形状和自旋晶格 (T/sub 1/) 弛豫时间，以确定标记部分的运动机制和速率。只有甲基经历大振幅运动，其中包括围绕 C/sub 3/ 对称轴的 3 倍跳跃，室温相关时间 /tau//sub c/ 约 3.0 秒。该过程的表观活化能 (E/sub a/) 为 5.9 kJ/mol。数据还表明整个嘧啶碱基经历了快速、小幅度的运动，作者将其建模为关于平衡位置的/加减/9/度/振动。在 298 K 时，振动发生的相关时间为 /tau//sub c/ 大约。1.0 秒。嘧啶碱基的运动也会影响甲基，但增加的运动只会导致室温甲基跳跃相关时间的微小变化，/tau//sub c/约。4.2 秒。振动运动对甲基氘核的自旋

  DOI：

  10.1021/ja00227a016

文献信息

• Deamination, Oxidation, and C–C Bond Cleavage Reactivity of 5-Hydroxymethylcytosine, 5-Formylcytosine, and 5-Carboxycytosine
  作者：Stefan Schiesser、Toni Pfaffeneder、Keyarash Sadeghian、Benjamin Hackner、Barbara Steigenberger、Arne S. Schröder、Jessica Steinbacher、Gengo Kashiwazaki、Georg Höfner、Klaus T. Wanner、Christian Ochsenfeld、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ja403229y

  日期：2013.10.2

  of high concentration of thiols and are acid catalyzed. While hmdC dehydroxymethylates very slowly, fdC and especially cadC react considerably faster to dC. Thiols are active site residues in many DNA modifiying enzymes indicating that such enzymes could play a role in an alternative active DNA demethylation mechanism via deformylation of fdC or decarboxylation of cadC. Quantum-chemical calculations

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC
• Esaki, Hiroyoshi; Aoki, Fumiyo; Maegawa, Tomohiro, Heterocycles, 2005, vol. 66, # 1, p. 361 - 369
  作者：Esaki, Hiroyoshi、Aoki, Fumiyo、Maegawa, Tomohiro、Hirota, Kosaku、Sajiki, Hironao

  DOI：——

  日期：——
• Selective deuteriation as an aid in the assignment of proton NMR spectra of single-stranded oligodeoxynucleotides
  作者：Charles K. Brush、Michael P. Stone、Thomas M. Harris

  DOI：10.1021/ja00221a048

  日期：1988.6
• Shaw, Anthony A.; Cadet, Jean, Journal of the Chemical Society. Perkin transactions II, 1990, # 12, p. 2063 - 2070
  作者：Shaw, Anthony A.、Cadet, Jean

  DOI：——

  日期：——
• Unusually Large Deuterium Discrimination during Spore Photoproduct Formation
  作者：David M. Ames、Gengjie Lin、Yajun Jian、Jean Cadet、Lei Li

  DOI：10.1021/jo500775b

  日期：2014.6.6

  The deuterium-labeling strategy has been widely used and proved highly effective in mechanistic investigation of chemical and biochemical reactions. However, it is often hampered by the incomplete label transfer, which subsequently obscures the mechanistic conclusion. During the study of photoinduced generation of 5-thyminyl-5,6-dihydrothymine, which is commonly called the spore photoproduct (SP), the Cadet laboratory found an incomplete (similar to 67%) deuterium transfer in SP formation, which contrasts to the exclusive transfer observed by the Li laboratory. Here, we investigated this discrepancy by re-examining the SP formation using d(3)-thymidine. We spiked the d(3)-thymidine with varying amounts of unlabeled thymidine before the SP photochemistry is performed. Strikingly, our data show that the reaction is highly sensitive to the trace protiated thymidine in the starting material. As many as 17-fold enrichment is detected in the formed SP, which may explain the previously observed one-third protium incorporation. Although commercially available deuterated reagents are generally satisfactory as mechanistic probes, our results argue that attention is still needed to the possible interference from the trace protiated impurity, especially when the reaction yield is low and large isotopic discrimination is involved.