5-羟甲基脱氧尿苷 | 5116-24-5

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 脱氧核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 5-羟甲基脱氧尿苷
• 中文别名: 5-羟甲基尿嘧啶脱氧核苷；2'-脱氧-5-羟甲基尿甙；5-羟基甲基-2-脱氧尿苷
• 英文名称: 2'-deoxy-5-(hydroxymethyl)uridine
• 英文别名: 5-hydroxymethyl-2'-deoxyuridine；5-(hydroxymethyl)-2’-deoxyuridine；5-hydroxymethyl-2′-deoxyuridine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-(hydroxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 5116-24-5
• 化学式: C₁₀H₁₄N₂O₆
• 分子量: 258.231
• InChiKey: IPAVKOYJGUMINP-XLPZGREQSA-N

物化性质

• 熔点：
  176-179 °C
• 沸点：
  401.48°C (rough estimate)
• 密度：
  1.3598 (rough estimate)
• 溶解度：
  DMSO（轻微、超声处理）、甲醇（轻微、加热）、水（轻微）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.9
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

安全信息

• 安全说明：
  S24/25
• WGK Germany：
  3
• 海关编码：
  2934999090
• 危险性防范说明：
  P501,P270,P264,P280,P302+P352,P337+P313,P305+P351+P338,P362+P364,P332+P313,P301+P312+P330
• 危险性描述：
  H302,H315,H319
• 储存条件：
  -20°C

SDS

1.1 产品标识符
: 5-Hydroxymethyl-2′-deoxyuridine
化学品俗名或商品名
1.2 鉴别的其他方法
无数据资料
1.3 有关的确定了的物质或混合物的用途和建议不适合的用途
仅供科研用途，不作为药物、家庭备用药或其它用途。

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模块 2. 危险性概述
2.1 GHS分类
根据全球协调系统(GHS)的规定，不是危险物质或混合物。
2.3 其它危害物 - 无

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模块 3. 成分/组成信息
3.1 物 质
: C10H14N2O6
分子式
: 258.23 g/mol
分子量
成分 浓度
α-Hydroxythymidine
-
化学文摘编号(CAS No.) 5116-24-5
EC-编号 225-848-0

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模块 4. 急救措施
4.1 必要的急救措施描述
如果吸入
如果吸入,请将患者移到新鲜空气处。 如果停止了呼吸,给于人工呼吸。
在皮肤接触的情况下
用肥皂和大量的水冲洗。
在眼睛接触的情况下
用水冲洗眼睛作为预防措施。
如果误服
切勿给失去知觉者从嘴里喂食任何东西。 用水漱口。
4.2 最重要的症状和影响，急性的和滞后的
4.3 及时的医疗处理和所需的特殊处理的说明和指示
无数据资料

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模块 5. 消防措施
5.1 灭火介质
灭火方法及灭火剂
用水雾,耐醇泡沫,干粉或二氧化碳灭火。
5.2 源于此物质或混合物的特别的危害
碳氧化物, 氮氧化物
5.3 救火人员的预防
如必要的话,戴自给式呼吸器去救火。
5.4 进一步的信息
无数据资料

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模块 6. 泄露应急处理
6.1 人员的预防,防护设备和紧急处理程序
防止粉尘的生成。 防止吸入蒸汽、气雾或气体。
6.2 环境预防措施
不要让产物进入下水道。
6.3 抑制和清除溢出物的方法和材料
扫掉和铲掉。 存放在合适的封闭的处理容器内。
6.4 参考其他部分
丢弃处理请参阅第13节。

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模块 7. 操作处置与储存
7.1 安全操作的注意事项
在有粉尘生成的地方,提供合适的排风设备。一般性的防火保护措施。
7.2 安全储存的条件,包括任何不兼容性
贮存在阴凉处。 容器保持紧闭，储存在干燥通风处。
建议的贮存温度： -20 °C
7.3 特定用途
无数据资料

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模块 8. 接触控制/个体防护
8.1 控制参数
最高容许浓度
没有已知的国家规定的暴露极限。
8.2 暴露控制
适当的技术控制
常规的工业卫生操作。
人身保护设备
眼/面保护
请使用经官方标准如NIOSH (美国) 或 EN 166(欧盟) 检测与批准的设备防护眼部。
皮肤保护
戴手套取 手套在使用前必须受检查。
请使用合适的方法脱除手套(不要接触手套外部表面),避免任何皮肤部位接触此产品.
使用后请将被污染过的手套根据相关法律法规和有效的实验室规章程序谨慎处理. 请清洗并吹干双手
所选择的保护手套必须符合EU的89/686/EEC规定和从它衍生出来的EN 376标准。
身体保护
根据危险物质的类型，浓度和量，以及特定的工作场所来选择人体保护措施。,
防护设备的类型必须根据特定工作场所中的危险物的浓度和含量来选择。
呼吸系统防护
不需要保护呼吸。如需防护粉尘损害，请使用N95型（US）或P1型（EN 143)防尘面具。
呼吸器使用经过测试并通过政府标准如NIOSH（US）或CEN（EU）的呼吸器和零件。

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模块 9. 理化特性
9.1 基本的理化特性的信息
a) 外观与性状
形状: 固体
b) 气味
无数据资料
c) 气味临界值
无数据资料
d) pH值
无数据资料
e) 熔点/凝固点
无数据资料
f) 起始沸点和沸程
无数据资料
g) 闪点
无数据资料
h) 蒸发速率
无数据资料
i) 可燃性(固体,气体)
无数据资料
j) 高的/低的燃烧性或爆炸性限度 无数据资料
k) 蒸气压
无数据资料
l) 相对蒸气密度
无数据资料
m) 相对密度
无数据资料
n) 水溶性
无数据资料
o) 辛醇/水分配系数的对数值
无数据资料
p) 自燃温度
无数据资料
q) 分解温度
无数据资料
r) 粘度
无数据资料

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模块 10. 稳定性和反应活性
10.1 反应性
无数据资料
10.2 化学稳定性
无数据资料
10.3 危险反应的可能性
无数据资料
10.4 避免接触的条件
无数据资料
10.5 不兼容的材料
强氧化剂
10.6 危险的分解产物
其它分解产物 - 无数据资料

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模块 11. 毒理学资料
11.1 毒理学影响的信息
急性毒性
无数据资料
皮肤腐蚀/刺激
无数据资料
严重眼损伤 / 眼刺激
无数据资料
呼吸道或皮肤过敏
无数据资料
生殖细胞诱变
离体的基因毒性 - 人 - 淋巴细胞
细胞发生分析
离体的基因毒性 - 人 - 淋巴细胞
姐妹染色单体互换
离体的基因毒性 - 仓鼠 - 子宫
哺乳动物体细胞突变
致癌性
IARC:
此产品中没有大于或等于 0。1%含量的组分被 IARC鉴别为可能的或肯定的人类致癌物。
生殖毒性
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（一次接触）
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（反复接触）
无数据资料
吸入危险
无数据资料
潜在的健康影响
吸入 吸入可能有害。 可能引起呼吸道刺激。
摄入 如服入是有害的。
皮肤 如果通过皮肤吸收可能是有害的。 可能引起皮肤刺激。
眼睛 可能引起眼睛刺激。
附加说明
化学物质毒性作用登记: 无数据资料

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模块 12. 生态学资料
12.1 毒性
无数据资料
12.2 持久存留性和降解性
无数据资料
12.3 生物积累的潜在可能性
无数据资料
12.4 土壤中的迁移
无数据资料
12.5 PBT 和 vPvB的结果评价
无数据资料
12.6 其它不利的影响
无数据资料

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模块 13. 废弃处置
13.1 废物处理方法
产品
将剩余的和未回收的溶液交给处理公司。
污染了的包装物
作为未用过的产品弃置。

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模块 14. 运输信息
14.1 UN编号
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.2 联合国（UN）规定的名称
欧洲陆运危规: 无危险货物
国际海运危规: 无危险货物
国际空运危规: 无危险货物
14.3 运输危险类别
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.4 包裹组
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.5 环境危险
欧洲陆运危规: 否 国际海运危规 海运污染物: 否 国际空运危规: 否
14.6 对使用者的特别预防
无数据资料

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模块 15 - 法规信息
N/A

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模块16 - 其他信息
N/A

制备方法与用途

5-羟甲基-2'-脱氧尿苷是一种核苷类似物，能有效抑制多种人白血病细胞系的复制，其IC50值为1.7至5.8μM。此外，该物质还能延长携带L1210白血病的小鼠存活期。因此，5-羟甲基-2'-脱氧尿苷在研究细胞复制和白血病方面具有重要应用价值[1][2][3]。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-羟甲基脱氧尿苷 在 铑 、 溶剂黄146 、 氢化铝 作用下， 生成 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 5-Substituted Pyrimidines via Formaldehyde Addition¹

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja01519a056
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 ammonium hydroxide 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 偶氮二异丁腈 、 氧气 、 sodium hydride 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 mineral oil 、 苯 为溶剂， 反应 33.0h， 生成 5-羟甲基脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  两种修饰核苷的缺氧选择性 DNA 链间交联形成

  摘要：

  干净的交叉代码：合成了两个硝基咪唑修饰的胸苷1a和1b，并将其整合到 DNA 寡聚体中。1a和1b的 350 nm 光解产生 5-（2'-脱氧尿苷基）甲基自由基，诱导 DNA 链间交联（ICL；见方案）。在缺氧条件下观察到比在有氧条件下更高的 ICL 产量。

  DOI：

  10.1002/chem.201201960

文献信息

• Deamination, Oxidation, and C–C Bond Cleavage Reactivity of 5-Hydroxymethylcytosine, 5-Formylcytosine, and 5-Carboxycytosine
  作者：Stefan Schiesser、Toni Pfaffeneder、Keyarash Sadeghian、Benjamin Hackner、Barbara Steigenberger、Arne S. Schröder、Jessica Steinbacher、Gengo Kashiwazaki、Georg Höfner、Klaus T. Wanner、Christian Ochsenfeld、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ja403229y

  日期：2013.10.2

  of high concentration of thiols and are acid catalyzed. While hmdC dehydroxymethylates very slowly, fdC and especially cadC react considerably faster to dC. Thiols are active site residues in many DNA modifiying enzymes indicating that such enzymes could play a role in an alternative active DNA demethylation mechanism via deformylation of fdC or decarboxylation of cadC. Quantum-chemical calculations

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC
• METABOLITE BIOMARKERS FOR THE DETECTION OF ESOPHAGEAL CANCER USING MS
  申请人：Raftery M. Daniel

  公开号：US20120107955A1

  公开（公告）日：2012-05-03

  Results of studies of nucleosides in biofluid specimens from patients with esophageal adenocarcinoma and related disorders have identified five biomarkers of the conditions: 1-methyladenosine, N 2 ,N 2 -dimethylguanosine, N 2 -methylguanosine, cytidine and uridine. In certain embodiments, methods of measuring these biomarkers and kits for measuring these biomarkers are provided.

  对食管腺癌患者和相关疾病生物体液样本中核苷的研究结果表明了这些疾病的五个生物标志物：1-甲基腺苷、N2,N2-二甲基鸟苷、N2-甲基鸟苷、胞嘧啶和尿苷。在某些实施例中，提供了测量这些生物标志物的方法和用于测量这些生物标志物的试剂盒。
• Radiation-induced binding of 2,2,6,6-tetramethyl-1,4-piperidone-<i>N</i>-oxyl to thymidine in oxygen-free aqueous solutions. Isolation and characterization of the adducts
  作者：Maurice Berger、Jean Cadet、Jacques Ulrich

  DOI：10.1139/v85-002

  日期：1985.1.1

  Steady-state γ-radiolysis of deaerated aqueous solutions of thymidine has been carried out in the presence of 2,2,6,6-tetramethyl-1,4-piperidone-N-oxyl (TAN), a well-known radiosensitizing agent. The eight main radiation-induced TAN addition products to thymidine have been isolated and characterized by 1H and 13C nmr, cd, and fast-atom bombardment mass spectrometry measurements.

  已在 2,2,6,6-四甲基-1,4-哌啶酮-N-氧基 (TAN)（一种众所周知的放射增敏剂）存在下对脱气的胸苷水溶液进行稳态 γ-辐射分解。胸苷的八种主要辐射诱导的 TAN 加成产物已被分离出来，并通过 1H 和 13C nmr、cd 和快速原子轰击质谱测量进行表征。
• Improved synthesis of 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine phosphoramidite using a 2′-deoxyuridine to 2′-deoxycytidine conversion without temporary protecting groups
  作者：Anders S. Hansen、Armin Thalhammer、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown、Christopher J. Schofield

  DOI：10.1016/j.bmcl.2010.12.098

  日期：2011.2

  incorporation into oligonucleotides. To minimize manipulations we employed a temporary protecting group-free 2′-deoxyuridine to 2′-deoxycytidine conversion procedure that utilizes phase transfer catalysis. The desired 5-HOMedC phosphoramidite is obtained in six steps and 24% overall yield from 2′-deoxyuridine.

  5-羟甲基胞嘧啶最近被定性为人类 DNA 中的“第六个碱基”。为了能够对这种 DNA 修饰进行研究，我们报告了一种合成 5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 ( 5-HOMe dC) 亚磷酰胺的改进方法，用于位点特异性掺入寡核苷酸中。为了最大限度地减少操作，我们采用了一种利用相转移催化的临时无保护基团 2'-脱氧尿苷到 2'-脱氧胞苷的转化过程。所需的5-HOMe dC 亚磷酰胺通过 6 个步骤从 2'-脱氧尿苷中获得，总产率为 24%。
• Investigation of C-5 alkynyl (alkynyloxy or hydroxymethyl) and/or N-3 propynyl substituted pyrimidine nucleoside analogs as a new class of antimicrobial agents
  作者：Saurabh Garg、Neeraj Shakya、Naveen C. Srivastav、Babita Agrawal、Dennis Y. Kunimoto、Rakesh Kumar

  DOI：10.1016/j.bmc.2016.09.008

  日期：2016.11

  infections and the emergence of drug-resistant strains urgently require a new class of agents that are distinct than current therapies. A group of 5-ethynyl (6–10), 5-(2-propynyloxy) (16, 18, 20, 22, 24), 5-(2-propynyloxy)-3-N-(2-propynyl) (17, 19, 21, 23, 25) and 5-hydroxymethyl-3-N-(2-propynyl) (30–33) derivatives of pyrimidine nucleosides were synthesized and evaluated against mycobacteria [Mycobacterium

  分支杆菌感染的复发和耐药菌株的出现迫切需要一类不同于当前疗法的新型药物。A组5-乙炔基（的6 - 10），5-（2-丙炔氧基）（16，18，20，22，24），5-（2-丙炔氧基）-3- ñ - （2-丙炔基）（17，19，21，23，25）和5-羟甲基-3- ñ - （2-丙炔基）（30 - 33）的嘧啶核苷衍生物的合成和对分枝杆菌[评价结核分枝杆菌（Mtb），牛分枝杆菌（BCG）和鸟分枝杆菌），革兰氏阳性菌（金黄色葡萄球菌和粪肠球菌）和革兰氏阴性菌（大肠杆菌，鼠伤寒沙门氏菌和铜绿假单胞菌与单独的药物合用）体外测定。尽管几种化合物在较高浓度下对Mtb，牛分枝杆菌，金黄色葡萄球菌和粪肠球菌均表现出明显的抑制活性。，它们在较低的浓度下与抗结核药异烟肼和利福平以及抗菌药庆大霉素具有出乎意料的协同作用和加性相互作用。还发现了活性类似物在感染了H37Ra的人单核细胞系中抑制细胞内Mtb。5-羟甲基-3-口服给药ñ