3',5'-(tertbutyldimethylsilyl)-5-(formyl)deoxycytidine | 1257247-38-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-(tertbutyldimethylsilyl)-5-(formyl)deoxycytidine
• 英文别名: 5-formyl-3′,5′-bis-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2′-deoxy-cytidine；3',5'-(tertbutyldimethylsilyl)-5-formyl-2'-deoxycytidine；3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-5-(formyl)deoxycytidine；5-formyl-3',5'-(O-tert-butyldimethylsilyl)-2'deoxycytidine；4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidine-5-carbaldehyde
• CAS: 1257247-38-3
• 化学式: C₂₂H₄₁N₃O₅Si₂
• 分子量: 483.756
• InChiKey: KZBLPRHIPGUFDN-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 熔点：
  150-152 °C
• 沸点：
  508.2±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.10±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.34
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  103
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-(tertbutyldimethylsilyl)-5-(formyl)deoxycytidine 在 氟化氢吡啶 作用下， 以 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 22.0h， 以83%的产率得到5-formyl-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  仿生铁复合物实现 TET 酶反应性**

  摘要：

  表观遗传标记 5-甲基-2'-脱氧胞苷 (5mdC) 是最常见的 DNA 修饰。它尤其通过主动去甲基化途径被去除：通过10-11易位5-甲基胞嘧啶双加氧酶(TET)氧化，随后通过碱基切除修复或直接解修饰去除。最近，我们发现合成的铁(IV)-氧配合物[Fe IV (O)(Py 5 Me 2 H)] 2+ ( 1 )可以通过氧化核碱基5-甲基胞嘧啶作为TET的仿生模型(5mC) 与其天然代谢物。在这项工作中，我们使用一系列 HPLC 和 MS 技术证明核苷甚至短寡核苷酸链也可以作为底物。我们发现5mC的5位优选被1氧化，副反应仅发生在所用寡核苷酸的链末端。对1对核苷反应性的详细研究证实了我们的结果；异头中心 (1') 的氧化是最常见的副反应。

  DOI：

  10.1002/anie.202107277
• 作为产物：
  描述：

  5-碘-2'-脱氧胞苷 在 咪唑 、 tris-(dibenzylideneacetone)dipalladium(0) 、 三正丁基氢锡 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 21.0h， 生成 3',5'-(tertbutyldimethylsilyl)-5-(formyl)deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  DNA和RNA中5-甲酰基嘧啶核苷酸的荧光标记

  摘要：

  5‐甲酰基胞嘧啶（5fC）和5‐甲酰基尿嘧啶（5fU）是由5‐甲基胞嘧啶和胸腺嘧啶（或5‐甲基尿嘧啶）的氧化修饰产生的天然核碱基修饰。在这里，我们描述了通过荧光醛醇缩合反应与2,3,3-三甲基吲哚衍生物进行DNA和RNA中5-甲酰基嘧啶核苷酸的化学选择性标记。为5fU和5fC开发了温和的特定反应条件，以产生具有不同光物理性质的类似半菁的生色团。通过荧光读数以及引物延伸分析建立了残基特异性检测。反应在DNA寡核苷酸上进行了优化，同样适用于5fU和5fC修饰的RNA的修饰。这种5-甲酰基嘧啶的直接标记方法有望有助于阐明这种情况，

  DOI：

  10.1002/anie.201508893

文献信息

• Deamination, Oxidation, and C–C Bond Cleavage Reactivity of 5-Hydroxymethylcytosine, 5-Formylcytosine, and 5-Carboxycytosine
  作者：Stefan Schiesser、Toni Pfaffeneder、Keyarash Sadeghian、Benjamin Hackner、Barbara Steigenberger、Arne S. Schröder、Jessica Steinbacher、Gengo Kashiwazaki、Georg Höfner、Klaus T. Wanner、Christian Ochsenfeld、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ja403229y

  日期：2013.10.2

  of high concentration of thiols and are acid catalyzed. While hmdC dehydroxymethylates very slowly, fdC and especially cadC react considerably faster to dC. Thiols are active site residues in many DNA modifiying enzymes indicating that such enzymes could play a role in an alternative active DNA demethylation mechanism via deformylation of fdC or decarboxylation of cadC. Quantum-chemical calculations

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC
• Retracted Article: Divergent synthesis of 5-substituted pyrimidine 2′-deoxynucleosides and their incorporation into oligodeoxynucleotides for the survey of uracil DNA glycosylases
  作者：Ai Tran、Song Zheng、Dawanna S. White、Alyson M. Curry、Yana Cen

  DOI：10.1039/d0sc04161k

  日期：——

  developed. These derivatives were further elaborated to the corresponding phosphoramidites to enable the site-specific incorporation of modified nucleobases into ODNs using standard solid-phase DNA synthesis. The synthetic methodology, along with the panel of ODNs, is of great value to investigate the biological functions of epigenetically important nucleobases, and to elucidate the diversity in chemical

  最近的研究表明，DNA 中的 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 残基可以被氧化并可能脱氨基为相应的胸腺嘧啶类似物。其中一些氧化性 DNA 损伤被认为是新的表观遗传标记，可能对染色质功能和疾病病理学产生深远影响。为了应对氧化损伤，细胞具有复杂的修复系统网络，可以识别、去除和重建病变。然而，如何检测和修复修饰的核碱基仍然难以捉摸，这主要是由于含有这些新型 DNA 修饰的合成寡脱氧核苷酸 (ODN) 的可用性有限。已经开发出一种简洁且发散的 5mC 衍生物合成策略。这些衍生物被进一步加工成相应的亚磷酰胺，从而能够使用标准固相 DNA 合成将修饰的核碱基位点特异性掺入 ODN 中。该合成方法以及 ODN 组对于研究表观遗传学重要核碱基的生物学功能以及阐明化学损伤修复的多样性具有重要价值。
• Efficient synthesis of 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxyl-2′-deoxycytidine and their triphosphates
  作者：Qi Sun、Jian Sun、Shan-Shan Gong、Cheng-Jun Wang、Shou-Zhi Pu、Fu-De Feng

  DOI：10.1039/c4ra07670b

  日期：——

  Efficient strategies for the preparation of high-quality 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxyl-2′-deoxycytidine triphosphates and their parent nucleosides have been developed.

  已开发出高效的策略，用于制备高质量的5-羟甲基-、5-甲酰基-和5-羧基-2'-脱氧胞苷三磷酸盐及其母核苷。
• Efficient Synthesis of 5-Hydroxymethylcytosine Containing DNA
  作者：Martin Münzel、Daniel Globisch、Christian Trindler、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ol102408t

  日期：2010.12.17

  5-Hydroxymethylcytosine (5-HOMedC) was recently discovered as the sixth base in the mammalian genome. The development of a new phosphoramidite building block is reported, which allows efficient synthesis of 5-HOMedC containing DNA. Key steps of the synthesis are a palladium-catalyzed formylation and the simultaneous protection of a hydroxyl and amino group as a cyclic carbamate. DNA synthesis is possible

  最近发现5-羟甲基胞嘧啶（5-HOMe dC）是哺乳动物基因组中的第六个碱基。据报道，开发了一种新的亚磷酰胺结构单元，它可以有效合成含5-HOMe dC的DNA。合成的关键步骤是钯催化的甲酰化以及同时保护羟基和氨基作为环状氨基甲酸酯。在标准条件下可以进行DNA合成，可以用稀NaOH进行脱保护。
• [EN] NUCLEIC ACIDSBUILDING BLOCKS AND METHODS FOR THE SYNTHESIS OF 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE-CONTAINING<br/>[FR] BLOCS DE CONSTRUCTION ET PROCÉDÉS POUR LA SYNTHÈSE D'ACIDES NUCLÉIQUES CONTENANT DE LA 5-HYDROXYMÉTHYLCYTOSINE
  申请人：UNIV MUENCHEN L MAXIMILIANS

  公开号：WO2012062907A1

  公开（公告）日：2012-05-18

  The present invention relates to building blocks and methods for the efficient synthesis of 5-hydroxymethylcytosine-containing nucleic acids such as DNA or RNA.

  本发明涉及用于高效合成含有5-羟甲基胞嘧啶的核酸（如DNA或RNA）的建构块和方法。