5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: 1-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-5-(octa-1,7-diynyl)uracil 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)；5-Octadiynyl-dU CEP；3-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-octa-1,7-diynyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• 化学式: C₄₇H₅₅N₄O₈P
• 分子量: 834.949
• InChiKey: MKSBKPPIZWOEHY-SSOUGYATSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.6
• 重原子数：
  60
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite) 、 2'-O, 3'-O, N²-triisobutyrylguanosine 在 四氮唑 、 叔丁基过氧化氢 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 2.17h， 生成
  参考文献：
  名称：

  A modified dinucleotide for site-specific RNA-labelling by transcription priming and click chemistry

  摘要：

  报告中介绍了一种使用炔烃载体二核苷酸进行 RNA 标记的改进策略。这种方法是先用噬菌体 RNA 聚合酶进行近定量的引物处理，然后用点击化学法连接不同的标签。此外，这些转录本的 5′端与连接兼容，因此可以通过连接将末端标签转化为内部标签。

  DOI：

  10.1039/c3cc46132g
• 作为产物：
  描述：

  碘苷 在 吡啶 、 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.75h， 生成 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-α-(hept-6-ynylidyne)thymidine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  具有二炔基侧链的核苷和寡核苷酸：2'-脱氧尿苷衍生物的碱基配对和铜（I）催化的AlkyneAzide'Click'Cycloaddition的功能化

  摘要：

  描述了包含带有5个取代的2'-脱氧尿苷1b或1d的带有侧链CC端的侧链的寡核苷酸，并将其双链体稳定性与包含5个炔基化合物1a或1c的侧链中只有一个非末端CC键的寡核苷酸进行了比较。。为此，在Sonogashira交叉偶联反应（方案1）中，使用5-碘-2'-脱氧尿苷（3）和二炔或炔作为起始原料。制备了亚磷酰胺2b – d（方案3），并将其用作固相合成的基础。Ť米测量表明，含有辛-1,7-二炔基侧链或二丙酸-2-炔基醚残基，DNA双链体即，含有1B或1D，比仅含有一个三键的那些更稳定的，即，图1A或1C（表3）。通过使用Cu I催化的Huisgen–Meldal–Sharpless [2 + 3]环加成（“点击化学”）方案（方案2），将二炔修饰的核苷用于进一步的官能化反应。脂族叠氮化物，即3'-叠氮基3'-脱氧胸苷（AZT; 4）以及芳香族叠氮化合物5与末端炔基相连，分别得到1 H -1,2,

  DOI：

  10.1002/hlca.200790055

文献信息

• Click Chemistry as a Reliable Method for the High-Density Postsynthetic Functionalization of Alkyne-Modified DNA
  作者：Johannes Gierlich、Glenn A. Burley、Philipp M. E. Gramlich、David M. Hammond、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ol0610946

  日期：2006.8.1

  cycloaddition (click) reaction for the multiple postsynthetic labeling of alkyne-modified DNA. A series of alkyne-modified oligodeoxyribonucleotides (ODNs) of increasing alkyne density were prepared, and the click reaction using various azide labels was investigated. Complete high-density conversion was observed for ODNs containing up to six consecutive alkyne functions. Compatibility of the click conditions

  [反应：见正文]我们报道了炔烃修饰的DNA的多个合成后标记的Cu（I）催化的惠斯根环加成（点击）反应的发展。制备了一系列增加炔烃密度的炔烃修饰的寡脱氧核糖核苷酸（ODN），并研究了使用各种叠氮化物标记的点击反应。对于包含多达六个连续炔烃功能的ODN，可以观察到完全的高密度转化。用炔修饰的引物获得的PCR产物显示了点击条件与长DNA链的相容性。
• Circular Antisense Oligonucleotides for Specific RNase-H-Mediated microRNA Inhibition with Reduced Off-Target Effects and Nonspecific Immunostimulation
  作者：Amu Gubu、Wenbo Su、Xiaoran Zhao、Xueli Zhang、Xinli Fan、Jing Wang、Qian Wang、Xinjing Tang

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c01421

  日期：2021.11.11

  circular c-ODNs significantly decreased their off-target effects as microRNA inhibitors. Compared with their linear corresponding phosphorothioated AMOs, circular phosphorothioated AMOs could more effectively reduce the amount of carcinogenic miR 21 and miR 222 and upregulate the expression levels of downstream antitumor proteins of PTEN and PDCD4. In addition, c-PS-antimiRs induced much less nonspecific

  反义 microRNA 寡脱氧核苷酸 (AMO) 是调节 microRNA 功能的强大工具。不幸的是，有时会观察到严重的脱靶效应。由于环状寡核苷酸（c-ODNs）的特殊拓扑和酶学特性，我们合理设计和开发了环状AMOs，它有效地抑制了microRNA的功能，具有高靶向特异性和低脱靶效应。结合和酶促分析表明，小的环状 AMO 可以选择性地结合并进一步消化目标成熟 miR 21，这表明环状 c-ODN 的拓扑特性显着降低了它们作为 microRNA 抑制剂的脱靶效应。与其线性对应的硫代磷酸化 AMO 相比，环状硫代磷酸化AMOs可以更有效地降低致癌性miR 21和miR 222的量，上调下游抗肿瘤蛋白PTEN和PDCD4的表达水平。此外，与线性伙伴 PS-ODN 相比，c-PS-antimiR 诱导的非特异性免疫刺激作用要小得多，进一步表明环状 ODN 在非特异性免疫刺激中的优势。
• Anomeric DNA: Functionalization of α‐ <scp>d</scp> Anomers of 7‐Deaza‐2′‐deoxyadenosine and 2′‐Deoxyuridine with Clickable Side Chains and Click Adducts in Homochiral and Heterochiral Double Helices
  作者：Aigui Zhang、Peter Leonard、Frank Seela

  DOI：10.1002/chem.202103872

  日期：2022.2.16

  The impact of clickable side chains and click adducts on heterochiral DNA with complementary strands in the α-d and β-d configurations and their homochiral counterparts with both strands in the α-d or β-d configuration is investigated. For this, the α-anomers of 2′-deoxyuridine and 7-deaza-2′-deoxyadenosine were synthesized, converted to phosphoramidites, and employed in solid-phase oligonucleotide

  研究了可点击侧链和点击加合物对具有 α -d和 β- d构型互补链的异手性 DNA 以及具有 α- d或 β- d构型双链的同手性 DNA的影响。为此，合成了2'-脱氧尿苷和7-脱氮-2'-脱氧腺苷的α-端基异构体，转化为亚磷酰胺，并用于固相寡核苷酸合成。功能化的 α/α DNA 比 α/β 和 β/β 对应物稳定得多。这一发现将核酸应用的工具箱扩展到了经典 DNA 之外。
• CLICK CHEMISTRY FOR THE PRODUCTION OF REPORTER MOLECULES
  申请人：baseclick GmbH

  公开号：EP2089343B1

  公开（公告）日：2011-07-06