1-(2’-O,4-C-甲桥-beta-D-呋喃核糖基)胸腺嘧啶 | 206055-67-6

• 物质功能分类: 有机原料 - 杂环化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 中文名称: 1-(2’-O,4-C-甲桥-beta-D-呋喃核糖基)胸腺嘧啶
• 中文别名: 1-(2'-O,4-C-甲桥-beta-D-呋喃核糖基)胸腺嘧啶；1-(2'-O-4-C-亚甲桥基-beta-D-呋喃核糖基)胸腺嘧啶
• 英文名称: (1S,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: (1S,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane；2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine；1-(2'-O,4-C-Methylene-beta-D-ribofuranosyl)thymine；1-[(1S,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-(hydroxymethyl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 206055-67-6
• 化学式: C₁₁H₁₄N₂O₆
• 分子量: 270.242
• InChiKey: TYYUAZVXLRMUMN-SZVQBCOZSA-N

物化性质

• 熔点：
  196-198 °C
• 密度：
  1.598

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.8
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

制备方法与用途

生物活性化合物1-(2'-O-4-C-Methylene-β-D-ribofuranosyl)thymine 是一种双环核苷。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2’-O,4-C-甲桥-beta-D-呋喃核糖基)胸腺嘧啶 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 (1R,3R,4R,7S)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-[4,4'-dimethoxytrityloxymethyl]-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  LNA（锁定核酸）：腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶和尿嘧啶双环核苷单体的合成，寡聚化和前所未有的核酸识别

  摘要：

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00094-5
• 作为产物：
  描述：

  D-glucose 在 吡啶 、 sodium hypochlorite 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 2,2,6,6-四甲基哌啶氧化物 、 磷酸 、 硫酸 、 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 、 水 、 氢气 、 四丁基硫酸氢铵 、 碳酸氢钠 、 溶剂黄146 、 potassium bromide 、 sodium hydroxide 、 zinc(II) chloride 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 二甲基亚砜 、 乙酸乙酯 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 32.16h， 生成 1-(2’-O,4-C-甲桥-beta-D-呋喃核糖基)胸腺嘧啶
  参考文献：
  名称：

  [EN] NOVEL PROCESS FOR MAKING ALLOFURANOSE FROM GLUCOFURANOSE
  [FR] NOUVEAU PROCÉDÉ DE FABRICATION D'ALLOFURANOSE À PARTIR DE GLUCOFURANOSE

  摘要：

  本发明涉及从描述和权利要求中定义的葡糖呋喃糖中制备阿洛呋喃糖。阿洛呋喃糖是合成寡核苷酸时的中间体，可用作药物。

  公开号：

  WO2019224172A1

文献信息

• LNA (locked nucleic acids): synthesis and high-affinity nucleic acid recognition
  作者：Sanjay K. Singh、Alexei A. Koshkin、Jesper Wengel、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/a708608c

  日期：——

  A novel class of nucleic acid analogues, termed LNA (locked nucleic acids), is introduced. Following the Watson–Crick base pairing rules, LNA forms duplexes with complementary DNA and RNA with remarkably increased thermal stabilities and generally improved selectivities.

  一类新型的核酸类似物，被称为LNA（锁定核酸），被引入了。根据Watson-Crick碱基配对规则，LNA与互补的DNA和RNA形成双链，具有显著增加的热稳定性和通常提高的选择性。
• Synthesis and Biophysical Investigations of Oligonucleotides Containing Galactose-Modified DNA, LNA, and 2′-Amino-LNA Monomers
  作者：Annika Ries、Rajesh Kumar、Chenguang Lou、Tamer Kosbar、Empar Vengut-Climent、Per T. Jørgensen、Juan C. Morales、Jesper Wengel

  DOI：10.1021/acs.joc.6b01917

  日期：2016.11.18

  thymidine, LNA-T, and 2′-amino-LNA-T nucleosides were synthesized, converted into the corresponding phosphoramidite derivatives and introduced into short oligonucleotides. Compared to the unmodified control strands, the galactose-modified oligonucleotides in general, and the N2′-functionalized 2′-amino-LNA derivatives in particular, showed improved duplex thermal stability against DNA and RNA complements

  合成半乳糖修饰的胸苷，LNA-T和2'-氨基-LNA-T核苷，将其转化为相应的亚磷酰胺衍生物，并引入短的寡核苷酸中。与未修饰的对照链相比，一般而言，半乳糖修饰的寡核苷酸，尤其是N2'-官能化的2'-氨基-LNA衍生物，对DNA和RNA补体的双链热稳定性提高，并且能够识别错配。此外，2'-氨基-LNA-T衍生物诱导了显着的3'-核酸外切酶抗性。使用分子模型研究进一步研究了这些结果。
• Novel conformationally constrained 2′-<i>C</i>-methylribonucleosides: synthesis and incorporation into oligonucleotides
  作者：Kim Vejlegaard、Christina Wegeberg、Vickie McKee、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/c7ob02663c

  日期：——

  Synthesis of two novel conformationally constrained bicyclic ribonucleoside phosphoramidites bearing a 2′-C-methyl substituent has been accomplished. These phosphoramidites were used to incorporate the corresponding 2′-C-methyl nucleotides into oligonucleotides and to study their effects on duplex thermal stability. Whereas the C2′–O4′-linked LNA-type derivative induced severe destabilization of duplexes

  已经完成了两个带有2'- C-甲基取代基的构象受限的新型双环核糖核苷亚磷酰胺的合成。这些亚磷酰胺用于将相应的2'- C-甲基核苷酸掺入寡核苷酸并研究其对双链体热稳定性的影响。C2'-O4'-连接的LNA型衍生物会诱导互补DNA和RNA形成的双链体严重失稳，而C3'-O4'-连接的衍生物则导致RNA选择性杂交，相对于未修饰的DNA-RNA，亲和力增加。基于探针。
• CAL-B-Catalyzed Acylation of Nucleosides and Role of the Sugar Conformation: An Improved Understanding of the Enzyme-Substrate Recognition
  作者：Saúl Martínez-Montero、Susana Fernández、Yogesh S. Sanghvi、Vicente Gotor、Miguel Ferrero

  DOI：10.1002/ejoc.201200609

  日期：2012.10

  that the sugar ring conformation of nucleosides plays a critical role during Candida antarctica lipase B (CAL-B) catalyzed acylation. Specifically, the North (N), but not the South (S) nucleoside sugar ring conformation is preferred for efficient binding at the catalytic site. In this study, we used nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy experiments to establish the sugar ring conformation of nucleosides

  我们证明核苷的糖环构象在南极念珠菌脂肪酶 B (CAL-B) 催化酰化过程中起着关键作用。具体而言，北 (N) 而非南 (S) 核苷糖环构象对于在催化位点的有效结合是优选的。在这项研究中，我们使用核磁共振 (NMR) 光谱实验来建立核苷的糖环构象，并进行分子建模研究以支持观察结果。与具有 S 构象的 2'-脱氧核苷相比，具有 N-构象的核糖和 2'-取代的 (OMe, F) 核苷经历快速而容易的酰化。这项研究提高了我们对糖构象在使用 CAL-B 进行生物转化过程中酶-底物识别中所起关键作用的理解。
• A Simplified and Efficient Route to 2‘-<i>O</i>, 4‘-<i>C</i>-Methylene-Linked Bicyclic Ribonucleosides (Locked Nucleic Acid)
  作者：Alexei A. Koshkin、Jef Fensholdt、Henrik M. Pfundheller、Christian Lomholt

  DOI：10.1021/jo010732p

  日期：2001.12.1

  can be prepared from D-glucose in multigram scale. Four different nucleobases were stereoselectively coupled to 8 using a modified Vorbrüggen procedure to give the corresponding 4'-C-branched nucleoside derivatives. Subsequent ring closing furnished the protected LNA nucleosides. The 5'-O-mesyl groups were efficiently displaced by nucleophilic substitution using sodium benzoate. Saponification of the

  描述了一种合成锁核酸（LNA）单体的新型有效方法。通过聚合合成制备了含有胸腺嘧啶，4-N-乙酰基和4-N-苯甲酰基胞嘧啶，6-N-苯甲酰腺嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤作为核碱基的LNA 5'，3'-二醇。该方法基于使用常见的糖中间体1,2-二-O-乙酰基-3-O-苄基-4-C-甲磺酰氧基甲基-5-O-甲磺酰-D-赤型戊呋喃糖（8）可以从D-葡萄糖以克数制得。使用改良的Vorbrüggen程序将四个不同的核碱基立体选择性地偶联到8个核碱基上，得到相应的4'-C-支链核苷衍生物。随后的闭环提供了受保护的LNA核苷。使用苯甲酸钠通过亲核取代有效地置换了5'-O-甲磺酰基。将5'-苯甲酸酯皂化，然后催化除去3'-O-苄基，得到游离的LNA二醇。腺苷和胞苷的环外氨基被选择性地酰化，得到4-N-乙酰基或4-N-苯甲酰基-LNA-C和6-N-苯甲酰基-LNA-A。在制备2-N-异丁酰基-LNA-G期间，鸟