(1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 212970-84-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: 3′-O-benzyl-2′-O,4′-C-methylenethymidine；3'-O-benzyl-2'-O,4'-C-methylene-5-methyluridine；1-[(1S,3R,4R,7S)-1-(hydroxymethyl)-7-phenylmethoxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 212970-84-8
• 化学式: C₁₈H₂₀N₂O₆
• 分子量: 360.367
• InChiKey: INUHCZCTBOPIRO-KKBFJZEXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在 吡啶 、 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 21.0h， 生成 1-[(1R,4R,6R,7S)-4-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-6-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  [EN] NOVEL PROCESS FOR MAKING ALLOFURANOSE FROM GLUCOFURANOSE
  [FR] NOUVEAU PROCÉDÉ DE FABRICATION D'ALLOFURANOSE À PARTIR DE GLUCOFURANOSE

  摘要：

  本发明涉及从描述和权利要求中定义的葡糖呋喃糖中制备阿洛呋喃糖。阿洛呋喃糖是合成寡核苷酸时的中间体，可用作药物。

  公开号：

  WO2019224172A1
• 作为产物：
  描述：

  D-glucose 在 吡啶 、 sodium hypochlorite 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 2,2,6,6-四甲基哌啶氧化物 、 磷酸 、 硫酸 、 水 、 四丁基硫酸氢铵 、 碳酸氢钠 、 溶剂黄146 、 potassium bromide 、 sodium hydroxide 、 zinc(II) chloride 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 水 、 二甲基亚砜 、 乙酸乙酯 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 27.16h， 生成 (1S,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  [EN] NOVEL PROCESS FOR MAKING ALLOFURANOSE FROM GLUCOFURANOSE
  [FR] NOUVEAU PROCÉDÉ DE FABRICATION D'ALLOFURANOSE À PARTIR DE GLUCOFURANOSE

  摘要：

  本发明涉及从描述和权利要求中定义的葡糖呋喃糖中制备阿洛呋喃糖。阿洛呋喃糖是合成寡核苷酸时的中间体，可用作药物。

  公开号：

  WO2019224172A1

文献信息

• Synthesis and biophysical properties of carbamate-locked nucleic acid (LNA) oligonucleotides with potential antisense applications
  作者：Cameron Thorpe、Sven Epple、Benjamin Woods、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown

  DOI：10.1039/c9ob00691e

  日期：——

  to their DNA backbones are essential to inhibit degradation in vivo, but they can reduce binding affinity to RNA targets. To address this problem we have combined the enzymatic resistance of carbamate (CBM) DNA backbone analogues with the thermodynamic stability conferred by locked nucleic acid sugars (LNA). Using a dinucleotide phosphoramidite strategy and automated solid phase synthesis, we have

  反义寡核苷酸 (ASO) 正在成为治疗难治疾病的重要药物。对其 DNA 骨架的修饰对于抑制体内降解至关重要，但它们会降低与 RNA 靶标的结合亲和力。为了解决这个问题，我们将氨基甲酸酯 (CBM) DNA 骨架类似物的酶抗性与锁核酸糖 (LNA) 赋予的热力学稳定性相结合。使用二核苷酸亚磷酰胺策略和自动固相合成，我们合成了一组用多个 LNA-CBM 单元修饰的寡核苷酸。LNA 糖恢复与 RNA 目标的结合亲和力，在这方面，LNA 相对于 CBM 连接的位置很重要。含有氨基甲酸酯的寡核苷酸侧翼位于其 5' 和 3' LNA 的 -sides 与 RNA 形成稳定的双链体，与 DNA 形成不稳定的双链体，这对于反义应用来说是理想的。与单独的 LNA 或 CBM 骨架相比，氨基甲酸酯-LNA 修饰的寡核苷酸在蛇毒和胎牛血清的存在下也表现出更高的稳定性。
• A Simplified and Efficient Route to 2‘-<i>O</i>, 4‘-<i>C</i>-Methylene-Linked Bicyclic Ribonucleosides (Locked Nucleic Acid)
  作者：Alexei A. Koshkin、Jef Fensholdt、Henrik M. Pfundheller、Christian Lomholt

  DOI：10.1021/jo010732p

  日期：2001.12.1

  can be prepared from D-glucose in multigram scale. Four different nucleobases were stereoselectively coupled to 8 using a modified Vorbrüggen procedure to give the corresponding 4'-C-branched nucleoside derivatives. Subsequent ring closing furnished the protected LNA nucleosides. The 5'-O-mesyl groups were efficiently displaced by nucleophilic substitution using sodium benzoate. Saponification of the

  描述了一种合成锁核酸（LNA）单体的新型有效方法。通过聚合合成制备了含有胸腺嘧啶，4-N-乙酰基和4-N-苯甲酰基胞嘧啶，6-N-苯甲酰腺嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤作为核碱基的LNA 5'，3'-二醇。该方法基于使用常见的糖中间体1,2-二-O-乙酰基-3-O-苄基-4-C-甲磺酰氧基甲基-5-O-甲磺酰-D-赤型戊呋喃糖（8）可以从D-葡萄糖以克数制得。使用改良的Vorbrüggen程序将四个不同的核碱基立体选择性地偶联到8个核碱基上，得到相应的4'-C-支链核苷衍生物。随后的闭环提供了受保护的LNA核苷。使用苯甲酸钠通过亲核取代有效地置换了5'-O-甲磺酰基。将5'-苯甲酸酯皂化，然后催化除去3'-O-苄基，得到游离的LNA二醇。腺苷和胞苷的环外氨基被选择性地酰化，得到4-N-乙酰基或4-N-苯甲酰基-LNA-C和6-N-苯甲酰基-LNA-A。在制备2-N-异丁酰基-LNA-G期间，鸟
• Novel bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
  申请人：Takeshi IMANISHI

  公开号：US20030105309A1

  公开（公告）日：2003-06-05

  An oligo- or polynucleotide analogue having one or more structures of the general formula 1 where B is a pyrimidine or purine nucleic acid base, or an analogue thereof, is disclosed. The use of this analogue provides an oligonucleotide analogue antisense molecule, which is minimally hydrolyzable with an enzyme in vivo, has a high sense strand binding ability, and is easily synthesized.

  揭示了一种具有通式1的寡核苷酸或多核苷酸类似物，其中B是嘧啶或嘌呤核酸碱基，或其类似物。该类似物的使用提供了一种寡核苷酸类似物反义分子，在体内具有最小的水解能力，具有高的sense链结合能力，并且易于合成。
• Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogues
  申请人：Takeshi Imanishi

  公开号：US06268490B1

  公开（公告）日：2001-07-31

  An oligo- or polynucleotide analogue having one or more structures of the general formula where B is a pyrimidine or purine nucleic acid base, or an analogue thereof, is disclosed. The use of this analogue provides an oligonucleotide analogue antisense molecule, which is minimally hydrolyzable with an enzyme in vivo, has a high sense strand binding ability, and is easily synthesized.

  揭示了一种具有一种或多种一般公式的结构的寡核苷酸或多核苷酸类似物，其中B是嘧啶或嘌呤核酸碱基或其类似物。该类似物的使用提供了一种寡核苷酸类似物反义分子，其在体内具有最小的水解能力，具有高的sense链结合能力，并且易于合成。
• Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
  申请人：Imanishi Takeshi

  公开号：US06770748B2

  公开（公告）日：2004-08-03

  An oligo- or polynucleotide analogue having one or more structures of the general formula where B is a pyrimidine or purine nucleic acid base, or an analogue thereof, is disclosed. The use of this analogue provides an oligonucleotide analogue antisense molecule, which is minimally hydrolyzable with an enzyme in vivo, has a high sense strand binding ability, and is easily synthesized.

  揭示了一种具有一种或多种通式结构的寡核苷酸或多核苷酸类似物，其中B是嘧啶或嘌呤核酸碱基，或其类似物。使用这种类似物提供了一种寡核苷酸类似物反义分子，该分子在体内具有最小的水解能力，具有高的sense链结合能力，并且易于合成。