1-[(2R,3R,4S,5R)-4-benzyloxy-5-(benzyloxymethyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetra-hydrofuran-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione | 206055-57-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-[(2R,3R,4S,5R)-4-benzyloxy-5-(benzyloxymethyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetra-hydrofuran-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• 英文别名: 1-(4-C-hydroxymethyl-2-hydroxyl-3,5-di-O-benzyl-β-D-ribofuranosyl)thymine；1-((2R,3R,4S,5R)-4-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(2R,3R,4S,5R)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 206055-57-4
• 化学式: C₂₅H₂₈N₂O₇
• 分子量: 468.507
• InChiKey: UMKZDOQLPWHEEH-SWXWDQRWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.7
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  118
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

安全信息

• 储存条件：
  室温

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[(2R,3R,4S,5R)-4-benzyloxy-5-(benzyloxymethyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetra-hydrofuran-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione 在 palladium dihydroxide 氢气 、 sodium hydride 、 对甲苯磺酰氯 作用下， 以 吡啶 、 乙醇 为溶剂， 反应 98.0h， 生成 1-[(1R,4R,6R,7S)-4-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-6-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  LNA（锁定核酸）：腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶和尿嘧啶双环核苷单体的合成，寡聚化和前所未有的核酸识别

  摘要：

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00094-5
• 作为产物：
  描述：

  1,2-O-(异丙亚基)-4-C-[(苯基甲氧基)甲基]-3-O-(苯基甲基)-beta-L-来苏呋喃糖 在 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 sodium methylate 、 溶剂黄146 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 为溶剂， 反应 82.17h， 生成 1-[(2R,3R,4S,5R)-4-benzyloxy-5-(benzyloxymethyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetra-hydrofuran-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  LNA（锁定核酸）：腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶和尿嘧啶双环核苷单体的合成，寡聚化和前所未有的核酸识别

  摘要：

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00094-5

文献信息

• LNA (locked nucleic acids): synthesis and high-affinity nucleic acid recognition
  作者：Sanjay K. Singh、Alexei A. Koshkin、Jesper Wengel、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/a708608c

  日期：——

  A novel class of nucleic acid analogues, termed LNA (locked nucleic acids), is introduced. Following the Watson–Crick base pairing rules, LNA forms duplexes with complementary DNA and RNA with remarkably increased thermal stabilities and generally improved selectivities.

  一类新型的核酸类似物，被称为LNA（锁定核酸），被引入了。根据Watson-Crick碱基配对规则，LNA与互补的DNA和RNA形成双链，具有显著增加的热稳定性和通常提高的选择性。
• [EN] OLIGONUCLEOTIDES CONTAINING NUCLEOTIDE ANALOGS<br/>[FR] OLIGONUCLÉOTIDES CONTENANT DES ANALOGUES NUCLÉOTIDIQUES
  申请人：SANOFI SA

  公开号：WO2021044004A1

  公开（公告）日：2021-03-11

  The present disclosure relates to double-stranded oligonucleotides, including double-stranded oligonucleotides such as siRNAs, comprising a sense strand oligonucleotide and an antisense strand oligonucleotide, and wherein the antisense strand oligonucleotide comprises one or more nucleotide analogs of formula (I-A) which are neither the 5'-overhang nucleotide nor the 3'-overhang nucleotide of the said antisense strand oligonucleotide, and wherein a nucleotide analog of formula (I-A) is as described in the disclosure. Oligonucleotides containing these analogs have superior biological activity, for example, increased in vitro stability and improved in vivo potency especially improved off-target profiles. The improved oligonucleotides are useful for silencing (e.g., reducing or eradicating) the expression of a target gene.

  本公开涉及双链寡核苷酸，包括双链寡核苷酸，例如siRNA，包括一个sense链寡核苷酸和一个antisense链寡核苷酸，其中antisense链寡核苷酸包括一个或多个公式(I-A)的核苷酸类似物，这些类似物既不是所述antisense链寡核苷酸的5'-突出核苷酸也不是3'-突出核苷酸，并且公式(I-A)的核苷酸类似物如所述。含有这些类似物的寡核苷酸具有优越的生物活性，例如增加的体外稳定性和改善的体内效力，特别是改善的非靶向作用谱。改进的寡核苷酸对于沉默（例如减少或根除）靶基因的表达是有用的。
• Synthesis and duplex-forming ability of oligonucleotides containing 4′-carboxythymidine analogs
  作者：Yoshiyuki Hari、Takashi Osawa、Satoshi Obika

  DOI：10.1039/c2ob26712h

  日期：——

  Oligonucleotides containing 4′-carboxy-, 4′-methoxycarbonyl-, 4′-carbamoyl-, and 4′-methylcarbamoyl-thymidines, and their 2′-methoxy, 2′-amino or 2′-acetamido analogs were prepared. Their duplex-forming ability with DNA and RNA complements was evaluated by UV melting experiments. Interestingly, 4′-carboxythymidine existing in the S-type sugar conformation was found to lead to an increase in the stability of the duplex formed with RNA complements compared to natural thymidine.

  制备了含有 4â²-羧基、4â²-甲氧基羰基、4â²-氨基甲酰基和 4â²-甲基氨基甲酰基胸腺嘧啶及其 2â²-甲氧基、2â²-氨基或 2â²-乙酰氨基类似物的寡核苷酸。通过紫外熔融实验评估了它们与 DNA 和 RNA 互补形成双链的能力。有趣的是，与天然胸苷相比，以 S 型糖构象存在的 4â²-羧基胸苷能提高与 RNA 互补体形成的双链体的稳定性。
• A novel bridged nucleoside bearing a conformationally switchable sugar moiety in response to redox changes
  作者：Takeshi Baba、Tetsuya Kodama、Kazuto Mori、Takeshi Imanishi、Satoshi Obika

  DOI：10.1039/c0cc02484h

  日期：——

  A novel nucleoside analog with a disulfide bridge structure at the sugar moiety, which shows redox-responsive reversibility of the sugar conformation due to formation and scission of the disulfide bond, was designed and synthesized.

  设计并合成了在糖部分具有二硫键桥结构的新型核苷类似物，该类似物显示出由于二硫键的形成和断裂而导致糖构象的氧化还原响应可逆性。
• Synthesis, RNA selective hybridization and high nuclease resistance of an oligonucleotide containing novel bridged nucleic acid with cyclic urea structure
  作者：Masaru Nishida、Takeshi Baba、Tetsuya Kodama、Aiko Yahara、Takeshi Imanishi、Satoshi Obika

  DOI：10.1039/c0cc00154f

  日期：——

  A novel bridged nucleic acid bearing cyclic urea structure was successfully synthesized and introduced into oligonucleotide, displaying attractive characteristics of highly RNA selective hybridization ability and excellent resistance towards nuclease degradation.

  成功合成并在寡核苷酸中引入了一种具有环脲结构的新型桥接核酸，该核酸具有高度的 RNA 选择性杂交能力和优异的抗核酸酶降解能力。