5′-O-mesyl-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine | 527704-80-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 5′-O-mesyl-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine
• 英文别名: ((1R,3S,4R,7S)-7-hydroxy-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1-(2H)-yl)-2,5-dioxabicyclo [2.2.1]heptan-1-yl)methyl methanesulfonate；5'-O-mesyl-5-methyl-2'-O,4'-C-methyleneuridine；5'-o-Mesyl-5-methyl-2'-o,4'-c-methyleneuridine；[(1R,3R,4R,7S)-7-hydroxy-3-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl]methyl methanesulfonate
• CAS: 527704-80-9
• 化学式: C₁₂H₁₆N₂O₈S
• 分子量: 348.334
• InChiKey: SRDOYCZFXMXWLQ-UJYYTQATSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.2
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  140
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5′-O-mesyl-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine 在 吡啶 、 sodium azide 、 三苯基膦 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5'-amino-5'-deoxy-5-methyl-2'-O,4'-C-methyleneuridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of a novel bridged nucleic acid with a P3′ → N5′ phosphoramidate linkage, 5′-amino-2′,4′-BNA

  摘要：

  成功合成了 5â²-氨基-2â²,4â²-BNA，它是 BNA 系列化合物的一种新型类似物，与之结合的寡核苷酸显示出强大的双链和三链形成能力以及对蛇毒磷酸二酯酶的抗性。

  DOI：

  10.1039/b307290h
• 作为产物：
  描述：

  2'-O-acetyl-3'-O-benzyl-5'-O-t-butyldiphenylsilyl-4'-p-toluenesulfonyloxymethyl-5-methyluridine 在 palladium dihydroxide 吡啶 、 四丁基氟化铵 、 potassium carbonate 、 环己烯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醇 为溶剂， 生成 5′-O-mesyl-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of a novel bridged nucleic acid with a P3′ → N5′ phosphoramidate linkage, 5′-amino-2′,4′-BNA

  摘要：

  成功合成了 5â²-氨基-2â²,4â²-BNA，它是 BNA 系列化合物的一种新型类似物，与之结合的寡核苷酸显示出强大的双链和三链形成能力以及对蛇毒磷酸二酯酶的抗性。

  DOI：

  10.1039/b307290h
• 作为试剂：
  描述：

  (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-methanesulfonoxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 、 环己烯 在 氢氧化钯 5′-O-mesyl-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 反应 2.0h， 以Then, the resulting 5′-O-mesyl-5-methyl-2′-O,4′-C-methyleneuridine (Compound 3) obtained as a white solid (27 mg)的产率得到5′-O-mesyl-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  Nucloeside analogues and oligonucleotide derivative comprising nucleotide analogue thereof

  摘要：

  以下一般式（1）的化合物及其盐： 其中，A代表直接键、具有1至4个碳原子的烷基等； B代表芳香杂环基团，可以具有取代基等； R1、R2、R3和R4分别代表氢原子、氨基保护基、羟基保护基、磷酸基或—P（R7）R8[其中，R7和R8分别代表羟基、受保护羟基、巯基、受保护巯基等]。 这些化合物可用作反义法中有用的寡核苷酸类似物和用于生成它们的中间体的核苷类似物。

  公开号：

  US20060166908A1

文献信息

• Novel conformationally constrained 2′-<i>C</i>-methylribonucleosides: synthesis and incorporation into oligonucleotides
  作者：Kim Vejlegaard、Christina Wegeberg、Vickie McKee、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/c7ob02663c

  日期：——

  Synthesis of two novel conformationally constrained bicyclic ribonucleoside phosphoramidites bearing a 2′-C-methyl substituent has been accomplished. These phosphoramidites were used to incorporate the corresponding 2′-C-methyl nucleotides into oligonucleotides and to study their effects on duplex thermal stability. Whereas the C2′–O4′-linked LNA-type derivative induced severe destabilization of duplexes

  已经完成了两个带有2'- C-甲基取代基的构象受限的新型双环核糖核苷亚磷酰胺的合成。这些亚磷酰胺用于将相应的2'- C-甲基核苷酸掺入寡核苷酸并研究其对双链体热稳定性的影响。C2'-O4'-连接的LNA型衍生物会诱导互补DNA和RNA形成的双链体严重失稳，而C3'-O4'-连接的衍生物则导致RNA选择性杂交，相对于未修饰的DNA-RNA，亲和力增加。基于探针。
• Synthesis and biophysical properties of 5′-thio-2′,4′-BNA/LNA oligonucleotide
  作者：Md Ariful Islam、Aki Fujisaka、Shohei Mori、Kosuke Ramon Ito、Takao Yamaguchi、Satoshi Obika

  DOI：10.1016/j.bmc.2018.05.040

  日期：2018.7

  Phosphorothioate modification of oligonucleotides is one of the most promising chemical modifications in nucleic acid therapeutics. Structurally similar 5′-thio or phosphorothiolate-modified nucleotides, in which the 5′-bridging oxygen atom is replaced with a sulfur atom, are attracting attention and gaining importance in oligonucleotide-based research. In our present study, we synthesized 5′-thio-2′

  寡核苷酸的硫代磷酸酯修饰是核酸治疗剂中最有前途的化学修饰之一。结构相似的5'-硫代或硫代磷酸酯修饰的核苷酸（其中5'-桥接的氧原子被硫原子取代）在基于寡核苷酸的研究中引起了人们的关注并变得越来越重要。在我们目前的研究中，我们合成了带有胸腺嘧啶或5-甲基胞嘧啶核碱基的5'-硫代-2'，4'-BNA / LNA单体。成功地将5'-thio-2'，4'-BNA / LNA单体整合到目标寡核苷酸中，并评估了它们的核酸酶稳定性和与互补链的结合亲和力。
• Nucleoside analogues and oligonucleotide derivative comprising nucleotide analogue thereof
  申请人：Takeshi Imanishi

  公开号：US07615619B2

  公开（公告）日：2009-11-10

  A nucleotide analogue compound represented by formula (1) and salts thereof. In formula (1), A represents a direct bond, C1-4 alkylene, etc.; B represents an optionally substituted aromatic heterocyclic groups; and R1, R2, R3 and R4 each represents hydrogen, an amino-protecting group, a hydroxyl-protecting group, a phosphate group, or —P(R7)R8, wherein R7 and R8 each represents hydroxyl, protected hydroxyl, mercapto, protected mercapto, etc. The compounds are useful as nucleotide analogues for producing oligonucleotide analogues useful in an antisense method and for producing intermediates thereof.

  一种由式（1）表示的核苷酸类似化合物及其盐。在式（1）中，A表示直接键，C1-4烷基等；B表示可选取代的芳香杂环基团；而R1、R2、R3和R4分别表示氢、氨基保护基、羟基保护基、磷酸基或—P（R7）R8，其中R7和R8分别表示羟基、保护羟基、巯基、保护巯基等。这些化合物可用作核苷酸类似物，用于产生在反义方法中有用的寡核苷酸类似物和其中间体的生产。
• NUCLEOSIDE ANALOGUES AND OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE COMPRISING NUCLEOTIDE ANALOGUE THEREOF
  申请人：Imanishi, Takeshi

  公开号：EP1481983A1

  公开（公告）日：2004-12-01

  Compounds of the following general formula (1) and salts thereof: where A represents a direct bond, an alkylene group having 1 to 4 carbon atoms, etc.; B represents an aromatic heterocyclic group which may have a substituent, etc.; R1, R2, R3 and R4 each represent a hydrogen atom, a protective group for an amino group, a protective group for a hydroxyl group, a phosphate group, or -P(R7)R8 [where R7 and R8 each represent a hydroxyl group, a protected hydroxyl group, a mercapto group, a protected mercapto group, etc.]. These compounds are useful as oligonucleotide analogues useful for the antisense method, and as nucleoside analogues for producing their intermediates.

  以下通式(1)的化合物及其盐： 其中 A 代表直接键、具有 1 至 4 个碳原子的亚烷基等；B 代表可能具有取代基的芳香杂环基团等；R1、R2、R3 和 R4 各自代表氢原子、氨基的保护基团、羟基的保护基团、磷酸基团或 -P(R7)R8 [其中 R7 和 R8 各自代表羟基、受保护的羟基、巯基、受保护的巯基等]。这些化合物可用作反义方法中的寡核苷酸类似物，也可用作生产其中间体的核苷类似物。
• Synthesis and Properties of Oligonucleotides Containing LNA-Sulfamate and Sulfamide Backbone Linkages
  作者：Belma Zengin Kurt、Debashis Dhara、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown

  DOI：10.1021/acs.orglett.4c01232

  日期：2024.5.17

  Oligonucleotides hold great promise as therapeutic agents but poor bioavailability limits their utility. Hence, new analogues with improved cell uptake are urgently needed. Here, we report the synthesis and physical study of reduced-charge oligonucleotides containing artificial LNA-sulfamate and sulfamide linkages combined with 2′-O-methyl sugars and phosphorothioate backbones. These oligonucleotides

  寡核苷酸作为治疗剂具有广阔的前景，但生物利用度差限制了其实用性。因此，迫切需要具有改善细胞摄取的新类似物。在这里，我们报告了含有人工 LNA-氨基磺酸盐和磺酰胺键以及 2'-O-甲基糖和硫代磷酸酯主链的减电荷寡核苷酸的合成和物理研究。这些寡核苷酸对RNA具有高亲和力，并且具有优异的核酸酶抗性。