3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷 | 52450-18-7

• 物质功能分类: 生物化工 - 生化试剂 - 碱基·核酸·衍生物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷
• 中文别名: 3’-氨基-2’,3’-双脱氧胸苷；3"-氨基-2",3"-双脱氧胸苷
• 英文名称: 3'-amino-3'-deoxythymidine
• 英文别名: 3'-Amino-3'-desoxy-thymidin；3'-aminothymidine；3'-deoxy-3'-aminothymidine；3'-amino-2',3'-dideoxythymidine；1-((2R,4S,5S)-4-amino-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；3'-Amino-3'-deoxythymidin；1-[(2R,4S,5S)-4-amino-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 52450-18-7
• 化学式: C₁₀H₁₅N₃O₄
• 分子量: 241.247
• InChiKey: ADVCGXWUUOVPPB-XLPZGREQSA-N

物化性质

• 熔点：
  161-1620C
• 密度：
  1.360±0.06 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO（稍微加热）、甲醇（稍微加热）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

安全信息

• 危险品标志：
  Xi
• 安全说明：
  S26,S36
• 危险类别码：
  R36/37/38
• 储存条件：
  2～8°C

制备方法与用途

用途

3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷是一种有机中间体。

制备

3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷可通过将3'-叠氮基-2',3'-双脱氧胸苷在氢气和钯碳的作用下还原制备得到，收率为95%。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷 在 fluorosulfuryl azide 、 potassium hydrogencarbonate 作用下， 以 甲基叔丁基醚 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.0h， 以83%的产率得到齐多夫定
  参考文献：
  名称：

  使用重氮化试剂进行功能筛选的模块化点击化学库

  摘要：

  点击化学是一个概念，其中模块化合成用于快速找到具有所需特性的新分子1。铜 (i) 催化的叠氮化物 - 炔烃环加成 (CuAAC) 三唑环化和硫 (vi) 氟化物交换 (SuFEx) 催化被广泛认为是点击反应 2-4，可快速获得其产品，产率接近 100%，同时在很大程度上是正交的到其他反应。然而，在 CuAAC 反应的情况下，由于其潜在的毒性和制备过程中涉及的爆炸风险，叠氮化物试剂的可用性受到限制。在这里，我们报告了另一种添加到点击反应家族的反应：由伯胺形成叠氮化物，伯胺是最丰富的官能团之一。该反应仅使用一当量的简单重氮化物质，氟磺酰叠氮化物 6-11 (FSO2N3)，并且能够以安全实用的方式在 96 孔板上制备 1,200 多种叠氮化物。这种可靠的转化是 CuAAC 三唑环化的有力工具，这是目前使用最广泛的点击反应。该方法极大地扩展了可接近的叠氮化物和 1,2,3-三唑的数量，鉴于 CuAAC

  DOI：

  10.1038/s41586-019-1589-1
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 palladium on activated charcoal sodium azide 、 Dowex 50(H+) 、 氢气 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷
  参考文献：
  名称：

  3'-取代-2'，3'-二脱氧核苷类似物的合成作为潜在的抗抑郁药

  摘要：

  3'-氨基-3'-脱氧胸苷分六个步骤制备，胸腺嘧啶核苷的总收率为67％。五个衍生品和复合他们的抗HIV活性进行了测试。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)99623-0

文献信息

• A general Staudinger protocol for solution-phase parallel synthesis
  作者：Craig W Lindsley、Zhijian Zhao、Randall C Newton、William H Leister、Kimberly A Strauss

  DOI：10.1016/s0040-4039(02)00827-4

  日期：2002.6

  The Staudinger reaction has been adapted for parallel synthesis by the application of fluorous-tethered triphenyl phosphine. The fluorous-tethered triphenylphosphine is expediently removed in parallel by FluoroFlash™ SPE columns to afford functionalized amines in high yields and purities.

  施陶丁格反应已通过应用氟链三苯膦进行了平行合成。方便地通过Fluoro Flash ™SPE色谱柱并行除去氟系三苯膦，从而以高收率和纯度提供官能化胺。
• A General and Chemoselective Synthesis of Phosphoramidates through Reaction of Silylated Nucleoside Di- and Triphosphates with Silylated Amines Containing Multifunctional Groups
  作者：Jigang Zhu、Hua Fu、Yuyang Jiang、Yufen Zhao

  DOI：10.1021/jo0521403

  日期：2006.2.1

  phosphoramidates has been developed through one-pot chemoselective reaction of nucleoside di- and triphosphates with 3‘-amino-3‘-deoxythymidine, d-glucosamine, and peptides mediated by trimethylsilyl chloride, and the corresponding conjugates via the linkage of phosphate were obtained. The method could be generally applied for the synthesis of phosphoramidates without any preprotection of polyphosphates and amines

  通过二磷酸核苷和三磷酸核苷与3'-氨基-3'-脱氧胸苷，d-葡糖胺和由三甲基甲硅烷基氯介导的肽以及相应的缀合物通过一键连接的一锅化学选择反应，已经开发出了多种氨基甲酸酯的方法。获得了磷酸盐。该方法通常可用于合成氨基磷酸酯而无需对含多官能团的多磷酸盐和胺进行任何预保护。
• Probing the Binding Requirements of Modified Nucleosides with the DNA Nuclease SNM1A
  作者：Eva-Maria Dürr、Joanna F. McGouran

  DOI：10.3390/molecules26020320

  日期：——

  only a limited number of inhibitors have been reported to date. Herein, we report the synthesis and evaluation of a family of malonate-based modified nucleosides to investigate the optimal positioning of metal-binding groups in nucleoside-derived inhibitors for SNM1A. These compounds include ester, carboxylate and hydroxamic acid malonate derivatives which were installed in the 5′-position or 3′-position

  SNM1A 是一种涉及 DNA 链间交联修复的核酸酶，因此，它的抑制作用对于克服对化学治疗性交联剂的抗性很重要。然而，SNM1A活性位点中金属离子的数量和身份仍未得到证实，迄今为止报道的抑制剂数量有限。在此，我们报告了基于丙二酸的修饰核苷家族的合成和评估，以研究金属结合基团在核苷衍生的 SNM1A 抑制剂中的最佳定位。这些化合物包括酯、羧酸酯和异羟肟酸丙二酸酯衍生物，它们安装在胸苷的 5'-位或 3'-位或作为两个核苷之间的连接。作为重组 SNM1A 抑制剂的评估表明，所测试的 12 种化合物中有 9 种在 1 mM 浓度下具有抑制作用。最有效的化合物在 5'-位含有异羟肟酸丙二酸酯基团。总体而言，我们的研究促进了对 SNM1A 核苷衍生抑制剂要求的理解，并表明在金属螯合剂（如异羟肟酸丙二酸酯）附近含有带负电荷基团的基团是抑制剂设计中很有前景的结构。
• Selective Inhibition of DNA Polymerase β by a Covalent Inhibitor
  作者：Shelby C. Yuhas、Daniel J. Laverty、Huijin Lee、Ananya Majumdar、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/jacs.1c02453

  日期：2021.6.2

  has been closely linked to cancer. Selective inhibitors of this enzyme are lacking. Inspired by DNA lesions produced by antitumor agents that inactivate Pol β, we have undertaken the development of covalent small-molecule inhibitors of this enzyme. Using a two-stage process involving chemically synthesized libraries, we identified a potent irreversible inhibitor (14) of Pol β (KI = 1.8 ± 0.45 μM, kinact

  DNA 聚合酶 β (Pol β) 在 DNA 修复中起着至关重要的作用，并且与癌症密切相关。缺乏这种酶的选择性抑制剂。受使 Pol β 失活的抗肿瘤剂产生的 DNA 损伤的启发，我们着手开发这种酶的共价小分子抑制剂。使用涉及化学合成文库的两阶段过程，我们确定了Pol β的有效不可逆抑制剂 ( 14 ) ( K I = 1.8 ± 0.45 μM, k inact = (7.0 ± 1.0) × 10 –3 s –1 )。抑制剂14比其他 DNA 聚合酶选择性地灭活 Pol β。用14处理的 Pol β 胰蛋白酶消化物的 LC-MS/MS 分析鉴定了聚合酶结合位点内共价修饰的两个赖氨酸，其中一个先前被确定在DNA结合中起作用。荧光各向异性实验表明，用14预处理 Pol β可防止 DNA 结合。在野生型小鼠胚胎成纤维细胞 (MEF) 中使用前抑制剂 ( pro - 14 ) 的实验表明，抑制剂
• 3'-Amino-2',3'-dideoxyribonucleosides of some pyrimidines: synthesis and biological activities
  作者：Thomas A. Krenitsky、G. Andrew Freeman、Sammy R. Shaver、Lowrie M. Beacham、Stuart Hurlbert、Naomi K. Cohn、Lynn P. Elwell、John W. T. Selway

  DOI：10.1021/jm00360a019

  日期：1983.6

  the catalyst. 3'-Amino-2',3'-dideoxycytidine (7) was synthesized by amination of the 3'-azido precursor of 3'-amino-2',3'-dideoxyuridine. The biological activity of 3'-amino-2',3'-dideoxy-5-fluorouridine (6) was notable among this group of aminonucleosides. It had an ED50 of 10 microM against adenovirus and was not appreciably cytotoxic to mammalian cells in culture. It also had activity against some

  胸腺嘧啶，尿嘧啶和5-碘尿嘧啶的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核糖核苷（1-3）是通过相应的2'-脱氧核糖核苷通过threo-3'-chloro和erythro-3'-合成的叠氮基衍生物。以3'-氨基-2'，3'-二脱氧胸苷为氨基戊糖基供体，以胸苷磷酸化酶（EC 2.4.2.4）为酶促合成了5-溴尿嘧啶，5-氯尿嘧啶和5-氟尿嘧啶（4-6）的相应氨基核苷催化剂。通过氨基化3′-氨基-2′，3′-二脱氧尿苷的3′-叠氮基前体合成3′-氨基-2′，3′-二脱氧胞苷（7）。在这组氨基核苷中，3'-氨基-2'，3'-二脱氧-5-氟尿苷的生物活性显着（6）。它对腺病毒的ED50为10 microM，对培养的哺乳动物细胞没有明显的细胞毒性。它也对某些革兰氏阳性细菌有活性，但对多种革兰氏阴性细菌没有活性。其他氨基核苷（1-5和7）缺乏或表现出弱的抗病毒和抗菌活性。该组中唯一对培养的哺乳动物细胞有明显毒性