3'-tert-butyldimethylsilylthymidine 5'-carboxaldehyde | 131118-61-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 3'-tert-butyldimethylsilylthymidine 5'-carboxaldehyde
• 英文别名: 1-[3-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2-deoxy-β-D-erythro-pentodialdo-1,4-furanosyl]thymine；3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine-5'-aldehyde；5'-deoxy-3'-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-5'-oxothymidine；5’-deoxy-3’-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-5’-oxothymidine；5'-oxo-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxythymidine；(2S,3S,5R)-3-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3H-pyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde；5'-aldehyde-3'-O-tert-butyldimethylsilylthymidine；(2S,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)tetrahydrofuran-2-carbaldehyde；(2S,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde
• CAS: 131118-61-1
• 化学式: C₁₆H₂₆N₂O₅Si
• 分子量: 354.478
• InChiKey: STTYRPFHCCYWPO-YNEHKIRRSA-N

物化性质

• 密度：
  1.16±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.72
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  84.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-tert-butyldimethylsilylthymidine 5'-carboxaldehyde 在 盐酸 、 谷胱甘肽 、 四丁基氟化铵 、 乙醇锂 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 27.03h， 生成 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  在胸苷和2'-脱氧鸟苷中独立生成C5'-核苷基自由基

  摘要：

  胸腺嘧啶核苷1a和2'-脱氧鸟苷2的C5'叔丁基酮的合成是通过5'- C-氰基衍生物与叔丁基锂反应，然后进行酸水解来实现的。5' - [R配置是通过一个适当地保护的衍生物的X射线晶体结构测定分配1A。两个核苷的（5 'S）-异构体不稳定，并且在反应介质中发生完全分解。1a和2的光化学有效地分别产生了胸苷5'-基和2'-脱氧鸟苷-5'-基。在胸苷系统中，在生理浓度的硫醇存在下，C5'基团被完全淬灭。在2'-脱氧鸟苷系统中，C5'自由基对鸟嘌呤的C8-N7双键进行分子内攻击，最终导致5'，8-环-2'-脱氧鸟苷衍生物。2'-脱氧鸟苷-5'-基团的环化以约0.2的速率常数发生。1×10 6 s - 1且高度立体选择性，仅提供（5 'S）-非对映异构体。

  DOI：

  10.1021/jo062518c
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 咪唑 、 水 、 戴斯-马丁氧化剂 、 溶剂黄146 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 42.0h， 生成 3'-tert-butyldimethylsilylthymidine 5'-carboxaldehyde
  参考文献：
  名称：

  含异羟肟酸的核苷抑制DNA修复核酸酶SNM1A。

  摘要：

  九个修饰的核苷，结合锌结合药效基团，已经合成并评估为DNA修复核酸酶SNM1A的抑制剂。该系列包括氧酰胺，异羟肟酸，异羟肟酸酯，酰肼，方酸酯和方酰胺。异羟肟酸衍生的核苷抑制了该酶，通过使用合理设计的核苷衍生的抑制剂为潜在的治疗开发提供了一种新方法。

  DOI：

  10.1039/c9ob01133a

文献信息

• A Click Chemistry Approach to Pleuromutilin Conjugates with Nucleosides or Acyclic Nucleoside Derivatives and Their Binding to the Bacterial Ribosome
  作者：Line Lolk、Jacob Pøhlsgaard、Anne Sofie Jepsen、Lykke H. Hansen、Henrik Nielsen、Signe I. Steffansen、Laura Sparving、Annette B. Nielsen、Birte Vester、Poul Nielsen

  DOI：10.1021/jm800261u

  日期：2008.8.1

  Pleuromutilin and its derivatives are antibacterial drugs that inhibit protein synthesis in bacteria by binding to ribosomes. To promote rational design of pleuromutilin based drugs, 19 pleuromutilin conjugates with different nucleoside fragments as side chain extensions were synthesized by a click chemistry protocol. Binding was assessed by chemical footprinting of nucleotide U2506 in 23S rRNA, and

  截短侧耳素及其衍生物是通过与核糖体结合而抑制细菌中蛋白质合成的抗菌药物。为了促进基于截短侧耳素的药物的合理设计，通过点击化学方案合成了19种截短侧耳素作为侧链延伸的截短侧耳素缀合物。通过23S rRNA中核苷酸U2506的化学足迹评估结合，所有结合物均以不同程度结合，反映了其与肽基转移酶中心的结合亲和力。侧链延伸部分还在位置U2585处显示了各种保护。对具有最高亲和力的结合物的对接研究支持以下结论：尽管存在各种结合，截短侧耳素骨架仍在相同的结合袋中结合。共轭三唑部分的位置很好，核碱基位于50S核糖体亚基的不同口袋中。与截短侧耳素本身相比，具有最高亲和力和明显更好结合的衍生物包含与截短侧耳素C-22的腺嘌呤9-基丙烯三唑缀合物。
• Nucleic acid secondary structures containing the double-headed nucleoside 5′(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine
  作者：Charlotte Andersen、Pawan K. Sharma、Mikkel S. Christensen、Signe I. Steffansen、Charlotte M. Madsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b810930c

  日期：——

  Oligodeoxynucleotides containing the double-headed nucleoside 5'(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine were prepared by standard solid phase synthesis. The synthetic building block for incorporating the double-headed moiety was prepared from thymidine, which was stereoselectively converted to a protected 5'(S)-C-hydroxyethyl derivative and used to alkylate the additional thymine by a Mitsunobu reaction

  通过标准固相合成制备含有双头核苷5'（S）-C-（2-（胸苷-1-基）乙基）胸苷的寡脱氧核苷酸。由胸苷制备用于掺入双头部分的合成结构单元，将其立体选择性地转化为受保护的5'（S）-C-羟乙基衍生物，并通过Mitsunobu反应将其用于附加的胸腺嘧啶的烷基化。在不同的核酸二级结构中研究了寡脱氧核苷酸：双链体，凸出的双链体，三向连接和人工DNA拉链基序。研究了这些复合物的热稳定性，证明了将一个双头核苷部分掺入双链体或凸起的双链体中几乎均匀的热损失，可与先前报道的双头核苷5'的作用相媲美。（S）-C-（胸腺嘧啶-1-基）甲基胸苷。当掺入DNA或RNA三向连接时，附加碱基仅显示出很小的作用。各种DNA拉链排列表明，将连接子从亚甲基延伸至乙烯几乎完全消除了在（-3）拉链中观察到的亚甲基连接子的选择性小沟碱基-碱基堆积相互作用，而观察到的相互作用虽然稍小，但仍能观察到。 （-4）-拉链图案中的乙烯接头。
• Sequential Seyferth-Gilbert/CuAAC Reactions: Application to the One-Pot Synthesis of Triazoles from Aldehydes
  作者：Michael Smietana、Jean-Jacques Vasseur、Delphine Luvino、Camille Amalric

  DOI：10.1055/s-2007-990877

  日期：2007.12

  various aldehydes followed by a Cu-catalyzed azide-alkyne 1,3-dipolar cycloaddition (CuAAC) is reported. 1,4-Disubstituted 1,2,3-triazoles are obtained in good to excellent yields from a variety of readily available aldehydes without the need for isolation of the alkyne intermediates. The reaction has a broad scope, allows the formation of new bioconjugates and is applied for the synthesis of new boronic

  报道了一种可靠且操作简单的一锅反应，用于各种醛的单碳同系化，然后是铜催化的叠氮化物-炔烃 1,3-偶极环加成 (CuAAC)。1,4-二取代的 1,2,3-三唑可以从各种容易获得的醛中以良好到极好的收率获得，而无需分离炔中间体。该反应具有广泛的范围，允许形成新的生物共轭物，并用于合成新的基于硼酸的荧光传感器。
• Structural Basis of Duplex Thermodynamic Stability and Enhanced Nuclease Resistance of 5′-<i>C</i>-Methyl Pyrimidine-Modified Oligonucleotides
  作者：Alexander V. Kel′in、Ivan Zlatev、Joel Harp、Muthusamy Jayaraman、Anna Bisbe、Jonathan O′Shea、Nate Taneja、Rajar M. Manoharan、Saeed Khan、Klaus Charisse、Martin A. Maier、Martin Egli、Kallanthottathil G. Rajeev、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1021/acs.joc.5b02375

  日期：2016.3.18

  phosphodiesterase resulted from modification of the 3′-end of an ON with either (R)- or (S)-C5′-Me nucleotides. The (S)-isomers with different 2′-substituents provided greater resistance against 3′-exonucleases than the corresponding (R)-isomers. Crystal structure analyses of RNA octamers with (R)- or (S)-5′-C-methyl-2′-deoxy-2′-fluorouridine [(R)- or (S)-C5′-Me-2′-FU, respectively] revealed that the

  尽管明智地使用化学修饰有助于核酸疗法的成功，但是较差的系统稳定性仍然是主要障碍。在磷酸骨架周围引入官能团可以增强寡核苷酸（ON）的核酸酶抗性。在这里，我们报告对映体纯（R）-和（S）-5'- C-甲基（C5'-Me）取代的核苷的合成及其掺入ONs中。这些修饰通常导致寡核苷酸（ON）双链体的热稳定性降低，其方式取决于C5'处的立体构型，且（R）-词首。由于用（R）-或（S）-C5'-Me核苷酸修饰ON的3'端，导致抗蛇毒磷酸二酯酶的稳定性增强。具有不同2'-取代基的（S）-异构体比相应的（R）-异构体对3'-核酸外切酶具有更大的抵抗力。具有（R）-或（S）-5'- C-甲基-2'-脱氧2'-氟尿苷[（R）-或（S）-C5'-Me-2'-FU]]分别表明，C5'-Me的立体化学取向和由烷基取代产生的空间效应是热稳定性的主要决定因素，并且可能是抗药性的分子起源。核酸酶。X射线和NMR结构分析表明
• Nucleophilic substitution approach to 4′-substituted thymidines by employing 4′-benzenesulfonyl leaving group
  作者：Hisashi Shimada、Satoshi Kikuchi、Saori Okuda、Kazuhiro Haraguchi、Hiromichi Tanaka

  DOI：10.1016/j.tet.2009.05.078

  日期：2009.8

  Synthesis of 4′-substituted thymidines was investigated based on nucleophilic substitution using organosilicon and organoaluminum reagents. Two substrates having a benzenesulfonyl leaving group at the 4′-position were prepared for this purpose: 1-[4-benzenesulfonyl-3,5-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2-deoxy-α-l-threo-pentofuranosyl]thymine (8α) and the 4′-(benzenesulfonyl)thymidine derivative (8β)

  使用有机硅和有机铝试剂，基于亲核取代作用，研究了4'-取代的胸苷的合成。为此目的，制备具有苯磺酰的离去基团在4'位两个基板：1- [4-苯磺酰基-3,5-二- Ö - （叔丁基二甲基）-2-脱氧α-升-苏-戊呋喃糖基]胸腺嘧啶（8α）和4'-（苯磺酰基）胸腺嘧啶核苷衍生物（8β）。的反应8α用有机硅试剂（ME 3 SICH 2 CH CH 2和Me 3的SiN 3），其与组合的SnCl 4优先给出4′-取代的β- d-异构体：4′-烯丙基（12β）和4′-叠氮基（15β）衍生物。然而，推测8α与AlMe 3的反应产生了4′-甲基-α - l-异构体（16α）作为主要产物，推测是通过离子对机理。通过在该反应中使用底物8β，仅以高收率获得了4'-甲基胸苷衍生物（16β）。还通过使8β与相应的有机铝试剂反应合成了4'-乙基（20β）和4'-氰基（24β）衍生物。