3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-vinylthymidine | 164199-40-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-vinylthymidine
• 英文别名: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-vinylthymidin；5'-vinyl-3'-O-t-butyldimethylsilyl thymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(1-hydroxyprop-2-enyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 164199-40-0
• 化学式: C₁₈H₃₀N₂O₅Si
• 分子量: 382.532
• InChiKey: SWYJMMMHGSVZPX-FGDMXMHKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.07
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-vinylthymidine 在 吡啶 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 17.0h， 生成 3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyl-1,3-disiloxandiyl)-5'(R)-C-vinylthymidine
  参考文献：
  名称：

  构象受限的环状磷酸三酯键合二核苷酸的合成及NMR研究

  摘要：

  合成了其中磷酸二酯键在环状磷酸三酯结构中构象受限的四个非对映异构二核苷酸。来自差向异构体5'- C-乙烯基胸苷衍生物，包含两个末端烯基部分的二核苷酸，是通过标准亚磷酰胺化学方法构建的，并用作闭环复分解（RCM）反应的底物。从而，获得并分离了在核苷间键中具有七个成员磷酸环的四个非对映异构二核苷酸，并通过先进的NMR研究结合受限的分子动力学（rMD）模拟阐明了它们的构型。发现七个成员环在天然核酸主链中提供一定程度的构象限制，并且发现四个二核苷酸之一有利于两个相邻的胸腺嘧啶部分之间的堆叠。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)01047-x
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-(叔丁基二甲基硅烷基)胸苷 在 Lindlar's catalyst 氢气 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 43.0h， 生成 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-vinylthymidine
  参考文献：
  名称：

  构象受限的环状磷酸三酯键合二核苷酸的合成及NMR研究

  摘要：

  合成了其中磷酸二酯键在环状磷酸三酯结构中构象受限的四个非对映异构二核苷酸。来自差向异构体5'- C-乙烯基胸苷衍生物，包含两个末端烯基部分的二核苷酸，是通过标准亚磷酰胺化学方法构建的，并用作闭环复分解（RCM）反应的底物。从而，获得并分离了在核苷间键中具有七个成员磷酸环的四个非对映异构二核苷酸，并通过先进的NMR研究结合受限的分子动力学（rMD）模拟阐明了它们的构型。发现七个成员环在天然核酸主链中提供一定程度的构象限制，并且发现四个二核苷酸之一有利于两个相邻的胸腺嘧啶部分之间的堆叠。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)01047-x

文献信息

• Nucleic acid secondary structures containing the double-headed nucleoside 5′(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine
  作者：Charlotte Andersen、Pawan K. Sharma、Mikkel S. Christensen、Signe I. Steffansen、Charlotte M. Madsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b810930c

  日期：——

  Oligodeoxynucleotides containing the double-headed nucleoside 5'(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine were prepared by standard solid phase synthesis. The synthetic building block for incorporating the double-headed moiety was prepared from thymidine, which was stereoselectively converted to a protected 5'(S)-C-hydroxyethyl derivative and used to alkylate the additional thymine by a Mitsunobu reaction

  通过标准固相合成制备含有双头核苷5'（S）-C-（2-（胸苷-1-基）乙基）胸苷的寡脱氧核苷酸。由胸苷制备用于掺入双头部分的合成结构单元，将其立体选择性地转化为受保护的5'（S）-C-羟乙基衍生物，并通过Mitsunobu反应将其用于附加的胸腺嘧啶的烷基化。在不同的核酸二级结构中研究了寡脱氧核苷酸：双链体，凸出的双链体，三向连接和人工DNA拉链基序。研究了这些复合物的热稳定性，证明了将一个双头核苷部分掺入双链体或凸起的双链体中几乎均匀的热损失，可与先前报道的双头核苷5'的作用相媲美。（S）-C-（胸腺嘧啶-1-基）甲基胸苷。当掺入DNA或RNA三向连接时，附加碱基仅显示出很小的作用。各种DNA拉链排列表明，将连接子从亚甲基延伸至乙烯几乎完全消除了在（-3）拉链中观察到的亚甲基连接子的选择性小沟碱基-碱基堆积相互作用，而观察到的相互作用虽然稍小，但仍能观察到。 （-4）-拉链图案中的乙烯接头。
• Bifunctional nucleosides, oligomers thereof, and methods of making and
  申请人：Sanofi

  公开号：US05892024A1

  公开（公告）日：1999-04-06

  Disclosed are novel bifunctional nucleoside analogs and oligonucleosides of 3-4 bases (trimers and tetramers) and longer containing at least two consecutive internucleoside linkages of two carbon-one nitrogen atom or two carbon-one oxygen atom (3'-NCC-5', 3'-CNC-5', 3'-OCC-5') internucleoside linkages. The bifunctional nucleosides are useful for preparing the trimers and tetramers, which, in turn, are useful, together with the nucleosides, in preparing oligonucleosides as well as chimeric oligonucleotide analogs, preferably antisense oligonucleosides and oligonucleotide analogs, of 6 to about 60 bases having at least two consecutive internucleoside linkages of two carbon atoms and one nitrogen atom or 2 carbon atoms and one oxygen atom in the oligonucleoside backbone.

  揭示了一种新型的双功能核苷类似物和含有至少两个连续的核苷酸连接的3-4个碱基（三聚体和四聚体）及更长的寡核苷酸。这些连接是二碳-一氮原子或二碳-一氧原子（3'-NCC-5'，3'-CNC-5'，3'-OCC-5'）之间的核苷酸连接。这些双功能核苷类似物可用于制备三聚体和四聚体，这些三聚体和四聚体与核苷酸一起可用于制备寡核苷酸以及嵌合寡核苷酸类似物，最好是6至约60个碱基的具有至少两个连续的二碳原子和一个氮原子或两个碳原子和一个氧原子的核苷酸骨架的反义寡核苷酸和寡核苷酸类似物。
• Synthesis of Conformationally Restricted Dinucleotides by Ring-Closing Metathesis
  作者：Anders M. Sørensen、Poul Nielsen

  DOI：10.1021/ol0067639

  日期：2000.12.1

  [GRAPHICS]The ring closing metathesis reaction has been used in the synthesis of conformationally restricted dinucleotides as well as a 3'-nucleotide analogue. From bis-allylic nucleoside phosphates obtained from simple nucleoside precursors, the synthesis of unsaturated cyclophosphates has been accomplished using either Grubbs' catalyst or an improved analogue. Hereby, the conformational freedom of the nucleic acid phosphordiester linkage has been efficiently constrained.
• Synthesis and NMR-studies of dinucleotides with conformationally restricted cyclic phosphotriester linkages
  作者：Anders M Sørensen、Katrine E Nielsen、Barbara Vogg、Jens Peter Jacobsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)01047-x

  日期：2001.12

  Four diastereomeric dinucleotides in which the phosphodiester linkages are conformationally restricted in cyclic phosphotriester structures are synthesised. From the epimeric 5′-C-vinyl thymidine derivatives, dinucleotides containing two terminal alkene moieties are constructed via standard phosphoramidite chemistry, and applied as substrates in ring-closing metathesis (RCM) reactions. Hereby, four

  合成了其中磷酸二酯键在环状磷酸三酯结构中构象受限的四个非对映异构二核苷酸。来自差向异构体5'- C-乙烯基胸苷衍生物，包含两个末端烯基部分的二核苷酸，是通过标准亚磷酰胺化学方法构建的，并用作闭环复分解（RCM）反应的底物。从而，获得并分离了在核苷间键中具有七个成员磷酸环的四个非对映异构二核苷酸，并通过先进的NMR研究结合受限的分子动力学（rMD）模拟阐明了它们的构型。发现七个成员环在天然核酸主链中提供一定程度的构象限制，并且发现四个二核苷酸之一有利于两个相邻的胸腺嘧啶部分之间的堆叠。