5'(R)-C-allyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine | 208839-29-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'(R)-C-allyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5S)-5-[(1R)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]but-3-enyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 208839-29-6
• 化学式: C₃₄H₃₆N₂O₇
• 分子量: 584.669
• InChiKey: JNDXDNDWLXGVIV-KQFVITFDSA-N

物化性质

• 密度：
  1.243±0.06 g/cm3(Temp: 25 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.6
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 5'(R)-C-allyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine 生成 3-[[(2R,3S,5R)-2-[(1R)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]but-3-enyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
  参考文献：
  名称：

  5'- C-支链胸苷：合成，立体化学，并纳入寡脱氧核苷酸

  摘要：

  胸苷转化为其5'（小号） -环氧衍生物，其与亲核试剂反应，得到5'（小号） - Ç氨基甲基，5'（小号） - Ç -azidomethyl-，5'（小号） - Ç -氰基甲基，和5'（小号） - c ^甲氧基甲基-胸苷与定义的立体化学。由醛衍生物制备5'- C-烯丙基-和5'- C-硝基甲基胸苷。在NOE实验的帮助下确定了5'- C-支化胸苷的立体化学。将四个5'- C-支化的胸苷掺入寡脱氧核苷酸中。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(96)00418-2
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 吡啶 、 四丁基氟化铵 、 silver trifluoromethanesulfonate 、 溶剂黄146 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 147.25h， 生成 5'(R)-C-allyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 5′-C-Branched Thymidines and Conversion to Phosphoramidites

  摘要：

  Thymidine was converted to its 5'-epoxy derivative, which was reacted with nucleophiles to give 5'-C-aminomethyl-, 5'-C-bromomethyl-, 5'-C-cyanomethyl, and 5'-C-methoxymethylthymidine derivatives with defined stereochemistry. 5'-C-ally-, 5'-C-hydroxymethyl-, 5'-C-hydroxypropyl-, and 5'-C-(imidazole-4-acetamido)metbylthymidine derivatives were also prepared. The 5'-C-branched thymidines were converted to the corresponding phosphoramidites.

  DOI：

  10.1080/07328319808004219

文献信息

• 5′-C-branched thymidines: Synthesis, stereochemistry, and incorporation into oligodeoxynucleotides
  作者：Guangyi Wang、Patrick J. Middleton

  DOI：10.1016/0040-4039(96)00418-2

  日期：1996.4

  Thymidine was converted to its 5′(S)-epoxy derivative, which reacted with nucleophiles to give 5′(S)-C-aminomethyl-, 5′(S)-C-azidomethyl-, 5′(S)-C-cyanomethyl-, and 5′(S)-C-methoxymethyl-thymidine with defined stereochemistry. 5′-C-Allyl- and 5′-C-nitromethylthymidines were prepared from an aldehyde derivative. Stereochemistry of 5′-C-branched thymidines was assigned with the help of NOE experiments

  胸苷转化为其5'（小号） -环氧衍生物，其与亲核试剂反应，得到5'（小号） - Ç氨基甲基，5'（小号） - Ç -azidomethyl-，5'（小号） - Ç -氰基甲基，和5'（小号） - c ^甲氧基甲基-胸苷与定义的立体化学。由醛衍生物制备5'- C-烯丙基-和5'- C-硝基甲基胸苷。在NOE实验的帮助下确定了5'- C-支化胸苷的立体化学。将四个5'- C-支化的胸苷掺入寡脱氧核苷酸中。
• US5712378A
  申请人：——

  公开号：US5712378A

  公开（公告）日：1998-01-27
• US6191266B1
  申请人：——

  公开号：US6191266B1

  公开（公告）日：2001-02-20
• US6743902B1
  申请人：——

  公开号：US6743902B1

  公开（公告）日：2004-06-01
• Synthesis of 5′-<i>C</i>-Branched Thymidines and Conversion to Phosphoramidites
  作者：Guangyi Wang、Patrick J. Middleton

  DOI：10.1080/07328319808004219

  日期：1998.6

  Thymidine was converted to its 5'-epoxy derivative, which was reacted with nucleophiles to give 5'-C-aminomethyl-, 5'-C-bromomethyl-, 5'-C-cyanomethyl, and 5'-C-methoxymethylthymidine derivatives with defined stereochemistry. 5'-C-ally-, 5'-C-hydroxymethyl-, 5'-C-hydroxypropyl-, and 5'-C-(imidazole-4-acetamido)metbylthymidine derivatives were also prepared. The 5'-C-branched thymidines were converted to the corresponding phosphoramidites.