5'(R)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine | 177569-52-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5'(R)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(1R)-1-hydroxybut-3-enyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 177569-52-7
• 化学式: C₁₉H₃₂N₂O₅Si
• 分子量: 396.559
• InChiKey: FZILNGWLDSABDI-QKPAOTATSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.46
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.68
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'(R)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine 在 四丁基氟化铵 、 silver trifluoromethanesulfonate 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 生成 3-[[(2R,3S,5R)-2-[(1R)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]but-3-enyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
  参考文献：
  名称：

  5'- C-支链胸苷：合成，立体化学，并纳入寡脱氧核苷酸

  摘要：

  胸苷转化为其5'（小号） -环氧衍生物，其与亲核试剂反应，得到5'（小号） - Ç氨基甲基，5'（小号） - Ç -azidomethyl-，5'（小号） - Ç -氰基甲基，和5'（小号） - c ^甲氧基甲基-胸苷与定义的立体化学。由醛衍生物制备5'- C-烯丙基-和5'- C-硝基甲基胸苷。在NOE实验的帮助下确定了5'- C-支化胸苷的立体化学。将四个5'- C-支化的胸苷掺入寡脱氧核苷酸中。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(96)00418-2
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 吡啶 、 溶剂黄146 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 126.25h， 生成 5'(R)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 5′-C-Branched Thymidines and Conversion to Phosphoramidites

  摘要：

  Thymidine was converted to its 5'-epoxy derivative, which was reacted with nucleophiles to give 5'-C-aminomethyl-, 5'-C-bromomethyl-, 5'-C-cyanomethyl, and 5'-C-methoxymethylthymidine derivatives with defined stereochemistry. 5'-C-ally-, 5'-C-hydroxymethyl-, 5'-C-hydroxypropyl-, and 5'-C-(imidazole-4-acetamido)metbylthymidine derivatives were also prepared. The 5'-C-branched thymidines were converted to the corresponding phosphoramidites.

  DOI：

  10.1080/07328319808004219

文献信息

• A cyclic dinucleotide with a four-carbon 5′-C-to-5′-C connection; synthesis by RCM, NMR-examination and incorporation into secondary nucleic acid structures
  作者：Pawan K. Sharma、Birgitte H. Mikkelsen、Mikkel S. Christensen、Katrine E. Nielsen、Claus Kirchhoff、Søren L. Pedersen、Anders M. Sørensen、Kirsten Østergaard、Michael Petersen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b603830a

  日期：——

  as a substrate for a ring-closing metathesis (RCM) reaction and after deprotection, a 1 : 1 mixture of E- and Z-isomers of a cyclic dinucleotide with an unsaturated 5'-C-to-5'-C connection was obtained. Alternatively, a hydrogenation of the double bond and deprotection afforded a saturated cyclic dinucleotide. An advanced NMR-examination confirmed the constitution of this molecule and indicated a restriction

  通过应用立体选择性烯丙基化方法由胸苷制备5'-C-烯丙基胸苷衍生物，并确认了其5'（S）-构型。从该核苷衍生物制备适当保护的结构单元，并使用标准亚磷酰胺化学方法偶联，得到具有两个5'-C-烯丙基的二核苷酸。该分子用作闭环复分解（RCM）反应的底物，去保护后，是环状二核苷酸的E-和Z-异构体与不饱和5'-C-至-5'-的1：1混合物。获得了C连接。或者，双键的氢化和脱保护得到饱和的环状二核苷酸。先进的NMR检查证实了该分子的结构，并表明了其整体构象自由度受到限制。在改变保护基策略之后，获得了具有5'-O-位的饱和环状二核苷酸的亚磷酰胺结构单元，其被保护为pixyl ether，并且磷酸盐被保护为甲基磷酸三酯。该构件用于制备由于环二核苷酸部分而具有中央人工弯曲的两个14-mer寡核苷酸。发现这些可以使双链体不稳定，稍微使凸起的双链体不稳定，但是在一定程度上可以稳定高Mg（2+）浓度的三向连接。