6-[[[5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲氧基-羟基磷酰]氧基-羟基磷酰]氧基-3,4,5-三羟基四氢吡喃-2-羧酸 | 2616-64-0

• 物质功能分类: 生物化工 - 植物多糖
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 中文名称: 6-[[[5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲氧基-羟基磷酰]氧基-羟基磷酰]氧基-3,4,5-三羟基四氢吡喃-2-羧酸
• 中文别名: UDP葡萄糖醛酸
• 英文名称: UDP-glucuronic acid
• 英文别名: UDPGA；uridine 5'-diphosphoglucuronic acid；uridine diphosphate glucuronic acid；UDP-GlcA；uridine 5′-diphosphoglucuronic acid；(2S,3S,4S,5R,6R)-6-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-hydroxyphosphoryl]oxy-3,4,5-trihydroxyoxane-2-carboxylic acid
• CAS: 2616-64-0
• 化学式: C₁₅H₂₂N₂O₁₈P₂
• 分子量: 580.29
• InChiKey: HDYANYHVCAPMJV-LXQIFKJMSA-N

物化性质

• 密度：
  2.05±0.1 g/cm3(Predicted)
• 物理描述：
  Solid
• 碰撞截面：
  210.1 Ų [M+Na]+ [CCS Type: DT, Method: single field calibrated with Agilent tune mix (Agilent)]

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.4
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  309
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  18

安全信息

• 储存条件：
  | 室温 |

制备方法与用途

UDP-葡糖醛酸是一种用于多糖生成的糖，它是抗坏血酸生物合成过程中的一个中间体。UDP-葡糖醛酸一般呈现为白色晶体或粉末状，通常由UDP-葡萄糖6-脱氢酶制备而成。

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	uridine diphospho-α-D-gluco-hexodialdose	31932-92-0	C15H22N2O17P2	564.29
  尿苷(5')二氢二磷酰(1)-alpha-D-葡萄糖	UDP-glucose	133-89-1	C15H24N2O17P2	566.306
  尿苷 5’-二二氧磷基半乳糖二钠盐	uridine 5'-diphospho-D-galactose	2956-16-3	C15H24N2O17P2	566.306
  尿苷-5’-二磷酸	UDP	58-98-0	C9H14N2O12P2	404.164
  尿苷-5'-三磷酸	UTP	63-39-8	C9H15N2O15P3	484.144
  尿苷5-单磷酸	5'-Uridylic Acid	58-97-9	C9H13N2O9P	324.184
  ——	uridine 5′-phosphoramidate	15483-88-2	C9H14N3O8P	323.199
  5'-胞苷酸	cytidine monophosphate	63-37-6	C9H14N3O8P	323.199
  Alpha-D-葡糖醛酸-1-磷酸	α-D-glucopyranuronic acid 1-phosphate	13168-11-1	C6H11O10P	274.121

• 下游产品

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  尿苷-半乳糖醛酸	UDP-α-D-galacturonic acid	50722-58-2	C15H22N2O18P2	580.29
  [5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲基[羟基-(3,4,5-三羟基四氢吡喃-2-基)氧基磷酰]磷酸氢酯	UDP-xylose	3616-06-6	C14H22N2O16P2	536.28
  ——	UDP-α-D-4-ketoxylose	25747-29-9	C14H20N2O16P2	534.264
  ——	Uridin-5'-(α-D-apio-D-furanosylpyrophosphat)	——	C14H22N2O16P2	536.28
  尿苷5-单磷酸	5'-Uridylic Acid	58-97-9	C9H13N2O9P	324.184
  吗啡-3-Β-D-葡糖苷酸	Morphine 3-b-D-glucuronide	20290-09-9	C23H27NO9	461.469
  可待因-6-葡糖苷酸	Codeine-6-glucuronide	20736-11-2	C24H29NO9	475.496
  ——	(2S,3S,4S,5R,6R)-6-((5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)-4-oxo-4H-chromen-3-yl)oxy)-3,4,5-trihydroxytetrahydro-2H-pyran-2-carboxylic acid	——	C22H20O13	492.393
  ——	quercetin 3-O-glucuronide	——	C21H18O13	478.366
  ——	kaempferol 3-O-glucuronide	22688-78-4	C21H18O12	462.367

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-[[[5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲氧基-羟基磷酰]氧基-羟基磷酰]氧基-3,4,5-三羟基四氢吡喃-2-羧酸 在 UDP-D-Xyl synthase from Homo sapiens 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 以2.11 g的产率得到[5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲基[羟基-(3,4,5-三羟基四氢吡喃-2-基)氧基磷酰]磷酸氢酯
  参考文献：
  名称：

  通过级联转换策略从普通糖中轻松合成糖核苷酸

  摘要：

  糖核苷酸是碳水化合物代谢中必不可少的糖基化供体。自然地，大多数糖核苷酸通过从头生物合成途径衍生自有限数量的常见糖核苷酸，经历单一或多重反应，例如脱水、差向异构化、异构化、氧化、还原、胺化和乙酰化反应。然而，人们普遍认为，由于制备成本高且产品分离难度大，这种复杂的生物转化对于合成用途并不实用。因此，大多数发现的糖核苷酸都不容易获得。在这里，基于de novo主要是生物合成，从两种常见的糖 D-Man 和蔗糖中成功制备了 13 种难以获得的糖核苷酸，其产量高达数克，无需繁琐的纯化操作。这项工作表明，从头生物合成虽然经历了复杂的反应，但通过采用级联转换策略，对于合成使用也是实用且具有成本效益的。

  DOI：

  10.1021/jacs.2c03138
• 作为产物：
  描述：

  尿苷5-单磷酸 在 无机焦磷酸酶 、 UDP-glucose dehydrogenase 、 uridine-5'-diphosphoglucose pyrophosphorylase 、 sodium perchlorate 、 β-烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 、 三丁基焦磷酸铵 、 丙酮酸 作用下， 以 甲醇 、 乙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 49.0h， 生成 6-[[[5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲氧基-羟基磷酰]氧基-羟基磷酰]氧基-3,4,5-三羟基四氢吡喃-2-羧酸
  参考文献：
  名称：

  Convenient syntheses of cytidine 5'-triphosphate, guanosine 5'-triphosphate, and uridine 5'-triphosphate and their use in the preparation of UDP-glucose, UDP-glucuronic acid, and GDP-mannose

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo00293a030
• 作为试剂：
  描述：

  2-(4-(2-羟基乙氧基)-3,5-二甲基苯基)-5,7-二甲氧基喹唑啉-4(3H)-酮 在 glucose-6-phosphate dehydrogenase 、 D-葡萄糖-6-磷酸 、 nicotinamide adenine dinucleotide phosphate 、 6-[[[5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲氧基-羟基磷酰]氧基-羟基磷酰]氧基-3,4,5-三羟基四氢吡喃-2-羧酸 、 magnesium chloride 作用下， 以 aq. phosphate buffer 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 2-(4-(5,7-dimethoxy-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)-2,6-dimethylphenoxy)acetic acid
  参考文献：
  名称：

  In vitro biosynthesis, isolation, and identification of predominant metabolites of 2-(4-(2-hydroxyethoxy)-3,5-dimethylphenyl)-5,7-dimethoxyquinazolin-4(3H)-one (RVX-208)

  摘要：

  The structures of the two predominant metabolites (M4 and M5) of RVX-208, observed both in in vitro human and animal liver microsomal incubations, as well as in plasma from animal in vivo studies, were determined. A panel of biocatalytic systems was tested to identify biocatalysts suitable for milligram scale production of metabolite M4 from RVX-208. Rabbit liver S9 fraction was selected as the most suitable system, primarily based on pragmatic metrics such as catalyst cost and estimated yield of M4 (similar to 55%). Glucuronidation of RVX-208 catalyzed by rabbit liver S9 fraction was optimized to produce M4 in amounts sufficient for structural characterization. Structural studies using LC/MS/MS analysis and H-1 NMR spectroscopy showed the formation of a glycosidic bond between the primary hydroxyl group of RVX-208 and glucuronic acid. NMR results suggested that the glycosidic bond has the beta-anomeric configuration. A synthetic sample of M4 confirmed the proposed structure. Metabolite M5, hypothesized to be the carboxylate of RVX-208, was prepared using human liver microsomes, purified by HPLC, and characterized by LC/MS/MS and H-1 NMR. The structure was confirmed by comparison to a synthetic sample. Both samples confirmed M5 as a product of oxidation of primary hydroxyl group of RVX-208 to carboxylic acid. (C) 2013 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2013.03.062

文献信息

• Using engineered 6-<i>O</i>-sulfotransferase to improve the synthesis of anticoagulant heparin
  作者：Lin Yi、Yongmei Xu、Andrea M. Kaminski、Xiaobing Chang、Vijayakanth Pagadala、Maurice Horton、Guowei Su、Zhangjie Wang、Genmin Lu、Pamela Conley、Zhenqing Zhang、Lars C. Pedersen、Jian Liu

  DOI：10.1039/d0ob01736a

  日期：——

  Heparan sulfate (HS) and heparin are sulfated polysaccharides exhibiting diverse physiological functions. HS 6-O-sulfotransferase (6-OST) is a HS biosynthetic enzyme that transfers a sulfo group to the 6-OH position of glucosamine to synthesize HS with desired biological activities. Chemoenzymatic synthesis is a widely adopted method to obtain HS oligosaccharides to support biological studies. However

  硫酸乙酰肝素 (HS) 和肝素是具有多种生理功能的硫酸化多糖。HS 6- O-磺基转移酶 (6-OST) 是一种 HS 生物合成酶，可将一个磺基转移到葡糖胺的 6-OH 位置以合成具有所需生物活性的 HS。化学酶合成是获得 HS 寡糖以支持生物学研究的一种广泛采用的方法。然而，由于天然酶的特异性，这种方法无法合成所有可能的结构。在这里，我们报告了使用工程 6-OST 来实现对 6- O的精细控制-硫酸化。与野生型酶不同，工程化的 6-OST 仅硫酸化非还原端氨基葡萄糖残基。利用工程酶和野生型酶，我们成功地完成了 6- O-硫酸化模式不同的五种六糖和一种八糖的合成。我们还确定了一种六糖结构作为一种新的抗凝药物候选物。我们的结果证明了使用工程化 HS 生物合成酶制备基于 HS 的治疗剂的可行性。
• Impact of donor binding on polymerization catalyzed by KfoC by regulating the affinity of enzyme for acceptor
  作者：Jiajun Xue、Lan Jin、Xinke Zhang、Fengshan Wang、Peixue Ling、Juzheng Sheng

  DOI：10.1016/j.bbagen.2016.01.018

  日期：2016.4

  chondroitin sulfate isolated from animal sources and structurally quite heterogeneous. Synthesis of structurally defined chondroitin sulfate is highly desired. The capsular polysaccharide from Escherichia coli strain K4 is similar to chondroitin, and its biosynthesis requires a chondroitin polymerase (KfoC). The essential step toward de novo enzymatic synthesis of chondroitin sulfate, synthesis of chondroitin

  背景技术当前市售的硫酸软骨素分离自动物来源并且在结构上非常异质。高度期望合成结构确定的硫酸软骨素。大肠杆菌K4菌株的荚膜多糖类似于软骨素，其生物合成需要软骨素聚合酶（KfoC）。硫酸软骨素的从头酶促合成的关键步骤，即软骨素的合成，可以通过使用这种酶来实现。方法采用化学酶法制备结构明确的受体和供体糖。另外，采用表面等离子体激元共振来确定单个底物和供体-受体对KfoC的结合亲和力。结果KfoC具有广泛的供体底物特异性和受体混杂性，使其成为一种有吸引力的工具酶，可用于体外结构确定的嵌合糖胺聚糖寡糖合成。另外，供体底物分子的结合调节了KfoC对受体的亲和力，然后影响了由该软骨素聚合酶催化的糖基转移酶反应。结论和一般意义这些结果有助于开发针对嵌合糖胺聚糖寡糖的酶促合成方法，并设计用于KfoC定向进化的未来策略，以创建朝着用户定义目标的突变体。然后影响了这种软骨素聚合酶催化的糖基转移酶反应。结论和一般
• Gram-scale production of sugar nucleotides and their derivatives
  作者：Shuang Li、Shuaishuai Wang、Yaqian Wang、Jingyao Qu、Xian-wei Liu、Peng George Wang、Junqiang Fang

  DOI：10.1039/d1gc00711d

  日期：——

  Here, we report a practical sugar nucleotide production strategy that combined a high-concentrated multi-enzyme catalyzed reaction and a robust chromatography-free selective precipitation purification process. Twelve sugar nucleotides were synthesized on a gram scale with a purity up to 98%.

  在这里，我们报告了一种实用的糖核苷酸生产策略，该策略结合了高浓度的多酶催化反应和强大的无色谱法选择性沉淀纯化工艺。以克为单位合成了十二个糖核苷酸，纯度高达98％。
• Enzymatic Synthesis of Bioactive <i>O</i>-Glucuronides Using Plant Glucuronosyltransferases
  作者：Tian Yue、Ridao Chen、Dawei Chen、Jimei Liu、Kebo Xie、Jungui Dai

  DOI：10.1021/acs.jafc.9b01769

  日期：2019.6.5

  glucuronidation of bioactive natural products or drugs to generate glucuronides with better activity and druggability is important in drug discovery and research. In this study, by using two uridine diphosphate (UDP)-dependent glucuronosyltransferases (GATs, UGT88D4 and UGT88D7) from plants, we developed two glucuronidation approaches, pure enzyme catalysis in vitro and recombinant whole-cell catalysis in

  在自然界和药物代谢中已发现许多表现出多种药理活性的O-葡萄糖醛酸。生物活性天然产物或药物的葡糖醛酸苷化以产生具有更好活性和可药用性的葡糖醛酸苷在药物发现和研究中很重要。在这项研究中，通过使用来自植物的两种尿苷二磷酸（UDP）依赖性葡萄糖醛酸糖基转移酶（GAT，UGT88D4和UGT88D7），我们开发了两种葡萄糖醛酸化方法，即体外纯酶催化和体内重组全细胞催化，以有效合成生物活性O。 -glucuronides通过天然产物的葡萄糖醛酸化作用。总共14 O获得了具有不同结构的β-葡糖醛酸，包括类黄酮，蒽醌，香豆素和木脂素，其中7种是新化合物。此外，生物合成的O-葡萄糖醛酸中的一种，kaempferol-7- O - β - d-葡萄糖醛酸（3a）可以有效抑制蛋白酪氨酸磷酸酶（PTP）1B，IC 50值为8.02×10 –6M。生物合成的O-葡萄糖醛酸苷也表现出显着的抗氧化活性。
• Tanaproget derivatives, metabolites,and uses thereof
  申请人：Shen Li

  公开号：US20060035843A1

  公开（公告）日：2006-02-16

  A method of generating synthetic metabolites of tanaproget derivatives thereof is provided. These compounds and methods of using these derivatives for detecting tanaproget metabolites in samples are provided.

  提供了一种生成坦诺孕酮衍生物的合成代谢产物的方法。提供了这些化合物以及在样本中检测坦诺孕酮代谢产物的衍生物的使用方法。