尿苷二磷酸酯半乳糖胺 | 17479-06-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 中文名称: 尿苷二磷酸酯半乳糖胺
• 英文名称: UDP-GalNH2
• 英文别名: UDP-D-galactosamine；α-UDP-D-galactosamine；Udp galactosamine；[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-amino-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] hydrogen phosphate
• CAS: 17479-06-0
• 化学式: C₁₅H₂₅N₃O₁₆P₂
• 分子量: 565.322
• InChiKey: CYKLRRKFBPBYEI-KBQKSTHMSA-N

物化性质

• 密度：
  1.93±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -9.2
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  297
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  17

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  尿苷二磷酸酯半乳糖胺 在 碳酸氢钠 、 sodium hydroxide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 UDP-GalNProSH
  参考文献：
  名称：

  [EN] SULFAMIDE LINKER, CONJUGATES THEREOF, AND METHODS OF PREPARATION
  [FR] LIEUR DE TYPE SULFAMIDE, CONJUGUÉS DE CELUI-CI ET PROCÉDÉS DE PRÉPARATION

  摘要：

  本发明涉及一种化合物，包括一个α端和一个ω端，该化合物在α端包括一个与生物分子上存在的功能基团F1反应的反应基团Q1，而在ω端包括一个靶分子，该化合物还包括符合以下式（1）或其盐的一个基团：该化合物也可以称为连接物-共轭物。本发明还涉及一种制备生物共轭物的方法，该方法包括将本发明中连接物-共轭物的反应基团Q1与生物分子的功能基团F1反应的步骤。本发明还涉及通过本发明方法获得的生物共轭物。在一个首选实施方式中，本发明涉及通过环加成反应制备生物共轭物的方法，例如（4+2）-环加成反应（例如Diels-Alder反应）或（3+2）-环加成反应（例如1,3-双极环加成）。

  公开号：

  WO2016053107A1
• 作为产物：
  描述：

  disodium uridine-5'-monophosphate 在 氢气 、 三乙胺 、 N,N'-羰基二咪唑 作用下， 以 甲醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 9.67h， 生成 尿苷二磷酸酯半乳糖胺
  参考文献：
  名称：

  Chemoenzymatic Conjugation of Toxic Payloads to the Globally Conserved N-Glycan of Native mAbs Provides Homogeneous and Highly Efficacious Antibody–Drug Conjugates

  摘要：

  本文介绍了一种稳健、普遍适用的非遗传技术，可将单克隆抗体转化为稳定、均质的 ADC。从原生（非工程）mAb 开始，通过化学酶法协议，可以将任何给定的有效载荷高度可控地连接到位于天冬酰胺-297 的 N-聚糖上，该过程分为两个阶段：首先是酶重塑（用叠氮化物修剪和标记），然后是基于无铜点击化学的有效载荷连接。这项被称为 GlycoConnect 的技术适用于任何 IgG 同种型，无论其糖基化情况如何。对曲妥珠单抗和麦唐新（已上市 ADC Kadcyla 的两种成分）的应用表明，GlycoConnect ADC 具有良好的体外和体内疗效。此外，通过与一系列基于曲妥珠单抗的糖基化突变体进行体内比较，证明了原生聚糖作为附着位点的优越性。对无铜点击探针双环壬炔（BCN）和二苯并环辛炔（DBCO）进行并排比较后发现，BCN 的连接效率与二苯并环辛炔（DBCO）有惊人的差异。在所有情况下，所得到的 mAb 结合物都非常稳定，再加上已证明的疗效，ADC 的治疗指数必然会更高。

  DOI：

  10.1021/acs.bioconjchem.5b00224

文献信息

• Chemoenzymatic Synthesis of Unnatural Nucleotide Sugars for Enzymatic Bioorthogonal Labeling
  作者：Liuqing Wen、Madhusudhan Reddy Gadi、Yuan Zheng、Christopher Gibbons、Shukkoor Muhammed Kondengaden、Jiabin Zhang、Peng George Wang

  DOI：10.1021/acscatal.8b02081

  日期：2018.8.3

  advantage of relaxed donor specificity and strict acceptor specificity of glycosyltransferases to label target glycan epitopes with bioorthogonal reactive groups carried by unnatural nucleotide sugars in vitro. The subsequent covalent conjugation by bioorthogonal chemical reactions with either fluorescent or affinity tags allows further visualization, quantification, or enrichment of target glycan epitopes

  近年来，酶促生物正交标记策略的发展为探测结构确定的聚糖表位提供了令人兴奋的可能性。该策略利用放宽的供体特异性和糖基转移酶的严格受体特异性来利用体外由非天然核苷酸糖携带的生物正交反应基团标记目标聚糖表位。随后通过与荧光标记或亲和标记的生物正交化学反应进行的共价缀合，可以使目标聚糖表位进一步可视化，定量或富集。然而，由于非天然核苷酸糖的有限可用性，已经阻碍了酶标记策略的应用和发展。在此处，描述了将化学合成和酶促合成相结合的平台，以方便地制备经各种生物正交反应基团修饰的非天然核苷酸糖。通过该平台，成功合成了25个UDP-GlcNAc和UDP-GalNAc衍生物，其中包括开发最深入的生物正交官能团。此外，还评估了这些化合物在酶促生物正交标记反应中的潜在应用。
• [EN] PROCESS FOR THE CYCLOADDITION OF A HALOGENATED 1,3-DIPOLE COMPOUND WITH A (HETERO)CYCLOALKYNE<br/>[FR] PROCÉDÉ DE CYCLOADDITION D'UN COMPOSÉ 1,3-DIPPOLE HALOGÉNÉ AVEC UN (HÉTÉRO)CYCLOALKYNE
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2015112016A1

  公开（公告）日：2015-07-30

  The present invention relates to a cycloaddition process comprising the step of reacting a halogenated aliphatic 1,3-dipole compound with a (hetero)cycloalkyne according to Formula (1): Preferably, the (hetero)cycloalkyne according to Formula (1) is a (hetero)cyclooctyne. The invention also relates to the cycloaddition products obtainable by the process according to the invention. The invention further relates to halogenated aliphatic 1,3- dipole compounds, in particular tohalogenated aliphatic 1,3-dipole compounds comprising N-acetylgalactosamine-UDP (GalNAc-UDP),and to halogenated 1,3- dipole compounds comprising (peracylated) N-acetylglucosamine(GlcNAc), N- acetylgalactosamine(GalNAc), N-acetylmannosamine(ManNAc)and N- acetylneuraminic acid(NeuNAc).

  本发明涉及一种环加成过程，包括将卤代脂肪1,3-二极化合物与按照式（1）反应的（杂）环烯烃化合物进行反应的步骤。优选，按照式（1）的（杂）环烯烃化合物是（杂）环辛烯。该发明还涉及根据本发明的方法获得的环加成产物。此外，该发明还涉及卤代脂肪1,3-二极化合物，特别是包括N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸-UDP（GalNAc-UDP）的卤代脂肪1,3-二极化合物，以及包括（过酰化的）N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）、N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸（GalNAc）、N-乙酰甘露糖氨基葡萄糖醛酸（ManNAc）和N-乙酰神经酸（NeuNAc）的卤代1,3-二极化合物。
• Chemoenzymatic synthesis of UDP-N-acetyl-α-d-galactosamine
  作者：Thomas Bülter、Christian Wandrey、Lothar Elling

  DOI：10.1016/s0008-6215(97)10077-5

  日期：1997.12

  (EC 2.7.7.12) yielded UDP-α- d -galactosamine. The equilibrium of the synthesis was forced to the product side by the addition of phosphoglucomutase (EC 2.7.5.1) and glucose-6-phosphate dehydrogenase (EC 1.1.1.49). Pyruvate kinase (EC 2.7.1.40) and lactate dehydrogenase (EC 1.1.1.27) were used to regenerate UTP and the cofactor NAD. The yield for the enzymatic step was 42%. Finally, UDP-α- d -galactosamine

  摘要报道了以尿苷5'-单磷酸酯（UMP）和蔗糖为原料的UDP -N-乙酰基-α-d-半乳糖胺的化学合成方法。在酶促重复批处理模式下，通过核苷单磷酸激酶（EC 2.7.7.4）和蔗糖合酶（EC 2.4.1.13）的结合，从UMP和蔗糖原位生成UDP-葡萄糖。半乳糖-1-磷酸尿嘧啶转移酶（EC 2.7.7.12）从UDP葡萄糖转移UMP产生UDP-α-d-半乳糖胺。通过添加磷酸葡萄糖变位酶（EC 2.7.5.1）和葡萄糖6-磷酸脱氢酶（EC 1.1.1.49），使合成平衡趋向于产物侧。丙酮酸激酶（EC 2.7.1.40）和乳酸脱氢酶（EC 1.1.1.27）用于再生UTP和辅因子NAD。酶促步骤的产率为42％。最后，UDP-α-d-半乳糖胺用N-乙酰氧基琥珀酰亚胺化学乙酰化。通过阴离子交换色谱和凝胶过滤完成产物分离。总产率为34％，分离出82mg UDP -N-乙酰基-α-d-半乳糖胺。
• PROCESS FOR THE CYCLOADDITION OF A HETERO(ARYL) 1,3-DIPOLE COMPOUND WITH A (HETERO)CYCLOALKYNE
  申请人：SYNAFFIX B.V.

  公开号：US20170002012A1

  公开（公告）日：2017-01-05

  A process is provided, comprising reacting a (hetero)aryl 1,3-dipole compound with a (hetero)cycloalkyne, wherein the (hetero)aryl 1,3-dipole compound comprises a 1,3-dipole functional group bonded to a (hetero)aryl group, and wherein the (hetero)aryl 1,3-dipole compound is a (hetero)aryl azide or a (hetero)aryl diazo compound; wherein: (i) the (hetero)aryl group of the (hetero)aryl 1,3-dipole compound comprises a substituent (ii) the (hetero)aryl group of the (hetero)aryl 1,3-dipole compound is an electron-poor (hetero)aryl group and wherein the (hetero)cycloalkyne is a (hetero)cyclooctyne or a (hetero)cyclononyne according to Formula (1). The invention also relates to the products obtainable by the process according to the invention.

  提供一种方法，包括将（杂）芳基1,3-二极化合物与（杂）环炔反应，其中（杂）芳基1,3-二极化合物包括与（杂）芳基结合的1,3-二级极功能基团，并且（杂）芳基1,3-二极化合物是（杂）芳基叠氮化物或（杂）芳基重氮化合物；其中：（i）（杂）芳基1,3-二极化合物的（杂）芳基包括一个取代基（ii）（杂）芳基1,3-二极化合物的（杂）芳基是一个电子贫富（杂）芳基，并且（杂）环炔是根据式（1）的（杂）环辛烯或（杂）环壬炔。该发明还涉及根据该发明的方法获得的产品。
• PROCESS FOR THE CYCLOADDITION OF A HALOGENATED 1,3-DIPOLE COMPOUND WITH A (HETERO)CYCLOALKYNE
  申请人：SYNAFFIX B.V.

  公开号：US20170008858A1

  公开（公告）日：2017-01-12

  The present invention relates to a cycloaddition process comprising the step of reacting a halogenated aliphatic 1,3-dipole compound with a (hetero)cycloalkyne according to Formula (1): Preferably, the (hetero)cycloalkyne according to Formula (1) is a (hetero)cyclooctyne. The invention also relates to the cycloaddition products obtainable by the process according to the invention. The invention further relates to halogenated aliphatic 1,3-dipole compounds, in particular to halogenated aliphatic 1,3-dipole compounds comprising N-acetylgalactosamine-UDP (GalNAc-UDP), and to halogenated 1,3-dipole compounds comprising (peracylated) N-acetylglucosamine (GlcNAc), N-acetylgalactosamine (GalNAc), N-acetylmannosamine (ManNAc) and N-acetyl neuraminic acid (NeuNAc).

  本发明涉及一种环加成过程，包括以下步骤：将卤代脂肪1,3-二极化合物与根据式（1）的（杂）环烷炔发生反应。优选，根据式（1）的（杂）环烷炔是（杂）环辛炔。本发明还涉及根据本发明的过程获得的环加成产物。本发明还涉及卤代脂肪1,3-二极化合物，特别是包含N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸-UDP（GalNAc-UDP）的卤代脂肪1,3-二极化合物，以及包含（过酰化的）N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）、N-乙酰半乳糖氨基（GalNAc）、N-乙酰甘露糖氨基（ManNAc）和N-乙酰神经酸（NeuNAc）的卤代1,3-二极化合物。