3’,5’-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)鸟苷 | 69304-44-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: 3’,5’-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)鸟苷
• 中文别名: 3',5'-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)鸟苷
• 英文名称: 3',5'-O-1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxan-1,3-diyl-guanosine
• 英文别名: 3',5'-O-(tetraisopropyl disiloxane-1,3-diyl) guanosine；9-[(6aR,8R,9R,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-2-amino-3H-purin-6-one
• CAS: 69304-44-5
• 化学式: C₂₂H₃₉N₅O₆Si₂
• 分子量: 525.753
• InChiKey: CWVNMKRKFJYCCC-QTQZEZTPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.33
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  142
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

安全信息

• 储存条件：
  2-8℃

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3’,5’-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)鸟苷 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 sodium tetrahydroborate 、 tert-butyl-ammonium fluoride 、 (N,N-dimethylamino)pyrydine 、 Dowex 50W x 2-100 、 四丁基氟化铵 、 乙酸酐 、 对甲苯磺酸 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 34.5h， 生成 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N2-异丁酰基-2'-氟脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets

  摘要：

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。

  DOI：

  10.1021/jm00059a007
• 作为产物：
  描述：

  1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane 在 吡啶 、 氯 作用下， 以 四氯化碳 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 3’,5’-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Nucleic acid related compounds. 42. A general procedure for the efficient deoxygenation of secondary alcohols. Regiospecific and stereoselective conversion of ribonucleosides to 2'-deoxynucleosides

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja00350a052

文献信息

• SENSITIVE OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS USING SULFUR-BASED FUNCTIONS AS PROTECTING GROUPS AND LINKERS
  申请人：Fang Shiyue

  公开号：US20210032281A1

  公开（公告）日：2021-02-04

  Embodiments for the synthesis of sensitive oligonucleotides as well as insensitive oligonucleotides are provided. Sulfur-based groups are used for the protection of exo-amino groups of nucleobases, phosphate groups and 2′-OH groups, and as cleavable linker for linking oligonucleotides to a support. Oligonucleotide syntheses are achieved under typical conditions using phosphoramidite chemistry with important modifications. To prevent replacing sulfur-based protecting groups by acyl groups via cap-exchange, special capping agents are used. To retain hydrophobic tag to assist RP HPLC purification, special phosphoramidites are used in the last synthetic cycle. With the sulfur-based groups for protection and linking, oligonucleotide deprotection and cleavage are achieved via oxidation followed by beta-elimination under mild conditions. Therefore, besides for insensitive oligonucleotide synthesis, the embodiments of the invention are capable for the synthesis of oligonucleotide analogs containing sensitive functional groups that cannot survive the harsh conditions used in prior art oligonucleotide synthesis technologies.

  本发明提供了用于合成敏感寡核苷酸和不敏感寡核苷酸的实施方案。使用基于硫的基团来保护核苷酸碱基的exo-氨基团、磷酸基团和2′-OH基团，并且作为可裂解的连接剂将寡核苷酸连接到支持物上。寡核苷酸的合成是在典型条件下使用磷酰亚胺化学进行的，并进行了重要的修改。为了防止通过帽交换将基于硫的保护基团替换为酰基，使用了特殊的封端剂。为了保留亲脂性标签以协助反相高效液相色谱（RP HPLC）纯化，在最后的合成周期中使用了特殊的磷酰亚胺。使用基于硫的基团进行保护和连接，寡核苷酸的脱保护和裂解是通过氧化随后在温和条件下进行beta-消除实现的。因此，除了用于不敏感寡核苷酸的合成外，本发明的实施方案还能够合成包含在先前的寡核苷酸合成技术中使用的严酷条件下无法存活的敏感功能团的寡核苷酸类似物。
• [EN] MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES AND METHODS OF USE<br/>[FR] OLIGONUCLÉOTIDES MODIFIÉS ET MÉTHODES D'UTILISATION
  申请人：ALIOS BIOPHARMA INC

  公开号：WO2018053185A1

  公开（公告）日：2018-03-22

  Modified oligonucleotides comprising modifications at the 2' and/or 3' positions(s) along with methods of making and use, e.g., against HBV are disclosed.

  修改的寡核苷酸包括在2'和/或3'位置进行修饰的方法以及制备和使用方法，例如用于对抗HBV的方法。
• NEW TYPE OF PREFABRICATED FULLY PROTECTED RIBONUCLEOTIDE MONOMER UNITS AS USEFUL SYNTHETIC INTERMEDIATES IN RAPID OLIGORIBONUCLEOTIDE SYNTHESIS
  作者：Sinkichi Honda、Kazunori Terada、Yoshinobu Sato、Mitsuo Sekine、Tsujiaki Hata

  DOI：10.1246/cl.1982.15

  日期：1982.1.5

  Oligoribonucleotide synthesis has been done by employing newly constructed fully protected ribonucleotide units, S,S-diphenyl 5′-O-dimethoxytrityl-2′-O-tetrahydropyranyl-N-monomethoxytritylnucleoside 3′-phosphorodithioates 7. The units were found to be useful synthetic intermediates for rapid oligoribonucleotide synthesis.

  寡核糖核苷酸合成是通过使用新构建的完全受保护的核糖核苷酸单元 S,S-二苯基 5'-O-二甲氧基三苯甲基-2'-O-四氢吡喃基-N-单甲氧基三苯甲基核苷 3'-二硫代磷酸酯 7 完成的。发现这些单元是有用的合成用于快速寡核糖核苷酸合成的中间体。
• Preparation of deoxynucleosides
  申请人：ISIS Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US06822089B1

  公开（公告）日：2004-11-23

  Methods for preparing deoxynucleosides from their corresponding ribonucleosides by forming 3-tert-butylphenoxythiocarbonylderivatives of the ribonucleosides and subsequently effecting radical deoxygenation reactions at the carbon atoms to be deoxygenated.

  通过将核糖核苷酸形成3-叔丁基苯氧硫代羰基核糖核苷酸衍生物，然后在需要脱氧的碳原子上进行自由基脱氧反应，制备脱氧核苷酸的方法。
• Molybdopterin Biosynthesis: Trapping of Intermediates for the MoaA-Catalyzed Reaction Using 2′-DeoxyGTP and 2′-ChloroGTP as Substrate Analogues.
  作者：Angad P. Mehta、Sameh H. Abdelwahed、Hui Xu、Tadhg P. Begley

  DOI：10.1021/ja502663k

  日期：2014.7.30

  molybdopterin biosynthesis. In this paper, we provide additional characterization of the MoaA reaction product, describe the use of 2′-chloroGTP to trap the GTP C3′ radical, generated by hydrogen atom transfer to the 5′-deoxyadenosyl radical, and the use of 2′-deoxyGTP to block a late step in the reaction sequence. These probes, coupled with the previously reported trapping of an intermediate in which C3′

  MoaA 是一种自由基 S-腺苷甲硫氨酸 (AdoMet) 酶，在钼蝶呤生物合成的第一步中催化鸟苷-5'-三磷酸 (GTP) 的复杂重排。在本文中，我们提供了 MoaA 反应产物的额外表征，描述了使用 2'-氯代 GTP 捕获 GTP C3' 自由基，该自由基是由氢原子转移到 5'-脱氧腺苷自由基产生的，以及使用 2'- deoxyGTP 以阻止反应序列中的后期步骤。这些探针，再加上先前报道的中间体的捕获，其中核糖的 C3' 与嘌呤的 C8 相连，使我们能够提出 MoaA 催化反应的合理机制。