N²-isobutyryl-9-(2-O-isobutyryl-β-D-arabinofuranosyl)guanine | 146954-66-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N²-isobutyryl-9-(2-O-isobutyryl-β-D-arabinofuranosyl)guanine
• 英文别名: [(2R,3S,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-[2-(2-methylpropanoylamino)-6-oxo-1H-purin-9-yl]oxolan-3-yl] 2-methylpropanoate
• CAS: 146954-66-7
• 化学式: C₁₈H₂₅N₅O₇
• 分子量: 423.426
• InChiKey: COGQPMXEQWYAHX-JGLBJEFFSA-N

物化性质

• 密度：
  1.61±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.61
• 拓扑面积：
  164
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N²-isobutyryl-9-(2-O-isobutyryl-β-D-arabinofuranosyl)guanine 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 tert-butyl-ammonium fluoride 、 (N,N-dimethylamino)pyrydine 、 Dowex 50W x 2-100 、 对甲苯磺酸 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 13.0h， 生成 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N2-异丁酰基-2'-氟脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets

  摘要：

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。

  DOI：

  10.1021/jm00059a007
• 作为产物：
  描述：

  N²-isobutyryl-9-(2-O-isobutyryl-3,5-O-(tetraisopropyldisiloxanylene)-β-D-arabinofuranosyl)guanine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以80%的产率得到N²-isobutyryl-9-(2-O-isobutyryl-β-D-arabinofuranosyl)guanine
  参考文献：
  名称：

  Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets

  摘要：

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。

  DOI：

  10.1021/jm00059a007

文献信息

• Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：EP1443051A2

  公开（公告）日：2004-08-04

  Compositions and methods are provided for the treatment and diagnosis of diseases amenable to modulation of the production of selected proteins. In accordance with preferred embodiments, oligonucleotides and oligonucleotide analogs are provided which are specifically hybridizable with a selected sequence of RNA or DNA wherein at least one of the 2'-deoxyfuranosyl moieties of the nucleoside unit is modified. Treatment of HIV, herpes virus, papillomavirus and other infections is provided.

  本发明提供了用于治疗和诊断可调节特定蛋白质产生的疾病的组合物和方法。根据优选的实施方案，提供了寡核苷酸和寡核苷酸类似物，它们可与选定的 RNA 或 DNA 序列特异性杂交，其中核苷单元的 2'-deoxyfuranosyl 分子中至少有一个被修饰。提供了艾滋病毒、疱疹病毒、乳头状瘤病毒和其他感染的治疗方法。
• SUGAR MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES THAT DETECT AND MODULATE GENE EXPRESSION
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：EP0549615B1

  公开（公告）日：2006-02-22
• US6531584B1
  申请人：——

  公开号：US6531584B1

  公开（公告）日：2003-03-11
• Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets
  作者：Andrew M. Kawasaki、Martin D. Casper、Susan M. Freier、Elena A. Lesnik、Maryann C. Zounes、Lendell L. Cummins、Carolyn Gonzalez、P. Dan Cook

  DOI：10.1021/jm00059a007

  日期：1993.4

  ''Uniformly'' modified phosphodiester or phosphorothioate oligonucleotides incorporating 2'-deoxy-2'-fluoroadenosine, -guanosine, -uridine, and -cytidine, reported herein for the first time, when hybridized with RNA afforded consistent additive enhancement of duplex stability without compromising base-pair specificity. CD spectra of the 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides hybridized with RNA indicated that the duplex adopts a fully A-form conformation. The 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides in phosphodiester form were not resistant to nucleases; however, the modified phosphorothioate oligonucleotides were highly nuclease resistant and retained exceptional binding affinity to the RNA targets. The stabilizing effects of the 2'-deoxy-2'-fluoro modifications on RNA-DNA duplexes were shown to be superior to those of the 2'-O-methylribo substitutions. RNA hybrid duplexes with uniformly 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides did not support HeLa RNase H activity; however, incorporation of the modifications into ''chimeric'' oligonucleotides has been shown to activate mammalian RNase H. ''Uniformly'' modified 2'-deoxy-2'-fluoro phosphorothioate oligonucleotides afforded antisense molecules with (1) high binding affinity and selectivity for the RNA target and (2) stability toward nucleases.

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。