5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N2-异丁酰基-2'-氟脱氧鸟苷 | 144089-96-3

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N2-异丁酰基-2'-氟脱氧鸟苷
• 英文名称: N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-3-fluoro-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N2-isobutyryl-2'-fluorodeoxyguanosine；N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-3-fluoro-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide；N-[9-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-fluoro-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 144089-96-3
• 化学式: C₃₅H₃₆FN₅O₇
• 分子量: 657.699
• InChiKey: QQQXVSXVBFQISZ-UNVYQVKTSA-N

物化性质

• 密度：
  1.38±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5
• 重原子数：
  48
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  146
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  10

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N2-异丁酰基-2'-氟脱氧鸟苷 在 咪唑 、 三乙基硅烷 、 二氯乙酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 16.5h， 生成 N-(9-((2R,3R,4R,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-3-fluoro-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide
  参考文献：
  名称：

  Modified Short Interfering Nucleic Acid (siNA) Molecules and Uses Thereof

  摘要：

  本文披露了包含修饰核苷酸的短干扰核酸（siNA）分子及其用途。siNA分子可以是双链的，并包括从2'-O-甲基核苷酸和2'-氟核苷酸中选择的修饰核苷酸。本文还披露了包含（a）磷酸化阻断剂、共轭基团或5'-稳定端盖；以及（b）短干扰核酸（siNA）的siNA分子。

  公开号：

  US20220177888A1
• 作为产物：
  描述：

  Isobutyric acid (2R,3S,4R,5R)-2-(2-isobutyrylamino-6-oxo-1,6-dihydro-purin-9-yl)-4-(tetrahydro-pyran-2-yloxy)-5-(tetrahydro-pyran-2-yloxymethyl)-tetrahydro-furan-3-yl ester 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 tert-butyl-ammonium fluoride 、 (N,N-dimethylamino)pyrydine 、 Dowex 50W x 2-100 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 11.0h， 生成 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N2-异丁酰基-2'-氟脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets

  摘要：

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。

  DOI：

  10.1021/jm00059a007

文献信息

• PHOSPHORAMIDITE BUILDING BLOCKS FOR SUGAR-CONJUGATED OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：AM CHEMICALS LLC

  公开号：US20160083414A1

  公开（公告）日：2016-03-24

  Novel nucleoside phosphoramidite building blocks for preparation of synthetic oligonucleotides containing at least one phosphotriester linkage conjugated to a monosaccharide and synthetic processes for making the same are disclosed. Furthermore, oligomeric compounds are prepared using said building blocks, preferably followed by removal of protecting groups to provide monosaccharide-conjugated oligonucleotides.

  揭示了用于制备含至少一种磷酸三酯键连接的寡核苷酸的合成寡核苷酸的新型核苷酸磷酰胺酯构建模块，其与单糖偶联，并公开了制备这些构建模块的合成过程。此外，使用这些构建模块制备寡聚合物化合物，最好是在去除保护基之后，以提供单糖偶联的寡核苷酸。
• [EN] CYCLIC DINUCLEOTIDES AS STING AGONISTS<br/>[FR] DINUCLÉOTIDES CYCLIQUES UTILISÉS EN TANT QU'AGONISTES STING
  申请人：BEIGENE LTD

  公开号：WO2021013234A1

  公开（公告）日：2021-01-28

  Disclosed herein are cyclic di-nucleotide compounds and derivatives thereof that may be useful as STING agonists, and a pharmaceutical composition comprising the same. Also disclosed herein is the process for synthesis and to uses of such cyclic di-nucleotide compounds in various diseases including cancer, HIV infection and HBV infection.

  本文披露了可能作为STING激动剂有用的环二核苷酸化合物及其衍生物，以及包含它们的药物组合物。本文还披露了合成这种环二核苷酸化合物的过程以及在各种疾病中的用途，包括癌症、HIV感染和HBV感染。
• [EN] TECHNOLOGIES USEFUL FOR OLIGONUCLEOTIDE PREPARATION<br/>[FR] TECHNOLOGIES UTILES POUR LA PRÉPARATION D'OLIGONUCLÉOTIDES
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2020191252A1

  公开（公告）日：2020-09-24

  Among other things, the present disclosure provides technologies for oligonucleotide preparation, particularly chirally controlled oligonucleotide preparation, which technologies provide greatly improved crude purity and yield, and significantly reduce manufacturing costs.

  除其他事项外，本公开提供了寡核苷酸制备技术，特别是手性控制的寡核苷酸制备技术，这些技术大大提高了粗品纯度和产量，并显著降低了制造成本。
• Versatile Solid Supports for Oligonucleotide Synthesis that Incorporate Urea Bridge
  作者：Andrey Yagodkin、Janne Weisel、Alex Azhayev

  DOI：10.1080/15257770.2011.582851

  日期：2011.7

  The universal solid support, USIII, representing a new and improved version of commercial USII, as well as 2 ′-deoxynucleoside and 2 ′-deoxy-2 ′-fluoronucleoside bound supports, incorporating a labile phenoxyacetyl fragment, was synthesized by an aminomethyl polystyrene carbamoylation with corresponding azides in the presence of aqueous triethylammonium bicarbonate. All three solid phases incorporate

  通过氨基甲基聚苯乙烯氨基甲酸酯化反应合成了通用的固体支持物USIII，它代表了商业USII的新的改进版本，以及2'-脱氧核苷和2'-脱氧-2'-氟核苷结合的支持物，并结合了不稳定的苯氧乙酰基片段。在碳酸氢三乙铵水溶液中与相应的叠氮化物反应。所有三个固相均包含稳定的尿素系链，从而桥接了聚合物和功能性连接基。这些新基质被证明是强大的固相，可用于合成DNA，RNA或修饰的寡核苷酸以及随机混合的2'-ribo / 2'-deoxy-2'-fluoro-RNA库和/或DNA库，三核苷酸（密码子）。
• [EN] COMPOSITIONS AND METHODS FOR ACTIVATING "STIMULATOR OF INTERFERON GENE" -DEPENDENT SIGNALLING<br/>[FR] COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS D'ACTIVATION DE LA SIGNALISATION DÉPENDANTE DE « STIMULATEUR DE GÈNES D'INTERFÉRON »
  申请人：ADURO BIOTECH INC

  公开号：WO2016145102A1

  公开（公告）日：2016-09-15

  The present invention provides highly active cyclic-di-nucleotide (CDN) immune stimulators that activate DCs via a recently discovered cytoplasmic receptor known as STING (Stimulator of Interferon Genes), In particular, the CDNs of the present invention are provided in the form of a composition comprising one or more cyclic purine dinucleotides induce human STING-dependent type I interferon production, wherein the cyclic purine dinuclotides present in the composition are 2'-fluoro substituted, bis-3',5'CDNs, and most preferably one or more 2',2"-diF-Rp,Rp, bis-3',5'CDNs.

  本发明提供了高活性的环二核苷酸（CDN）免疫刺激剂，通过一种最近发现的细胞质受体STING（干扰素基因刺激因子）激活DCs。具体而言，本发明的CDN以一种组合物的形式提供，其中包括一种或多种环嘌呤二核苷酸，诱导人类STING依赖型I干扰素的产生，所述组合物中的环嘌呤二核苷酸为2'-氟取代的双3',5'CDNs，最好是一种或多种2',2"-二F-Rp,Rp，双3',5'CDNs。