(1S,3R,4R,7S)-3-(adenine-9-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 206055-70-1

• 物质功能分类: 医药中间体 - 杂环化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: (1S,3R,4R,7S)-3-(adenine-9-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: (1S,3R,4R,7S)-3-(adenin-9-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane；(1S,3R,4R,7S)-3-(6-amino-9H-purin-9-yl)-1-(hydroxymethyl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-7-ol；2′-O,4′-C-methyleneadenosine；(1S,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-3-(adenin-9-yl)-2,5-dioxabicyclo-[2.2.1]heptane；LNA-Adenosine；(1S,3R,4R,7S)-3-(6-aminopurin-9-yl)-1-(hydroxymethyl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-7-ol
• CAS: 206055-70-1
• 化学式: C₁₁H₁₃N₅O₄
• 分子量: 279.255
• InChiKey: GHKDRNDFVCEETA-KYAGDKKUSA-N

物化性质

• 沸点：
  660.0±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  2.14±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.8
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  129
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1S,3R,4R,7S)-3-(adenine-9-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在 ammonium hydroxide 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 2.83h， 生成 (1S,3R,4R,7S)-3-(6-N-benzoyladenine-9-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  LNA（锁定核酸）：腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶和尿嘧啶双环核苷单体的合成，寡聚化和前所未有的核酸识别

  摘要：

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00094-5
• 作为产物：
  描述：

  D-glucose 在 吡啶 、 sodium hypochlorite 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 2,2,6,6-四甲基哌啶氧化物 、 lithium hydroxide monohydrate 、 磷酸 、 硫酸 、 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 、 水 、 氢气 、 四丁基硫酸氢铵 、 四氯化锡 、 碳酸氢钠 、 溶剂黄146 、 potassium bromide 、 sodium hydroxide 、 zinc(II) chloride 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙酸乙酯 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 105.0 ℃ 、405.33 kPa 条件下， 反应 31.33h， 生成 (1S,3R,4R,7S)-3-(adenine-9-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  [EN] NOVEL PROCESS FOR MAKING ALLOFURANOSE FROM GLUCOFURANOSE
  [FR] NOUVEAU PROCÉDÉ DE FABRICATION D'ALLOFURANOSE À PARTIR DE GLUCOFURANOSE

  摘要：

  本发明涉及从描述和权利要求中定义的葡糖呋喃糖中制备阿洛呋喃糖。阿洛呋喃糖是合成寡核苷酸时的中间体，可用作药物。

  公开号：

  WO2019224172A1

文献信息

• LNA (Locked Nucleic Acids): Synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil bicyclonucleoside monomers, oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition
  作者：Alexei A. Koshkin、Sanjay K. Singh、Poul Nielsen、Vivek K. Rajwanshi、Ravindra Kumar、Michael Meldgaard、Carl Erik Olsen、Jesper Wengel

  DOI：10.1016/s0040-4020(98)00094-5

  日期：1998.4

  LNA (Locked Nucleic Acids), consisting of 2′-O,4′-C-methylene bicyclonucleoside monomers, is efficiently synthesized and its nucleic acid recognition potential evaluated for six different nucleobases, namely adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil. Unprecedented increases (+3 to +8 °C per modification) in the thermal stability of duplexes towards both DNA and RNA were obtained

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。
• Design, synthesis, and biological evaluation of LNA nucleosides as adenosine A3 receptor ligands
  作者：Jacob Ravn、Katrine Qvortrup、Christoph Rosenbohm、Troels Koch

  DOI：10.1016/j.bmc.2007.05.056

  日期：2007.8

  on the bicyclo[2.2.1]heptane scaffold of locked nucleic acid (LNA) and tested them for both agonist and antagonist activity at the adenosine A(3) receptor. The design of these derivatives was based on the known A(3) agonist IB-MECA and related compounds. Modifications thus include the 5'-uronamides and N(6)-(3-iodobenzyl) derivatives. In this way we have prepared analogs of known A(3) agonists with

  我们基于锁定核酸（LNA）的双环[2.2.1]庚烷骨架制备了一系列腺苷类似物，并对其在腺苷A（3）受体上的激动剂和拮抗剂活性进行了测试。这些衍生物的设计基于已知的A（3）激动剂IB-MECA和相关化合物。因此，修饰包括5'-脲酰胺和N（6）-（3-碘苄基）衍生物。以这种方式，我们制备了已知的A（3）激动剂的类似物，其中糖环被限制在N-构象中。为了比较，我们还制备了IB-MECA的2'-O-甲基衍生物。LNA核苷无激动剂活性，但其中一些是有效的拮抗剂。IB-MECA的2'-O-甲基衍生物是与母体化合物具有相似效力的激动剂。
• Synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：US20030092905A1

  公开（公告）日：2003-05-15

  A synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides which is shorter and provides higher overall yields proceeds via the key intermediate of the general formula III, wherein R 4 and R 5 are, for instance, sulfonates and R 7 is, for instance, a halogen or an acetate. From compounds of the general formula II, such as 3-O-aryl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-&agr;-D-ribofuranose, intermediates of the general formula III are suitable for coupling with silylated nucleobases. Upon one-pot base-induced ring-closure and desulfonation of the formed [2.2.1]bicyclo nucleoside, a short route to each the LNA (Locked Nucleic Acid) derivatives of adenosine, cytosine, uridine, thymidine and guanidine is demonstrated. The use of the 5′-sulfonated ring-closed intermediate also allows for synthesis of 5′-amino- and thio-LNAs. 1

  通过通式III的关键中间体进行合成[2.2.1]双环核苷，该方法较短且提供更高的总收率，其中R4和R5例如为磺酸盐，R7例如为卤素或醋酸盐。从通式II的化合物，例如3-O-芳基-4-C-羟甲基-1,2-O-异丙基亚-D-核糖，通式III的中间体适用于与硅化核苷碱进行偶联。通过一锅法碱催化环闭合和去磺酸化形成的[2.2.1]双环核苷，演示了腺嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶和鸟嘌呤的LNA（锁定核酸）衍生物的短路线。使用5'-磺酸化环闭合中间体还允许合成5'-氨基和硫代-LNA。
• An improved protection-free one-pot chemical synthesis of purine locked nucleic acid nucleoside-5′-triphosphates
  作者：Muthian Shanmugasundaram、Annamalai Senthilvelan、Anilkumar R. Kore

  DOI：10.1080/15257770.2021.1994992

  日期：2022.1.2

  for the gram-scale chemical synthesis of purine locked nucleic acid (LNA) nucleotides such as LNA-guanosine-5′-triphosphate (LNA-GTP) and LNA-adenosine-5′-triphosphate (LNA-ATP) starting from the corresponding nucleoside is described. The overall reaction utilizes an improved “one-pot, three-step” Ludwig synthetic strategy that involves the monophosphorylation of LNA nucleoside, followed by the reaction

  摘要 一种简单、可靠、直接且有效的嘌呤锁核酸 (LNA) 核苷酸（例如 LNA-鸟苷-5'-三磷酸 (LNA-GTP) 和 LNA-腺苷-5'-三磷酸）的克级化学合成方法描述了从相应的核苷开始的 (LNA-ATP)。整个反应采用改进的“一锅三步”路德维希合成策略，包括 LNA 核苷的单磷酸化，然后与焦磷酸三丁基铵反应，随后用水水解生成的环状中间体，以提供相应的嘌呤 LNA 核苷酸产率高，纯度高（>99.5%）。
• Oligonucleotide analogues
  申请人：Wengel Jesper

  公开号：US20050287566A1

  公开（公告）日：2005-12-29

  The present invention relates to novel bicyclic and tricyclic nucleoside and nucleotide analogues as well as to oligonucleotides comprising such elements. The nucleotide analogues, LNAs (Locked Nucleoside Analogues), are able to provide valuable improvements to oligonucleotides with respect to affinity and specificity towards complementary RNA and DNA oligomers. The novel type of LNA modified oligonucleotides, as well as the LNAs as such, are useful in a wide range of diagnostic applications as well as therapeutic applications. Among these can be mentioned antisense applications, PCR applications, strand displacement oligomers, as substrates for nucleic acid polymerases, as nucleotide based drugs, etc. The present invention also relates to such applications.

  本发明涉及新型的双环和三环核苷酸和核苷酸类似物，以及包含这些元素的寡核苷酸。这些核苷酸类似物，即锁定核苷酸类似物（LNAs），能够为寡核苷酸提供与互补RNA和DNA寡聚物的亲和力和特异性方面的有价值的改进。这种新型的LNA修饰的寡核苷酸以及LNA本身在广泛的诊断应用和治疗应用中非常有用。其中包括反义应用、PCR应用、链置换寡聚物、作为核酸聚合酶的底物、作为基于核苷酸的药物等。本发明还涉及这些应用。