O^2'_,O3'_,O5'-tris-trimethylsilanyl-adenosine | 10457-15-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: O^2'_,O3'_,O5'-tris-trimethylsilanyl-adenosine
• 英文别名: 9-[(2R,3R,4R,5R)-3,4-bis(trimethylsilyloxy)-5-(trimethylsilyloxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-amine
• CAS: 10457-15-5
• 化学式: C₁₉H₃₇N₅O₄Si₃
• 分子量: 483.79
• InChiKey: XKWSHWBHAXXJOJ-NVQRDWNXSA-N

物化性质

• 沸点：
  510.4±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.17±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  31.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.74
• 拓扑面积：
  106.54
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O^2'_,O3'_,O5'-tris-trimethylsilanyl-adenosine 在 ammonium hydroxide 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 腺苷
  参考文献：
  名称：

  用萘钠有效去除嘌呤核苷中的糖O-甲苯磺酰基和杂环卤素

  摘要：

  萘二甲酸钠可去除糖中的2 '-，3'-或5'- O-甲苯磺酰基，并去除嘌呤核苷中的2-，6-或8-卤素。开发了一种改进的甲苯磺酰基保护策略，用于从2'，5'-二-O-甲苯磺酰基腺苷合成9-（3-脱氧-3-氟-β-D-木呋喃糖基）腺嘌呤。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(97)00313-x
• 作为产物：
  描述：

  2-氯腺嘌呤核苷 在 吡啶 、 sodium naphthalenide 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 O^2'_,O3'_,O5'-tris-trimethylsilanyl-adenosine
  参考文献：
  名称：

  用萘钠有效去除嘌呤核苷中的糖O-甲苯磺酰基和杂环卤素

  摘要：

  萘二甲酸钠可去除糖中的2 '-，3'-或5'- O-甲苯磺酰基，并去除嘌呤核苷中的2-，6-或8-卤素。开发了一种改进的甲苯磺酰基保护策略，用于从2'，5'-二-O-甲苯磺酰基腺苷合成9-（3-脱氧-3-氟-β-D-木呋喃糖基）腺嘌呤。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(97)00313-x

文献信息

• Reliable Chemical Synthesis of Oligoribonucleotides (RNA) with 2′-O-[(Triisopropylsilyl)oxy]methyl(2′-O-tom)-Protected Phosphoramidites
  作者：Stefan Pitsch、Patrick A. Weiss、Luzi Jenny、Alfred Stutz、Xiaolin Wu

  DOI：10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3773::aid-hlca3773>3.0.co;2-e

  日期：2001.12.19

  A method for the introduction of the 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) group into N-acetylated, 5'-O-dimethoxytritylated ribonucleosides is presented. The corresponding 2'-O-tom-protected phosphoramidite building blocks were obtained in pure form and were successfully employed for the routine synthesis of oligoribonucleotides on DNA synthesizers. Under DNA coupling conditions (2.5 min coupling

  介绍了一种将 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) 基团引入 N-乙酰化、5'-O-二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的方法。相应的 2'-O-tom 保护的亚磷酰胺结构单元以纯形式获得，并成功用于 DNA 合成仪上寡核糖核苷酸的常规合成。在 DNA 偶联条件下（1.5 mmol 合成规模的偶联时间为 2.5 分钟）并以 5-(苄硫基)-1H-四唑 (BTT) 作为活化剂。2'-O-tom 保护的亚磷酰胺表现出 av。耦合产率 >99.4%。N-乙酰基和 2'-O-tom 保护基团的组合实现了可靠和完整的两步脱保护，首先使用 EtOH/H2O 中的 MeNH2，然后使用 THF 中的 Bu4NF，而不会同时破坏产物 RNA 序列。[关于 SciFinder (R)]
• The use of labile base protecting groups in oligoribonucleotide synthesis
  作者：Carole Chaix、Didier Molko、Robert Téoule

  DOI：10.1016/s0040-4039(01)80326-9

  日期：——

  The use of phenoxyacetyl group for the protection of the exocyclic amino function of purine bases and acetyl group for cytosine in oligonucleotide synthesis by the cyanoethylphosphoramidite approach is described. A side reaction - i.e. partial replacement of phenoxyacetyl group of protected guanines by acetyl group - was observed during the capping step. It can be avoided by the use of phenoxyacetic

  描述了在通过氰基乙基亚磷酰胺方法合成寡核苷酸中，苯氧基乙酰基用于保护嘌呤碱基的环外氨基官能团和乙酰基用于胞嘧啶。在加盖步骤中观察到了副反应，即被保护的鸟嘌呤的苯氧基乙酰基部分被乙酰基部分取代。可以通过使用苯氧乙酸酐代替乙酸酐来避免这种情况。
• A Convenient Way to <i>N</i>-Allyloxycarbonyl Protected Adenosine and Cytidine Derivatives
  作者：Sophie B. Heidenhain、Yoshihiro Hayakawa

  DOI：10.1055/s-1998-1822

  日期：1998.8

  A convenient method for the introduction of an allyloxycarbonyl protector to adenyl and cytosyl bases using commercially available allyloxycarbonyl chloride as the protecting reagent has been developed.

  开发了一种使用市售烯丙氧基羰基氯作为保护试剂，向腺嘧啶和胞嘧啶基上引入烯丙氧基羰基保护基的简便方法。
• Nucleotides, Part LXVII, The 2-Cyanoethyl and (2-Cyanoethoxy)carbonyl Group for Base Protection in Nucleoside and Nucleotide Chemistry
  作者：Claudia Merk、Tilman Reiner、Evgeny Kvasyuk、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/1522-2675(20001220)83:12<3198::aid-hlca3198>3.0.co;2-q

  日期：2000.12.20

  The amino functions of the common 2′-deoxyribo- and ribonucleosides were blocked by the (2-cyanoethoxy)carbonyl group on treatment with 2-cyanoethyl carbonochloridate (5) or 1-[(2-cyanoethoxy)carbonyl]-3-methyl-1H-imidazolium chloride (6) leading to 7, 18, 8, 19, 9, and 20. In 2′-deoxyguanosine, the amide group was additionally blocked at the O6 position by the 2-cyanoethyl (27) and 2-(4-nitrophenyl)ethyl

  在用 2-氰基乙基碳氯酸酯 (5) 或 1-[(2-氰基乙氧基)羰基]-3-甲基-处理时，常见的 2'-脱氧核糖和核糖核苷的氨基官能团被 (2-氰基乙氧基)羰基封闭。 1H-咪唑氯化物 (6) 产生 7, 18, 8, 19, 9 和 20。在 2'-脱氧鸟苷中，酰胺基团在 O6 位被 2-氰乙基 (27) 和 2-( 4-硝基苯基)乙基(31, 32)。关于通过 β-消除裂解 ce/ceoc 和 npe/npeoc 基团的比较动力学研究揭示了有关核碱基不同位点的各种封闭基团的容易性和顺序脱保护的有价值的信息。
• Membrane-Permeable Octanoyloxybenzyl-Masked cNMPs As Novel Tools for Non-Invasive Cell Assays
  作者：Alexandra Ruthenbeck、Elisa Marangoni、Björn-Ph. Diercks、Aileen Krüger、Alexander Froese、Nadja Bork、Viacheslav Nikolaev、Andreas Guse、Chris Meier

  DOI：10.3390/molecules23112960

  日期：——

  Adenine nucleotide (AN) 2nd messengers, such as 3′,5′-cyclic adenosine monophosphate (cAMP), are central elements of intracellular signaling, but many details of their underlying processes remain elusive. Like all nucleotides, cyclic nucleotide monophosphates (cNMPs) are net-negatively charged at physiologic pH which limits their applicability in cell-based settings. Thus, many cellular assays rely on sophisticated techniques like microinjection or electroporation. This setup is not feasible for medium- to high-throughput formats, and the mechanic stress that cells are exposed to raises the probability of interfering artefacts or false-positives. Here, we present a short and flexible chemical route yielding membrane-permeable, bio-reversibly masked cNMPs for which we employed the octanoyloxybenzyl (OB) group. We further show hydrolysis studies on chemical stability and enzymatic activation, and present results of real-time assays, where we used cAMP and Ca2+ live cell imaging to demonstrate high permeability and prompt intracellular conversion of some selected masked cNMPs. Based on these results, our novel OB-masked cNMPs constitute valuable precursor-tools for non-invasive studies on intracellular signaling.

  腺嘌呤核苷酸（AN）第二信使，如3′,5′-环腺苷单磷酸（cAMP），是细胞内信号传导的中心元素，但其潜在过程的许多细节仍然不明确。像所有核苷酸一样，环核苷酸单磷酸（cNMPs）在生理pH下是净负电荷，这限制了它们在基于细胞的设置中的适用性。因此，许多细胞分析依赖于微注射或电穿孔等复杂技术。这种设置对于中高通量格式来说是不可行的，而细胞所受的机械应力增加了干扰性伪迹或假阳性的可能性。在这里，我们提出了一种简短灵活的化学途径，产生了可渗透膜、可生物逆转掩蔽的cNMPs，我们采用了辛酰氧基苯基（OB）基团。我们进一步展示了化学稳定性和酶促活化的水解研究，并呈现了实时分析结果，我们使用cAMP和Ca2+活细胞成像来展示一些选定掩蔽cNMPs的高渗透性和迅速的细胞内转化。基于这些结果，我们的新型OB掩蔽cNMPs构成了用于细胞内信号研究的有价值的前体工具。