N-(苯氧基乙酰基)腺苷 | 119824-65-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: N-(苯氧基乙酰基)腺苷
• 英文名称: N⁶-phenoxyacetyladenosine
• 英文别名: adenosine；Ade(pac)；N-(9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-yl)-2-phenoxyacetamide；N-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]-2-phenoxyacetamide
• CAS: 119824-65-6
• 化学式: C₁₈H₁₉N₅O₆
• 分子量: 401.379
• InChiKey: FLHMVFSWPWAGQW-XKLVTHTNSA-N

物化性质

• 熔点：
  110-112 °C(Solv: ethanol (64-17-5); water (7732-18-5))
• 密度：
  1.67±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.1
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  152
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  9

制备方法与用途

N-(2-苯氧基乙酰基)腺苷是一种腺苷类似物，主要作为平滑肌血管扩张剂发挥作用，并已被证实能够抑制癌症的进展。这类产品中较为知名的是磷酸腺苷、阿卡地辛(HY-13417)、氯法拉滨(HY-A0005)、磷酸氟达拉滨(HY-B0028)和维达拉宾(HY-B0277)。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(苯氧基乙酰基)腺苷 在 4-二甲氨基吡啶 咪唑 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3R,4R,5R)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-4-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-[6-(2-phenoxy-acetylamino)-purin-9-yl]-tetrahydro-furan-3-yl ester 2-cyano-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  不稳定碱基保护基在寡核糖核苷酸合成中的应用

  摘要：

  描述了在通过氰基乙基亚磷酰胺方法合成寡核苷酸中，苯氧基乙酰基用于保护嘌呤碱基的环外氨基官能团和乙酰基用于胞嘧啶。在加盖步骤中观察到了副反应，即被保护的鸟嘌呤的苯氧基乙酰基部分被乙酰基部分取代。可以通过使用苯氧乙酸酐代替乙酸酐来避免这种情况。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(01)80326-9
• 作为产物：
  描述：

  阿糖腺苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 、 溶剂黄146 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 甲基肼 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 28.5h， 生成 N-(苯氧基乙酰基)腺苷
  参考文献：
  名称：

  有效固相合成和2'- O-脱保护RNA序列的创新2' - O-氨基-2-丙酸酯保护基

  摘要：

  核糖核苷的2'-羟基功能的保护基的实施仍然具有挑战性，特别是当RNA序列必须具有最高纯度以作为基于核酸的药物用于治疗应用时。2'-羟基保护基应最佳（i）易于安装；（ii）允许快速有效地将2'- O保护的核糖核苷掺入RNA序列，以最大程度地减少固相过程中与过程相关的杂质（例如，比全长序列短）的形成合成; （iii）从RNA序列上完全切割，而没有烷基化副产物的产生和/或诱变的核碱基加合物的形成。2'- O的反应-氨基核糖核苷与丙酮酸乙酯导致形成稳定的2' - O-亚氨基-2-甲基丙酸乙酯，并随后形成受完全保护的核糖核苷亚磷酰胺单体，这是两个嵌合RNA固相合成所必需的含有四个典型核糖核苷的序列（20-聚体）。用氢氧化钠溶液处理RNA序列后，将2' - O-亚氨基-2-甲基丙酸乙酯保护基皂化为其钠盐，在离子交换后，在中性条件下，将其进行定量的分子内脱羧。 65℃，以提供完全去保护的RNA序列在除了从商业2'-获得的那些略微更好的产率ø

  DOI：

  10.1021/acs.joc.0c02773

文献信息

• Nucleotides. Part LXXIX
  作者：Christoph Hermann、Evgeny Kvassiouk、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.201000403

  日期：2011.3

  Two series of new ribonucleoside 3′‐phosphoramidites (see 36–42) carrying the photolabile [2‐(2‐nitrophenyl)propoxy]carbonyl group at the 5′‐O‐position were synthesized and characterized as monomeric building blocks for photolithographic syntheses of RNA chips. Base protection was achieved in the well‐known manner by the 2‐(4‐nitrophenyl)ethyl (npe) and the [2‐(4‐nitrophenyl)ethoxy]carbonyl (npeoc)

  两个系列的新的核糖核苷3'-亚磷酰胺（参见36 - 42）承载光不稳定[2-（2-硝基苯基）丙氧基]羰基处的5'- Ò位上被合成和表征作为用于光刻合成单体结构单元RNA芯片。通过2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和[2-（4-硝基苯基）乙氧基]羰基（npeoc）基团以众所周知的方式实现了碱保护。碳水化合物部分还带有2' - O-（四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基）基团以阻断2'-OH功能。
• An azidomethyl protective group in the synthesis of oligoribonucleotides by the phosphotriester method
  作者：V. A. Efimov、A. V. Aralov、S. V. Fedunin、V. N. Klykov、O. G. Chakhmakhcheva

  DOI：10.1134/s1068162009020149

  日期：2009.3

  A rapid and effective method of an automatic oligoribonucleotide synthesis alternative to the phosphoroamidite one was developed based on the phosphotriester approach of internucleotide bond formation under intramolecular O-nucleophilic catalysis and the use of an azidomethyl group for protection of a nucleotide 2'-hydroxyl function.

  基于分子内O-亲核催化下核苷酸间键形成的磷酸三酯方法，并利用叠氮基甲基保护核苷酸2'-羟基功能，开发了一种快速有效的寡核苷酸自动寡核苷酸合成方法，替代了磷酰胺
• CHEMICALLY SUBSTITUTED THERMOSENSITIVE PROBES AND COFACTORS FOR HOT START LIGATION
  申请人：TRILINK BIOTECHNOLOGIES

  公开号：US20140038181A1

  公开（公告）日：2014-02-06

  Provided herein are methods for ligase mediated nucleic acid replication and amplification of oligo- and probes containing substituted ligase components, particularly substituted ligase cofactors, substituted oligo- and probe acceptors, substituted oligo- and probe donors, substituted adenylated oligo- and polynucleotide donor intermediates carrying thermolabile group or groups. The substituted ligase components are not active until Hot Start activation step converts them into unsubstituted or natural ligase components, which fully support ligase reaction. The described methods are readily applied to ligation-based assays, especially utilizing Ligase Chain Reaction (LCR), for detection of a nucleic acid sequence where the use of the substituted ligase components improves an overall efficiency of LCR, increase discrimination between matched and mismatched templates and reduces or eliminates appearance of false positive signal. Furthermore, the use of the substituted ligase components reduces or eliminates the false positive signal originated from the template independent and blunt-ended ligation.

  本文提供了一种利用连接酶介导的核酸复制和扩增方法，其中包含了含有取代连接酶组分（特别是取代连接酶辅因子、取代寡核苷酸接受体、取代寡核苷酸供体和携带热敏基团的取代腺苷化寡核苷酸供体中间体）的寡核苷酸和探针的扩增。这些取代连接酶组分在热启动激活步骤之前是不活跃的，直到转化为非取代或自然连接酶组分，才能完全支持连接反应。所述方法可轻松应用于基于连接的检测，特别是利用连接链反应（LCR）检测核酸序列，其中使用取代连接酶组分可提高LCR的整体效率，增加匹配和不匹配模板之间的区别，并减少或消除假阳性信号的出现。此外，使用取代连接酶组分可减少或消除由模板非依赖性和钝端连接引起的假阳性信号。
• Enzymatic RNA molecules for treatment of stenotic conditions
  申请人：RIBOZYME PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：EP0786522A2

  公开（公告）日：1997-07-30

  An enzymatic RNA molecule which cleaves an mRNA associated with development or maintenance of a stenotic condition such as restenosis. The target mRNA is preferably the c-myb mRNA.

  一种酶 RNA 分子，可裂解与狭窄状况（如再狭窄）的发展或维持有关的 mRNA。目标 mRNA 最好是 c-myb mRNA。
• Method and reagent for treatment of NF-kappaB dependent animal diseases
  申请人：RIBOZYME PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：EP1251170A2

  公开（公告）日：2002-10-23

  An enzymatic RNA molecule which cleaves mRNA associated with development or maintenance of an inflammatory disease, an arthritic condition, a stenotic condition, or a cardiovascular condition.

  一种酶 RNA 分子，可裂解与炎症、关节炎、血管狭窄或心血管疾病的发展或维持有关的 mRNA。