5-叠氮基甲基-2'-脱氧尿苷 | 59090-48-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 5-叠氮基甲基-2'-脱氧尿苷
• 英文名称: 5-azidomethyl-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 5-(azidomethyl)-2’-deoxyuridine；5-(azidomethyl)-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 59090-48-1
• 化学式: C₁₀H₁₃N₅O₅
• 分子量: 283.244
• InChiKey: JKSAKMHLWMCADM-XLPZGREQSA-N

物化性质

• 溶解度：
  溶于水、醇、DMSO、DMF

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  114
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

制备方法与用途

α-叠氮胸苷是一种嘌呤核苷类似物，它具有广泛抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-叠氮基甲基-2'-脱氧尿苷 在 吡啶 、 5%-palladium/activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 31.0h， 生成 5-(N-trifluoroacetamidomethyl)-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
  参考文献：
  名称：

  Double-stranded oligonucleotides containing 5-aminomethyl-2′-deoxyuridine form thermostable anti-parallel triplexes with single-stranded DNA or RNA

  摘要：

  This Letter describes the synthesis and properties of double-stranded antisense oligonucleotides connected with a pentaerythritol linker. We found that double-stranded antisense oligonucleotides with aminomethyl residues have high affinity for single-stranded DNA or RNA in buffer solutions with and without MgCl2. Thus, these oligonucleotides would be useful as antisense oligonucleotides for targeting single-stranded RNA through triplex formation. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2012.03.024
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 偶氮二异丁腈 、 sodium methylate 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 苯 为溶剂， 反应 18.75h， 生成 5-叠氮基甲基-2'-脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  用于氧化还原标记的碳硼烷或金属碳硼烷连接的核苷酸。用于电化学分析和测序的所有四种 DNA 碱基的正交多电位编码

  摘要：

  我们报告了一系列带有二碳酰氨基-十一硼酸盐 ([C 2 B 9 H 11 ] 1– )、[3,3'-铁-双(1,2-二碳化物)] - (FESAN, [Fe(C 2 B 9 H 11 ) 2 ] 2– ) 或 [3,3'-钴-双(1,2-二碳化物)] - (COSAN, [Co(C 2 B 9 H 11 ) 2 ] 2 – ) 通过 Sonogashira 交叉偶联或 CuAAC 点击反应制备的组。改良的dN X TPs 是通过引物延伸 (PEX) 酶促合成修饰 DNA 中 KOD XL DNA 聚合酶的底物。该巢-carborane-和FESAN修饰的核苷酸在方波伏安法，得到分析有用的氧化的信号，并用于DNA的氧化还原标记。氧化还原修饰的 DNA 探针是使用加尾引物通过 PEX 制备的，并与包含捕获寡核苷酸的电极（金或玻璃碳）杂交。尼多的组合-碳硼烷和 FESAN 连接的核苷酸与 7-二茂铁基乙炔基-7-脱氮-dATP

  DOI：

  10.1021/jacs.1c02222

文献信息

• Synthesis of water-soluble prodrugs of 5-modified 2ʹ-deoxyuridines and their antibacterial activity
  作者：Sergey D. Negrya、Maxim V. Jasko、Pavel N. Solyev、Inna L. Karpenko、Olga V. Efremenkova、Byazilya F. Vasilyeva、Irina G. Sumarukova、Sergey N. Kochetkov、Liudmila A. Alexandrova

  DOI：10.1038/s41429-019-0273-x

  日期：2020.4

  set of pyrimidine nucleoside derivatives bearing extended alkyltriazolylmethyl substituents at position 5 of the nucleic base, and showed their significant activity against Mycobacterium tuberculosis virulent laboratory strain H37Rv as well as drug-resistant MS-115 strain. The presence of a lengthy hydrophobic substituent leads to the reduction of nucleoside water solubility making their antibacterial

  最近，我们合成了一组嘧啶核苷衍生物，它们在核酸碱基的5位带有扩展的烷基三唑基甲基取代基，并显示出它们对结核分枝杆菌有毒力的实验室菌株H37Rv和抗药性MS-115菌株的显着活性。较长的疏水取代基的存在导致核苷水溶性降低，从而使其抗菌活性难以研究。合成了一系列水溶性的5-修饰的2'-脱氧尿苷4a-c和8a-c。与母体化合物1a和1b相比，它们的溶解度至少高出两个数量级。它们的半水解时间为5-12小时，对于临床前药而言，这被认为是最佳的。
• [EN] METHODS AND REAGENTS FOR CROSS-LINKING CELLULAR DNA AND RNA VIA STRAIN-PROMOTED DOUBLE-CLICK REACTIONS<br/>[FR] PROCÉDÉS ET RÉACTIFS POUR LA RÉTICULATION D'ADN ET D'ARN CELLULAIRES PAR L'INTERMÉDIAIRE DE RÉACTIONS À DOUBLE CLIC FAVORISÉES PAR DES SOUCHES
  申请人：UNIV ZUERICH

  公开号：WO2020002469A1

  公开（公告）日：2020-01-02

  The present invention relates to new reagents and methods for modifying nucleic acids where an azide-containing nucleoside or nucleotide derivative is applied to living cells followed by a nitrogenous derivative of dibenzo-1,5-cyclooctadiyne (CODY). The azide- containing derivative is metabolically incorporated into cellular DNA and/or RNA, and the CODY derivative undergoes a strain-promoted double-click reaction to give nucleic acid – nucleic acid cross links, and/or optionally, in the presence of an exogenously added azide (X- N3); to give nucleic acid – "X" cross links.

  本发明涉及一种新的试剂和方法，用于修改核酸，其中将含有偶氮基的核苷酸或核苷酸衍生物应用于活细胞，然后再加入二苯并-1,5-环辛二炔基氮衍生物（CODY）。含偶氮基的衍生物在细胞DNA和/或RNA中代谢地被合并，CODY衍生物经历应变促进的双击反应，形成核酸-核酸交联，或者可选择在外源添加偶氮基（X-N3）的情况下，形成核酸-"X"交联。
• 1,3‐Diketone‐Modified Nucleotides and DNA for Cross‐Linking with Arginine‐Containing Peptides and Proteins
  作者：Denise‐Liu' Leone、Martin Hubálek、Radek Pohl、Veronika Sýkorová、Michal Hocek

  DOI：10.1002/anie.202105126

  日期：2021.8.2

  thymidine 5′-O-mono- and triphosphate were synthesized through CuAAC click reaction of diketone-alkynes with 5-azidomethyl-dUMP or -dUTP. The triphosphates were good substrates for KOD XL DNA polymerase in primer extension synthesis of modified DNA. The nucleotide bearing linear 3,5-dioxohexyl group (HDO) efficiently reacted with arginine-containing peptides to form stable pyrimidine-linked conjugates, whereas

  通过二酮-炔烃与 5-叠氮甲基-dUMP 或 -dUTP 的 CuAAC 点击反应合成线性或支链 1,3-二酮连接的胸苷 5'- O-单磷酸和三磷酸。在修饰 DNA 的引物延伸合成中，三磷酸盐是 KOD XL DNA 聚合酶的良好底物。带有线性 3,5-二氧代己基 (HDO) 的核苷酸可与含精氨酸的肽有效反应，形成稳定的嘧啶连接缀合物，而支链 2-乙酰基-3-氧代-丁基 (PDO) 基团则不具有反应性。与赖氨酸或末端氨基反应形成易于水解的烯胺加合物。DNA 中的这种反应性 HDO 修饰用于与含 Arg 的肽或蛋白质（例如组蛋白）进行生物缀合和交联。
• Electron-Mediated Aminyl and Iminyl Radicals from C5 Azido-Modified Pyrimidine Nucleosides Augment Radiation Damage to Cancer Cells
  作者：Zhiwei Wen、Jufang Peng、Paloma R. Tuttle、Yaou Ren、Carol Garcia、Dipra Debnath、Sunny Rishi、Cameron Hanson、Samuel Ward、Anil Kumar、Yanfeng Liu、Weixi Zhao、Peter M. Glazer、Yuan Liu、Michael D. Sevilla、Amitava Adhikary、Stanislaw F. Wnuk

  DOI：10.1021/acs.orglett.8b03035

  日期：2018.12.7

  xyuridine (AvdU) and cytidine (AvdC). The addition of radiation-produced electrons to C5-azido nucleosides leads to the formation of π-aminyl radicals followed by facile conversion to σ-iminyl radicals either via a bimolecular reaction involving intermediate α-azidoalkyl radicals in AmdU/AmdC or by tautomerization in AvdU/AvdC. AmdU demonstrates effective radiosensitization in EMT6 tumor cells.

  合成了两类叠氮基修饰的嘧啶核苷作为潜在的放射增敏剂；一类是5-叠氮甲基-2'-脱氧尿苷(AmdU)和胞苷(AmdC)，第二类是5-(1-叠氮乙烯基)-2'-脱氧尿苷(AvdU)和胞苷(AvdC)。将辐射产生的电子添加到 C5-叠氮基核苷上会导致 π-氨基自由基的形成，然后通过涉及 AmdU/AmdC 中中间体 α-叠氮基烷基自由基的双分子反应或通过 AvdU 中的互变异构化轻松转化为 σ-亚氨基自由基/AvdC。AmdU 在 EMT6 肿瘤细胞中表现出有效的放射增敏作用。
• Synthesis and ¹⁸F-radiolabeling of thymidine AMBF₃ conjugates
  作者：Antonio A. W. L. Wong、Jerome Lozada、Mathieu L. Lepage、Chengcheng Zhang、Helen Merkens、Jutta Zeisler、Kuo-Shyan Lin、François Bénard、David M. Perrin

  DOI：10.1039/d0md00054j

  日期：——

  One step radiofluorination of two thymidine bioconjugates for positron emission tomography (PET) imaging; proof concept with clinical-grade ¹⁸F-labeling and preliminary mouse images.

  将两个胸苷生物共轭物进行一步放射性氟化，用于正电子发射断层扫描（PET）成像；使用临床级¹⁸F标记和初步小鼠图像证明概念。