5-(N-methoxymethylamine)-2'-deoxyuridine | 825649-02-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-(N-methoxymethylamine)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 5-phenylselenyl-methyl-2'-deoxy uridine；5-phenylselanylmethyl-2'-deoxyuridine；5-phenylselenylmethyl-2'-deoxyuridine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-(phenylselanylmethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 825649-02-3
• 化学式: C₁₆H₁₈N₂O₅Se
• 分子量: 397.289
• InChiKey: XHMUMRSYFCASHE-BFHYXJOUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.29
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(N-methoxymethylamine)-2'-deoxyuridine 在 sodium periodate 作用下， 以 重水 为溶剂， 反应 24.17h， 生成 5-羟甲基脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  由单线态氧和修饰核苷酸之间的反应引发的 DNA 链间交联形成

  摘要：

  DNA是许多抗癌疗法的目标。这些试剂通过氧化或烷基化破坏生物聚合物。链间 DNA 交联被认为是抗肿瘤剂（如丝裂霉素 C）细胞毒性的来源，可将生物聚合物烷基化。相比之下，脱氧鸟苷氧化是 DNA 与单线态氧反应的结果，单线态氧是光动力疗法中产生的破坏性物质。我们已经证明，在被单线态氧氧化后，胸苷 (2) 的类似物会重排为甲基化物，形成 DNA-DNA 链间交联。这一新过程表明 2 可能是光动力疗法中的有用辅助剂。

  DOI：

  10.1021/ja053493m
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-bis-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-thymidine 在 sodium tetrahydroborate 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 四丁基氟化铵 、 过氧化苯甲酰 作用下， 以 四氢呋喃 、 四氯化碳 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 5-(N-methoxymethylamine)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  从苯基硒化物前体温和生成5-（2'-脱氧尿苷基）甲基。

  摘要：

  [反应：请参见文本]相应的苯基硒化物前体（2）经过350 nm光解或温和热解后，产生了从胸苷甲基中正式氢原子提取而来的5-（2'-Deoxyuridinyl）甲基（1）（在有氧或厌氧条件下，在谷胱甘肽存在下37摄氏度）。核苷自由基的温和生热提供了以前报道的光化学方法的替代方法，这些方法并不总是与核酸相容。

  DOI：

  10.1021/ol047754t

文献信息

• Oxygen Independent DNA Interstrand Cross-Link Formation by a Nucleotide Radical
  作者：In Seok Hong、Hui Ding、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja0563657

  日期：2006.1.1

  is the first example of a DNA radical that forms interstrand cross-links. Oxygen labeling experiments support generation of 1 by all precursors. Interstrand cross-links are produced upon irradiation of DNA containing any of the precursors. Cross-linking occurs via reaction with the opposing 2'-deoxyadenosine and is independent of O(2). The independence of cross-link formation on O(2) is explained by

  5-(2'-Deoxyuridinyl)methyl 自由基 (1) 是由三种光化学前体独立产生的，是形成链间交联的 DNA 自由基的第一个例子。氧标记实验支持所有前体产生 1。链间交联是在辐照含有任何前体的 DNA 时产生的。交联通过与相反的 2'-脱氧腺苷反应发生，并且与 O(2) 无关。O(2) 上交联形成的独立性通过动力学分析来解释，这表明自由基与 O(2) 发生可逆反应。检查谷胱甘肽在厌氧条件下对交联形成的影响表明，采用 1 的同步构象是该过程中的限速步骤。在良好亲核试剂的存在下，链间交联的形成是可逆的。链间交联的稳定性表明分离的分子是溶液中形成的重排产物。重排是分离过程的结果，但也在溶液中缓慢发生。不依赖于氧的交联形成可能有助于有目的地破坏缺氧肿瘤细胞中的 DNA，其中 O(2) 不足。
• Deconvoluting the Reactivity of Two Intermediates Formed from Modified Pyrimidines
  作者：Liwei Weng、Sonia M. Horvat、Carl H. Schiesser、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ol401472m

  日期：2013.7.19

  Generation of the 5-(2′-deoxyuridinyl)methyl radical (6) was reexamined. Trapping by 4-hydroxy-2,2,6,6-tetramethylpiperidin-1-oxyl confirms that 6 is generated. However, trapping by methoxyamine reveals that the respective carbocation (10) is also produced. Examining the effects of these traps on products in DNA reveals that the carbocation and not 6 yields interstrand cross-links. Cross-link formation

  重新检查了 5-(2'-脱氧尿苷基) 甲基 ( 6 ) 的生成。4-羟基-2,2,6,6-tetramethylpiperidin-1-oxyl 的捕获证实生成了6。然而，被甲氧基胺捕获表明也产生了相应的碳正离子 ( 10 )。检查这些陷阱对 DNA 产物的影响表明，碳正离子而不是6 会产生链间交联。碳阳离子的交联形成与 DFT 计算一致，该计算预测在 dA 的 N1 位置添加基本上是无障碍的。
• Efficient DNA Interstrand Cross-Link Formation from a Nucleotide Radical
  作者：In Seok Hong、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja042434q

  日期：2005.3.1

  gamma-irradiation of DNA and other methods of oxidative stress. Independent generation of this reactive intermediate in duplex results in significant levels of DNA interstrand cross-links. Cross-link formation does not require O2 and involves reaction between the nucleotide where the radical is originally generated and the opposing deoxyadenosine. This is the first example in which formation of a nucleotide

  5-(2'-Deoxyuridinyl)methyl 自由基 (1) 是在 DNA 的伽马辐射和其他氧化应激方法期间产生的。这种双链反应中间体的独立产生导致显着水平的 DNA 链间交联。交联的形成不需要 O2，并且涉及最初产生自由基的核苷酸与相反的脱氧腺苷之间的反应。这是第一个核苷酸自由基的形成最终导致 DNA-DNA 交联的例子。链间 DNA 交联难以修复，被认为是抗肿瘤药物（如丝裂霉素 C）细胞毒性的来源。通过 1 有效形成 DNA 交联应该为设计利用 DNA 损伤剂的 DNA 损伤剂提供动力。这条途径。
• Radiosensitization by a Modified Nucleotide that Produces DNA Interstrand Cross-Links under Hypoxic Conditions
  作者：In Seok Hong、Hui Ding、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja058290c

  日期：2006.2.1

  describes the reactivity of a molecule that combines two desirable chemical processes into one molecule for the first time. Interstrand cross-links (ISCs) are an effective family of lesions produced by cytotoxic agents that target DNA. For instance, ISCs are the source of mitomycin C's cytotoxicity. Radiosensitizing agents are molecules that enhance DNA damage produced by ionizing radiation, especially

  这篇论文描述了一种分子的反应性，它首次将两种理想的化学过程组合成一个分子。链间交联 (ISC) 是由靶向 DNA 的细胞毒剂产生的有效损伤家族。例如，ISCs 是丝裂霉素 C 细胞毒性的来源。放射增敏剂是增强电离辐射产生的 DNA 损伤的分子，尤其是在缺氧条件下。Phenyl selenide 1 是第一个修饰核苷酸的例子，它可以通过聚合酶整合到 DNA 中，当含有它的 DNA 在缺氧条件下暴露于伽马辐射时会产生 ISC。这些实验表明 1 可用作新型放射增敏剂。
• DNA Interstrand Cross-Link Formation Initiated by Reaction between Singlet Oxygen and a Modified Nucleotide
  作者：In Seok Hong、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja053493m

  日期：2005.8.1

  DNA is the target of many anti-cancer therapies. These agents damage the biopolymer by oxidation or by alkylation. Interstrand DNA cross-links are believed to be the source of cytotoxicity of anti-tumor agents, such as mitomycin C, which alkylate the biopolymer. In contrast, deoxyguanosine oxidation is the result of reaction between DNA and singlet oxygen, which is the damaging species produced in

  DNA是许多抗癌疗法的目标。这些试剂通过氧化或烷基化破坏生物聚合物。链间 DNA 交联被认为是抗肿瘤剂（如丝裂霉素 C）细胞毒性的来源，可将生物聚合物烷基化。相比之下，脱氧鸟苷氧化是 DNA 与单线态氧反应的结果，单线态氧是光动力疗法中产生的破坏性物质。我们已经证明，在被单线态氧氧化后，胸苷 (2) 的类似物会重排为甲基化物，形成 DNA-DNA 链间交联。这一新过程表明 2 可能是光动力疗法中的有用辅助剂。