O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine | 236427-57-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: O⁶-benzyl-3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine；O⁶-benzyl-3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanozine；5'-O-3'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-6-O-benzyl-2'-deoxyguanosine；9-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-6-phenylmethoxypurin-2-amine
• CAS: 236427-57-9
• 化学式: C₂₉H₄₇N₅O₄Si₂
• 分子量: 585.894
• InChiKey: JSNYVTITCLMCJB-YTFSRNRJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.69
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 在 溶剂黄146 、 sodium nitrite 作用下， 以 丙酮 为溶剂， 反应 4.0h， 以67%的产率得到O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyxanthosine
  参考文献：
  名称：

  2-氯-和2-甲苯氧基-2'-脱氧肌苷衍生物的合成与反应

  摘要：

  2-氯和2-甲苯磺酰氧基-2'-脱氧肌苷作为他们的方便合成叔描述了丁基丁基二甲基甲硅烷基醚。两种化合物均可通过常规途径合成，并依赖于可商购的2'-脱氧鸟苷。与先前报道的获得异构体产物的糖基化技术相比，导致氯代核苷的本发明方法在操作上更简单。两种亲核核苷均可用于通过离去基团的置换来制备N-取代的2'-脱氧鸟苷类似物，其反应性的比较表明，氯类似物具有优越性。有趣的是，Pd催化剂介导的两步一锅法将烯丙基保护的氯核苷中间体转化为最终的修饰2'-脱氧鸟苷衍生物也是可行的。根据这些观察，对Pd催化的芳基胺化反应以及C-C交叉偶联的初步评估也已经用氯代和对甲苯氧基核苷底物进行了。结果表明2-氯-2'-脱氧肌苷的潜在高合成效用，并且在许多情况下，该衍生物可以取代制备起来较麻烦或不易获得的溴和氟类似物。

  DOI：

  10.1021/jo050847j
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧鸟苷 在 咪唑 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  2-氯-和2-甲苯氧基-2'-脱氧肌苷衍生物的合成与反应

  摘要：

  2-氯和2-甲苯磺酰氧基-2'-脱氧肌苷作为他们的方便合成叔描述了丁基丁基二甲基甲硅烷基醚。两种化合物均可通过常规途径合成，并依赖于可商购的2'-脱氧鸟苷。与先前报道的获得异构体产物的糖基化技术相比，导致氯代核苷的本发明方法在操作上更简单。两种亲核核苷均可用于通过离去基团的置换来制备N-取代的2'-脱氧鸟苷类似物，其反应性的比较表明，氯类似物具有优越性。有趣的是，Pd催化剂介导的两步一锅法将烯丙基保护的氯核苷中间体转化为最终的修饰2'-脱氧鸟苷衍生物也是可行的。根据这些观察，对Pd催化的芳基胺化反应以及C-C交叉偶联的初步评估也已经用氯代和对甲苯氧基核苷底物进行了。结果表明2-氯-2'-脱氧肌苷的潜在高合成效用，并且在许多情况下，该衍生物可以取代制备起来较麻烦或不易获得的溴和氟类似物。

  DOI：

  10.1021/jo050847j

文献信息

• Synthesis of Oligonucleotides Containing 2′-Deoxyguanosine Adducts of Nitropyrenes
  作者：Laureen C. Colis、Debasis Chakraborti、Pablo Hilario、Christopher McCarty、Ashis K. Basu

  DOI：10.1080/15257770902736426

  日期：2009.3.11

  Two different approaches to synthesize oligonucleotides containing the 2 ′-deoxyguanosine adducts formed by nitropyrenes are described. A direct reaction of an unmodified oligonucleotide with an activated nitropyrene derivative is a convenient biomimetic approach for generating the major adducts in DNA. A total synthetic approach, by contrast, involves several synthetic steps, including Buchwald-Hartwig

  描述了两种不同的合成寡核苷酸的方法，这些寡核苷酸包含由硝基吡啶形成的2'-脱氧鸟苷加合物。未经修饰的寡核苷酸与活化的硝基py衍生物的直接反应是一种方便的仿生方法，用于在DNA中生成主要的加合物。相比之下，总的合成方法涉及几个合成步骤，包括Buchwald-Hartwig Pd催化的偶联，但可用于以高收率将主要和次要加合物掺入DNA中。
• Synthesis of <i>N</i><i>²</i> 2‘-Deoxyguanosine Adducts Formed by 1-Nitropyrene
  作者：Debasis Chakraborti、Laureen Colis、Renee Schneider、Ashis K. Basu

  DOI：10.1021/ol034904b

  日期：2003.8.1

  [reaction: see text] Synthesis of N(2) 2'-deoxyguanosine adducts formed by the ubiquitous carcinogen, 1-nitropyrene, is reported. Various conditions of Buchwald-Hartwig palladium-catalyzed amination are examined. The most convenient synthetic approach involved a straightforward coupling between protected 2'-deoxyguanosine and bromonitropyrenes, which, upon reductive deprotection, provided excellent

  [反应：见正文]据报道，由普遍存在的致癌物1-硝基py形成的N（2）2'-脱氧鸟苷加合物的合成。研究了布赫瓦尔德-哈特维格钯催化的胺化的各种条件。最方便的合成方法涉及受保护的2'-脱氧鸟苷和溴硝基吡咯之间的直接偶联，还原还原性脱保护后，这提供了两个1-硝基nitro加合物的优异收率。
• Synthesis of Pyrene and Benzo[<i>a</i>]pyrene Adducts at the Exocyclic Amino Groups of 2‘-Deoxyadenosine and 2‘-Deoxyguanosine by a Palladium-Mediated C−N Bond-Formation Strategy
  作者：Mahesh K. Lakshman、Felix N. Ngassa、Suyeal Bae、Dennis G. Buchanan、Hoh-Gyu Hahn、Heduck Mah

  DOI：10.1021/jo030113b

  日期：2003.7.1

  with the purine 2'-deoxynucleosides to date. In this paper we disclose the synthesis of the model adducts N(6)-(1-pyrenyl)-2'-deoxyadenosine and N(2)-(1-pyrenyl)-2'-deoxyguanosine as well as the first synthesis of the carcinogen-linked nucleoside derivatives N(6)-(6-benzo[a]pyrenyl)-2'-deoxyadenosine and N(2)-(6-benzo[a]pyrenyl)-2'-deoxyguanosine via a palladium-mediated C-N bond formation. Two different

  致癌的烃类苯并[a] py（BaP）的单电子氧化被认为会产生自由基阳离子中间体，并且已经提出该物种会在嘌呤核碱基的氮原子上引起烷基化。尽管已经分离出了几种不同的核苷加合物，它们是由这种代谢活化模式引起的，但是迄今为止，还没有选择性，全合成的任何烃与嘌呤2'-脱氧核苷的单电子氧化形成的稳定的环外氨基加合物。 。在本文中，我们公开了模型加合物N（6）-（1-pyrenyl）-2'-脱氧腺苷和N（2）-（1-pyrenyl）-2'-脱氧鸟苷的合成以及该化合物的第一个合成。致癌物连接的核苷衍生物N（6）-（6-苯并[a]苯甲酰基）-2'-脱氧腺苷和N（2）-（6-苯并[a]苯甲酰基）-2' -脱氧鸟苷通过钯介导的CN键形成。尝试了两种不同的偶联策略：将芳基溴化物与适当保护的核苷偶联以及将芳基胺与适当的卤核苷偶联。前者的适用性有限，因为通过这种方法仅制备了N（6）-（1-吡啶基）-2'-脱氧腺苷。另
• Chemical Synthesis of Cross-Link Lesions Found in Nitrous Acid Treated DNA:  A General Method for the Preparation of N2-Substituted 2‘-Deoxyguanosines
  作者：Eric A. Harwood、Paul B. Hopkins、Snorri Th. Sigurdsson

  DOI：10.1021/jo991501+

  日期：2000.5.1

  nitrogen atom linking C2 of a dG nucleoside to C6 of deoxyadenosine (2). The chemical synthesis of 1 and 2, utilizing a palladium-catalyzed coupling, is described herein. It is demonstrated that the spectroscopic properties of synthetic 1 are identical to that of lesion 1 obtained from nitrous acid cross-linked DNA, thus providing a proof of its structure. Comparison of the limited spectroscopic data available

  用亚硝酸处理DNA将导致DNA-DNA交联的形成。先前已分离出两个交联病变，并根据光谱数据指定了它们的结构。已提议主要病变由两个共享一个共同的N2原子的脱氧鸟苷（dG）核苷组成（1），而较小病变的结构则由一个将dG核苷的C2与C6的C6连接的公共氮原子组成。脱氧腺苷（2）。本文描述了利用钯催化的偶联的1和2的化学合成。证明了合成物1的光谱性质与从亚硝酸交联的DNA获得的病变1的光谱性质相同，从而提供了其结构的证明。从亚硝酸交联的DNA到合成2的病变2可获得的有限光谱数据的比较支持其结构分配。已显示用于合成1和2的合成方法是以高收率制备各种N2取代的dG核苷的一般方法。
• DNA adducts of aristolochic acid II: total synthesis and site-specific mutagenesis studies in mammalian cells
  作者：Sivaprasad Attaluri、Radha R. Bonala、In-Young Yang、Mark A. Lukin、Yujing Wen、Arthur P. Grollman、Masaaki Moriya、Charles R. Iden、Francis Johnson

  DOI：10.1093/nar/gkp815

  日期：2010.1

  Aristolochic acids I and II (AA-I, AA-II) are found in all Aristolochia species. Ingestion of these acids either in the form of herbal remedies or as contaminated wheat flour causes a dose-dependent chronic kidney failure characterized by renal tubulointerstitial fibrosis. In ∼50% of these cases, the condition is accompanied by an upper urinary tract malignancy. The disease is now termed aristolochic acid nephropathy (AAN). AA-I is largely responsible for the nephrotoxicity while both AA-I and AA-II are genotoxic. DNA adducts derived from AA-I and AA-II have been isolated from renal tissues of patients suffering from AAN. We describe the total synthesis, de novo, of the dA and dG adducts derived from AA-II, their incorporation site-specifically into DNA oligomers and the splicing of these modified oligomers into a plasmid construct followed by transfection into mouse embryonic fibroblasts. Analysis of the plasmid progeny revealed that both adducts blocked replication but were still partly processed by DNA polymerase(s). Although the majority of coding events involved insertion of correct nucleotides, substantial misincorporation of bases also was noted. The dA adduct is significantly more mutagenic than the dG adduct; both adducts give rise, almost exclusively, to misincorporation of dA, which leads to AL-II-dA→T and AL-II-dG→T transversions.

  马兜铃酸 I 和 II（AA-I、AA-II）存在于所有马兜铃属植物中。无论是以草药的形式还是以被污染的小麦粉的形式摄入这些酸，都会导致以肾小管间质纤维化为特征的剂量依赖性慢性肾衰竭。在这些病例中，50%的病例伴有上尿路恶性肿瘤。这种疾病现在被称为马兜铃酸肾病（AAN）。肾毒性主要由 AA-I 引起，而 AA-I 和 AA-II 都具有遗传毒性。从 AAN 患者的肾组织中分离出了 AA-I 和 AA-II 的 DNA 加合物。我们介绍了从 AA-II 中提取的 dA 和 dG 加合物的全合成、特异性位点掺入 DNA 寡聚物以及将这些修饰过的寡聚物拼接到质粒构建体中并转染到小鼠胚胎成纤维细胞中的过程。对质粒后代的分析表明，这两种加合物都能阻止复制，但仍能被 DNA 聚合酶部分处理。虽然大多数编码事件都涉及正确核苷酸的插入，但也发现了大量碱基的错误插入。dA 加合物的致突变性明显高于 dG 加合物；两种加合物几乎都会引起 dA 的错结合，从而导致 AL-II-dA→T 和 AL-II-dG→T 的转换。