2-deoxy-1,3-diazido-5,6-di-O-acetylstreptamine | 236115-61-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 2-deoxy-1,3-diazido-5,6-di-O-acetylstreptamine
• 英文别名: [(1S,2S,3R,4S,6R)-2-acetoxy-4,6-diazido-3-hydroxy-cyclohexyl] acetate；(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diazido-3-hydroxycyclohexane-1,2-diyl diacetate；[(1S,2S,3R,4S,6R)-2-acetyloxy-4,6-diazido-3-hydroxycyclohexyl] acetate
• CAS: 236115-61-0
• 化学式: C₁₀H₁₄N₆O₅
• 分子量: 298.258
• InChiKey: BUODWYACLRUWQJ-MBXMOIHESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.5
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.8
• 拓扑面积：
  102
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-deoxy-1,3-diazido-5,6-di-O-acetylstreptamine 在 sodium hydroxide 、 N-碘代丁二酰亚胺 、 4 A molecular sieve 、 sodium methylate 、 silver trifluoromethanesulfonate 、 三甲基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 22.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  合成立体和区域化学变化的氨基糖苷衍生物的文库。

  摘要：

  制备了四十个修饰的氨基糖苷文库，其中两个或三个环的构型和区域化学变化很大。该文库基于三个核心环系统：天然产物中存在的2-脱氧链胺胺环系统，以及（1R *，2R *，4R *，5R *）-2,5-二氨基-环己烷-1， 4-二醇和（1R *，3R *，4R *，6R *）-4,6-二氨基环己烷-1,3-二醇。在每种情况下，通过一个或两个糖环的糖基化修饰核心。糖取代基的绝对构型（d或l），端基异构中心（α或β）以及胺的区域化学排列均发生了变化。

  DOI：

  10.1039/b505865a
• 作为产物：
  描述：

  2-deoxystreptamine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium phosphate buffer 、 Novozym 435 (Candida antarctica lipase) 、 triflic azide 、 copper(II) sulfate 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 反应 116.0h， 生成 2-deoxy-1,3-diazido-5,6-di-O-acetylstreptamine
  参考文献：
  名称：

  以神经胺为最佳核心结构的新型氨基糖苷类抗生素的设计和合成：抗生素活性与体外翻译抑制的相关性

  摘要：

  在氨基糖苷类抗生素中发现的假二糖核心的结构和活性是用一系列合成类似物探测的，其中氨基的位置在吡喃葡萄糖环周围发生变化。根据体外 RNA 结合和抗生素活性的测定，天然存在的结构 neamine 是该系列中最好的。有了这个结果，neamine 被用作合成新抗生素的共同核心结构，评估其与大肠杆菌 16S A 位点核糖体 RNA 模型的结合、体外蛋白质合成抑制和抗生素活性。RNA结合的分析揭示了RNA结合的相对亲和力和特异性与抗菌功效之间的一些相关性。然而，相关性不是线性的。这一结果促使我们开发了体外翻译试验，以更好地了解氨基糖苷类-RNA 的相互作用。体外翻译抑制与抗生素活性之间的线性相关性...

  DOI：

  10.1021/ja9910356

文献信息

• [EN] AMINOGLYCOSIDES AND USES THEREOF<br/>[FR] AMINOGLYCOSIDES ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：ACHAOGEN INC

  公开号：WO2019046126A1

  公开（公告）日：2019-03-07

  Provided herein are aminoglycoside compounds, such as compounds of formula (I), (II), (III), (IV), (IVa), (V), (VI), (VIIa), or (VIIb) or pharmaceutically acceptable salts, solvates, stereoisomers, or tautomers of any of the foregoing, useful as therapeutic or prophylactic agents. Also provided herein are methods for their preparation. The compounds may be useful in treating a bacterial infection in a subject, for example a Gram-negative bacterial infection.

  本文提供了氨基糖苷化合物，例如式(I)、(II)、(III)、(IV)、(IVa)、(V)、(VI)、(VIIa)或(VIIb)的化合物，或者上述任何一个的药用盐、溶剂化合物、立体异构体或互变异构体，可用作治疗或预防剂。本文还提供了它们的制备方法。这些化合物可能在治疗受试者的细菌感染方面有用，例如革兰氏阴性细菌感染。
• [EN] MODULAR SYNTHESIS OF AMINOGLYCOSIDES<br/>[FR] SYNTHÈSE MODULAIRE D'AMINOGLYCOSIDES
  申请人：ACHAOGEN INC

  公开号：WO2019194858A1

  公开（公告）日：2019-10-10

  The present disclosure relates to novel methods for preparing antibacterial aminoglycoside compounds and the compounds used in such preparations.

  本公开涉及制备抗菌氨基糖苷化合物的新方法以及用于这种制备中的化合物。
• An Efficient Synthesis of Mimetics of Neamine for RNA Recognition
  作者：Yili Ding、Steven A. Hofstadler、Eric E. Swayze、Richard H. Griffey

  DOI：10.1021/ol015794g

  日期：2001.5.1

  As mimetics of neamine, several 4-heterocyclic 2-deoxystreptamine derivatives were chemically synthesized for RNA recognition. Conversion of 4-methylthiomethyl-5,6-di-O-acetyl-diazido-2-deoxystreptamine to the 4-chloromethyl derivative followed by reactions with different nuclophilic reagents gave the 4-heterocyclic 2-deoxystreptamine derivatives in satisfactory yields.

  作为神经胺的模拟物，化学合成了几种4-杂环2-脱氧链胺胺衍生物用于RNA识别。将4-甲基硫代甲基-5,6-二-O-乙酰基-二氮杂-2-脱氧链胺胺转化成4-氯甲基衍生物，然后与不同的亲核试剂反应，得到令人满意的产率的4-杂环2-脱氧链胺胺衍生物。
• Mechanistic Investigation of 1,2-Diol Dehydration of Paromamine Catalyzed by the Radical <i>S</i>-Adenosyl-<scp>l</scp>-methionine Enzyme AprD4
  作者：Yu-Cheng Yeh、Hak Joong Kim、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/jacs.1c00076

  日期：2021.4.7

  mechanism, several substrate analogues were synthesized and their fates upon incubation with AprD4 were analyzed. The results support a mechanism involving formation of a ketyl radical intermediate followed by direct elimination of the C3′-hydroxyl group rather than that of a gem-diol intermediate generated via 1,2-migration of the C3′-hydroxyl group to C4′. The stereochemistry of hydrogen atom incorporation

  AprD4 是一种自由基S-腺苷-1-甲硫氨酸 (SAM) 酶，可催化巴马明的 C3'-脱氧以形成 4'-氧代-维生素 B。它是自由基 SAM 酶超家族中唯一已在体外被鉴定和表征的 1,2-二醇脱水酶. AprD4 催化的 1,2-二醇脱水是几种 C3'-脱氧-氨基糖苷生物合成的关键步骤。虽然已经建立了由 AprD4 催化的氢原子提取的区域化学，但后续化学转化的机制仍未完全了解。为了研究该机制，合成了几种底物类似物，并分析了它们与 AprD4 孵育后的命运。结果支持涉及形成羰基自由基中间体然后直接消除 C3'-羟基的机制，而不是通过 C3'-羟基向 C4' 的 1,2-迁移产生的偕二醇中间体的机制。还建立了自由基介导的脱水后氢原子掺入的立体化学。
• Deoxystreptamine Dimers Bind to RNA Hairpin Loops
  作者：Xianjun Liu、Jason R. Thomas、Paul J. Hergenrother

  DOI：10.1021/ja048936l

  日期：2004.8.1

  RNA is known to have multiple roles in critical cellular functions. Thus, there is great potential for RNA-binding small molecules as both therapeutic agents and cellular probes. Unfortunately, the multiple secondary structures that RNA can adopt have caused difficulty in the development of a general paradigm for RNA-small molecule binding. In particular, the standard RNA-binding compounds such as

  众所周知，RNA 在关键的细胞功能中具有多种作用。因此，作为治疗剂和细胞探针的 RNA 结合小分子具有巨大的潜力。不幸的是，RNA 可以采用的多个二级结构给 RNA 小分子结合的通用范式的开发带来了困难。特别是，标准的 RNA 结合化合物，如氨基糖苷类，通常不结合 RNA 发夹环，这是一种广泛且极其重要的二级结构基序。在这份手稿中，我们报告了脱氧链霉胺二聚体与 RNA 发夹环的结合，其亲和力与 RNA-氨基糖苷相互作用的亲和力相媲美。