(1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-methanesulfonoxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 293751-05-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-methanesulfonoxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: ((1R,3R,4R,7S)-7-(benzyloxy)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro pyrimidin-1-(2H)-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl)methyl methanesulfonate；3'-O-benzyl-5'-O-mesyl-5-methyl-2'-O,4'-C-methyleneuridine；[(1R,3R,4R,7S)-3-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-7-phenylmethoxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl]methyl methanesulfonate
• CAS: 293751-05-0
• 化学式: C₁₉H₂₂N₂O₈S
• 分子量: 438.458
• InChiKey: IRULAYAQKRRXDM-LORHWOILSA-N

物化性质

• 密度：
  1.49±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.2
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  129
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-methanesulfonoxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在 吡啶 、 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 、 水 、 氢气 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 22.0h， 生成 1-[(1R,4R,6R,7S)-4-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-6-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  [EN] NOVEL PROCESS FOR MAKING ALLOFURANOSE FROM GLUCOFURANOSE
  [FR] NOUVEAU PROCÉDÉ DE FABRICATION D'ALLOFURANOSE À PARTIR DE GLUCOFURANOSE

  摘要：

  本发明涉及从描述和权利要求中定义的葡糖呋喃糖中制备阿洛呋喃糖。阿洛呋喃糖是合成寡核苷酸时的中间体，可用作药物。

  公开号：

  WO2019224172A1
• 作为产物：
  描述：

  D-glucose 在 吡啶 、 sodium hypochlorite 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 2,2,6,6-四甲基哌啶氧化物 、 磷酸 、 硫酸 、 四丁基硫酸氢铵 、 碳酸氢钠 、 溶剂黄146 、 potassium bromide 、 sodium hydroxide 、 zinc(II) chloride 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 水 、 乙酸乙酯 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 26.16h， 生成 (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-methanesulfonoxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  [EN] NOVEL PROCESS FOR MAKING ALLOFURANOSE FROM GLUCOFURANOSE
  [FR] NOUVEAU PROCÉDÉ DE FABRICATION D'ALLOFURANOSE À PARTIR DE GLUCOFURANOSE

  摘要：

  本发明涉及从描述和权利要求中定义的葡糖呋喃糖中制备阿洛呋喃糖。阿洛呋喃糖是合成寡核苷酸时的中间体，可用作药物。

  公开号：

  WO2019224172A1

文献信息

• DINUCLEOTIDES
  申请人：OXFORD UNIVERSITY INNOVATION LIMITED

  公开号：US20190015439A1

  公开（公告）日：2019-01-17

  The present invention relates to novel dinucleotides that are useful for the preparation of oligonucleotides. The present invention also relates to novel dinucleotides that are useful therapeutically.

  本发明涉及用于制备寡核苷酸的新型二核苷酸。本发明还涉及在治疗上有用的新型二核苷酸。
• Synthesis and biophysical properties of carbamate-locked nucleic acid (LNA) oligonucleotides with potential antisense applications
  作者：Cameron Thorpe、Sven Epple、Benjamin Woods、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown

  DOI：10.1039/c9ob00691e

  日期：——

  to their DNA backbones are essential to inhibit degradation in vivo, but they can reduce binding affinity to RNA targets. To address this problem we have combined the enzymatic resistance of carbamate (CBM) DNA backbone analogues with the thermodynamic stability conferred by locked nucleic acid sugars (LNA). Using a dinucleotide phosphoramidite strategy and automated solid phase synthesis, we have

  反义寡核苷酸 (ASO) 正在成为治疗难治疾病的重要药物。对其 DNA 骨架的修饰对于抑制体内降解至关重要，但它们会降低与 RNA 靶标的结合亲和力。为了解决这个问题，我们将氨基甲酸酯 (CBM) DNA 骨架类似物的酶抗性与锁核酸糖 (LNA) 赋予的热力学稳定性相结合。使用二核苷酸亚磷酰胺策略和自动固相合成，我们合成了一组用多个 LNA-CBM 单元修饰的寡核苷酸。LNA 糖恢复与 RNA 目标的结合亲和力，在这方面，LNA 相对于 CBM 连接的位置很重要。含有氨基甲酸酯的寡核苷酸侧翼位于其 5' 和 3' LNA 的 -sides 与 RNA 形成稳定的双链体，与 DNA 形成不稳定的双链体，这对于反义应用来说是理想的。与单独的 LNA 或 CBM 骨架相比，氨基甲酸酯-LNA 修饰的寡核苷酸在蛇毒和胎牛血清的存在下也表现出更高的稳定性。
• A Simplified and Efficient Route to 2‘-<i>O</i>, 4‘-<i>C</i>-Methylene-Linked Bicyclic Ribonucleosides (Locked Nucleic Acid)
  作者：Alexei A. Koshkin、Jef Fensholdt、Henrik M. Pfundheller、Christian Lomholt

  DOI：10.1021/jo010732p

  日期：2001.12.1

  can be prepared from D-glucose in multigram scale. Four different nucleobases were stereoselectively coupled to 8 using a modified Vorbrüggen procedure to give the corresponding 4'-C-branched nucleoside derivatives. Subsequent ring closing furnished the protected LNA nucleosides. The 5'-O-mesyl groups were efficiently displaced by nucleophilic substitution using sodium benzoate. Saponification of the

  描述了一种合成锁核酸（LNA）单体的新型有效方法。通过聚合合成制备了含有胸腺嘧啶，4-N-乙酰基和4-N-苯甲酰基胞嘧啶，6-N-苯甲酰腺嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤作为核碱基的LNA 5'，3'-二醇。该方法基于使用常见的糖中间体1,2-二-O-乙酰基-3-O-苄基-4-C-甲磺酰氧基甲基-5-O-甲磺酰-D-赤型戊呋喃糖（8）可以从D-葡萄糖以克数制得。使用改良的Vorbrüggen程序将四个不同的核碱基立体选择性地偶联到8个核碱基上，得到相应的4'-C-支链核苷衍生物。随后的闭环提供了受保护的LNA核苷。使用苯甲酸钠通过亲核取代有效地置换了5'-O-甲磺酰基。将5'-苯甲酸酯皂化，然后催化除去3'-O-苄基，得到游离的LNA二醇。腺苷和胞苷的环外氨基被选择性地酰化，得到4-N-乙酰基或4-N-苯甲酰基-LNA-C和6-N-苯甲酰基-LNA-A。在制备2-N-异丁酰基-LNA-G期间，鸟
• Synthesis and biophysical properties of 5′-thio-2′,4′-BNA/LNA oligonucleotide
  作者：Md Ariful Islam、Aki Fujisaka、Shohei Mori、Kosuke Ramon Ito、Takao Yamaguchi、Satoshi Obika

  DOI：10.1016/j.bmc.2018.05.040

  日期：2018.7

  Phosphorothioate modification of oligonucleotides is one of the most promising chemical modifications in nucleic acid therapeutics. Structurally similar 5′-thio or phosphorothiolate-modified nucleotides, in which the 5′-bridging oxygen atom is replaced with a sulfur atom, are attracting attention and gaining importance in oligonucleotide-based research. In our present study, we synthesized 5′-thio-2′

  寡核苷酸的硫代磷酸酯修饰是核酸治疗剂中最有前途的化学修饰之一。结构相似的5'-硫代或硫代磷酸酯修饰的核苷酸（其中5'-桥接的氧原子被硫原子取代）在基于寡核苷酸的研究中引起了人们的关注并变得越来越重要。在我们目前的研究中，我们合成了带有胸腺嘧啶或5-甲基胞嘧啶核碱基的5'-硫代-2'，4'-BNA / LNA单体。成功地将5'-thio-2'，4'-BNA / LNA单体整合到目标寡核苷酸中，并评估了它们的核酸酶稳定性和与互补链的结合亲和力。
• Synthesis and properties of a novel bridged nucleic acid with a P3′ → N5′ phosphoramidate linkage, 5′-amino-2′,4′-BNA
  作者：Satoshi Obika、Osamu Nakagawa、Akiko Hiroto、Yoshiyuki Hari、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1039/b307290h

  日期：——

  5′-Amino-2′,4′-BNA, a novel analogue of BNA series compounds, was successfully synthesized, and its incorporated oligonucleotides showed potent duplex- and triplex-forming ability and resistance against snake venom phosphodiesterase.

  成功合成了 5â²-氨基-2â²,4â²-BNA，它是 BNA 系列化合物的一种新型类似物，与之结合的寡核苷酸显示出强大的双链和三链形成能力以及对蛇毒磷酸二酯酶的抗性。