adenosine 5'-phosphorimidazolide | 20816-58-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: adenosine 5'-phosphorimidazolide
• 英文别名: adenosine-5'-phosphoimidazolide；Adenosin-(5')-phosphorsaeure-imidazolid；[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-imidazol-1-ylphosphinic acid
• CAS: 20816-58-4
• 化学式: C₁₃H₁₆N₇O₆P
• 分子量: 397.287
• InChiKey: ZZVDSVGETAFWNA-QYVSTXNMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.9
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  184
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  adenosine 5'-phosphorimidazolide 在 N,N-二丁基丁烷-1-胺,磷酸 、 zinc(II) chloride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 以95%的产率得到二磷酸腺苷
  参考文献：
  名称：

  Convenient Synthesis of Nucleoside‐5′‐Diphosphates from the Corresponding Ribonucleoside‐5′‐phosphoroimidazole

  摘要：

  The reaction of ribonucleoside-5'-phosphoroimidazolide with a tributylammonium orthophosphate in anhydrous dimethylformamide at room temperature provides a general method for the synthesis of nucleoside-5'-diphosphates. The novelty of the approach is to use the triethylammonium salt of 5'-monophosphate nucleoside derivative prior to the imidazolate reaction with imidazole, triphenylphosphine, and 2,2'-dithiodipyridine. Deprotection, followed by displacement of the imidazole moiety using tributylammonium orthophosphate and a catalytic amount of zinc chloride in dimethylformamide gave the desired 5'-diphosphate products. The triethyl ammonium salt of 5'-diphosphate nucleosides was purified by flash chromatography using DEAE ( diethylaminoethyl weak anion exchange resin) Sepharosa fast flow packed in an XK 50/60 column on an Akta FPLC ( Fast Protein Liquid Chromatography). Synthesis procedures are reported for adenosine-5'-diphosphate, uridine-5'-diphosphate, cytidine-5'-diphosphate, and guanosine-5'-diphosphate. Yields for the displacement reactions ranged from 95 to 97%. Thus, this method offers the advantages of shorter reaction time, greater product yield, and a more cost-effective synthetic route.

  DOI：

  10.1080/00397910600941448
• 作为产物：
  描述：

  5'-腺嘌呤核苷酸 在 2,2'-二硫二吡啶 、 三乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 乙醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 adenosine 5'-phosphorimidazolide
  参考文献：
  名称：

  核苷磷酸酯的合成

  摘要：

  我们描述了一种有效且可扩展的程序，用于从核苷5'-磷酰氨基咪唑化物和硫酸盐双（三丁基铵）盐化学合成核苷5'-磷酸酯（NPS）。使用这种方法，我们获得了各种NPS，产率在70-90％之间，包括腺苷5'-磷酸硫酸盐（APS）和3'-磷酸腺苷5'-磷酸硫酸盐（PAPS）的2'，3'-环状前体，它们是所有活生物体中硫的同化和代谢的关键中间体。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2012.04.039

文献信息

• Adenosine Analogs and Their Use
  申请人：Ben-Zeev Efrat

  公开号：US20110237529A1

  公开（公告）日：2011-09-29

  The invention provides adenosine analog compounds that act at P2Y receptors, e.g., the P2Y 2 receptor, including pharmaceutical compositions; and uses thereof to treat or prevent diseases associated with that receptor, e.g., disorders relating to mucus secretion, such as cystic fibrosis, chronic obstructive pulmonary disorder (COPD), asthma, constipation, chronic idiopathic constipation, dry mouth (xerostomia), gum disease, and gastrointestinal problems caused by radiation and chemotherapy for cancer.

  该发明提供了在P2Y受体上起作用的腺苷类似化合物，例如P2Y2受体，包括药物组合物；以及将其用于治疗或预防与该受体相关的疾病，例如与粘液分泌有关的疾病，如囊性纤维化、慢性阻塞性肺病（COPD）、哮喘、便秘、慢性特发性便秘、口干（口腔干燥症）、牙龈疾病，以及由放射治疗和化疗引起的癌症的胃肠道问题。
• Synthesis of imidazole-activated ribonucleotides using cyanogen chloride
  作者：Ruiqin Yi、Yayoi Hongo、Albert C. Fahrenbach

  DOI：10.1039/c7cc08489g

  日期：——

  We report the syntheses of ribonucleoside 5′-monophosphates activated with imidazole, using a mechanism which relies on the in situ generation of cyanogen chloride from the reaction of cyanide anion with hypochlorous acid. Cyanogen chloride reacts rapidly with imidazole to form diimidazole imine as the major product, a species which affords the activation of ribonucleoside 5′-monophosphates to their

  我们报告了咪唑活化的核糖核苷5'-单磷酸酯的合成，其使用的机理依赖于氰化物阴离子与次氯酸的反应原位生成氯化氰。氯化氰与咪唑迅速反应，形成二咪唑亚胺作为主要产物，该物种可将核糖核苷5'-单磷酸酯活化为它们的5'-磷酰胺基咪唑化物。
• A Simple Synthesis of Sugar Nucleoside Diphosphates by Chemical Coupling in Water
  作者：Hidenori Tanaka、Yayoi Yoshimura、Malene R. Jørgensen、Jose A. Cuesta-Seijo、Ole Hindsgaul

  DOI：10.1002/anie.201205433

  日期：2012.11.12

  easy: The new reagent “ImIm”, which is formed in situ in water, is shown to activate nucleoside 5′‐phosphates to their imidazolides, these can subsequently couple with sugar‐1‐phosphates; the whole procedure takes place in water. This truly simple method yields a crude product mixture that can be used directly as a source of donors for glycosyltransferase‐mediated oligsaccharide synthesis. In the scheme

  糖核苷酸变得容易：在水中原位形成的新试剂“ ImIm”被证明可以将5'-磷酸核苷活化成其咪唑类内酯，随后可以与糖-1-磷酸偶合。整个过程在水中进行。这种真正简单的方法产生的粗产物混合物可以直接用作糖基转移酶介导的寡糖合成的供体来源。在方案中，B代表核碱基U，A或G。
• Sequence- and Regioselectivity in the Montmorillonite-Catalyzed Synthesis of RNA
  作者：Shin Miyakawa、James P. Ferris

  DOI：10.1021/ja034328e

  日期：2003.7.1

  nucleotides (pN) with activated monomers (ImpN), the sequence- and regioselectivity was Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu. The 5'-pyrimidine initiated dimers formed less efficiently than the 5'-purine initiated dimers. Trimer formation was investigated by the synthesis of 8 dimers (pNpN) and measuring the yields of trimers formed in the reaction of each dimer with a mixture of equal molar amounts

  通过检查蒙脱石催化的 RNA 二聚体和三聚体形成中的序列和区域选择性，研究了催化在从活化单体形成有限数量的 RNA 中的可能作用。A 的反应性与 G 的相似，C 的反应性与 U 相当。但嘌呤核苷酸的反应性与嘧啶的反应性不同。在核苷酸 (pN) 与活化单体 (ImpN) 的反应中，序列和区域选择性为 Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu。5'-嘧啶引发的二聚体形成的效率低于 5'-嘌呤引发的二聚体。通过合成 8 个二聚体 (pNpN) 并测量每个二聚体与等摩尔量的四种活化单体的混合物的反应中形成的三聚体的产率来研究三聚体的形成。二聚体的反应性取决于连接到 RNA 3'-末端的核苷酸和磷酸二酯键的区域化学。提出了基于这些研究的规则来预测在蒙脱石催化反应中形成的 RNA 的序列和区域选择性。这些规则与等摩尔量的 ImpA 和 ImpC 反应形成的 2-5
• Engineering Human Fhit, a Diadenosine Triphosphate Hydrolase, into an Efficient Dinucleoside Polyphosphate Synthase
  作者：Kaisheng Huang、Perry A. Frey

  DOI：10.1021/ja0400640

  日期：2004.8.1

  dinucleoside polyphosphates. Fhit catalyzes the Mg2+-dependent hydrolysis of P1-5'-O-adenosine-P3-5'-O-adenosine triphosphate (Ap3A) to AMP and MgADP. Mutation of His96 to glycine disables Fhit as a catalyst for the hydrolysis of phosphoanhydrides such as Ap3A. However, the mutated enzyme H96G-Fhit efficiently catalyzes the synthesis of phosphoanhydride bonds in reactions of nucleoside-5'-phosphimidazolides

  假定的人类肿瘤抑制基因 FHIT 编码 Fhit，即脆弱的组氨酸三联体蛋白。Fhit 被认为参与涉及双核苷多磷酸的信号转导途径。Fhit 催化 P1-5'-O-腺苷-P3-5'-O-三磷酸腺苷 (Ap3A) 依赖 Mg2+ 水解为 AMP 和 MgADP。His96 突变为甘氨酸会使 Fhit 作为磷酸酐（如 Ap3A）水解的催化剂失效。然而，突变酶 H96G-Fhit 在核苷 5'-磷咪唑化物与核苷二磷酸和三磷酸的反应中有效催化磷酸酐键的合成。H96G-Fhit 可用于合成多种二核苷三磷酸和四磷酸。我们在此描述了使用 H96G-Fhit 催化 Ap3A、Ap3C、Ap3G、Ap3T、Ap3U、Cp3U、Tp3U、dAp3U、Ap4A、