5'-phosphoadenylyl-(3'->5')-adenosine | 3593-47-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 英文名称: 5'-phosphoadenylyl-(3'->5')-adenosine
• 英文别名: Adenylyl-(5'-3')-5'-adenylsaeure；pA^3'p^5'A；pA^3'pA；pA3'pA；pApA；r(pA)₂；5'-O-phosphonoadenylyl-(3'->5')-adenosine；[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 3593-47-3
• 化学式: C₂₀H₂₆N₁₀O₁₃P₂
• 分子量: 676.433
• InChiKey: GTUJJVSZIHQLHA-XPWFQUROSA-N

物化性质

• 沸点：
  1166.8±75.0 °C(Predicted)
• 密度：
  2.43±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.1
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  341
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  21

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-phosphoadenylyl-(3'->5')-adenosine 在 alkaline phosphatase 作用下， 生成 adenyl(3'-5')phophoadenine
  参考文献：
  名称：

  使用蒙脱石作为催化剂的无保护基团的核苷酸二聚体合成。

  摘要：

  已经开发了提供包含天然或非天然核苷残基的核苷酸二聚体的合成。在不存在保护基的情况下，将核糖核苷5'-磷酰胺基咪唑化物添加到吸附在蒙脱石上的核苷中性pH下。大约30％的咪唑化物被转化为2'-5'二聚体和3'-5'二聚体，其余的则被水解为5'-单磷酸酯。通过多种组合进行的实验表明，该方法可能会受到限制，包括杂手性和嵌合合成。这种绿色化学方法使得能够从活化的核苷酸本身，具有核苷的活化核苷酸和具有核苷酸5'-单磷酸酯的活化核苷酸合成二聚体。 [本文提供补充材料。转到发布者的在线版《核苷酸，核苷酸和核酸》以查看免费的补充文件。]

  DOI：

  10.1080/15257770.2012.701787
• 作为产物：
  描述：

  5'-腺嘌呤核苷酸 在 2,2'-二硫二吡啶 、 三乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 5'-phosphoadenylyl-(3'->5')-adenosine
  参考文献：
  名称：

  使用蒙脱石作为催化剂的无保护基团的核苷酸二聚体合成。

  摘要：

  已经开发了提供包含天然或非天然核苷残基的核苷酸二聚体的合成。在不存在保护基的情况下，将核糖核苷5'-磷酰胺基咪唑化物添加到吸附在蒙脱石上的核苷中性pH下。大约30％的咪唑化物被转化为2'-5'二聚体和3'-5'二聚体，其余的则被水解为5'-单磷酸酯。通过多种组合进行的实验表明，该方法可能会受到限制，包括杂手性和嵌合合成。这种绿色化学方法使得能够从活化的核苷酸本身，具有核苷的活化核苷酸和具有核苷酸5'-单磷酸酯的活化核苷酸合成二聚体。 [本文提供补充材料。转到发布者的在线版《核苷酸，核苷酸和核酸》以查看免费的补充文件。]

  DOI：

  10.1080/15257770.2012.701787

文献信息

• Sequence- and Regioselectivity in the Montmorillonite-Catalyzed Synthesis of RNA
  作者：Shin Miyakawa、James P. Ferris

  DOI：10.1021/ja034328e

  日期：2003.7.1

  nucleotides (pN) with activated monomers (ImpN), the sequence- and regioselectivity was Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu. The 5'-pyrimidine initiated dimers formed less efficiently than the 5'-purine initiated dimers. Trimer formation was investigated by the synthesis of 8 dimers (pNpN) and measuring the yields of trimers formed in the reaction of each dimer with a mixture of equal molar amounts

  通过检查蒙脱石催化的 RNA 二聚体和三聚体形成中的序列和区域选择性，研究了催化在从活化单体形成有限数量的 RNA 中的可能作用。A 的反应性与 G 的相似，C 的反应性与 U 相当。但嘌呤核苷酸的反应性与嘧啶的反应性不同。在核苷酸 (pN) 与活化单体 (ImpN) 的反应中，序列和区域选择性为 Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu。5'-嘧啶引发的二聚体形成的效率低于 5'-嘌呤引发的二聚体。通过合成 8 个二聚体 (pNpN) 并测量每个二聚体与等摩尔量的四种活化单体的混合物的反应中形成的三聚体的产率来研究三聚体的形成。二聚体的反应性取决于连接到 RNA 3'-末端的核苷酸和磷酸二酯键的区域化学。提出了基于这些研究的规则来预测在蒙脱石催化反应中形成的 RNA 的序列和区域选择性。这些规则与等摩尔量的 ImpA 和 ImpC 反应形成的 2-5
• Lanthanide Ion as a Catalyst for Internucleotide Bond Formation
  作者：Hiroaki Sawai、Kenji Yamamoto

  DOI：10.1246/bcsj.69.1701

  日期：1996.6

  The lanthanide ion-catalyzed oligomerization of adenosine 5′-(1-imidazolylphosphate) was performed to yield short-chained oligoriboadenylates. The effect of lanthanide ions on the synthesis of oligoriboadenylates increased nearly in the order of the atomic number: None < Nd3+   La3+   Ce3+   Pr3+   Sm3+   Eu3+   Gd3+ < Tb3+ < Dy3+   Ho3+ < Er3+ < Yb3+ < Lu3+. The total yield of the oligoriboadenylates was 49% when Lu3+ was used as a catalyst. The linkage in the resulting oligoribadenylate was mainly 2′–5′.

  在镧系离子催化下，腺苷 5′-(1-咪唑基磷酸酯)发生低聚反应，生成短链的低聚阿糖腺苷酸。镧系离子对低聚阿糖腺苷酸合成的影响几乎是按照原子序数的顺序增加的：无 < Nd3+ La3+ Ce3+ Pr3+ Sm3+ Eu3+ Gd3+ < Tb3+ < Dy3+ Ho3+ < Er3+ < Yb3+ < Lu3+。当使用 Lu3+ 作为催化剂时，低聚腺苷酸盐的总产率为 49%。得到的低聚二苯乙烯酸酯的连接主要为 2′-5′。
• Effect of Phosphate Activating Group on Oligonucleotide Formation on Montmorillonite: The Regioselective Formation of 3',5'-Linked Oligoadenylates
  作者：K. Joseph Prabahar、Timothy D. Cole、James P. Ferris

  DOI：10.1021/ja00103a006

  日期：1994.11

  4-Aminopyridine derivatives yielded oligoadenylates as long as dodecamers with a regioselectivity for 3',5'-phosphodiester bond formation averaging 88%. Linear and cyclic oligomers are obtained and no A5'ppA-containing products are detected. Oligomers as long as the hexanucleotide are obtained using 2-aminobenzimidazole as the activating group. A predominance of pA2'pA is detected in the dimer fraction along

  研究了胺结构对蒙脱石催化的腺苷 5'-氨基磷酸酯低聚反应的影响。4-氨基吡啶衍生物产生的寡聚腺苷酸与十二聚体一样长，对 3',5'-磷酸二酯键形成的区域选择性平均为 88%。获得了线性和环状低聚物，没有检测到含有 A5'ppA 的产物。使用2-氨基苯并咪唑作为活化基团得到六核苷酸的寡聚物。在二聚体部分中检测到 pA2'pA 的优势以及环状 3',5'-三聚体；没有检测到含有 A5'ppA 的低聚物。当使用吗啉、哌啶、吡唑、1,2,4-三唑和 2-吡啶酮作为磷酸酯活化基团时，观察到很少或没有低聚物形成。
• Montmorillonite catalysis of RNA oligomer formation in aqueous solution. A model for the prebiotic formation of RNA
  作者：James P. Ferris、Gozen Ertem

  DOI：10.1021/ja00079a006

  日期：1993.12

  are almost ineffective catalysts. 2',5'-Linked oligomers, up to the tetramer in length, are formed using UO2(2+)-montmorillonite. The structure analysis of individual oligomer fractions was performed by selective enzymatic and KOH hydrolytic studies followed by HPLC analysis of the reaction products. It is concluded from the composition of the oligomers that the rate of addition ImpA to a 3'-terminus

  在室温下，在 Na(+)-蒙脱石存在下，腺苷磷咪唑化物 (ImpA) 在 pH 8 的水溶液中反应，形成长达 11 聚体的腺苷酸低聚物。这些低聚物通过磷酸二酯键连接，其中 3',5'-键以 2:1 的比例超过 2',5'-键。ImpA、A5'ppA 的 9:1 混合物的反应导致形成具有 3:1 比例的 3',5'-与 2',5'-连接的磷酸二酯键的低聚物。这些低聚物中有很大一部分包含 A5'ppA 组。A5'ppA 与 ImpA 的反应比 5'-ADP (ppA) 或 5'-ATP (pppA) 快得多。与蒙脱石相关的可交换阳离子影响观察到的 Li+、Na+、NH4+、Ca2+ 是更有效的，而 Mg2+ 和 Al3+ 几乎是无效的催化剂。使用 UO2(2+)-蒙脱石形成 2',5'-连接的低聚物，直至四聚体的长度。通过选择性酶促和 KOH 水解研究，然后对反应产物进行 HPLC 分析，对各
• Mechanism of Montmorillonite Catalysis in the Formation of RNA Oligomers
  作者：Prakash C. Joshi、Michael F. Aldersley、John W. Delano、James P. Ferris

  DOI：10.1021/ja9036516

  日期：2009.9.23

  nucleotides generate oligomers as long as 50-mers. The extent of catalysis depends on the magnitude of the negative charge on the montmorillonite lattice and the number of cations associated with it. When cations in raw montmorillonites are replaced by sodium ions, the resulting Na(+)-montmorillonite does not catalyze oligomer formation because they saturate the interlayers between the platelets of montmorillonites

  核苷酸的蒙脱石粘土催化反应可生成长达 50 聚体的低聚物。催化程度取决于蒙脱石晶格上负电荷的大小和与之相关的阳离子数量。当原始蒙脱石中的阳离子被钠离子取代时，所得的 Na(+)-蒙脱石不会催化低聚物的形成，因为它们使蒙脱石片晶之间的夹层饱和，从而阻止了活化单体的结合。用稀盐酸处理蒙脱石用质子代替原料蒙脱石上的阳离子。滴定到 pH 值 6-7 的质子化蒙脱石用作形成 RNA 低聚物的催化剂。滴定不会向蒙脱石片晶的夹层添加足够的钠离子以防止活化单体进入。注意到非催化蒙脱石在其片晶上具有较高的负电荷，这主要是由于蒙脱石晶格中的四价和三价元素分别被三价和二价金属离子自然取代。与催化性蒙脱石相比，滴定非催化性蒙脱石所需的氢氧化钠量几乎是这些蒙脱石的 2 倍，这证明了这些蒙脱石上具有更大的负电荷。吸附等温线表明，ImpA 的平衡结合最强，ImpU 的平衡结合最弱。在研究的 22 种蒙脱石中，12 种是催化剂。