2'-甲氧基尿苷 | 2140-76-3

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 核苷中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 2'-甲氧基尿苷
• 中文别名: 2'-O-甲基尿苷；2’-甲氧基尿苷；2"-甲氧基尿苷；2-甲氧基尿苷
• 英文名称: 2'-O-methyluridine
• 英文别名: 2′-O-methyluridine；2’-O-methyluridine；2’-OMe uridine；1-[(2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-methoxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 2140-76-3
• 化学式: C₁₀H₁₄N₂O₆
• 分子量: 258.231
• InChiKey: SXUXMRMBWZCMEN-ZOQUXTDFSA-N

物化性质

• 熔点：
  154-156°C
• 密度：
  1.53±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  可溶于DMSO（少许）、甲醇（少许）
• 最大波长(λmax)：
  261nm(MeOH)(lit.)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.4
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

安全信息

• 危险品标志：
  T+
• 安全说明：
  S24/25
• 危险类别码：
  R26/27/28
• 海关编码：
  2934999090
• WGK Germany：
  3
• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

制备方法与用途

理化性质

2′-甲氧基尿苷在常温常压下呈白色或灰白色固体粉末状。该化合物稳定性较差，需要低温保存，并最好在惰性气体保护的环境下保存。在具体合成过程中，伯醇可以转化为碘原子，而仲醇不受影响；此外，还可以在与羰基相邻的双键碳上引入一个碘原子。

用途

2′-甲氧基尿苷是核苷酸的重要中间体，在合成用于标记RNA的非干扰胞苷衍生物中有重要应用。

来源

2′-甲氧基尿苷广泛存在于生物体内，特别是在RNA的核心结构中。它在RNA分子的转运、稳定性和翻译调控中发挥着重要作用。此外，也可以作为生物医学领域的研究工具，用于研究RNA的结构和功能。

合成路线

在氮气氛围下，将负载量为10% 的钯碳固体添加到BOM保护的尿苷衍生物（1当量）在异丙醇与水的混合溶液中（异丙醇与水的比例为10:1），再向反应体系中加入HCO2H (0.5%)，使用双折叠气球将氢气气体引入反应混合物。反应完成后，通过硅藻土过滤除去钯碳固体，并用异丙醇洗涤反应混合物。在真空下旋转蒸发所有挥发物后，生成HCO2H-胺盐，然后将粗混合物溶解于三氯甲烷中，用水合碳酸钠溶液进行洗涤；用无水硫酸钠干燥合并的有机层，再在真空下蒸发合并的有机萃取物；通过硅胶色谱法纯化残余物即可得到目标产物2′-甲氧基尿苷。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-甲氧基尿苷 在 吡啶 、 咪唑 、 ammonium cerium (IV) nitrate 、 碘 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 17.0h， 生成 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxymethyl)-3-methoxy-tetrahydro-furan-2-yl]-5-iodo-1H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  半刚性的异吲哚啉衍生的一氧化氮自旋标记，用于RNA †

  摘要：

  合成了新的异吲哚啉衍生的苯并咪唑一氧化氮自旋标记Im Um，并将其掺入RNA寡核糖核苷酸中。Im Um是RNA构象明确的自旋标记的第一个例子，其中的氮氧化物N–O键与用于将基于刚性二氢吲哚啉的自旋标记附着于尿苷碱基的单键位于同一轴上。这导致该单键旋转时氮氧化物的位移最小，这对于用于距离测量的标签是有用的属性。含Im Um的RNA双链体的连续波（CW）EPR测量表示围绕该单键的旋转受限，可能是由于苯并咪唑N–H和尿嘧啶O4之间存在分子内氢键。两种RNA双链体中两个自旋标记之间的方向选择脉冲电子-电子双共振（PELDOR，也称为双电子-电子共振或DEER）距离测量在一种情况下显示出强烈的方向依赖性，进一步证实了自旋运动受限制RNA双链体中的标记。

  DOI：

  10.1039/c7ob02870a
• 作为产物：
  描述：

  尿嘧啶核苷 在 碳酸二苯酯 、 碳酸氢钠 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 2'-甲氧基尿苷
  参考文献：
  名称：

  2'-O-烷基嘧啶核糖核苷的高效大规模合成

  摘要：

  已经描述了一种以高产率合成 2'-O-烷基嘧啶核糖核苷的有效方法。廉价的方法用于多公斤级合成和优化反应...

  DOI：

  10.1021/op990100t

文献信息

• [EN] COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND METHODS FOR SYNTHESIS<br/>[FR] COMPOSÉS, COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS DE SYNTHÈSE
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2018237194A1

  公开（公告）日：2018-12-27

  The present disclosure, among other things, provides technologies for synthesis, including reagents and methods for stereoselective synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides compounds useful as chiral auxiliaries. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for oligonucleotide synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for chirally controlled preparation of oligonucleotides. In some embodiments, technologies of the present disclosure are particularly useful for constructing challenging internucleotidic linkages, providing high yields and stereoselectivity.

  本公开内容提供了合成技术，包括用于立体选择性合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了作为手性辅助剂有用的化合物。在某些实施例中，本公开内容提供了用于寡核苷酸合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了用于手性控制寡核苷酸制备的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容的技术特别适用于构建具有挑战性的核苷酸间连接，提供高产率和立体选择性。
• Noncanonical RNA Nucleosides as Molecular Fossils of an Early Earth-Generation by Prebiotic Methylations and Carbamoylations
  作者：Christina Schneider、Sidney Becker、Hidenori Okamura、Antony Crisp、Tynchtyk Amatov、Michael Stadlmeier、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.201801919

  日期：2018.5.14

  prebiotic routes towards RNA. Contemporary RNA, however, is not only constructed from the four canonical nucleobases (A, C, G, and U), it also contains many chemically modified (noncanonical) bases. A still open question is whether these noncanonical bases were formed in parallel to the canonical bases (chemical origin) or later, when life demanded higher functional diversity (biological origin). Here

  RNA世界假说假设地球上的生命始于催化其自身形成的小RNA分子。对该假设至关重要的是，需要针对RNA的益生元途径。然而，当代RNA不仅由四个规范的核碱基（A，C，G和U）构建，而且还包含许多化学修饰的（非规范）碱基。一个尚待解决的问题是，当生命需要更高的功能多样性（生物起源）时，这些非规范碱基是否与规范碱基（化学起源）平行或更晚地形成。在这里，我们显示异氰酸酯与亚硝酸钠的组合建立了与地球早期条件相容的甲基化和氨基甲酰化反应性。这些反应导致仍然存在的甲基化和氨基酸修饰的核苷的形成。
• Regioselective Mitsunobu Reaction of Partially Protected Uridine
  作者：Maurycy Szlenkier、Karol Kamel、Jerzy Boryski

  DOI：10.1080/15257770.2016.1188943

  日期：2016.8.2

  Mitsunobu reaction of partially acylated uridine proceeds with high regioselectivity for intramolecular SN2 anhydro linkage closuring. Under the reaction conditions, an isomeric mixture of diacyl uridine derivatives with either free 2′- or 3′-hydroxyl group was transformed into a single cyclonucleosidic product, 2,2′-anhydro-3′,5′-di-O-acyluridine. This paper presents a possible mechanism of the reactions

  摘要 部分酰化尿苷的光信反应对分子内 SN2 脱水键关闭具有高区域选择性。在该反应条件下，具有游离 2'-或 3'-羟基的二酰基尿苷衍生物的异构混合物转化为单一的环核苷产物，2,2'-脱水-3',5'-二-O-酰基尿苷. 本文提出了反应的可能机制、基于半经验和密度泛函理论 (DFT) 计算的观察现象的解释以及该合成途径的可能效用。
• [EN] NUCLEIC ACID CHEMICAL MODIFICATIONS<br/>[FR] MODIFICATIONS CHIMIQUES D'ACIDE NUCLÉIQUE
  申请人：ALNYLAM PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2010101951A1

  公开（公告）日：2010-09-10

  he present invention provides nucleosides of formula (1) and oligonucleotides comprising at least on nucleoside of formula (2): Another aspect of the invention relates to a method of inhibiting the expression of a gene in cell, the method comprising (a) contacting an oligonucleotide of the invention with the cell; and (b) maintaining the cell from step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the mRNA of the target gene.

  本发明提供了式（1）的核苷和包含至少一种式（2）核苷的寡核苷酸；发明的另一个方面涉及一种抑制细胞中基因表达的方法，该方法包括（a）将本发明的寡核苷酸与细胞接触；和（b）维持步骤（a）中的细胞足够长的时间以获得目标基因mRNA的降解。
• [EN] RNAI AGENTS FOR INHIBITING EXPRESSION OF BETA-ENAC, COMPOSITIONS THEREOF, AND METHODS OF USE<br/>[FR] AGENTS D'ARNI POUR INHIBER L'EXPRESSION DE BETA-ENAC, LEURS COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS D'UTILISATION
  申请人：ARROWHEAD PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2021086995A1

  公开（公告）日：2021-05-06

  Described are RNAi agents, compositions that include RNAi agents, and methods for inhibition of a beta-ENaC (SCNN1B) gene. The beta-ENaC RNAi agents and RNAi agent conjugates disclosed herein inhibit the expression of a beta-ENaC gene. Pharmaceutical compositions that include one or more beta-ENaC RNAi agents, optionally with one or more additional therapeutics, are also described. Delivery of the described beta-ENaC RNAi agents to epithelial cells, such as pulmonary epithelial cells, in vivo, provides for inhibition of beta-ENaC gene expression and a reduction in ENaC activity, which can provide a therapeutic benefit to subjects, including human subjects, for the treatment of various diseases including chronic obstructive pulmonary disease (COPD).

  描述了RNAi药剂、包含RNAi药剂的组合物，以及抑制β-ENaC（SCNN1B）基因的方法。本文披露的β-ENaC RNAi药剂和RNAi药剂结合物抑制了β-ENaC基因的表达。还描述了包含一个或多个β-ENaC RNAi药剂的药物组合物，可选地与一个或多个额外治疗药物一起使用。将所述的β-ENaC RNAi药剂传递至上皮细胞，如体内的肺上皮细胞，可实现抑制β-ENaC基因表达和减少ENaC活性，这可以为受试者，包括人类受试者，提供治疗益处，用于治疗包括慢性阻塞性肺疾病（COPD）在内的各种疾病。