2′-deoxy-3′,5′-bis-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-5,6-dihydrouridine | 187980-02-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯丙烷和聚酮
• 英文名称: 2′-deoxy-3′,5′-bis-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-5,6-dihydrouridine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-1,3-diazinane-2,4-dione
• CAS: 187980-02-5
• 化学式: C₂₁H₄₂N₂O₅Si₂
• 分子量: 458.746
• InChiKey: UROURJQHGHFODN-LZLYRXPVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.46
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.9
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2′-deoxy-3′,5′-bis-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-5,6-dihydrouridine 在 N,N-二异丙基乙胺 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 2′-deoxy-3′,5′-bis-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-3-[[2-(trimethylsilyl)ethoxy]methyl]-5-(2,2-dimethyl-1-oxopropyl)-5,6-dihydrouridine
  参考文献：
  名称：

  非水介质中5,6-二氢嘧啶-5-基自由基光化学合成的实验和理论组合方法

  摘要：

  自由基中间体的化学命运与理解辐射的生物学效应和解释DNA损伤的形成有关。选择性地产生推定的反应性中间体的直接方法是基于对光不稳定的前体的照射。但是，迄今为止，仅在水性介质中研究了自由基的形成和反应性，而水性介质并未完全模仿DNA结构及其与蛋白质的复合物所提供的微环境。因此，评估非水介质中核苷基自由基的光生化也很重要。注意这里，通过新的亲脂性的合成聚焦在独立产生在有机溶剂中5,6-二氢嘧啶-5-基的基团叔丁基丁基酮的前体。首先通过使用一种新的源自一氧化氮​​的前荧光自由基阱来确认5，6-二氢-2'-脱氧尿素-5-基和5，6-二氢嘧啶-5-基的形成。纳秒激光闪光光解通过检测长寿命瞬变获得了进一步的证据。最后，通过多配置从头开始CASPT2 // CASSCF方法论证实了实验数据。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.6b00314
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 咪唑 、 Rh/Al₂O₃ 、 氢气 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 20.0 ℃ 、3.0 MPa 条件下， 生成 2′-deoxy-3′,5′-bis-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-5,6-dihydrouridine
  参考文献：
  名称：

  非水介质中5,6-二氢嘧啶-5-基自由基光化学合成的实验和理论组合方法

  摘要：

  自由基中间体的化学命运与理解辐射的生物学效应和解释DNA损伤的形成有关。选择性地产生推定的反应性中间体的直接方法是基于对光不稳定的前体的照射。但是，迄今为止，仅在水性介质中研究了自由基的形成和反应性，而水性介质并未完全模仿DNA结构及其与蛋白质的复合物所提供的微环境。因此，评估非水介质中核苷基自由基的光生化也很重要。注意这里，通过新的亲脂性的合成聚焦在独立产生在有机溶剂中5,6-二氢嘧啶-5-基的基团叔丁基丁基酮的前体。首先通过使用一种新的源自一氧化氮​​的前荧光自由基阱来确认5，6-二氢-2'-脱氧尿素-5-基和5，6-二氢嘧啶-5-基的形成。纳秒激光闪光光解通过检测长寿命瞬变获得了进一步的证据。最后，通过多配置从头开始CASPT2 // CASSCF方法论证实了实验数据。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.6b00314

文献信息

• DNA Damage Induced via 5,6-Dihydrothymid-5-yl in Single-Stranded Oligonucleotides
  作者：Marc M. Greenberg、Mark R. Barvian、Gary P. Cook、Brian K. Goodman、Tracy J. Matray、Christopher Tronche、Hariharan Venkatesan

  DOI：10.1021/ja9533510

  日期：1997.2.1

  5,6-Dihydrothymid-5-yl (4) is generated via Norrish type I cleavage of isopropyl ketone 7. Ketone 7 was site specifically incorporated into chemically synthesized polythymidylates and an oligonucleotide containing all four native deoxyribonucleotides. No damage is induced in oligonucleotides containing 7 upon photolysis under anaerobic conditions. In the presence of O2, strand breaks and alkaline labile

  5,6-二氢胸苷-5-基 (4) 是通过 Norrish I 型异丙基酮 7 裂解产生的。酮 7 位点特异性地掺入化学合成的聚胸苷酸和包含所有四种天然脱氧核糖核苷酸的寡核苷酸中。含 7 的寡核苷酸在厌氧条件下光解时不会引起损伤。在 O2 存在下，在 7 的原始位点和与 7 的 5'-磷酸相邻的核苷酸处形成链断裂和碱不稳定损伤。 动力学同位素效应实验表明，在与 5 相邻的胸苷处直接断链'-磷酸盐 4 来自 C1' 氢原子提取。观察到的 KIE (~3.9) 归因于衍生自 4 的过氧自由基 35 从 C1' 夺取氢原子。酶促端基分析和游离碱释放的测量与涉及 C1' 氢原子提取的过程一致。在 t-BuOH (1.05 M) 和 NaN3 (10 mM) 存在下进行的裂解实验表明...
• Chemical Evidence for Thiyl Radical Addition to the C6-Position of a Pyrimidine Nucleoside and Its Possible Relevance to DNA Damage Amplification
  作者：K. Nolan Carter、Thomas Taverner、Carl H. Schiesser、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/jo0007433

  日期：2000.12.1