地贝卡星 | 34493-98-6

• 物质功能分类: 原料药 - 抗生素类药物 - 氨基糖苷类药
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 中文名称: 地贝卡星
• 英文名称: dibecacin
• 英文别名: Dibekacin；panimycin；3',4'-deoxy kanamycin B；DBK；3',4'-dideoxykanamycin B；(2S,3R,4S,5S,6R)-4-amino-2-[(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-[(2R,3R,6S)-3-amino-6-(aminomethyl)oxan-2-yl]oxy-2-hydroxycyclohexyl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,5-diol
• CAS: 34493-98-6
• 化学式: C₁₈H₃₇N₅O₈
• 分子量: 451.52
• InChiKey: JJCQSGDBDPYCEO-XVZSLQNASA-N

物化性质

• 比旋光度：
  D20 +132° (c = 0.65)
• 沸点：
  559.28°C (rough estimate)
• 密度：
  1.3132 (rough estimate)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.8
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  248
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  13

制备方法与用途

地贝卡星是一种半合成氨基糖苷类抗生素，通常以硫酸盐的形式存在。

地贝卡星的抗菌谱与庆大霉素相似，对铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）、变形杆菌（Proteus spp.）、大肠埃希氏菌（Escherichia coli）、肺炎克雷伯氏菌（Klebsiella pneumoniae）和金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）具有较强的抗菌活性，尽管其抗菌力不如庆大霉素。地贝卡星在对抗铜绿假单胞菌方面的效果甚至优于庆大霉素。然而，该药物对耳和肾有一定的毒性作用，适用于治疗由敏感细菌引起的各种感染，如败血症、呼吸道感染、腹腔感染、泌尿道感染以及皮肤软组织感染等。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  地贝卡星 在 pyruvate kinase 、 recombinant Enterococcus faecium aminoglycoside 2''-phosphotransferase type IIa N₁₉₆D/D₂₆₈N mutant 、 potassium chloride 、 phosphoenolpyruvate 、 5’-三磷酸腺苷 、 还原型辅酶Ⅰ 、 magnesium chloride 、 L-lactate dehydrogenase 作用下， 生成 [(2S,3R,4S,5S,6R)-4-amino-2-[(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-[(2R,3R,6S)-3-amino-6-(aminomethyl)oxan-2-yl]oxy-2-hydroxycyclohexyl]oxy-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate
  参考文献：
  名称：

  Mutant APH(2″)-IIa Enzymes with Increased Activity against Amikacin and Isepamicin

  摘要：

  摘要 通过随机 PCR 诱变氨基糖苷 2″-IIa 磷酸转移酶基因的定向进化产生了 R92H/D268N 和 N196D/D268N 突变体酶，导致对阿米卡星和异帕米星的耐药性增强，但对其他氨基糖苷类抗生素的耐药性没有增强。突变型磷酸转移酶对异帕米星的活性增加是由于其对阿米卡星和异帕米星的耐药性降低。 K m 值降低的结果，而阿米卡星催化效率的提高则是 K m K m 值降低和抗生素周转率增加的结果。R92H、D268N 和 D268N 单个氨基酸置换的酶不会导致氨基糖苷类药物的 MIC 值升高。

  DOI：

  10.1128/aac.01444-09
• 作为产物：
  描述：

  3',4'-dideoxykanamycin B-3'-ene 在 platinum(IV) oxide 、 氢气 、 溶剂黄146 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 24.0h， 以96%的产率得到地贝卡星
  参考文献：
  名称：

  地贝卡星及阿贝卡星的合成方法

  摘要：

  本发明涉及地贝卡星及阿贝卡星的合成方法。该方法是以卡那霉素B为初始原料，经过叔丁氧羰基保护卡那霉素B的五个氨基，羟醛缩合保护4″与6″位的羟基，接着在2,4,5-三碘咪唑、三苯基膦及咪唑存在下，消除3′与4′位羟基形成双键，再在盐酸的甲醇溶液中脱除氨基及羟基保护，催化加氢得到地贝卡星；以3′,4′-二脱氧-3′,4′-二脱氢-卡那霉素B为原料，经过三甲基硅基保护所有的氨基和羟基，接着用合成得到的活性酯对1位氨基进行酰化，依次用盐酸和水合肼脱除保护基，最后催化加氢得到阿贝卡星。该合成方法操作简单，收率高，环境友好，生产成本低，有利于工业化生产。

  公开号：

  CN103204887B

文献信息

• [EN] DERIVATIVES OF AMANITA TOXINS AND THEIR CONJUGATION TO A CELL BINDING MOLECULE<br/>[FR] DÉRIVÉS DE TOXINES D'AMANITES ET LEUR CONJUGAISON À UNE MOLÉCULE DE LIAISON CELLULAIRE
  申请人：HANGZHOU DAC BIOTECH CO LTD

  公开号：WO2017046658A1

  公开（公告）日：2017-03-23

  Derivatives of Amernita toxins of Formula (I), wherein, formula (a) R 1, R 2, R 3, R 4, R 5, R 6, R 7, R 8, R 9, R 10, X, L, m, n and Q are defined herein. The preparation of the derivatives. The therapeutic use of the derivatives in the targeted treatment of cancers, autoimmune disorders, and infectious diseases.

  Amernita毒素的衍生物的化学式（I），其中，化学式（a）中的R 1、R 2、R 3、R 4、R 5、R 6、R 7、R 8、R 9、R 10、X、L、m、n和Q在此处被定义。这些衍生物的制备。这些衍生物在靶向治疗癌症、自身免疫性疾病和传染病中的治疗用途。
• [EN] A CONJUGATE OF A CYTOTOXIC AGENT TO A CELL BINDING MOLECULE WITH BRANCHED LINKERS<br/>[FR] CONJUGUÉ D'UN AGENT CYTOTOXIQUE À UNE MOLÉCULE DE LIAISON CELLULAIRE AVEC DES LIEURS RAMIFIÉS
  申请人：HANGZHOU DAC BIOTECH CO LTD

  公开号：WO2020257998A1

  公开（公告）日：2020-12-30

  Provided is a conjugation of cytotoxic drug to a cell-binding molecule with a side-chain linker. It provides side-chain linkage methods of making a conjugate of a cytotoxic molecule to a cell-binding ligand, as well as methods of using the conjugate in targeted treatment of cancer, infection and immunological disorders.

  提供了一种将细胞毒性药物与一个侧链连接分子结合的共轭物。它提供了制备细胞毒性分子与细胞结合配体的共轭物的侧链连接方法，以及在靶向治疗癌症、感染和免疫性疾病中使用该共轭物的方法。
• [EN] CROSS-LINKED PYRROLOBENZODIAZEPINE DIMER (PBD) DERIVATIVE AND ITS CONJUGATES<br/>[FR] DÉRIVÉ DE DIMÈRE DE PYRROLOBENZODIAZÉPINE RÉTICULÉ (PBD) ET SES CONJUGUÉS
  申请人：HANGZHOU DAC BIOTECH CO LTD

  公开号：WO2020006722A1

  公开（公告）日：2020-01-09

  A novel cross-linked cytotoxic agents, pyrrolobenzo-diazepine dimer (PBD) derivatives, and their conjugates to a cell-binding molecule, a method for preparation of the conjugates and the therapeutic use of the conjugates.

  一种新型的交联细胞毒剂，吡咯苯并二氮杂环二聚体（PBD）衍生物，以及它们与细胞结合分子的结合物，一种制备这些结合物的方法以及这些结合物的治疗用途。
• Substituted 1,3-thiazole compounds, their production and use
  申请人：——

  公开号：US20040053973A1

  公开（公告）日：2004-03-18

  (1) A 1,3-thiazole compound of which the 5-position is substituted with a 4-pyridyl group having a substituent including no aromatic group or (2) a 1,3-thiazole compound of which the 5-position is substituted with a pyridyl group having at the position adjacent to a nitrogen atom of the pyridyl group a substituent including no aromatic group has an excellent p38 MAP kinase inhibitory activity.

  (1) 一种1,3-噻唑化合物，其5位被取代为含有一个取代基的4-吡啶基团，该取代基不包括芳香基，或者(2) 一种1,3-噻唑化合物，其5位被取代为一个吡啶基团，该吡啶基团的氮原子邻近位置有一个取代基，该取代基不包括芳香基，具有出色的p38 MAP激酶抑制活性。
• Bifunctional antibiotics for targeting rRNA and resistance-causing enzymes
  申请人：Baasov Timor

  公开号：US20050004052A1

  公开（公告）日：2005-01-06

  A novel group of aminoglycosides which share some structural features of currently available aminoglycosides with regard to the backbone, while also having significant structural differences. The similarity enables these aminoglycosides to be highly potent and effective antibiotics, while the significant differences enable these aminoglycosides to reduce or even block antibiotic resistance.

  一种新型氨基糖苷类药物，与目前已有的氨基糖苷类药物在骨架方面具有一些结构特征，同时又具有显著的结构差异。这种相似性使得这些氨基糖苷类药物具有很高的抗菌作用和有效性，而显著的差异使得这些氨基糖苷类药物能够减少甚至阻止抗生素耐药性的发展。