N²-isobutyryl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine | 90362-51-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N²-isobutyryl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: 3',5'-bis-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-2'-deoxy-N²-isobutyrylguanosine；N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide；N-[9-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 90362-51-9
• 化学式: C₂₆H₄₇N₅O₅Si₂
• 分子量: 565.861
• InChiKey: GZUXINPXHRXMKS-IPMKNSEASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.41
• 重原子数：
  38.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  120.36
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N²-isobutyryl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine 在 palladium on activated carbon 、 氢气 、 sodium hydride 、 戴斯-马丁氧化剂 、 三氯乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 9.67h， 生成
  参考文献：
  名称：

  用乙硫醇钠对二甲基膦酸酯进行去甲基化：改进 5'-亚甲基取代的 2',5'-脱氧核糖核苷酸的合成

  摘要：

   抽象的 我们描述了一种使用乙硫醇钠对二甲基膦酸酯进行去甲基化的新方法。新程序允许核苷二甲基膦酸酯去甲基化，而无需 1'-α-异头化，从而改进 5'-亚甲基取代的 2',5'-脱氧核苷酸的合成。

  DOI：

  10.1080/15257770.2023.2166064
• 作为产物：
  描述：

  N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide 在 二甲基亚砜 吡啶 、 咪唑 、 叔丁基硫醇 、 溶剂黄146 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三氟乙酸 、 zinc(II) iodide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 正戊烷 为溶剂， 反应 9.33h， 生成 N²-isobutyryl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  在胸苷和2'-脱氧鸟苷中独立生成C5'-核苷基自由基

  摘要：

  胸腺嘧啶核苷1a和2'-脱氧鸟苷2的C5'叔丁基酮的合成是通过5'- C-氰基衍生物与叔丁基锂反应，然后进行酸水解来实现的。5' - [R配置是通过一个适当地保护的衍生物的X射线晶体结构测定分配1A。两个核苷的（5 'S）-异构体不稳定，并且在反应介质中发生完全分解。1a和2的光化学有效地分别产生了胸苷5'-基和2'-脱氧鸟苷-5'-基。在胸苷系统中，在生理浓度的硫醇存在下，C5'基团被完全淬灭。在2'-脱氧鸟苷系统中，C5'自由基对鸟嘌呤的C8-N7双键进行分子内攻击，最终导致5'，8-环-2'-脱氧鸟苷衍生物。2'-脱氧鸟苷-5'-基团的环化以约0.2的速率常数发生。1×10 6 s - 1且高度立体选择性，仅提供（5 'S）-非对映异构体。

  DOI：

  10.1021/jo062518c

文献信息

• Nucleotides, Part LXVII, The 2-Cyanoethyl and (2-Cyanoethoxy)carbonyl Group for Base Protection in Nucleoside and Nucleotide Chemistry
  作者：Claudia Merk、Tilman Reiner、Evgeny Kvasyuk、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/1522-2675(20001220)83:12<3198::aid-hlca3198>3.0.co;2-q

  日期：2000.12.20

  The amino functions of the common 2′-deoxyribo- and ribonucleosides were blocked by the (2-cyanoethoxy)carbonyl group on treatment with 2-cyanoethyl carbonochloridate (5) or 1-[(2-cyanoethoxy)carbonyl]-3-methyl-1H-imidazolium chloride (6) leading to 7, 18, 8, 19, 9, and 20. In 2′-deoxyguanosine, the amide group was additionally blocked at the O6 position by the 2-cyanoethyl (27) and 2-(4-nitrophenyl)ethyl

  在用 2-氰基乙基碳氯酸酯 (5) 或 1-[(2-氰基乙氧基)羰基]-3-甲基-处理时，常见的 2'-脱氧核糖和核糖核苷的氨基官能团被 (2-氰基乙氧基)羰基封闭。 1H-咪唑氯化物 (6) 产生 7, 18, 8, 19, 9 和 20。在 2'-脱氧鸟苷中，酰胺基团在 O6 位被 2-氰乙基 (27) 和 2-( 4-硝基苯基)乙基(31, 32)。关于通过 β-消除裂解 ce/ceoc 和 npe/npeoc 基团的比较动力学研究揭示了有关核碱基不同位点的各种封闭基团的容易性和顺序脱保护的有价值的信息。
• Synthesis of Oligodeoxynucleotides Using Fully Protected Deoxynucleoside 3′-Phosphoramidite Building Blocks and Base Recognition of Oligodeoxynucleotides Incorporating N3-Cyano-Ethylthymine
  作者：Hirosuke Tsunoda、Tomomi Kudo、Akihiro Ohkubo、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.3390/molecules15117509

  日期：——

  Oligodeoxynucleotide (ODN) synthesis, which avoids the formation of side products, is of great importance to biochemistry-based technology development. One side reaction of ODN synthesis is the cyanoethylation of the nucleobases. We suppressed this reaction by synthesizing ODNs using fully protected deoxynucleoside 3'-phosphoramidite building blocks, where the remaining reactive nucleobase residues

  寡聚脱氧核苷酸 (ODN) 合成避免了副产物的形成，对于基于生物化学的技术开发具有重要意义。ODN 合成的一个副反应是核碱基的氰乙基化。我们通过使用完全受保护的脱氧核苷 3'-亚磷酰胺结构单元合成 ODN 来抑制该反应，其中剩余的反应性核碱基残基被酰基-、二酰基-和酰基-氧乙烯型基团完全保护。对核碱基位点氰乙基化的详细分析表明，胸腺嘧啶碱基的 N3 保护有效地抑制了丙烯腈的迈克尔加成。使用亚磷酰胺方法合成了包含 N3-氰乙基胸腺嘧啶的 ODN，并检查了涉及该 ODN 模板的引物延伸反应。其结果，
• 2-Aminopurine derivatives with C6-substituted olefin as novel cross-linking agents and the synthesis of the corresponding β-phosphoramidite precursors
  作者：Fumi Nagatsugi、Kengo Uemura、Shouji Nakashima、Minoru Maeda、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1016/s0040-4020(97)00069-0

  日期：1997.3

  The 6-vinylated 2-aminopurine nucleoside (1), which was prepared by the Pd(0)-catalyzed cross-coupling reaction using guanosine 6-O-tosylate and vinyl-tributylstannane, has been demonstrated as a potential cross-linking agent. However, attempts for its incorporation into oligonucleotides were unsuccessful because of the high reactivity toward nucleophiles. In this study, new 2'-deoxy nucleoside derivatives with 6-(2-substituted vinyl)-2-aminopurine were designed to diminish the reactivity of the vinyl group. These new nucleosides have been shown to maintain reactivity toward potent nucleophiles such as butylamine and thiols, suggesting that they would form cross-linking with the target nucleobase due to the proximity within the sense-antisense duplex. Thus, the corresponding beta-phosphoramidite precursors were successfully prepared, and were applied to an automated oligonucletotide synthesizer. (C) 1997 Elsevier Science Ltd.
• Modification of guanine bases: reaction of N2-acylated guanine nucleosides with dichloro-(N,N-diisopropylamino)phosphine
  作者：Masad J. Damha、Kelvin K. Ogilvie

  DOI：10.1021/jo00368a037

  日期：1986.9
• WO2023/167908
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——