N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide | 99540-94-0

• 物质功能分类: 医药中间体 - 原料药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide
• 英文别名: 3'-O-t-butyldimethylsilyl-N2-isobutyryl-2'-deoxyguanosine；N-[9-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 99540-94-0
• 化学式: C₂₀H₃₃N₅O₅Si
• 分子量: 451.598
• InChiKey: LVQQJHMWQKQZFP-BFHYXJOUSA-N

物化性质

• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.38
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.7
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide 在 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二甲基亚砜 、 甲苯 为溶剂， 反应 14.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  抗ＤＮＡウィルス活性などの生理活性を有するヌクレオシド誘導体

  摘要：

  提供对乙型肝炎病毒（HBV）具有抗病毒活性且对宿主细胞毒性较低的核苷类衍生物。在2'-脱氧吡嘧核苷中，通过在嘌呤碱基的2位和6位以及核糖的4位分别置换特定官能基，揭示了获得对HBV具有优越抗病毒活性且细胞毒性较低的核苷类衍生物。【选定图】无

  公开号：

  JP2017057200A
• 作为产物：
  描述：

  N2-异丁酰-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧鸟苷 在 吡啶 、 silver nitrate 、 三氯乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.17h， 生成 N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide
  参考文献：
  名称：

  A new and convenient approach for the preparation of β-cyanoethyl protected trinucleotide phosphoramidites

  摘要：

  我们在此报道一种简便的方法，用于制备全保护的三核苷酸合成子，这些合成子将用于基因库的合成。这些三核苷酸合成子在磷酸残基上具有β-氰乙基团，因此可以在标准的寡核苷酸合成中使用，无需额外的去保护和后处理步骤。

  DOI：

  10.1039/c2ob06934b

文献信息

• <i>cis</i>-Tetrahydrofuran-3,4-diol Structure as a Key Skeleton of New Protecting Groups Removable by Self-Cyclization under Oxidative Conditions
  作者：Eri Utagawa、Mitsuo Sekine、Kohji Seio

  DOI：10.1021/jo061006v

  日期：2006.9.1

  once-generated neighboring hydroxyl group on the acyl carbon. It turned out that these acyl groups could be introduced into the 5‘-hydroxyl group of a 3‘-O-protected thymidine derivative by use of the corresponding acyl imidazolides or 4-nitrophenyl esters as well as by reaction with carbonyldiimidazole or 4-nitrophenyl chloroformate. Among the acyl groups tested, it was found that the CTFOC group could be

  已经研究了具有顺式-四氢呋喃-3,4-二醇（1,4-脱水赤藓糖醇）主链结构和TrS或MMTrS基团的各种碳酸酯型酰基基团，作为5'-羟基的新“保护”保护基团组核苷。这些酰基的设计方式是通过I 2促进去除TrS或MMTrS基团，然后进行自我环化，使涉及到一次生成的相邻羟基在分子内攻击酰基碳的分子进行自我环化，从而对它们进行脱保护。结果表明，这些酰基可以引入3'- O的5'-羟基通过使用相应的酰基咪唑啉化物或4-硝基苯基酯以及与羰基二咪唑或4-硝基苯基氯甲酸酯反应来保护-胸腺嘧啶核苷衍生物。在测试的酰基中，发现可以将CTFOC基团容易地引入3'-掩蔽的脱氧核糖核苷衍生物的5'-羟基中，并在温和的条件下使用碘将其迅速去除。
• Enantiodivergent Formation of C–P Bonds: Synthesis of P-Chiral Phosphines and Methylphosphonate Oligonucleotides
  作者：Dongmin Xu、Nazaret Rivas-Bascón、Natalia M. Padial、Kyle W. Knouse、Bin Zheng、Julien C. Vantourout、Michael A. Schmidt、Martin D. Eastgate、Phil S. Baran

  DOI：10.1021/jacs.9b13898

  日期：2020.3.25

  Phosphorous Incorporation (PI, abbreviated Π) reagents for the modular, scalable, and stereospecific synthesis of chiral phosphines and methyl-phosphonate nucleotides are reported. Synthesized from trans-limonene oxide, this reagent class displays an unexpected reactivity profile and enables access to chemical space distinct from that of the Phosphorous-Sulfur Incorporation reagents previously disclosed

  报告了用于手性膦和甲基膦酸核苷酸的模块化、可扩展和立体特异性合成的磷结合 (PI，缩写为 Π) 试剂。该试剂类由反式柠檬烯氧化物合成，显示出意想不到的反应性特征，并能够进入与之前公开的磷硫结合试剂不同的化学空间。在这里，适应性强的磷 (V) 支架能够连续添加碳亲核试剂以产生各种对映纯 CP 构建块。将三个碳亲核试剂添加到 Π，然后进行立体有择还原，得到有用的 P-手性膦；引入而不是单个甲基揭示了甲基膦酸酯寡核苷酸前体的首次立体定向合成。虽然两种 Π 对映异构体都可用，
• Independent Generation of C5‘-Nucleosidyl Radicals in Thymidine and 2‘-Deoxyguanosine
  作者：Antonio Manetto、Dimitris Georganakis、Leondios Leondiadis、Thanasis Gimisis、Peter Mayer、Thomas Carell、Chryssostomos Chatgilialoglu

  DOI：10.1021/jo062518c

  日期：2007.5.1

  The synthesis of the C5‘ tert-butyl ketone of thymidine 1a and 2‘-deoxyguanosine 2 is achieved by reaction of 5‘-C-cyano derivatives with tert-butyl lithium followed by acid hydrolysis. The 5‘R configuration is assigned by X-ray crystal structure determination of an opportunely protected derivative of 1a. The (5‘S)-isomers of both nucleosides are not stable, and a complete decomposition occurs in the

  胸腺嘧啶核苷1a和2'-脱氧鸟苷2的C5'叔丁基酮的合成是通过5'- C-氰基衍生物与叔丁基锂反应，然后进行酸水解来实现的。5' - [R配置是通过一个适当地保护的衍生物的X射线晶体结构测定分配1A。两个核苷的（5 'S）-异构体不稳定，并且在反应介质中发生完全分解。1a和2的光化学有效地分别产生了胸苷5'-基和2'-脱氧鸟苷-5'-基。在胸苷系统中，在生理浓度的硫醇存在下，C5'基团被完全淬灭。在2'-脱氧鸟苷系统中，C5'自由基对鸟嘌呤的C8-N7双键进行分子内攻击，最终导致5'，8-环-2'-脱氧鸟苷衍生物。2'-脱氧鸟苷-5'-基团的环化以约0.2的速率常数发生。1×10 6 s - 1且高度立体选择性，仅提供（5 'S）-非对映异构体。
• Acid/Azole Complexes as Highly Effective Promoters in the Synthesis of DNA and RNA Oligomers via the Phosphoramidite Method
  作者：Yoshihiro Hayakawa、Rie Kawai、Akiyoshi Hirata、Jun-ichiro Sugimoto、Masanori Kataoka、Akira Sakakura、Masaaki Hirose、Ryoji Noyori

  DOI：10.1021/ja010078v

  日期：2001.8.1

  of deoxyribonucleoside 3'-(allyl N,N-diisopropylphosphoramidite)s or 3'-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)s employed in the preparation of deoxyribonucleotides, and 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)ribonucleoside 2'-(N,N-diisopropylphosphoramidite)s or 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)ribonucleoside 3'-(N,N-diisopropylphosphoramidite)s used for the formation of 2'-5' and 3'-5' internucleotide linkages

  研究了唑衍生物的各种酸式盐作为促进核苷亚磷酰胺和核苷缩合的促进剂的用途。在这些盐中，N-(苯基)咪唑鎓三氟甲磺酸盐、N-(对乙酰苯基)咪唑鎓三氟甲磺酸盐、N-(甲基)苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐、苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐和N-(苯基)咪唑鎓高氯酸盐在液相中显示出极高的反应性. 这些试剂用作脱氧核糖核苷 3'-（烯丙基 N,N-二异丙基亚磷酰胺）或 3'-（2-氰乙基 N,N-二异丙基亚磷酰胺）的强力活化剂，用于制备脱氧核糖核苷酸，和 3'-O-（叔-丁基二甲基甲硅烷基)核糖核苷 2'-(N,N-二异丙基亚磷酰胺)s 或 2'-O-(叔丁基二甲基甲硅烷基)核糖核苷 3'-(N,N-二异丙基亚磷酰胺)s 用于形成 2'-5' 和 3'-5' 核糖核苷之间的核苷酸间连接，分别。唑鎓盐允许核苷亚磷酰胺和不含 5'-O 的核苷顺利和高产率缩合，其中在乙腈中的粉末分子筛 3A 存在下使用等摩尔量的反应物和促进
• Synthesis of oligodeoxynucleotides using the oxidatively cleavable 4-methoxytritylthio (MMTrS) group for protection of the 5′-hydroxyl group
  作者：Kohji Seio、Miyuki Shiraishi、Eri Utagawa、Akihiro Ohkubo、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/b9nj00678h

  日期：——

  We examined the synthesis of oligodeoxynucleotides containing all four nucleobases using the 4-methoxytritylthio (MMTrS) group for protection of the 5′-hydroxyl group. The MMTrS group could be introduced into 3′-O-TBDMS-deoxycytidine, -deoxyadenosine and -deoxyguanosine with the appropriate base protecting groups using strong bases such as n-butyl lithium and lithium hexamethyldisilazide. Because the

  我们使用4-甲氧基三苯甲基硫基（MMTrS）基团来保护5'-羟基，研究了包含所有四个核碱基的寡脱氧核苷酸的合成。MMTrS组可以引入3'- O -TBDMS-脱氧胞苷， -脱氧腺苷 和 -脱氧鸟苷 带有适当的碱保护基团，并使用强碱，例如 正丁基锂 和 六甲基二硅叠氮化锂。因为MMTrS基团可通过用I 2水溶液氧化而除去，所以核苷酸间的氧化亚磷酸酯中间体可以同时进行。因此，核苷酸链可以以包括偶联，加帽和氧化/脱保护的三步方案进行延伸。可以使用此协议合成具有10和20个混合碱基序列的寡脱氧核苷酸。