2-bromo-O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine | 236427-58-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 2-bromo-O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-5-(2-bromo-6-phenylmethoxypurin-9-yl)-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxy-tert-butyl-dimethylsilane
• CAS: 236427-58-0
• 化学式: C₂₉H₄₅BrN₄O₄Si₂
• 分子量: 649.776
• InChiKey: MQYZVTOPQCRVIN-YTFSRNRJSA-N

物化性质

• 沸点：
  646.9±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.22±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.87
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  80.5
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-bromo-O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine 在 tris-(dibenzylideneacetone)dipalladium(0) 、 caesium carbonate 、 苯硫酚 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 4,5-双二苯基膦-9,9-二甲基氧杂蒽 作用下， 以 四氢呋喃 、 aq. phosphate buffer 、 甲苯 为溶剂， 反应 11.5h， 生成 2'-脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  肼以氮为中心的嘌呤核苷自由基的独立光化学生成和反应性

  摘要：

  需要产生dA •和dG（N 2 -H）•的光化学前体来研究它们的反应性。2 1,1- diphenylhydrazines（合成1，2）以及它们作为DA的光化学源使用•和DG（N 2 -H）•被呈现。诱捕研究表明，这些自由基的保真度很高，并且通过固相合成将1掺入寡核苷酸中。循环伏安研究表明还原电位为1和2低于广泛使用的“空洞”，例如8-oxodGuo和7-deazadGuo，以研究DNA-空洞转移过程。这些分子可能有用（a）作为寡核苷酸中特定位置的dA •和dG（N 2 -H）•的来源，以及（b）作为研究DNA-空穴转移过程的“空穴”。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.7b03368
• 作为产物：
  描述：

  O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 在 亚硝酸特丁酯 、 三溴化锑 作用下， 以 various solvent(s) 为溶剂， 以60%的产率得到2-bromo-O⁶-benzyl-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyinosine
  参考文献：
  名称：

  在亚硝酸处理的DNA中发现的交联病变的化学合成：制备N2取代的2'-脱氧鸟苷的一般方法。

  摘要：

  用亚硝酸处理DNA将导致DNA-DNA交联的形成。先前已分离出两个交联病变，并根据光谱数据指定了它们的结构。已提议主要病变由两个共享一个共同的N2原子的脱氧鸟苷（dG）核苷组成（1），而较小病变的结构则由一个将dG核苷的C2与C6的C6连接的公共氮原子组成。脱氧腺苷（2）。本文描述了利用钯催化的偶联的1和2的化学合成。证明了合成物1的光谱性质与从亚硝酸交联的DNA获得的病变1的光谱性质相同，从而提供了其结构的证明。从亚硝酸交联的DNA到合成2的病变2可获得的有限光谱数据的比较支持其结构分配。已显示用于合成1和2的合成方法是以高收率制备各种N2取代的dG核苷的一般方法。

  DOI：

  10.1021/jo991501+

文献信息

• Synthesis of <i>N</i><i>²</i> 2‘-Deoxyguanosine Adducts Formed by 1-Nitropyrene
  作者：Debasis Chakraborti、Laureen Colis、Renee Schneider、Ashis K. Basu

  DOI：10.1021/ol034904b

  日期：2003.8.1

  [reaction: see text] Synthesis of N(2) 2'-deoxyguanosine adducts formed by the ubiquitous carcinogen, 1-nitropyrene, is reported. Various conditions of Buchwald-Hartwig palladium-catalyzed amination are examined. The most convenient synthetic approach involved a straightforward coupling between protected 2'-deoxyguanosine and bromonitropyrenes, which, upon reductive deprotection, provided excellent

  [反应：见正文]据报道，由普遍存在的致癌物1-硝基py形成的N（2）2'-脱氧鸟苷加合物的合成。研究了布赫瓦尔德-哈特维格钯催化的胺化的各种条件。最方便的合成方法涉及受保护的2'-脱氧鸟苷和溴硝基吡咯之间的直接偶联，还原还原性脱保护后，这提供了两个1-硝基nitro加合物的优异收率。
• Palladium-Catalyzed Synthesis of Nucleoside Adducts from Bay- and Fjord-Region Diol Epoxides
  作者：Elise Champeil、Padmanava Pradhan、Mahesh K. Lakshman

  DOI：10.1021/jo070204z

  日期：2007.7.1

  tribenzoate as compared to the bay-region BaP amino tribenzoate. In contrast to reactions leading to the dA adducts, the C−N reactions of both BaP and BcPh amino tribenzoates with the 2-bromo-2‘-deoxyinosine derivative proceeded in comparable yields. This seems to indicate that such Pd-catalyzed adduct forming reactions at the C-6 position may be influenced by steric constraints of the amine component

  钯催化的CN键的形成已用于合成苯并[ a ] py（B a P）系列1（syn）和苯并[ c ]的2'-脱氧腺苷（dA）和2'-脱氧鸟苷（dG）加合物。菲（B c Ph）系列2（反）二醇环氧化物。对于这一点，（±）-10α氨基7β，8α，9β-trisbenzoyloxy -7,8,9,10-四氢B一个P和（±）-1β氨基2α，3α，4β-trisbenzoyloxy-1， 2,3,4-四氢B c Ph与6-卤代9- [3,5-双-O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）-β- d-赤型-戊呋喃糖基]嘌呤和O 6-苄基-3偶联'，5'-bis- O-（叔-丁基二甲基甲硅烷基）-2-溴-2'-脱氧肌苷，使用（±）-BINAP-Pd络合物和Cs 2 CO 3。对于dA加合物的合成，分析了6氯代和6溴嘌呤核苷衍生物与烃基氨基三苯甲酸酯的CN偶联反应。对于B a P氨基三苯甲酸酯，6-氯核苷可提供令人满意的结果，而6-溴类似物被证明对B
• Synthesis of Pyrene and Benzo[<i>a</i>]pyrene Adducts at the Exocyclic Amino Groups of 2‘-Deoxyadenosine and 2‘-Deoxyguanosine by a Palladium-Mediated C−N Bond-Formation Strategy
  作者：Mahesh K. Lakshman、Felix N. Ngassa、Suyeal Bae、Dennis G. Buchanan、Hoh-Gyu Hahn、Heduck Mah

  DOI：10.1021/jo030113b

  日期：2003.7.1

  with the purine 2'-deoxynucleosides to date. In this paper we disclose the synthesis of the model adducts N(6)-(1-pyrenyl)-2'-deoxyadenosine and N(2)-(1-pyrenyl)-2'-deoxyguanosine as well as the first synthesis of the carcinogen-linked nucleoside derivatives N(6)-(6-benzo[a]pyrenyl)-2'-deoxyadenosine and N(2)-(6-benzo[a]pyrenyl)-2'-deoxyguanosine via a palladium-mediated C-N bond formation. Two different

  致癌的烃类苯并[a] py（BaP）的单电子氧化被认为会产生自由基阳离子中间体，并且已经提出该物种会在嘌呤核碱基的氮原子上引起烷基化。尽管已经分离出了几种不同的核苷加合物，它们是由这种代谢活化模式引起的，但是迄今为止，还没有选择性，全合成的任何烃与嘌呤2'-脱氧核苷的单电子氧化形成的稳定的环外氨基加合物。 。在本文中，我们公开了模型加合物N（6）-（1-pyrenyl）-2'-脱氧腺苷和N（2）-（1-pyrenyl）-2'-脱氧鸟苷的合成以及该化合物的第一个合成。致癌物连接的核苷衍生物N（6）-（6-苯并[a]苯甲酰基）-2'-脱氧腺苷和N（2）-（6-苯并[a]苯甲酰基）-2' -脱氧鸟苷通过钯介导的CN键形成。尝试了两种不同的偶联策略：将芳基溴化物与适当保护的核苷偶联以及将芳基胺与适当的卤核苷偶联。前者的适用性有限，因为通过这种方法仅制备了N（6）-（1-吡啶基）-2'-脱氧腺苷。另
• Independent Generation and Time‐Resolved Detection of 2′‐Deoxyguanosin‐ <i>N2</i> ‐yl Radicals
  作者：Liwei Zheng、Xiaojuan Dai、Hongmei Su、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1002/anie.202005300

  日期：2020.8.3

  involve hydrogen atom abstraction from the N2‐amine. The 2′‐deoxyguanosin‐N2‐yl radical (dG(N2‐H).) formed was proposed to rapidly tautomerize to dG(N1‐H).. We report the first independent generation of dG(N2‐H). in high yield via photolysis of 1 . dG(N2‐H). is directly observed upon nanosecond laser flash photolysis (LFP) of 1 . The absorption spectrum of dG(N2‐H). is corroborated by DFT studies, and anti‐

  鸟嘌呤自由基是 DNA 损伤中重要的反应中间体。长期以来，人们认为羟基自由基 (HO . ) 会与 2'-脱氧鸟苷 (dG) 反应，通过添加到核碱基 π 系统并随后脱水，生成2'-脱氧鸟苷-N1-基自由基 (dG(N1-H) . ) 。这一基本原则受到另一种机制的挑战，其中 H2O 的主要反应。与 dG 的反应被认为涉及从 N2-胺中提取氢原子。所形成的2'-脱氧鸟苷-N2-基自由基 (dG(N2-H) . ) 被认为可以快速互变异构为 dG(N1-H) 。。我们报告了第一个独立生成的 dG(N2-H) 。通过1的光解获得高产率。dG(N2-H) 。在纳秒激光闪光光解 (LFP) 1时直接观察到。dG(N2-H) 的吸收光谱。由 DFT 研究以及anti -dG(N2-H) 和syn -dG(N2-H)证实。均首次得到解决。LFP 实验没有显示 dG(N2-H) 互变异构的证据。为 dG(N1-H)
• Chemical Synthesis of Cross-Linked Purine Nucleosides
  作者：Francesco De Riccardis、Francis Johnson

  DOI：10.1021/ol990351m

  日期：2000.2.1

  efficient route to all of the possible cross-linked 2'-deoxypurines 1-3 has been developed by means of the Pd-mediated C-N bond formation in the key step. Utilizing this protocol, the synthesis of the first unnatural protected purine trimeric adduct 4 has been accomplished.

  [反应：见正文]在关键步骤中，通过Pd介导的CN键的形成，已经开发出一种有效的途径来连接所有可能的交联2'-脱氧嘌呤1-3。利用该方案，已经完成了第一个非天然的受保护的嘌呤三聚体加合物4的合成。