methyl 3,5-di-O-toluoyl-2-deoxy-D-ribofuranose | 4330-34-1

• 物质功能分类: 生物化工 - 糖类化合物 - 单糖
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: methyl 3,5-di-O-toluoyl-2-deoxy-D-ribofuranose
• 英文别名: (2R,3S)-5-methoxy-2-(((4-methylbenzoyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-3-yl 4-methylbenzoate；1-O-methyl-2-deoxy-3,5-di-O-(p-toluoyl)-D-erythro-pentofuranose；Methyl 2-deoxy-3,5-di-O-toluoyl-D-ribofuranoside；[(2R,3S)-5-methoxy-3-(4-methylbenzoyl)oxyoxolan-2-yl]methyl 4-methylbenzoate
• CAS: 4330-34-1
• 化学式: C₂₂H₂₄O₆
• 分子量: 384.429
• InChiKey: MTMWQYDEGWXCTH-ABZYKWASSA-N

物化性质

• 溶解度：
  氯仿（微溶）、乙酸乙酯（微溶）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  71.1
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

安全信息

• WGK Germany：
  3
• 海关编码：
  29389090
• 储存条件：
  -20°C

制备方法与用途

甲基2-脱氧-3,5-二-O-甲苯基-D-呋喃核糖是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，特别针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要依赖于抑制DNA合成和诱导细胞凋亡等作用[1]。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 3,5-di-O-toluoyl-2-deoxy-D-ribofuranose 在 盐酸 、 甲醇 、 三甲基氯硅烷 、 sodium methylate 、 溶剂黄146 、 乙酰氯 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 氯仿 为溶剂， 反应 10.75h， 生成 三氟胸苷
  参考文献：
  名称：

  [EN] SOLID STATE FORMS OF 5-CHLORO-6-[(2-IMINOPYRROLIDIN-1-YL)METHYL]PYRIMIDINE-2,4-(1H,3H)-DIONE HYDROCHLORIDE AND THEIR PROCESSES FOR THE PREPARATION THEREOF
  [FR] FORMES À L'ÉTAT SOLIDE DE CHLORHYDRATE DE 5-CHLORO-6-[(2-IMINOPYRROLIDIN-1-YL)MÉTHYL]PYRIMIDINE-2,4-(1H,3H)-DIONE ET PROCÉDÉS DE PRÉPARATION ASSOCIÉS

  摘要：

  本发明涉及化合物5-氯-6-[(2-亚胺吡咯啉-1-基)甲基]嘧啶-2,4-(1H,3H)-二酮盐酸盐的固态形式，其化学式为1a，以及其制备方法和改进的制备方法。本发明者还提供了由2'-脱氧-5-(三氟甲基)尿苷和5-氯-6-[(2-亚胺吡咯啉-1-基)甲基]嘧啶-2,4-(1H,3H)-二酮单盐酸组成的组合药物的非晶形态多晶形态及其制备方法。

  公开号：

  WO2019049174A1
• 作为产物：
  描述：

  2-deoxy-D-ribose 在 吡啶 、 盐酸 作用下， 反应 0.42h， 生成 methyl 3,5-di-O-toluoyl-2-deoxy-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  6-Aza-2'-脱氧尿苷单磷酸类似物作为胸苷酸合成酶抑制剂以及结核分枝杆菌中胸苷单磷酸激酶的底物或抑制剂的合成和评价

  摘要：

  6-aza-2'-deoxyuridine 5'-monophosphate 的一系列 5-取代类似物 6-aza-dUMP 已被合成并评估为两种分枝杆菌胸苷酸合酶（即黄素依赖性胸苷酸合酶）的潜在抑制剂、ThyX 和经典的胸苷酸合酶 ThyA)。用 6-aza-dUMP 1a 中的 N 原子替换天然底物 dUMP 的 C(6) 导致衍生物具有弱的 ThyX 抑制活性（50 μM 时抑制率为 33%）。在 1a 的 C(5) 处引入烷基和芳基导致抑制活性完全丧失，而衍生物 3 中 3-(辛酰胺基)丙-1-炔基侧链的连接保留了对分枝杆菌 ThyX 的微弱抑制水平。 50 μM 时抑制 40%）。合成的衍生物均未显示出对分枝杆菌 ThyA 的任何显着抑制活性。这些化合物也被评估为分枝杆菌胸苷单磷酸激酶 (TMPKmt) 的潜在抑制剂。没有一种衍生物显示出任何显着的 TMPKmt 抑制。然而，用 N

  DOI：

  10.1002/cbdv.201100285

文献信息

• How do the gauche and anomeric effects drive the pseudorotational equilibrium of the pentofuranose moiety of nucleosides?
  作者：Janez Plavec、Weimin Tong、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/ja00074a046

  日期：1993.10

  The conformational characteristics of abasic 1-deoxy sugars 1,2, and 3 and pentofuranose moieties in 2',3'- dideoxy-(ddA (6), ddG (7), ddC (S)), 2'-deoxy-(dA (9), dG (lo), dC (ll)), and ribo-@-D-nucleosides (Ade (12), Gua (13), Cyt (14)) were established through the analysis of vicinal proton-proton coupling constants extracted from their 500-MHz lH-NMR spectra recorded at 20 K intervals in the temperature

  无碱基 1-脱氧糖 1,2 和 3 以及 2',3'-双脱氧-(ddA (6)、ddG (7)、ddC (S))、2'-脱氧-( dA (9)、dG (lo)、dC (ll)) 和 ribo-@-D-核苷（Ade (12)、Gua (13)、Cyt (14)）是通过邻位质子-质子分析建立的从其 500-MHz 1H-NMR 谱中提取的耦合常数以 20 K 间隔记录，温度范围为 278 至 358 K，D2O 溶液。(S)-四氢糠醇 (l)、2-(S)-(羟甲基)-4-(R)-氘代四氢呋喃 (4) 和 2-(S)-(羟甲基)-3- 的两种新型氘代类似物(S)-氘代四氢呋喃 (5)，已在其 'H-NMR 谱中明确指定了复杂的九自旋系统。(In(&/&)) 作为 1 / Tgave AH' 和 AS' 的函数的范特霍夫图 呋喃戊糖 1-3 中的假旋转平衡值和核苷 614 中的呋喃戊糖部分的值。将
• Introduction of Peptide Functions into DNA by Nucleic Acid Peptides, NAPs
  作者：Junji Kawakami、Zhong-Ming Wang、Hiroyoshi Fujiki、Satoshi Izumi、Naoki Sugimoto

  DOI：10.1246/cl.2004.1554

  日期：2004.12

  Nucleic acid peptides (NAPs) with a mimetic amino acid side residue at the base position of the nucleotide via an amide bond were synthesized from 3-deoxy-6-O-(4,4′-dimethoxytrityl)allonic acid methyl ester as the common precursor. Furthermore, an NAP with an octapeptide at the C1′ position was synthesized. The peptide-linked NAP exhibits both functions of the oligopeptide part and of the oligonucleotide part.

  以3-脱氧-6-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)别乳酸甲酯为共同前体，合成了在核苷酸碱基位置通过酰胺键带有模拟氨基酸侧残基的核酸肽（NAP）。此外，还合成了一种在C1'位置带有八肽的NAP。这种连接肽的NAP既表现出寡肽部分的功能，也表现出寡核苷酸部分的功能。
• Design of novel RNA ligands that bind stem–bulge HIV-1 TAR RNA
  作者：Maria Duca、Vincent Malnuit、Florent Barbault、Rachid Benhida

  DOI：10.1039/c0cc00645a

  日期：——

  We report here the rational design and the synthesis of a new series of RNA ligands. These molecules are constituted of various binding motifs that interact cooperatively with HIV-1 TAR RNA, used as a model.

  我们在这里报告了一系列新的RNA配体的合理设计和合成。这些分子由各种结合基序构成，这些结合基序与作为模型的HIV-1 TAR RNA相互作用。
• Efficient Preparation of 2-Deoxy-3,5-di-<i>O</i>-<i>p</i>-toluoyl-α-<scp>d</scp>-ribofuranosyl Chloride
  作者：John SantaLucia Jr.、Ilirian Dhimitruka

  DOI：10.1055/s-2003-45000

  日期：——

  An efficient method for the synthesis of 1-O-methyl-3,5-di-O-p-toluoyl-2-deoxy-α/β-d-ribose is described. Upon treatment with HCl, 2-deoxy-3,5-di-O-p-toluoyl-α-d-ribofuranosyl chloride, previously unstable, was produced as a white solid, stable in air ­indefinitely.

  描述了一种合成1-O-甲基-3,5-二-O-对甲苯甲酰-2-脱氧-α/β-D-核糖的高效方法。在HCl处理下，原本不稳定的2-脱氧-3,5-二-O-对甲苯甲酰-α-D-呋喃核糖基氯化物转化为白色固体，该固体在空气中稳定不变。
• A highly fluorescent DNA toolkit: synthesis and properties of oligonucleotides containing new Cy3, Cy5 and Cy3B monomers
  作者：Lucy M. Hall、Marta Gerowska、Tom Brown

  DOI：10.1093/nar/gks303

  日期：2012.8.1

  Cy3B is an extremely bright and stable fluorescent dye, which is only available for coupling to nucleic acids post-synthetically. This severely limits its use in the fields of genomics, biology and nanotechnology. We have optimized the synthesis of Cy3B, and for the first time produced a diverse range of Cy3B monomers for use in solid-phase oligonucleotide synthesis. This molecular toolkit includes phosphoramidite monomers with Cy3B linked to deoxyribose, to the 5-position of thymine, and to a hexynyl linker, in addition to an oligonucleotide synthesis resin in which Cy3B is linked to deoxyribose. These monomers have been used to incorporate single and multiple Cy3B units into oligonucleotides internally and at both termini. Cy3B Taqman probes, Scorpions and HyBeacons have been synthesized and used successfully in mutation detection, and a dual Cy3B Molecular Beacon was synthesized and found to be superior to the corresponding Cy3B/DABCYL Beacon. Attachment of Cy3, Cy3B and Cy5 to the 5-position of thymidine by an ethynyl linker enabled the synthesis of an oligonucleotide FRET system. The rigid linker between the dye and nucleobase minimizes dye–dye and dye–DNA interactions and reduces fluorescence quenching. These reagents open up new future applications of Cy3B, including more sensitive single-molecule and cell-imaging studies.

  Cy3B是一种极其明亮和稳定的荧光染料，只能在合成后与核酸连接。这严重限制了它在基因组学、生物学和纳米技术领域的应用。我们优化了Cy3B的合成，首次生产出多种Cy3B单体，可用于固相寡核苷酸合成。这个分子工具包包括将Cy3B与脱氧核糖、胸腺嘧啶的5位及六炏基连接的磷酰胺单体，以及Cy3B与脱氧核糖连接的寡核苷酸合成树脂。这些单体已被用来在寡核苷酸中内部和两端引入单个和多个Cy3B单元。Cy3B Taqman探针、Scorpions和HyBeacons被合成并成功用于突变检测，此外还合成了一种双Cy3B分子信标，发现其优于对应的Cy3B/DABCYL信标。通过乙炔连接子将Cy3、Cy3B和Cy5连接到胸苷的5位，实现了寡核苷酸FRET系统的合成。染料与核苷酸碱基之间的刚性连接子最小化了染料–染料和染料–DNA的相互作用，减少了荧光猝灭。这些试剂为Cy3B的未来应用开辟了新的方向，包括更灵敏的单分子和细胞成像研究。