N-benzoyl-O3'-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-oxo-2'-deoxyadenosine | 167700-45-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N-benzoyl-O3'-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-oxo-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: 5'-aldehyde-2'-deoxy-6-N-benzoyl-3'-O-tertbutyldimethylsilyl adenosine；N-[9-[(2R,4S,5S)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-formyloxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 167700-45-0
• 化学式: C₂₃H₂₉N₅O₄Si
• 分子量: 467.6
• InChiKey: OLQPWNJBIAJJLV-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 密度：
  1.27±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.96
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-benzoyl-O3'-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-oxo-2'-deoxyadenosine 在 吡啶 、 咪唑 、 sodium hydroxide 、 sodium tetrahydroborate 、 potassium tert-butylate 、 四丁基氟化铵 、 对甲苯磺酸 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 甲胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 氯仿 、 水 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 10.0h， 生成 (2R,3S,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-ethynyl-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-ol
  参考文献：
  名称：

  4'-C-氰基-和4'-C-乙炔基-2'-脱氧嘌呤核苷的设计，高效合成和抗HIV活性。

  摘要：

  一些4'-C-乙炔基-2'-脱氧嘌呤核苷在一系列4'-C-取代的2'-脱氧核苷中显示出最有效的抗HIV活性，其4'-C取代基为甲基，乙基，乙炔基和以此类推。我们的假设是，它们在C-4'位的取代基越小，它们显示出的生物活性就越好。因此，取代基小于乙炔基的4'-C-氰基-2'-脱氧嘌呤核苷将具有更强的抗病毒活性。为了证明我们的假设，我们计划开发4'-C-氰基-2'-脱氧嘌呤核苷（4'-CNdNs）和4'-C-乙炔基-2'-脱氧嘌呤核苷（4'- EdNs）。因此，我们成功开发了六个2'的有效合成 -在2'-脱氧腺苷和2,6-二氨基嘌呤2'-脱氧核糖苷的糖部分的C-4'位置带有氰基或乙炔基的-脱氧嘌呤核苷。不幸的是，4'-C-氰基衍生物显示出较低的抗HIV-1活性，而两种4'-C-乙炔基衍生物表明其体内毒性很高。

  DOI：

  10.1081/ncn-120037508
• 作为产物：
  描述：

  N6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧腺苷 在 吡啶 、 咪唑 、 对甲苯磺酸 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 甲醇 、 氯仿 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 N-benzoyl-O3'-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-oxo-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  4'-C-氰基-和4'-C-乙炔基-2'-脱氧嘌呤核苷的设计，高效合成和抗HIV活性。

  摘要：

  一些4'-C-乙炔基-2'-脱氧嘌呤核苷在一系列4'-C-取代的2'-脱氧核苷中显示出最有效的抗HIV活性，其4'-C取代基为甲基，乙基，乙炔基和以此类推。我们的假设是，它们在C-4'位的取代基越小，它们显示出的生物活性就越好。因此，取代基小于乙炔基的4'-C-氰基-2'-脱氧嘌呤核苷将具有更强的抗病毒活性。为了证明我们的假设，我们计划开发4'-C-氰基-2'-脱氧嘌呤核苷（4'-CNdNs）和4'-C-乙炔基-2'-脱氧嘌呤核苷（4'- EdNs）。因此，我们成功开发了六个2'的有效合成 -在2'-脱氧腺苷和2,6-二氨基嘌呤2'-脱氧核糖苷的糖部分的C-4'位置带有氰基或乙炔基的-脱氧嘌呤核苷。不幸的是，4'-C-氰基衍生物显示出较低的抗HIV-1活性，而两种4'-C-乙炔基衍生物表明其体内毒性很高。

  DOI：

  10.1081/ncn-120037508

文献信息

• Radical Cyclization Approach to Cyclonucleosides
  作者：Maria Luisa Navacchia、Antonio Manetto、Pier Carlo Montevecchi、Chryssostomos Chatgilialoglu

  DOI：10.1002/ejoc.200500398

  日期：2005.11

  the cyclonucleoside 12 in 70–75 % yield as a single diastereoisomer (5′R) either in deoxygenated solution, followed by in situ oxidation of the reaction mixture by chloranil, or in aerobic conditions. The photochemical 5′-O-desilylation of 12 has been obtained in 56 % yield affording the cyclopurine 13. The reaction mechanisms have been studied in some detail using a variant of the radical clock methodology

  报道了基于连续自由基反应制备环核苷 5 和 13 的有效方法。使用 (TMS)3SiH 作为还原剂在修饰的胸苷和 2'-脱氧腺苷底物上进行反应。受保护的 5'-甲醛 3 以 85% 的产率和非对映异构体比率 4a/4b = 3:7 提供环核苷 4。这些环核苷的 5'-O 位的单脱甲硅烷基化已通过紫外线照射成功实现，得到定量的衍生物 5a 和 5b。受保护的 5'-甲醛 10 在脱氧溶液中以 70-75% 的收率提供环核苷 12，作为单一非对映异构体 (5'R)，然后通过氯苯醌原位氧化反应混合物，或在有氧条件下。12 的光化学 5'-O-脱甲硅烷基化以 56% 的收率获得了环嘌呤 13。已经使用自由基时钟方法的变体对反应机理进行了一些详细研究。通过将 (TMS)3Si· 自由基加成到相应的醛上而生成的 C5' 自由基 6 或 15，在终止前在碱基部分发生 6-exo-trig 环化。据估计，6-exo-trig
• Expanding the borononucleotide family: synthesis of borono-analogues of dCMP, dGMP and dAMP
  作者：Anthony R. Martin、Kishor Mohanan、Delphine Luvino、Nicolas Floquet、Carine Baraguey、Michael Smietana、Jean-Jacques Vasseur

  DOI：10.1039/b912616c

  日期：——

  analogue of thymidine monophosphate and its association towards the formation of a new borono-linked dinucleotide. Here we describe the completion of the set of four 2′-deoxyborononucleotide analogues of natural nucleotide monophosphates, namely the previously unknown dCbn, dGbn and dAbn. These analogues were all prepared from the respective 5′-aldehydic nucleosides through a homologation/reduction sequence

  我们之前曾报道过 胸苷一磷酸及其与形成新的与硼烷连接的二核苷酸的联系。在这里我们描述了这四个集合的完成2'-脱氧硼核苷酸 天然核苷酸单磷酸酯的类似物，即以前未知的dCbn， dGbn和dAbn。这些类似物均通过相应的同源/还原序列由各自的5'-醛核苷制备。随后通过硼酸化（dCbn和dGbn）或在Hoveyda-Grubbs催化剂（dAbn）存在下进行交叉复分解（CM）。这些新类似物与尿苷通过1 H NMR研究，并进行了半经验计算，以提供键长和静电信息，以评估这些生物等排体及其天然对等体之间存在的结构相似性。
• Synthesis of (5′S)-5′-C-Alkyl-2′-deoxynucleosides
  作者：Huldreich Trafelet、Eugen Stulz、Christian Leumann

  DOI：10.1002/1522-2675(20010131)84:1<87::aid-hlca87>3.0.co;2-1

  日期：2001.1.31

  We describe the synthesis of (S'S)-5'-C-butylthymidine (5a), of the (S'S)-5'-C-butyl- and the (5'S)-5'-C-isopentyl derivatives 16a and 16b of 2'-deoxy-5-methylcytidine, as well as of the corresponding cyanoethyl phosphoramidites 9a,b and 14a,b, respectively. Starting from thymidin-5'-al 1, the alkyl chain at C(5') is introduced via Wittig chemistry to selectively yield the (Z)-olefin derivatives 3a and 3b (Scheme 2). The secondary OH function at C(5') is then introduced by epoxidation followed by regioselective reduction of the epoxy derivatives 4a and 4b with diisobutylaluminium hydride. In the latter step, a kinetic resolution of the diastereoisomer mixture 4a and 4b occurs, yielding the alkylated nucleoside 2a and 2b, respectively, with (5'S)configuration in high diastereoisomer purity (de=94%). The corresponding 2'-deoxy-5-methylcytidine derivatives are obtained from the protected 5'-alkylated thymidine derivatives 7a and 7b via known base interconversion processes in excellent yields (Scheme 3). Application of the same strategy to the purine nucleoside 2'-deoxyadenine to obtain 5'-C-butyl-2'-deoxyadenosine 25 proved to be difficult due to the sensitivity of the purine base to hydride-based reducing agents (Scheme 4).
• C5‘-Adenosinyl Radical Cyclization. A Stereochemical Investigation
  作者：Maria Luisa Navacchia、Chryssostomos Chatgilialoglu、Pier Carlo Montevecchi

  DOI：10.1021/jo060197z

  日期：2006.6.1

  A variety of substituted 2'-deoxyadenosin-5'-yl radicals 3 were generated under different reaction conditions. Radicals 3 underwent intramolecular cyclization onto the C8-N7 double bond of the adenine moiety leading to aminyl radicals (5'S,8R)-4 and (5'R,8R)-4 and, eventually, to the corresponding cyclonucleosides 5 and 6. The effect of the solvent, the nature of the substituents, and the generation method of radicals 3 on the stereoselectivity of the C5'-radical cyclization have been considered. The observed increase of the (5'S)/(5'R) ratio by increasing the bulkiness of the R-1 group is explained in terms of steric repulsion between R-1 and the purine moiety which favors the C5'-endo conformation, whereas the effect of the water solvent in promoting the (5'R)-stereoselective cyclization is ascribed to intermolecular hydrogen bonding stabilizing the C5'-exo confomation.
• The synthesis of modified achiral internucleoside linkages: -NHCH2CH2- linked oligonucleosides
  作者：Ashis K. Saha、Wayne Schairer、Cheryl Waychunas、C.V.C. Prasad、Mark Sardaro、Donald A. Upso、Lawrence I. Kruse

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)61716-1

  日期：1993.9

  A method for the synthesis of oligonucleosides uniformly linked by the NHCH2CH2 moiety is described. Syntheses of heterodimers and a thymidylate trimer along with relevant T(m) and nuclease resistance data are described.