(S)-2-氨基-3-((S)-2-氧代吡咯烷-3-基)丙酸甲酯 | 1027601-37-1

• 物质功能分类: 有机原料 - 羧酸类化合物及衍生物 - 羧酸酯及其衍生物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: (S)-2-氨基-3-((S)-2-氧代吡咯烷-3-基)丙酸甲酯
• 英文名称: methyl (2S)-2-amino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propanoate
• 英文别名: methyl (S)-2-amino-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propanoate
• CAS: 1027601-37-1
• 化学式: C₈H₁₄N₂O₃
• 分子量: 186.211
• InChiKey: ZRXQTUVXCKSWQD-WDSKDSINSA-N

物化性质

• 沸点：
  356.7±12.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.168±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  13
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  81.4
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-2-氨基-3-((S)-2-氧代吡咯烷-3-基)丙酸甲酯 在 甲醇 、 sodium tetrahydroborate 、 碳酸氢钠 、 戴斯-马丁氧化剂 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 、 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 34.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  α-Ketoamides as Broad-Spectrum Inhibitors of Coronavirus and Enterovirus Replication: Structure-Based Design, Synthesis, and Activity Assessment

  摘要：

  The main protease of coronaviruses and the 3C protease of enteroviruses share a similar active-site architecture and a unique requirement for glutamine in the P1 position of the substrate. Because of their unique specificity and essential role in viral polyprotein processing, these proteases are suitable targets for the development of antiviral drugs. In order to obtain near-equipotent, broad-spectrum antivirals against alphacoronaviruses, betacoronaviruses, and enteroviruses, we pursued a structure-based design of peptidomimetic alpha-ketoamides as inhibitors of main and 3C proteases. Six crystal structures of protease-inhibitor complexes were determined as part of this study. Compounds synthesized were tested against the recombinant proteases as well as in viral replicons and virus-infected cell cultures; most of them were not cell-toxic. Optimization of the P2 substituent of the alpha-ketoamides proved crucial for achieving near-equipotency against the three virus genera. The best near-equipotent inhibitors, 11u (P2 = cyclopentylmethyl) and 11r (P2 = cyclo-hexylmethyl), display low-micromolar EC50 values against enteroviruses, alphacoronaviruses, and betacoronaviruses in cell cultures. In Huh7 cells, 11r exhibits three-digit picomolar activity against the Middle East Respiratory Syndrome coronavirus.

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.9b01828
• 作为产物：
  描述：

  L-谷氨酸 在 sodium tetrahydroborate 、 氯化亚砜 、 cobalt(II) chloride hexahydrate 、 三乙胺 、 三氟乙酸 、 lithium hexamethyldisilazane 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 60.5h， 生成 (S)-2-氨基-3-((S)-2-氧代吡咯烷-3-基)丙酸甲酯
  参考文献：
  名称：

  基于结构的 SARS-CoV-2 3C 类蛋白酶拟肽抑制剂设计作为有效的抗病毒候选药物

  摘要：

  严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 作为 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 的病原体，已感染数百万人并夺去数十万人的生命。不幸的是，缺乏预防或治疗 COVID-19 的有效药物。SARS-CoV-2 的3C 样蛋白酶 (3CL Pro ) 对病毒复制和转录至关重要，是开发抗 SARS-CoV-2 药物的有吸引力的靶标。针对3CL Pro，我们筛选了我们的蛋白酶抑制剂库，得到了化合物10a作为弱抑制SARS-CoV-2 3CL Pro的靶标，并确定了10a的共晶结构和蛋白酶。基于对 hit 与 SARS-CoV-2 3CL Pro之间的蛋白配体复合物的深入理解，我们设计了一系列拟肽抑制剂，对 SARS-CoV-2 3CL Pro 具有突出的抑制活性，对 SARS-CoV-2 3CL Pro具有出色的抗病毒效力SARS-CoV-2。X 射线共晶研究明确描述了其他关键抑制剂与

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2022.114458

文献信息

• [EN] INHIBITORS OF NOROVIRUS AND CORONAVIRUS REPLICATION<br/>[FR] INHIBITEURS DE LA RÉPLICATION DE NOROVIRUS ET DE CORONAVIRUS
  申请人：COCRYSTAL PHARMA INC

  公开号：WO2021206876A1

  公开（公告）日：2021-10-14

  Compounds of Formula (I) and methods of inhibiting the replication of viruses in a biological sample or patient, of reducing the amount of viruses in a biological sample or patient, and of treating a virus infection in a patient, comprising administering to said biological sample or patient an effective amount of a compound represented by Formula (I), a compound of Table A or B or a pharmaceutically acceptable salt thereof.

  公式（I）化合物及抑制生物样本或患者中病毒复制、减少生物样本或患者中病毒数量、以及治疗患者病毒感染的方法，包括向所述生物样本或患者投与由公式（I）表示的化合物、表A或B中的化合物或其药用可接受盐的有效量。
• [EN] PEPTIDOMIMETICS FOR THE TREATMENT OF CORONAVIRUS AND PICORNAVIRUS INFECTIONS<br/>[FR] PEPTIDOMIMÉTIQUES POUR LE TRAITEMENT D'INFECTIONS PAR CORONAVIRUS ET PICORNAVIRUS
  申请人：UNIV EMORY

  公开号：WO2020247665A1

  公开（公告）日：2020-12-10

  Compounds, compositions and methods for preventing, treating or curing a coronavirus, picornavirus, and/or Hepeviridae virus infection in human subjects or other animal hosts. Specific viruses that can be treated include enteroviruses. In one embodiment, the compounds can be used to treat an infection with a severe acute respiratory syndrome virus, such as human coronavirus 229E, SARS, MERS, SARS-CoV-1 (OC43), and SARS-CoV- 2. In another embodiment, the methods are used to treat a patient co-infected with two or more of these viruses, or a combination of one or more of these viruses and norovirus.

  用于预防、治疗或治愈人类主体或其他动物宿主中的冠状病毒、小RNA病毒和/或肝炎病毒感染的化合物、组合物和方法。可治疗的特定病毒包括肠病毒。在一个实施例中，这些化合物可用于治疗严重急性呼吸综合征病毒感染，如人类冠状病毒229E、SARS、MERS、SARS-CoV-1（OC43）和SARS-CoV-2。在另一个实施例中，这些方法用于治疗患有两种或更多这些病毒的患者，或一种或多种这些病毒与诺如病毒的组合。
• Improved SARS-CoV-2 Mpro inhibitors based on feline antiviral drug GC376: Structural enhancements, increased solubility, and micellar studies
  作者：Wayne Vuong、Conrad Fischer、Muhammad Bashir Khan、Marco J. van Belkum、Tess Lamer、Kurtis D. Willoughby、Jimmy Lu、Elena Arutyunova、Michael A. Joyce、Holly A. Saffran、Justin A. Shields、Howard S. Young、James A. Nieman、D. Lorne Tyrrell、M. Joanne Lemieux、John C. Vederas

  DOI：10.1016/j.ejmech.2021.113584

  日期：2021.10

  accommodates the P3 position. Alternative binding is induced by polar P3 groups or a nearby methyl. NMR and solubility studies with GC376 show that it exists as a mixture of stereoisomers and forms colloids in aqueous media at higher concentrations, a property not previously reported. Replacement of its Na+ counter ion with choline greatly increases solubility. The physical, biochemical, crystallographic

  SARS-CoV-2（引起 COVID-19 的冠状病毒）的复制需要主要蛋白酶 (M pro ) 来裂解病毒蛋白。因此，M pro是抗病毒药物的靶标。我们和其他人之前证明，GC376 是一种亚硫酸氢盐前药，在动物中具有抗冠状病毒作用，是 SARS-CoV-2 中 M pro的有效抑制剂。在这里，我们报告了改进的 GC376 衍生物的结构活性研究，其具有纳摩尔亲和力和治疗指数 >200。抑制剂-M pro复合物的晶体结构表明，M pro中的另一个结合袋（S4）可容纳 P3 位置。替代结合是由极性 P3 基团或附近的甲基诱导的。 GC376 的 NMR 和溶解度研究表明，它以立体异构体的混合物形式存在，并在较高浓度的水介质中形成胶体，这一特性以前未曾报道过。用胆碱代替其Na +抗衡离子大大增加了溶解度。物理、生化、晶体学和细胞数据揭示了 M pro抑制剂设计的新途径。
• Inhibitors of cysteine proteases and methods of use thereof
  申请人：Pardes Biosciences, Inc.

  公开号：US11124497B1

  公开（公告）日：2021-09-21

  The disclosure provides compounds with warheads and their use in treating medical diseases or disorders, such as viral infections. Pharmaceutical compositions and methods of making various compounds with warheads are provided. The compounds are contemplated to inhibit proteases, such as the 3C, CL- or 3CL-like protease. Exemplary compounds provided include Formula II-I, where R3, RB are provided herein:

  该披露提供了具有战斗头的化合物及其在治疗医学疾病或紊乱，如病毒感染方面的用途。提供了制药组合物和制备各种带有战斗头的化合物的方法。这些化合物被认为能够抑制蛋白酶，如3C、CL-或3CL样蛋白酶。提供的示例化合物包括Formula II-I，其中R3、RB如下所示：
• Synthesis, Crystal Structure, Structure−Activity Relationships, and Antiviral Activity of a Potent SARS Coronavirus 3CL Protease Inhibitor
  作者：Syaulan Yang、Shu-Jen Chen、Min-Feng Hsu、Jen-Dar Wu、Chien-Te K. Tseng、Yu-Fan Liu、Hua-Chien Chen、Chun-Wei Kuo、Chi-Shen Wu、Li-Wen Chang、Wen-Chang Chen、Shao-Ying Liao、Teng-Yuan Chang、Hsin-Hui Hung、Hui-Lin Shr、Cheng-Yuan Liu、Yu-An Huang、Ling-Yin Chang、Jen-Chi Hsu、Clarence J. Peters、Andrew H.-J. Wang、Ming-Chu Hsu

  DOI：10.1021/jm0603926

  日期：2006.8.1

  A potent SARS coronavirus (CoV) 3CL protease inhibitor (TG-0205221, Ki = 53 nM) has been developed. TG-0205221 showed remarkable activity against SARS CoV and human coronavirus (HCoV) 229E replications by reducing the viral titer by 4.7 log (at 5 microM) for SARS CoV and 5.2 log (at 1.25 microM) for HCoV 229E. The crystal structure of TG-0205221 (resolution = 1.93 A) has revealed a unique binding mode

  已开发出有效的SARS冠状病毒（CoV）3CL蛋白酶抑制剂（TG-0205221，Ki = 53 nM）。TG-0205221通过将SARS CoV的病毒滴度降低4.7 log（在5 microM时）和将HCoV 229E的5.2 log（在1.25 microM时）降低了病毒效价，从而显示出针对SARS CoV和人类冠状病毒（HCoV）229E复制的显着活性。TG-0205221的晶体结构（分辨率= 1.93 A）显示出独特的结合模式，包括共价键，氢键和许多疏水相互作用。还讨论了TG-0205221与天然肽底物之间的结构比较。此信息可能适用于其他3CL蛋白酶抑制剂的设计。