N2-异丁酰基-2′-脱氧鸟苷 | 68892-42-2

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 脱氧核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: N2-异丁酰基-2′-脱氧鸟苷
• 中文别名: N2-异丁酰-2'-脱氧鸟苷；N2-异丁酰-2'-脱氧鸟甙；N2-异丁酰基-2'-脱氧鸟甙；N2-异丁酰-2’-脱氧鸟苷
• 英文名称: N-isobutyryl-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: N2-isobutyryl-2'-deoxyguanosine；N-(9-((2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide；N²-isobutyryldeoxyguanosine；N²-isobutyryl-2′-deoxyguanosine；N2-Isobutyryl-2'-deoxyguanosine；N-[9-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 68892-42-2
• 化学式: C₁₄H₁₉N₅O₅
• 分子量: 337.335
• InChiKey: SIDXEQFMTMICKG-DJLDLDEBSA-N

物化性质

• 熔点：
  ≥300 °C
• 密度：
  1.72±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  138
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

安全信息

• 安全说明：
  S22,S24/25
• WGK Germany：
  3
• 海关编码：
  2934999090
• 危险性防范说明：
  P233,P260,P261,P264,P270,P271,P280,P301+P312,P302+P352,P304,P304+P340,P305+P351+P338,P312,P321,P330,P332+P313,P337+P313,P340,P362,P403,P403+P233,P405,P501
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N2-异丁酰基-2′-脱氧鸟苷 在 吡啶 、 三乙胺 、 三苯基膦 、 甲基肼 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 34.0h， 生成 N-[9-[(2R,4S,5R)-5-(aminooxymethyl)-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 5'-O-Amino-2'-Deoxypyrimidine and Purine Nucleosides: Building-Blocks for Antisense Oligonucleotides

  摘要：

  An efficient synthesis of 5'-O-amino-2'-deoxy analogs of uridine 1, thymidine 2, cytidine 3, 5-methylcytidine 3a, adenosine 4, and guanosine 5 was accomplished. The key step of 5'-O-N-bond formation in 2'-deoxynucleosides 1-5 was achieved via a Mitsunobu reaction in excellent yields. The 5'-O-amino nucleosides 1-5 are useful building-blocks for the synthesis of nucleoside dimers linked by a methylene(methylimino) (MMI) bridge. MMI is a novel phosphate surrogate for antisense oligonucleosides.

  DOI：

  10.1021/jo00121a037
• 作为产物：
  描述：

  异丁酰氯 、 2'-脱氧鸟苷 在 吡啶 、 TEA 作用下， 反应 3.0h， 生成 N2-异丁酰基-2′-脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 5'-O-Amino-2'-Deoxypyrimidine and Purine Nucleosides: Building-Blocks for Antisense Oligonucleotides

  摘要：

  An efficient synthesis of 5'-O-amino-2'-deoxy analogs of uridine 1, thymidine 2, cytidine 3, 5-methylcytidine 3a, adenosine 4, and guanosine 5 was accomplished. The key step of 5'-O-N-bond formation in 2'-deoxynucleosides 1-5 was achieved via a Mitsunobu reaction in excellent yields. The 5'-O-amino nucleosides 1-5 are useful building-blocks for the synthesis of nucleoside dimers linked by a methylene(methylimino) (MMI) bridge. MMI is a novel phosphate surrogate for antisense oligonucleosides.

  DOI：

  10.1021/jo00121a037

文献信息

• Selective Cleavage of O-(Dimethoxytrityl) Protecting Group with Sodium Periodate
  作者：Dominik Rejman、Šárka Králíková、Zdeněk Točík、Radek Liboska、Ivan Rosenberg

  DOI：10.1135/cccc20020502

  日期：——

  Sodium periodate in aqueous organic solvents selectively removes, under mild reaction conditions, the O-(dimethoxytrityl) protecting group. Selectivity of the cleavage was studied using the nucleoside derivatives protected by various types of groups commonly used in nucleoside and nucleotide chemistry.

  在水有机溶剂中，过碘酸钠在温和的反应条件下选择性地去除了O-(二甲氧基三苯甲基)保护基团。利用核苷衍生物进行了裂解的选择性研究，这些核苷衍生物受到核苷和核苷酸化学中常用的各种基团的保护。
• The influence of the purine 2-amino group on DNA conformation and stability-II
  作者：Barbara L. Gaffney、Luis A. Marky、Roger A. Jones

  DOI：10.1016/0040-4020(84)85098-x

  日期：1984.1

  Synthesis of an N-protected derivative of 2-amino-2'-deoxyadenosine (dA') from 2'-deoxyguanosine is reported. The syntheses of several oligodeoxynucleotides containing this modified nucleoside are described, together with physical characterization via melting studies and CD conformational analysis. As expected, the 2-amino group is seen to add to the duplex stability. Although the sequence d(TA')3

  据报道，由2'-脱氧鸟苷合成了N-保护的2-氨基-2'-脱氧腺苷（dA'）衍生物。描述了几种含有这种修饰核苷的寡聚脱氧核苷酸的合成，以及通过熔解研究和CD构象分析的物理表征。如所预期的，看到2-氨基基团增加了双链体的稳定性。尽管发现序列d（TA'）3经历了盐诱导的构象转变，但是诸如d（CGTA'CG）的混合序列却没有表现出这种行为。这些序列中存在的所有鸟嘌呤残基均为O 6用氰基乙基或4-硝基苯基乙基进行保护，以消除鸟嘌呤在磷酸化和缩合反应中的降解。描述了引入和除去这些O 6保护基的方法。
• 一种碳酸酯类光敏试剂及其制备方法、5`-光敏保护核苷的制备方法
  申请人：石平

  公开号：CN105968016A

  公开（公告）日：2016-09-28

  本发明涉及一种碳酸酯类光敏试剂及其制备方法、5'‑光敏保护核苷的制备方法。碳酸酯类光敏试剂，其结构式为：其中X为-OX’、咪唑基、取代咪唑基；5'-光敏保护核苷的制备方法步骤包括将2’-脱氧核苷与2-邻硝基苯-1-丙基碳酸酯类光敏试剂和三乙胺得5'-光敏保护核苷粗产物、粗产物提纯得到5'-光敏保护核苷。本发明5'-光敏保护核苷制备方法选择性平均提高了3.4倍，减化了提纯过程，提高了产率，大大降低了生产成本，同时避免了使用剧毒的双光气。
• Independent Generation of 5-(2‘-Deoxycytidinyl)methyl Radical and the Formation of a Novel Cross-Link Lesion between 5-Methylcytosine and Guanine
  作者：Qibin Zhang、Yinsheng Wang

  DOI：10.1021/ja034866r

  日期：2003.10.1

  toward hydroxyl radical and the similar orientation of adjacent thymine guanine (TG) and 5-methylcytosine guanine (mCG) in B-DNA, we predict that the cross-link lesion, which was identified in TG and has a covalent bond formed between the 5-methyl carbon atom of T and the C8 carbon atom of G, should also form at mCG site. Here, we report for the first time the independent generation of 5-(2'-deoxycytidinyl)methyl

  活性氧 (ROS) 会损伤 DNA。尽管已经在结构上表征了许多由 ROS 诱导的单核碱基损伤，但只有少数链内交联损伤被鉴定和表征，并且所有这些损伤都涉及相邻的胸腺嘧啶和鸟嘌呤或腺嘌呤。在哺乳动物细胞中，CpG 位点的胞嘧啶被甲基化。基于 5-甲基胞嘧啶和胸腺嘧啶对羟基自由基的相似反应性以及 B-DNA 中相邻胸腺嘧啶鸟嘌呤 (TG) 和 5-甲基胞嘧啶鸟嘌呤 (mCG) 的相似取向，我们预测交联病变，在 TG 中鉴定出并在 T 的 5-甲基碳原子和 G 的 C8 碳原子之间形成共价键，也应在 mCG 位点形成。在这里，我们首次报道了 5-(2'-deoxycytidinyl)methyl 自由基的独立产生，我们的结果表明，这种自由基可以在双核苷单磷酸 d(mCG) 和 d(GmC) 中引起预测的新型链内交联损伤。此外，我们表明交联病变也可以在 d(mCG) 中从厌氧条件下的伽马辐射中形成。
• 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol for the removal of the 4,4′-DimethoxytrityI protecting group from the 5′-hydroxyl of acid-sensitive nucleosides and nucleotides
  作者：Nelson J. Leonard、Neelima

  DOI：10.1016/0040-4039(95)01673-6

  日期：1995.10

  1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol is introduced as a suitable reagent and solvent for the detritylution of 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-nucleosides and -deoxynucleosides, especially those that are susceptible to N-glycosyl cleavage under more strongly acidic conditions.

  引入1,1,1,3,3,3-六氟-2-丙醇作为合适的试剂和溶剂，用于5'- O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-核苷和-deoxynucleosides，特别是那些的脱三苯胺稀释在更强的酸性条件下易受N-糖基裂解的影响。