N2-异丁酰-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧鸟苷 | 68892-41-1

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 脱氧核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N2-异丁酰-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧鸟苷
• 中文别名: 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-N2-异丁酰基-2'-脱氧鸟甙；5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-N2-异丁酰基-2'-脱氧鸟苷；N2-异丁酰-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧鸟苷；N2-异丁酰-5-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2-脱氧鸟苷
• 英文名称: 5'-O-dimethoxytrityl-N-isobutyryldeoxyguanosine
• 英文别名: N2-Isobutyryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyguanosine；5'-O-DMT-N²-isobutyryl-2'-deoxyguanosine；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N²-isobutyryl-2'-deoxyguanosine；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxy-tetrahydrofuran-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-3H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 68892-41-1
• 化学式: C₃₅H₃₇N₅O₇
• 分子量: 639.708
• InChiKey: RMQXDNUKLIDXOS-ZGIBFIJWSA-N

物化性质

• 熔点：
  ~150 °C (dec.)(lit.)
• 沸点：
  671.92°C (rough estimate)
• 密度：
  1.2353 (rough estimate)
• 溶解度：
  溶于甲醇
• LogP：
  2.98 at 20℃
• 稳定性/保质期：
  远离氧化物。

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.1
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  146
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

安全信息

• 安全说明：
  S22,S24/25
• WGK Germany：
  3
• 海关编码：
  29349990
• 危险性防范说明：
  P280,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302
• 储存条件：
  存放在密封容器中，并置于阴凉、干燥处。请将储存地点远离氧化剂，并在-20°C下保存。

SDS

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模块 1. 化学品
1.1 产品标识符
: N2-Isobutyryl-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2′-
产品名称
deoxyguanosine
1.2 鉴别的其他方法
iBu-DMT-dG
1.3 有关的确定了的物质或混合物的用途和建议不适合的用途
仅用于研发。不作为药品、家庭或其它用途。

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模块 2. 危险性概述
2.1 GHS-分类
根据全球协调系统(GHS)的规定，不是危险物质或混合物。
2.3 其它危害物 - 无

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模块 3. 成分/组成信息
3.1 物 质
: iBu-DMT-dG
别名
: C35H37N5O7
分子式
: 639.7 g/mol
分子量
无

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模块 4. 急救措施
4.1 必要的急救措施描述
吸入
如果吸入,请将患者移到新鲜空气处。 如呼吸停止,进行人工呼吸。
皮肤接触
用肥皂和大量的水冲洗。
眼睛接触
用水冲洗眼睛作为预防措施。
食入
切勿给失去知觉者通过口喂任何东西。 用水漱口。
4.2 主要症状和影响，急性和迟发效应
据我们所知，此化学，物理和毒性性质尚未经完整的研究。
4.3 及时的医疗处理和所需的特殊处理的说明和指示
无数据资料

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模块 5. 消防措施
5.1 灭火介质
灭火方法及灭火剂
用水雾,抗乙醇泡沫,干粉或二氧化碳灭火。
5.2 源于此物质或混合物的特别的危害
碳氧化物, 氮氧化物
5.3 给消防员的建议
如必要的话,戴自给式呼吸器去救火。
5.4 进一步信息
无数据资料

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模块 6. 泄露应急处理
6.1 作业人员防护措施、防护装备和应急处置程序
避免粉尘生成。 避免吸入蒸气、烟雾或气体。
6.2 环境保护措施
不要让产品进入下水道。
6.3 泄漏化学品的收容、清除方法及所使用的处置材料
扫掉和铲掉。 放入合适的封闭的容器中待处理。
6.4 参考其他部分
丢弃处理请参阅第13节。

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模块 7. 操作处置与储存
7.1 安全操作的注意事项
在有粉尘生成的地方,提供合适的排风设备。
7.2 安全储存的条件,包括任何不兼容性
贮存在阴凉处。 使容器保持密闭，储存在干燥通风处。
建议的贮存温度： -20 °C
7.3 特定用途
无数据资料

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模块 8. 接触控制和个体防护
8.1 容许浓度
最高容许浓度
没有已知的国家规定的暴露极限。
8.2 暴露控制
适当的技术控制
常规的工业卫生操作。
个体防护设备
眼/面保护
请使用经官方标准如NIOSH (美国) 或 EN 166(欧盟) 检测与批准的设备防护眼部。
皮肤保护
戴手套取 手套在使用前必须受检查。
请使用合适的方法脱除手套(不要接触手套外部表面),避免任何皮肤部位接触此产品.
使用后请将被污染过的手套根据相关法律法规和有效的实验室规章程序谨慎处理. 请清洗并吹干双手
所选择的保护手套必须符合EU的89/686/EEC规定和从它衍生出来的EN 376标准。
身体保护
根据危险物质的类型，浓度和量，以及特定的工作场所选择身体保护措施。,
防护设备的类型必须根据特定工作场所中的危险物的浓度和数量来选择。
呼吸系统防护
不需要保护呼吸。如需防护粉尘损害，请使用N95型（US）或P1型（EN 143)防尘面具。
呼吸器使用经过测试并通过政府标准如NIOSH（US）或CEN（EU）的呼吸器和零件。

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模块 9. 理化特性
9.1 基本的理化特性的信息
a) 外观与性状
形状: 粉末
颜色: 白色
b) 气味
无数据资料
c) 气味阈值
无数据资料
d) pH值
无数据资料
e) 熔点/凝固点
熔点/凝固点: 150 °C - 分解
f) 沸点、初沸点和沸程
无数据资料
g) 闪点
无数据资料
h) 蒸发速率
无数据资料
i) 易燃性(固体,气体)
无数据资料
j) 高的/低的燃烧性或爆炸性限度 无数据资料
k) 蒸气压
无数据资料
l) 蒸汽密度
无数据资料
m) 密度/相对密度
无数据资料
n) 水溶性
无数据资料
o) n-辛醇/水分配系数
无数据资料
p) 自燃温度
无数据资料
q) 分解温度
无数据资料
r) 粘度
无数据资料

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模块 10. 稳定性和反应活性
10.1 反应性
无数据资料
10.2 稳定性
无数据资料
10.3 危险反应
无数据资料
10.4 应避免的条件
无数据资料
10.5 不相容的物质
强氧化剂
10.6 危险的分解产物
其它分解产物 - 无数据资料

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模块 11. 毒理学资料
11.1 毒理学影响的信息
急性毒性
无数据资料
皮肤刺激或腐蚀
无数据资料
眼睛刺激或腐蚀
无数据资料
呼吸道或皮肤过敏
无数据资料
生殖细胞致突变性
无数据资料
致癌性
IARC:
此产品中没有大于或等于 0。1%含量的组分被 IARC鉴别为可能的或肯定的人类致癌物。
生殖毒性
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（一次接触）
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（反复接触）
无数据资料
吸入危险
无数据资料
潜在的健康影响
吸入 吸入可能有害。 可能引起呼吸道刺激。
摄入 如服入是有害的。
皮肤 通过皮肤吸收可能有害。 可能引起皮肤刺激。
眼睛 可能引起眼睛刺激。
接触后的征兆和症状
据我们所知，此化学，物理和毒性性质尚未经完整的研究。
附加说明
化学物质毒性作用登记: 无数据资料

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模块 12. 生态学资料
12.1 生态毒性
无数据资料
12.2 持久性和降解性
无数据资料
12.3 潜在的生物累积性
无数据资料
12.4 土壤中的迁移性
无数据资料
12.5 PBT 和 vPvB的结果评价
无数据资料
12.6 其它不良影响
无数据资料

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模块 13. 废弃处置
13.1 废物处理方法
产品
将剩余的和不可回收的溶液交给有许可证的公司处理。
受污染的容器和包装
按未用产品处置。

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模块 14. 运输信息
14.1 联合国危险货物编号
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.2 联合国运输名称
欧洲陆运危规: 非危险货物
国际海运危规: 非危险货物
国际空运危规: 非危险货物
14.3 运输危险类别
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.4 包裹组
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.5 环境危险
欧洲陆运危规: 否 国际海运危规 国际空运危规: 否
海洋污染物（是/否）: 否
14.6 对使用者的特别提醒
无数据资料

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模块 15 - 法规信息
N/A

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模块16 - 其他信息
N/A

制备方法与用途

用途

5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-N2-异丁酰基-2'-脱氧鸟苷主要用作生化试剂。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N2-异丁酰-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧鸟苷 在 三氯乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.01h， 生成 N2-异丁酰基-2′-脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸二硫代磷酸酯的合成

  摘要：

  据报道，在两个非键合核苷酸间价态上合成了含硫的DNA。描述了使用三价或五价单核苷酸合成子的几种不同途径。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)81775-0
• 作为产物：
  描述：

  在 4-二甲氨基吡啶 、 ammonium hydroxide 、 TEA 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 N2-异丁酰-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Awasthi, S. K.; Khanna, V.; Watal, G., Indian Journal of Chemistry - Section B Organic and Medicinal Chemistry, 1993, vol. 32, # 9, p. 916 - 919

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Selective Cleavage of O-(Dimethoxytrityl) Protecting Group with Sodium Periodate
  作者：Dominik Rejman、Šárka Králíková、Zdeněk Točík、Radek Liboska、Ivan Rosenberg

  DOI：10.1135/cccc20020502

  日期：——

  Sodium periodate in aqueous organic solvents selectively removes, under mild reaction conditions, the O-(dimethoxytrityl) protecting group. Selectivity of the cleavage was studied using the nucleoside derivatives protected by various types of groups commonly used in nucleoside and nucleotide chemistry.

  在水有机溶剂中，过碘酸钠在温和的反应条件下选择性地去除了O-(二甲氧基三苯甲基)保护基团。利用核苷衍生物进行了裂解的选择性研究，这些核苷衍生物受到核苷和核苷酸化学中常用的各种基团的保护。
• PHOSPHORAMIDITE BUILDING BLOCKS FOR SUGAR-CONJUGATED OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：AM CHEMICALS LLC

  公开号：US20160083414A1

  公开（公告）日：2016-03-24

  Novel nucleoside phosphoramidite building blocks for preparation of synthetic oligonucleotides containing at least one phosphotriester linkage conjugated to a monosaccharide and synthetic processes for making the same are disclosed. Furthermore, oligomeric compounds are prepared using said building blocks, preferably followed by removal of protecting groups to provide monosaccharide-conjugated oligonucleotides.

  揭示了用于制备含至少一种磷酸三酯键连接的寡核苷酸的合成寡核苷酸的新型核苷酸磷酰胺酯构建模块，其与单糖偶联，并公开了制备这些构建模块的合成过程。此外，使用这些构建模块制备寡聚合物化合物，最好是在去除保护基之后，以提供单糖偶联的寡核苷酸。
• Site-specific replacement of phosphorothioate with alkyl phosphonate linkages enhances the therapeutic profile of gapmer ASOs by modulating interactions with cellular proteins
  作者：Michael T Migawa、Wen Shen、W Brad Wan、Guillermo Vasquez、Michael E Oestergaard、Audrey Low、Cheryl L De Hoyos、Ruchi Gupta、Susan Murray、Michael Tanowitz、Melanie Bell、Joshua G Nichols、Hans Gaus、Xue-hai Liang、Eric E Swayze、Stanley T Crooke、Punit P Seth

  DOI：10.1093/nar/gkz247

  日期：2019.6.20

  Phosphorothioate-modified antisense oligonucleotides (PS-ASOs) interact with a host of plasma, cell-surface and intracellular proteins which govern their therapeutic properties. Given the importance of PS backbone for interaction with proteins, we systematically replaced anionic PS-linkages in toxic ASOs with charge-neutral alkylphosphonate linkages. Site-specific incorporation of alkyl phosphonates altered the RNaseH1 cleavage patterns but overall rates of cleavage and activity versus the on-target gene in cells and in mice were only minimally affected. However, replacing even one PS-linkage at position 2 or 3 from the 5′-side of the DNA-gap with alkylphosphonates reduced or eliminated toxicity of several hepatotoxic gapmer ASOs. The reduction in toxicity was accompanied by the absence of nucleolar mislocalization of paraspeckle protein P54nrb, ablation of P21 mRNA elevation and caspase activation in cells, and hepatotoxicity in mice. The generality of these observations was further demonstrated for several ASOs versus multiple gene targets. Our results add to the types of structural modifications that can be used in the gap-region to enhance ASO safety and provide insights into understanding the biochemistry of PS ASO protein interactions.

  硫代磷酸修饰的反义寡核苷酸（PS-ASO）与多种血浆、细胞表面和细胞内蛋白质相互作用，这些蛋白质调控其治疗特性。鉴于PS骨架对与蛋白质相互作用的重要性，我们系统性地将毒性ASO中的阴离子PS连接替换为电中性烷基膦酸连接。定点引入烷基膦酸改变了RNaseH1的切割模式，但整体切割速率和针对细胞及小鼠目标基因的活性仅受到轻微影响。然而，即使在DNA间隙的5′侧的第2或第3位替换一个PS连接为烷基膦酸，也能降低或消除几种具有肝毒性的gapmer ASO的毒性。毒性的降低伴随着核仁侧斑蛋白P54nrb的错误定位缺失、细胞中P21 mRNA水平升高和caspase活化的消除，以及小鼠的肝毒性减少。这些观察结果的普遍性在针对多个基因靶点的几种ASO中得到了进一步证明。我们的结果增加了可用于间隙区域以提高ASO安全性的结构修饰类型，并为理解PS ASO蛋白相互作用的生物化学提供了见解。
• [EN] NOVEL PHOSPHOROUS (V)-BASED REAGENTS, PROCESSES FOR THE PREPARATION THEREOF, AND THEIR USE IN MAKING STEREO-DEFINED ORGANOPHOSHOROUS (V) COMPOUNDS<br/>[FR] NOUVEAUX RÉACTIFS À BASE DE PHOSPHORE (V), LEURS PROCÉDÉS DE PRÉPARATION ET LEUR UTILISATION DANS LA FABRICATION DE COMPOSÉS ORGANOPHOSHOREUX (V) STÉRÉODÉFINIS
  申请人：BRISTOL MYERS SQUIBB CO

  公开号：WO2019200273A1

  公开（公告）日：2019-10-17

  The present invention relates to novel phosphorous (V) (P(V)) reagents, methods for preparing thereof, and methods for preparing organophosphorous (V) compounds by using the novel reagents.

  本发明涉及新型磷（V）（P(V)）试剂，其制备方法以及利用这种新型试剂制备有机磷（V）化合物的方法。
• 2,2,5,5-Tetramethylpyrrolidin-3-one-1-sulfinyl Group for 5‘-Hydroxyl Protection of Deoxyribonucleoside Phosphoramidites in the Solid-Phase Preparation of DNA Oligonucleotides
  作者：Vicente Marchán、Jacek Cieślak、Victor Livengood、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/ja048377i

  日期：2004.8.1

  nitrogen-sulfur reagents have been investigated as potential 5'-hydroxyl protecting groups for deoxyribonucleoside phosphoramidites to improve the synthesis of oligonucleotides on glass microarrays. Out of the nitrogen-sulfur-based protecting groups so far investigated, the 2,2,5,5-tetramethylpyrrolidin-3-one-1-sulfinyl group exhibited near optimal properties for 5'-hydroxyl protection by virtue of the

  已经研究了几种氮硫试剂作为脱氧核糖核苷亚磷酰胺的潜在 5'-羟基保护基团，以改善玻璃微阵列上寡核苷酸的合成。在迄今为止研究的氮硫基保护基团中，2,2,5,5-四甲基吡咯烷-3-one-1-亚磺酰基由于其温和性而表现出近乎最佳的 5'-羟基保护性质。脱保护条件。具体而言，在控制孔玻璃上合成 5'-d(ATCCGTAGCCAAGGTCATGT) 时，末端 5'-亚磺酰胺基团的迭代裂解是通过在酸性盐的存在下用碘处理来有效完成的。寡核苷酸水解为其 2' -脱氧核糖核苷暴露于蛇毒磷酸二酯酶和细菌碱性磷酸酶后未显示任何核碱基加合物或其他修饰的形成。这些发现表明，用于亚磷酰胺 5'-羟基保护的 2,2,5,5-四甲基吡咯烷-3-one-1-亚磺酰基，如 10a-d，可能导致寡核苷酸微阵列的产生，其表现出增强的特异性和检测核酸靶标的灵敏度。

表征谱图