1-[(6aR,8R,9S,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetraisopropyl-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4] trioxadisilocin-8-yl]-3H-pyrimidine-2,4-dione | 104477-70-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-[(6aR,8R,9S,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetraisopropyl-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4] trioxadisilocin-8-yl]-3H-pyrimidine-2,4-dione
• 英文别名: 5',3'-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-di-yl)-1-β-D-arabinofuranosyl-uracil；1-[3,5-O-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-arabinofuranosyl]uracil；1-[(6aR,8R,9S,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 104477-70-5
• 化学式: C₂₁H₃₈N₂O₇Si₂
• 分子量: 486.713
• InChiKey: KKLQDUCRZCCKHG-GSEOLPGOSA-N

物化性质

• 密度：
  1.17±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.75
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[(6aR,8R,9S,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetraisopropyl-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4] trioxadisilocin-8-yl]-3H-pyrimidine-2,4-dione 在 4-二甲氨基吡啶 、 ammonium hydroxide 、 2,4,6-三异丙基苯磺酰氯 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 39.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  有效固相合成和2'- O-脱保护RNA序列的创新2' - O-氨基-2-丙酸酯保护基

  摘要：

  核糖核苷的2'-羟基功能的保护基的实施仍然具有挑战性，特别是当RNA序列必须具有最高纯度以作为基于核酸的药物用于治疗应用时。2'-羟基保护基应最佳（i）易于安装；（ii）允许快速有效地将2'- O保护的核糖核苷掺入RNA序列，以最大程度地减少固相过程中与过程相关的杂质（例如，比全长序列短）的形成合成; （iii）从RNA序列上完全切割，而没有烷基化副产物的产生和/或诱变的核碱基加合物的形成。2'- O的反应-氨基核糖核苷与丙酮酸乙酯导致形成稳定的2' - O-亚氨基-2-甲基丙酸乙酯，并随后形成受完全保护的核糖核苷亚磷酰胺单体，这是两个嵌合RNA固相合成所必需的含有四个典型核糖核苷的序列（20-聚体）。用氢氧化钠溶液处理RNA序列后，将2' - O-亚氨基-2-甲基丙酸乙酯保护基皂化为其钠盐，在离子交换后，在中性条件下，将其进行定量的分子内脱羧。 65℃，以提供完全去保护的RNA序列在除了从商业2'-获得的那些略微更好的产率ø

  DOI：

  10.1021/acs.joc.0c02773
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)尿苷 在 乙酸酐 、 三乙酰氧基硼氢化钠 、 二甲基亚砜 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 1-[(6aR,8R,9S,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetraisopropyl-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4] trioxadisilocin-8-yl]-3H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  Building Blocks for Synthesis of Oligoarabinonucleotides: Preparation of Arabinonucleoside H-Phosphonates from Protected Ribonucleosides

  摘要：

  A straightforward and inexpensive synthesis of arabinonucleoside H-phosphonates has been developed. Arabinonucleosides were synthesised from protected ribonucleosides via 2'-keto derivatives. Reaction conditions have been optimised for compounds bearing labile N-protections. Further protecting group manipulation and phosphonylation gave the required H-phosphonate monomers.

  DOI：

  10.1080/15257779508010720

文献信息

• Methods for synthesizing nucleosides, nucleoside derivatives and non-nucleoside derivatives
  申请人：——

  公开号：US20020120129A1

  公开（公告）日：2002-08-29

  The present invention provides methods for the chemical synthesis of nucleosides and derivatives thereof, including 2′-amino, 2′-N-phthaloyl, 2′-O-methyl, 2′-O-silyl, 2′OH nucleosides, C-nucleosides, nucleoside phosphoramidites, C-nucleoside phosphoramidites, and non-nucleoside derivatives.

  本发明提供了核苷及其衍生物的化学合成方法，包括2'-氨基、2'-N-邻苯二甲酰基、2'-O-甲基、2'-O-硅基、2'-OH 核苷、C-核苷、核苷磷酰胺酯、C-核苷磷酰胺酯和非核苷衍生物。
• [EN] MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：IONIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2021030763A1

  公开（公告）日：2021-02-18

  The present disclosure provides oligomeric compounds comprising a modified oligonucleotide having at least one stereo-non-standard nucleoside. An oligomeric compound comprising a modified oligonucleotide consisting of 12-30 linked nucleosides, wherein at least one nucleoside of the modified oligonucleotide is a stereo-non-standard nucleoside; and wherein the oligomeric compound is selected from among an RNAi compound, a modified CRISPR compound, and an artificial mRNA compound.

  本公开提供了包含至少一种立体非标准核苷酸的修饰寡核苷酸的寡聚化合物。包括由12-30个连接的核苷酸组成的修饰寡核苷酸的寡聚化合物，其中修饰寡核苷酸的至少一个核苷酸是立体非标准核苷酸；且所述寡聚化合物选自RNAi化合物、修饰CRISPR化合物和人工mRNA化合物。
• Synthesis and properties of oligodeoxyribonucleotides containing 2’-O-(2,3-dihydroxypropyl)- and 2’-O-(2-oxoethyl)arabinouridine residues
  作者：T. S. Zatsepin、Yu. M. Ivanova、D. A. Stetsenko、M. J. Gait、T. S. Oretskaya

  DOI：10.1007/s11172-005-0243-2

  日期：2005.1

  2’-O-(2,3-Dihydroxypropyl)arabinouridine-containing oligodeoxyribonucleotides were synthesized starting from a new modified nucleoside, viz., 2’-O-(2,3-dihydroxypropyl)arabinouridine, and the corresponding 3’-phosphoramidite. Oxidation of these oligodeoxyribonucleotides with sodium periodate afforded oligonucleotides containing 2’-O-(2-oxoethyl)arabinouridine residues. Subsequent modification of the aldehyde-containing oligonucleotides involved the reactions with 9-hydrazinoacridine and N-aminooxyacetyl peptide and reductive amination by 4-(1-pyrenyl)butyrohydrazide and biotin hydrazide. Thermal stabilities of duplexes of modified oligodeoxyribonucleotides with complementary oligodeoxyribonucleotides are slightly lower than those of natural duplexes. Duplexes with complementary oligoribonucleotides are substantially destabilized.

  以新型的修饰核苷2'-O-(2,3-二羟丙基)阿拉伯糖苷为起始物，合成了含有2'-O-(2,3-二羟丙基)阿拉伯糖苷的寡脱氧核糖核酸，并制备了相应的3'-磷酰胺。这些寡脱氧核糖核酸用过硼酸钠氧化后，生成了含有2'-O-(2-氧乙基)阿拉伯糖苷残基的寡核苷酸。随后对含有醛基的寡核苷酸进行了反应，包括与9-肼基吖啶、N-氨基氧乙酰肽反应，以及通过4-(1-芘基)丁酰肼和生物素肼的还原胺化。修饰寡核苷酸与互补寡核苷酸形成的双链的热稳定性略低于天然双链。与互补核糖寡核苷酸形成的双链显著失稳。
• Synthesis of C-branched spermine tethered oligo-DNA and the thermal stability of the duplexes and triplexes
  作者：Christian Sund、Nitin Puri、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1016/0040-4020(96)00731-4

  日期：1996.9

  range of 5.5 – 7.6, the 5′-spermine-DNA conjugate 27 gives stabilised DNA triplexes with ΔhTms of ∼+3° C and ΔcTms of +5.5° to +8.5° C and the 2′-spermine-DNA conjugate 29 gives ΔhTms of ∼+5° to +6.5° C and ΔcTms of +7.5° to +9° C over the underivatised DNA counterpart 30. In contrast, the spermine block conjugated to the middle of the DNA as in 28 gave no triplex formation. Without Mg2+, these short

  据报道，新的C-支化精胺衍生物17的首次合成及其稳定DNA双链体和三链体的能力。将C-支化的精胺嵌段17转化为相应的O-（2-氰乙基）-（N，N-二异丙基）亚磷酰胺嵌段18，以掺入DNA的5'端。它还通过磷酸盐桥与ara -U的2'偶联，导致部分受保护的3'-羟基嵌段23，后者被转化为O-（2-氰乙基）-（N，N-二异丙基）亚磷酰胺24或3'-琥珀酸盐嵌段25的合成，导致合成三个模型DNA 14-mers：27 '在5'-末端带有束缚的精胺，28在DNA链的中间带有束缚的精胺，使用标准的自动固相化学和脱保护程序，在2'端用精胺和29精胺。第t米测量结果表明，在用Mg低盐2+的pH范围为5.5内- 7.6，5'-精胺-DNA偶联物27给出了稳定的DNA三链Δ ħ Ť米〜+ 3℃，第Δ ç Ť米S的+ 5.5°至+ 8.5°C和2'-精胺-DNA偶联物29给出了Δ ħ Ť米S的〜+ 5°〜+ 6
• Scaleable and efficient synthesis of 2′-deoxy-2′-N-phthaloyl nucleoside phosphoramidites for oligonucleotide synthesis
  作者：Alexander Karpeisky、David Sweedler、Peter Haeberli、Javier Read、Keith Jarvis、Leonid Beigelman

  DOI：10.1016/s0960-894x(02)00744-8

  日期：2002.11

  2'-Deoxy-2'-N-phthaloyl nucleosides were prepared from arabino nucleosides by triflate displacement with phthalimide in the presence of DBU. The corresponding phosphoramidites suitable for automated oligonucleotide synthesis were also synthesized. The scalability of described procedures was demonstrated on a 100-g scale preparation of 2'-deoxy-2'-amino-C phosphoramidite.

  通过在DBU存在下用邻苯二甲酰亚胺三氟甲磺酸酯置换从阿拉伯核苷制备2'-脱氧-2'-N-邻苯二甲酰基核苷。还合成了适用于自动寡核苷酸合成的相应亚磷酰胺。在100 g规模的2'-脱氧-2'-氨基-C亚磷酰胺制备中证明了所描述方法的可扩展性。