N⁴-phenoxyacetylcytidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N⁴-phenoxyacetylcytidine
• 英文别名: cytidine；Cyt(pac)；N-[1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]-2-phenoxyacetamide
• 化学式: C₁₇H₁₉N₃O₇
• 分子量: 377.354
• InChiKey: SWPJUNUVFHWYME-RAEVTNRLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  胞苷	CYTIDINE	65-46-3	C9H13N3O5	243.219
  阿糖尿苷	araU	3083-77-0	C9H12N2O6	244.204
  ——	1-[(6aR,8R,9S,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetraisopropyl-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4] trioxadisilocin-8-yl]-3H-pyrimidine-2,4-dione	104477-70-5	C21H38N2O7Si2	486.713
  ——	Trifluoro-methanesulfonic acid (2R,3S,3aR,9aR)-2-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-5,5,7,7-tetraisopropyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-3-yl ester	169514-34-5	C22H37F3N2O9SSi2	618.776
  ——	3’,5’-O-(tetraisopropyl-disiloxane-1,3-diyl)-2’-O-phthalimidouridine	203866-58-4	C29H41N3O9Si2	631.83

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-phenoxyacetylcytidine 在 吡啶 、 D(+)-10-樟脑磺酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 36.0h， 生成 N4-(phenoxyacetyl)-2'-O-(tetrahydro-4-methoxy-2H-pyran-4-yl)-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  核苷酸。第LXXIX部分

  摘要：

  两个系列的新的核糖核苷3'-亚磷酰胺（参见36 - 42）承载光不稳定[2-（2-硝基苯基）丙氧基]羰基处的5'- Ò位上被合成和表征作为用于光刻合成单体结构单元RNA芯片。通过2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和[2-（4-硝基苯基）乙氧基]羰基（npeoc）基团以众所周知的方式实现了碱保护。碳水化合物部分还带有2' - O-（四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基）基团以阻断2'-OH功能。

  DOI：

  10.1002/hlca.201000403
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 乙醇 、 水 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 9.0h， 生成 N⁴-phenoxyacetylcytidine
  参考文献：
  名称：

  一种使用羰基二咪唑原位活化的羧酸对腺苷和胞苷核苷进行N-酰化的简单方法

  摘要：

  Carboxylic acids are activated with 1,1'-carbonyldiimidazole in acetonitrile to form N-acylimidazoles which are then treated with per-trimethylsilyl ethers of nucleosides adenosine or cytidine at ambient temperature to generate exclusively N-acylated-Adenosine or N-acylated-Cytidine derivatives.

  DOI：

  10.1016/0040-4039(95)02011-d

文献信息

• An Efficient One-pot N-Acylation of Deoxy- and Ribo-cytidine Using Carboxylic Acids Activated in situ with 2-Chloro-4,6-dimethoxy-1,3,5-triazine
  作者：Ambadas B. Rode、Sang-Jun Son、In-Seok Hong

  DOI：10.5012/bkcs.2010.31.7.2061

  日期：2010.7.20

  acylation, Nucleoside protection, 2-Chloro-4,6-dimethoxy-1,3,5-triazine, Activated acyl group, Single-step protectionSynthetic oligonucleotides (ODNs) are an emerging class of drug molecules with a broad spectrum for therapeutic appli-cations. In the ODNs synthesis, a fundamental process is the internucleotide-bond formation achieved

  : 选择性酰化，核苷保护，2-Chloro-4,6-dimethoxy-1,3,5-triazine，活化酰基，一步保护合成寡核苷酸 (ODN) 是一类新兴的药物分子，具有广泛的治疗作用应用程序。在 ODNs 合成中，一个基本过程是实现核苷酸间键的形成
• Innovative 2′-<i>O</i>-Imino-2-propanoate-Protecting Group for Effective Solid-Phase Synthesis and 2′-<i>O</i>-Deprotection of RNA Sequences
  作者：Mayumi Takahashi、Andrzej Grajkowski、Brian M. Cawrse、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/acs.joc.0c02773

  日期：2021.4.2

  The implementation of protecting groups for the 2′-hydroxyl function of ribonucleosides is still challenging, particularly when RNA sequences must be of the highest purity for therapeutic applications as nucleic acid-based drugs. A 2′-hydroxyl-protecting group should optimally (i) be easy to install; (ii) allow rapid and efficient incorporation of the 2′-O-protected ribonucleosides into RNA sequences

  核糖核苷的2'-羟基功能的保护基的实施仍然具有挑战性，特别是当RNA序列必须具有最高纯度以作为基于核酸的药物用于治疗应用时。2'-羟基保护基应最佳（i）易于安装；（ii）允许快速有效地将2'- O保护的核糖核苷掺入RNA序列，以最大程度地减少固相过程中与过程相关的杂质（例如，比全长序列短）的形成合成; （iii）从RNA序列上完全切割，而没有烷基化副产物的产生和/或诱变的核碱基加合物的形成。2'- O的反应-氨基核糖核苷与丙酮酸乙酯导致形成稳定的2' - O-亚氨基-2-甲基丙酸乙酯，并随后形成受完全保护的核糖核苷亚磷酰胺单体，这是两个嵌合RNA固相合成所必需的含有四个典型核糖核苷的序列（20-聚体）。用氢氧化钠溶液处理RNA序列后，将2' - O-亚氨基-2-甲基丙酸乙酯保护基皂化为其钠盐，在离子交换后，在中性条件下，将其进行定量的分子内脱羧。 65℃，以提供完全去保护的RNA序列在除了从商业2'-获得的那些略微更好的产率ø
• An Improved Method for the Synthesis of N-Phenoxyacetylribonucleosides
  作者：Kumud Kr. Singh、P. Nahar

  DOI：10.1080/00397919508015877

  日期：1995.7

  N-phenoxyacetylribonucleosides were prepared efficiently from the reaction of ribonucleosides with phenoxyacetylchloride and 1,2,4-triazole (for adenosine and cytidine) or 1 - hydroxybenzotriazole (for guanosine).
• Nucleotides. Part LXXIX
  作者：Christoph Hermann、Evgeny Kvassiouk、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.201000403

  日期：2011.3

  Two series of new ribonucleoside 3′‐phosphoramidites (see 36–42) carrying the photolabile [2‐(2‐nitrophenyl)propoxy]carbonyl group at the 5′‐O‐position were synthesized and characterized as monomeric building blocks for photolithographic syntheses of RNA chips. Base protection was achieved in the well‐known manner by the 2‐(4‐nitrophenyl)ethyl (npe) and the [2‐(4‐nitrophenyl)ethoxy]carbonyl (npeoc)

  两个系列的新的核糖核苷3'-亚磷酰胺（参见36 - 42）承载光不稳定[2-（2-硝基苯基）丙氧基]羰基处的5'- Ò位上被合成和表征作为用于光刻合成单体结构单元RNA芯片。通过2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和[2-（4-硝基苯基）乙氧基]羰基（npeoc）基团以众所周知的方式实现了碱保护。碳水化合物部分还带有2' - O-（四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基）基团以阻断2'-OH功能。
• A simple method for N-acylation of adenosine and cytidine nucleosides using carboxylic acids activated In-Situ with carbonyldiimidazole
  作者：Nanda D. Sinha、Peter Davis、Lisa M. Schultze、Krishna Upadhya

  DOI：10.1016/0040-4039(95)02011-d

  日期：1995.12

  Carboxylic acids are activated with 1,1'-carbonyldiimidazole in acetonitrile to form N-acylimidazoles which are then treated with per-trimethylsilyl ethers of nucleosides adenosine or cytidine at ambient temperature to generate exclusively N-acylated-Adenosine or N-acylated-Cytidine derivatives.