3-azido-3-deoxy-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose | 247025-10-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 3-azido-3-deoxy-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose
• 英文别名: 3-Azido-3-deoxy-4-hydroxy-methyl-1,2-O-isopropylidene-a-D-ribofuranose；[(3aR,6S,6aR)-6-azido-5-(hydroxymethyl)-2,2-dimethyl-6,6a-dihydro-3aH-furo[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]methanol
• CAS: 247025-10-1
• 化学式: C₉H₁₅N₃O₅
• 分子量: 245.235
• InChiKey: GUPBGRHABGKBNJ-VQVTYTSYSA-N

物化性质

• 熔点：
  110-112°C
• 溶解度：
  DMF、DMSO、乙醇、甲醇

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  82.5
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-azido-3-deoxy-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose 在 吡啶 、 甲醇 、 4,5-二氰基咪唑 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 草酰氯 、 硫酸 、 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 potassium carbonate 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醚 、 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 、 乙腈 为溶剂， 反应 27.75h， 生成
  参考文献：
  名称：

  [EN] MODIFIED NUCLEOSIDE PHOSPHORAMIDITES
  [FR] PHOSPHORAMIDITES DE NUCLÉOSIDES MODIFIÉS

  摘要：

  本发明公开涉及包含式(I)和式(II)的5'-磷酰胺基核苷单体的化合物和组合物，以及它们的制备和使用方法，其中取代基如所附权利要求中所定义。

  公开号：

  WO2019053659A1
• 作为产物：
  描述：

  1,2:5,6-di-O-isopropylidene-α-D-glucofuranose 在 吡啶 、 sodium periodate 、 sodium azide 、 palladium 10% on activated carbon 、 水 、 氢气 、 四丁基碘化铵 、 sodium hydride 、 potassium carbonate 、 溶剂黄146 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 81.0h， 生成 3-azido-3-deoxy-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  [EN] MODIFIED NUCLEOSIDE PHOSPHORAMIDITES
  [FR] PHOSPHORAMIDITES DE NUCLÉOSIDES MODIFIÉS

  摘要：

  本发明公开涉及包含式(I)和式(II)的5'-磷酰胺基核苷单体的化合物和组合物，以及它们的制备和使用方法，其中取代基如所附权利要求中所定义。

  公开号：

  WO2019053659A1

文献信息

• Highly efficient diastereoselective biocatalytic acylation of a diastereotopic furanose diol and synthesis of key intermediates for amino derivatized bicyclonucleosides
  作者：Ashok K Prasad、Sucharita Roy、Rajesh Kumar、Neerja Kalra、Jesper Wengel、Carl E Olsen、Ashok L Cholli、Lynne A Samuelson、Jayant Kumar、Arthur C Watterson、Richard A Gross、Virinder S Parmar

  DOI：10.1016/s0040-4020(02)01632-0

  日期：2003.2

  furanose diol as the key step in the synthesis of a novel bicyclo 3-amino-3-deoxy furanose derivative, which is an important intermediate for the synthesis of bicyclic analogs of AZT. The asymmetrization of the diol has been achieved with preferred formation of a monoacylated product with 100% diastereoselectivity. An efficient synthesis of an intermediate in the synthesis of amino derivatized bicyclonucleosides

  已经证明了南极假丝酵母脂肪酶的选择性，并将其用于非对位呋喃糖二醇的合成中，这是合成新型双环3-氨基-3-脱氧呋喃糖衍生物的关键步骤，这是合成双环的重要中间体AZT的类似物。通过优选形成具有100％非对映选择性的单酰化产物已经实现了二醇的不对称。还描述了在氨基衍生的双环核苷的合成中中间体的有效合成，已经制备了两种这样的含有环氨基残基的新型化合物。
• Synthesis and properties of 3′-amino-2′,4′-BNA, a bridged nucleic acid with a N3′→P5′ phosphoramidate linkage
  作者：Satoshi Obika、S.M. Abdur Rahman、Bingbing Song、Mayumi Onoda、Makoto Koizumi、Koji Morita、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1016/j.bmc.2008.09.013

  日期：2008.10

  The synthesis and properties of a bridged nucleic acid analogue containing a N3'-->P5' phosphoramidate linkage, 3'-amino-2',4'-BNA, is described. A heterodimer containing a 3'-amino-2',4'-BNA thymine monomer, and thymine and methylcytosine monomers of 3'-amino-2',4'-BNA and their 5'-phosphoramidites, were synthesized efficiently. The dimer and monomers were incorporated into oligonucleotides by conventional

  描述了包含N3'-> P5'氨基磷酸酯键3'-氨基-2'，4'-BNA的桥接核酸类似物的合成和性质。有效地合成了包含3'-氨基-2'，4'-BNA胸腺嘧啶单体以及3'-氨基-2'，4'-BNA的胸腺嘧啶和甲基胞嘧啶单体及其5'-亚磷酰胺的异二聚体。通过常规的3'-> 5'组装和5'-> 3'反向组装亚磷酰胺方案分别将二聚体和单体掺入寡核苷酸。与天然DNA寡核苷酸相比，含有3'-氨基-2'，4'-BNA残基的修饰寡核苷酸与单链DNA（ssDNA），单链RNA（ssRNA）和双链DNA形成高度稳定的双链体和三链体。链DNA（dsDNA）靶标，相对于ssDNA，ssRNA和dsDNA的平均解链温度（T（m））分别为+2.7到+4.0摄氏度，+ 5.0到+7.0摄氏度和+5.0到+11.0摄氏度。这些增加与2'，4'-BNA修饰的寡核苷酸观察到的增加相当。此外，用单个3'-氨基-2'，4'-BNA
• Chemo-enzymatic synthesis of bicyclic 3′-azido- and 3′-amino-nucleosides
  作者：Manish Kumar、Vivek K. Sharma、Carl E. Olsen、Ashok K. Prasad

  DOI：10.1039/c4ra06805j

  日期：——

  Conformationally locked 3′-azido-3′-deoxythymidine analogues of T, U, A and C containing a 2′-O,4′-C-methylene linked bicyclic furanose moiety has been efficiently synthesized following a greener chemo-enzymatic convergent route. Thus, one of the two diastereotopic hydroxyl groups of 3-azido-3-deoxy-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose has been regioselectively acetylated using Novozyme®-435 in quantitative yield. The selective enzymatic acetylation can be carried out with the same efficiency using Novozyme®-435 for 10 cycles of reaction. The monoacetylated sugar derivative was converted to bicyclic 3′-azidonucleosides in four steps in overall yields of 60 to 68%. It has been demonstrated that 3′-azido-3′-deoxy-2′-O,4′-C-methylenethymidine can easily be converted into 3′-amino-3′-deoxy-2′-O,4′-C-methylenethymidine in 95% yield, which is an important monomer for the synthesis of therapeutically useful sugar-modified oligonucleotides.

  顺式锁定的3′-叠氮-3′-脱氧胸苷类似物，含有2′-O, 4′-C-亚甲基连结的双环呋喃糖部分，已通过一种更绿色的化学-酶促收敛路线高效合成。因此，3-叠氮-3-脱氧-4-C-羟甲基-1,2-O-异丙基腈-α-D-核糖的两个非对映体羟基中的一个已使用Novozyme®-435进行区域选择性乙酰化，量产率达到定量。选择性的酶促乙酰化在10次反应循环中使用Novozyme®-435也能以相同的效率进行。单乙酰化的糖衍生物在四个步骤中转化为双环3′-叠氮核苷，整体产率为60%到68%。已证明3′-叠氮-3′-脱氧-2′-O, 4′-C-亚甲基胸苷可以轻松转化为3′-氨基-3′-脱氧-2′-O, 4′-C-亚甲基胸苷，产率为95%，这是一种合成具有治疗用途的糖修饰寡核苷酸的重要单体。
• Synthesis and evaluation of anti-HIV activity of 3-azido-4-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran derivatives containing 2-(thymin-1-yl)methyl, 2-(cytosin-1-yl)methyl or 2-(adenin-9-yl)methyl substituents – a new series of AZT analogues
  作者：Anne G. Olsen、Claus Nielsen、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/b009109j

  日期：——

  The three monocyclic AZT analogues 6, 7 and 8 3-azido-4-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran derivatives containing 2-[(thymin-1-yl)methyl], 2-[(cytosin-1-yl)methyl] and 2-[(adenin-9-yl)methyl] substituents} are synthesized via methyl 3-azido-3-deoxy-2-O,4-C-methylene-D-ribofuranoside 13 as key intermediate. All nucleoside analogues proved to be devoid of anti-HIV activity in MT-4 cells.

  以甲基 3-叠氮-3-脱氧-2-O,4-C-亚甲基-D-呋喃核苷 13 为关键中间体，合成了三种单环 AZT 类似物 6、7 和 8含有 2-[(百里香-1-基)甲基]、2-[(胞嘧啶-1-基)甲基]和 2-[(腺嘌呤-9-基)甲基]取代基的 3-叠氮-4-(羟甲基)四氢呋喃衍生物}。事实证明，所有核苷类似物在 MT-4 细胞中都没有抗艾滋病毒活性。
• Synthesis of a conformationally locked AZT analogue, 3′-azido-3′-deoxy-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine
  作者：Satoshi Obika、Jun-ichi Andoh、Tomomi Sugimoto、Kazuyuki Miyashita、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1016/s0040-4039(99)01324-6

  日期：1999.8

  A bicyclic 3′-azido-3′-deoxythymidine (AZT) analogue with a locked N-conformation, 3′-azido-3′-deoxy-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine (1a), and its 3′-amino derivative, 3′-amino-3′-deoxy-2′-O,4′-C-methylene-5-methyluridine (1b), were successfully synthesized from D-glucose. The conformation of 1a was also discussed by means of 1H NMR measurements and a molecular modeling (PM3) study.

  具有锁定N构象的双环3'-叠氮基3'-脱氧胸苷（AZT）类似物3'-叠氮基3'-脱氧-2'- O，4' - C-亚甲基-5-甲基尿苷（1a）由D-葡萄糖成功合成了其3'-氨基衍生物3'-氨基-3'-脱氧-2'- O，4' - C-亚甲基-5-甲基尿苷（1b）。还通过1 H NMR测量和分子模型（PM3）研究讨论了1a的构象。