(1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane | 552856-44-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: 1-[(1R,3R,4R,7S)-1-(hydroxymethyl)-7-phenylmethoxy-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 552856-44-7
• 化学式: C₁₈H₂₁N₃O₅
• 分子量: 359.382
• InChiKey: MVCNBVWRXPVHQA-CXHZTBPHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.6
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  100
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane 在 palladium dihydroxide 氢气 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 以99%的产率得到(1R,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  合成2'-氨基-LNA：一种新策略。

  摘要：

  在本文中，我们提出了经过修订和显着改进的合成途径，以合成2'-氨基LNA（锁定核酸）。最佳途径与通过普通中间体合成LNA单体（“ 2'-氧基-LNA”）收敛，该中间体是通过轻度脱乙酰作用而释放出2'-羟基而得到的化合物23，而没有伴随的闭环提供2'-氧-LNA骨架。在颠倒C2'处的立体化学并在2'-羟基处形成三氟甲磺酸酯后，获得了新的通用中间体16，该中间体可轻松进入一系列其他类似物，例如通过引入导致2'-硫基的硫亲核试剂-LNA结构。用叠氮化物取代三氟甲磺酸酯后，碱性还原得到所需的2'-氨基-LNA结构，即化合物18。

  DOI：

  10.1039/b208864a
• 作为产物：
  描述：

  1,2-O-(1-甲基亚乙基)-4-C-[[(甲基磺酰基)氧基]甲基]-3-O-(苯基甲基)-alpha-D-赤式-呋喃戊糖 5-甲烷磺酸酯 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 18-冠醚-6 、 三氟甲磺酸酐 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 氨 、 三氟乙酸 、 sodium hydroxide 、 三甲基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 丙酮 、 乙腈 为溶剂， 反应 105.0h， 生成 (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-hydroxymethyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  2'-氨基-LNA胸腺嘧啶和5-甲基胞嘧啶核苷的大规模合成

  摘要：

  从起始糖1分十五步以几克级（50 g，70 mmol）合成了胸腺嘧啶中间体17，总收率为73％，仅需5个纯化步骤。关键的胸腺嘧啶中间体18从一步17中以96％的产率获得，而关键的5-甲基胞嘧啶中间体20从17中分两步以58％的产率获得。这种高效的大规模路线仅需要2个和3个新步骤即可分别从这些关键中间体获得N2'-官能化的胸腺嘧啶和5-甲基胞嘧啶氨基-LNA亚磷酰胺。

  DOI：

  10.1021/jo302036h

文献信息

• Novel insights into the use of Glowing LNA as nucleic acid detection probes—Influence of labeling density and nucleobases
  作者：Michael E. Østergaard、Jyotirmoy Maity、B. Ravindra Babu、Jesper Wengel、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1016/j.bmcl.2010.10.089

  日期：2010.12

  nucleic acid) display large increases in fluorescence intensity and remarkably high quantum yields upon hybridization with nucleic acid targets. Thermal denaturation and fluorescence spectroscopy studies on ONs modified with known thymine monomer X and novel 5-methylcytosine monomer Y provide new insights into the design principles and mechanism of these Glowing LNA nucleic acid detection probes.

  适当设计的2' - N-（吡啶-1-基）羰基-2'-氨基-LNA（锁定核酸）与核酸靶标杂交后，荧光强度显着提高，量子产率显着提高。用已知的胸腺嘧啶单体X和新型的5-甲基胞嘧啶单体Y修饰的ON的热变性和荧光光谱研究为这些发光LNA核酸检测探针的设计原理和机理提供了新的见解。
• Large Scale Synthesis of 2′-Amino-LNA Thymine and 5-Methylcytosine Nucleosides
  作者：Andreas Stahl Madsen、Anna Søndergaard Jørgensen、Troels Bundgaard Jensen、Jesper Wengel

  DOI：10.1021/jo302036h

  日期：2012.12.7

  Thymine intermediate 17 has been synthesized on a multigram scale (50 g, 70 mmol) from starting sugar 1 in 15 steps in an overall yield of 73%, with only 5 purification steps. The key thymine intermediate 18 was obtained from 17 in a single step in 96% yield, whereas the key 5-methylcytosine intermediate 20 was obtained from 17 in 2 steps in 58% yield. This highly efficient large scale route necessitates

  从起始糖1分十五步以几克级（50 g，70 mmol）合成了胸腺嘧啶中间体17，总收率为73％，仅需5个纯化步骤。关键的胸腺嘧啶中间体18从一步17中以96％的产率获得，而关键的5-甲基胞嘧啶中间体20从17中分两步以58％的产率获得。这种高效的大规模路线仅需要2个和3个新步骤即可分别从这些关键中间体获得N2'-官能化的胸腺嘧啶和5-甲基胞嘧啶氨基-LNA亚磷酰胺。
• Synthesis of 2′-amino-LNA: a new strategyElectronic supplementary information (ESI) available: further experimental details and the structure of compound S11 (.pdb file). See http://www.rsc.org/suppdata/ob/b2/b208864a/
  作者：Christoph Rosenbohm、Signe M. Christensen、Mads D. Sørensen、Daniel Sejer Pedersen、Lotte-Emilie Larsen、Jesper Wengel、Troels Koch

  DOI：10.1039/b208864a

  日期：2003.2.11

  significantly improved synthetic routes to 2'-amino-LNA (locked nucleic acid). The optimal route is convergent with the synthesis of LNA monomers ("2'-oxy-LNA") via a common intermediate obtained by a mild deacetylation for the liberation of the 2'-hydroxy group to give compound 23 without the concomitant ring closure that affords the 2'-oxy-LNA skeleton. After inversion of the stereochemistry at C2' and triflate

  在本文中，我们提出了经过修订和显着改进的合成途径，以合成2'-氨基LNA（锁定核酸）。最佳途径与通过普通中间体合成LNA单体（“ 2'-氧基-LNA”）收敛，该中间体是通过轻度脱乙酰作用而释放出2'-羟基而得到的化合物23，而没有伴随的闭环提供2'-氧-LNA骨架。在颠倒C2'处的立体化学并在2'-羟基处形成三氟甲磺酸酯后，获得了新的通用中间体16，该中间体可轻松进入一系列其他类似物，例如通过引入导致2'-硫基的硫亲核试剂-LNA结构。用叠氮化物取代三氟甲磺酸酯后，碱性还原得到所需的2'-氨基-LNA结构，即化合物18。