3',5'-O-[二(叔丁基)硅烷亚基]-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]鸟苷 | 401812-99-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: 3',5'-O-[二(叔丁基)硅烷亚基]-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]鸟苷
• 英文名称: 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilanediyl)guanosine
• 英文别名: 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl-3,5-O-(di-tert-butylsilyl))guanosine；2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)guanosine；9-[(4aR,6R,7R,7aR)-2,2-ditert-butyl-7-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxasilin-6-yl]-2-amino-1H-purin-6-one
• CAS: 401812-99-5
• 化学式: C₂₄H₄₃N₅O₅Si₂
• 分子量: 537.807
• InChiKey: ZASBWDKOEOJQMT-WVSUBDOOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.45
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  122
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-O-[二(叔丁基)硅烷亚基]-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]鸟苷 在 吡啶 、 氟化氢吡啶 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N²-dimethylaminomethyleneguanosine
  参考文献：
  名称：

  An Improved Method for Synthesizing Cyclic Bis(3′–5′)diguanylic Acid (c-di-GMP)

  摘要：

  本文描述了一种新方法，用于合成生物重要的环状双(3′–5′)二鸟苷酸 (c-di-GMP)，其产量高于我们之前报道的合成方法。本新合成方法采用以下两种手段，替代之前所使用的方法，作为提高产物产量的主要策略。其中之一是使用二叔丁基硅烷保护基团保护鸟苷的 3′-和 5′-羟基；该方法允许选择性合成 2′-O-(叔丁基二甲基硅基)鸟苷衍生物，这是合成过程中的关键中间体。另一个是使用二甲基甲酰胺基作为鸟嘌呤碱基 2-NH2 功能的保护基，这种保护基易于引入并能获得优异的产量。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.2089
• 作为产物：
  描述：

  鸟苷 在 咪唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 3',5'-O-[二(叔丁基)硅烷亚基]-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]鸟苷
  参考文献：
  名称：

  2'-O-取代核糖核苷的合成。

  摘要：

  提出了2'-O-取代的核糖核苷的有效合成方法，包括2'-O-TBDMS和受保护的2'-O-TOM以及2'-O-Me和2'-O-烯丙基衍生物。第一步，使用二叔丁基亚甲硅烷基同时保护核苷的3'-和5'-羟基官能团。随后将游离的2'-OH进行甲硅烷基化或烷基化，然后在碱基部分上引入合适的保护基，并除去环状甲硅烷基保护基，从而以高收率得到目标化合物。

  DOI：

  10.1081/ncn-120022724

文献信息

• An efficient preparation of protected ribonucleosides for phosphoramidite RNA synthesis
  作者：Vladimir Serebryany、Leonid Beigelman

  DOI：10.1016/s0040-4039(02)00181-8

  日期：2002.3

  An efficient synthesis of protected ribonucleosides useful for phosphoramidite RNA synthesis is described. Di-t-butylsilylene group was employed for simultaneous protection of 3′- and 5′-hydroxyl functions of nucleoside. Subsequent silylation of free 2′-OH group followed by introduction of suitable protection on the base moiety, removal of cyclic silyl protection and tritylation of 5′-OH gave target

  描述了可用于亚磷酰胺RNA合成的受保护的核糖核苷的有效合成。二吨-butylsilylene组用于和的3'-保护同时核苷的5'位羟基的功能。随后将游离的2'-OH基团进行甲硅烷基化，然后在碱基部分上引入适当的保护，除去环甲硅烷基的保护基团并进行5'-OH的三苯甲基化反应，目标化合物的总收率为60-66％。
• Thioguanosine Conversion Enables mRNA‐Lifetime Evaluation by RNA Sequencing Using Double Metabolic Labeling (TUC‐seq DUAL)
  作者：Catherina Gasser、Isabel Delazer、Eva Neuner、Katharina Pascher、Karl Brillet、Sarah Klotz、Lukas Trixl、Maximilian Himmelstoß、Eric Ennifar、Dietmar Rieder、Alexandra Lusser、Ronald Micura

  DOI：10.1002/anie.201916272

  日期：2020.4.20

  labeling of freshly synthesized RNA and because the conversion chemistry is fully compatible with the conversion of the frequently used metabolic label 4-thiouridine (4sU) into C, the combination of both modified nucleosides in dual-labeling setups enables high accuracy measurements of RNA decay. This approach, termed TUC-seq DUAL, uses the two modified nucleosides in subsequent pulses and their simultaneous

  有关细胞RNA种群的时间信息对于理解RNA的功能作用至关重要。我们已经开发了基于肼/ NH 4 Cl / OsO 4的6-硫代鸟苷（6sG）到A'的转化，其中A'构成6-肼基嘌呤衍生物。A'保留了Watson-Crick碱基对模式，并在引物延伸测定和RNA测序中被有效地解码为腺苷。由于6sG适用于新鲜合成的RNA的代谢标记，并且转换化学与常用的代谢标记4-硫代尿苷（4sU）转换为C完全兼容，因此双标记设置中两种修饰核苷的结合可实现高RNA衰减的准确度测量。这种方法称为TUC-seq DUAL，
• Selective Enzymatic Demethylation of <i>N</i> ² ,<i>N</i> ² -Dimethylguanosine in RNA and Its Application in High-Throughput tRNA Sequencing
  作者：Qing Dai、Guanqun Zheng、Michael H. Schwartz、Wesley C. Clark、Tao Pan

  DOI：10.1002/anie.201700537

  日期：2017.4.24

  evaluation of a series of AlkB mutants against m22G‐containing model RNA substrates that we synthesize using an improved synthetic method. We show that the AlkB D135S/L118V mutant efficiently and selectively converts m22G modification to N2‐methylguanosine (m2G). We also show that this new enzyme improves the efficiency of tRNA sequencing.

  N 1-甲基腺苷（m 1 A），N 1-甲基鸟苷（m 1 G），N 3-甲基胞嘧啶（m 3 C）和N 2，N 2-二甲基鸟苷等生物RNA中丰富的Watson-Crick面甲基化（m 2 2 G）通过影响cDNA合成，对高通量RNA测序造成重大障碍。克服这一障碍的一种策略是在使用酶合成cDNA之前，先去除这些修饰碱基上的甲基。野生型大肠杆菌AlkB及其D135S突变体可去除大部分m 1 A，m 1 G，m 3转移RNA（tRNA）中的C修饰，但它们在m 2 2 G上的作用很差。在此，我们报告了针对我们使用改进的合成方法合成的含m 2 2 G的模型RNA底物的一系列AlkB突变体的设计和评估。我们表明，AlkB D135S / L118V突变体有效且选择性地将m 2 2 G修饰转换为N 2-甲基鸟苷（m 2 G）。我们还表明，这种新酶提高了tRNA测序的效率。
• An Unconventional Acid-Labile Nucleobase Protection Concept for Guanosine Phosphoramidites in RNA Solid-Phase Synthesis
  作者：Lukas Jud、Ronald Micura

  DOI：10.1002/chem.201605056

  日期：2017.3.8

  involving enzymatic transformation into guanosine later on in the synthetic path. The new phosphoramidites are fully compatible with 2′‐O‐tBDMS or TOM phosphoramidites in standard RNA solid‐phase synthesis and deprotection, and provide excellent quality of tailored RNAs for the growing range of applications in RNA biophysics, biochemistry, and biology.

  我们为鸟苷 (G) 亚磷酰胺提出了一种创新的O 6 -叔丁基/ N 2 -叔丁氧羰基保护概念。与通常采用O 6 -(4-硝基苯基)乙基/ N 2 -酰基保护或从涉及酶促的 2-氨基腺苷开始的现有路线相比，该概念对于 2'-修饰的 G 结构单元是有利的，因为其合成途径非常有效后来在合成路径中转化为鸟苷。新型亚磷酰胺与 2'- O - t完全相容BDMS 或 TOM 亚磷酰胺可用于标准 RNA 固相合成和脱保护，并为 RNA 生物物理学、生物化学和生物学中越来越广泛的应用提供优质的定制 RNA。
• Site-Specific Synthesis of <i>N</i>⁴-Acetylcytidine in RNA Reveals Physiological Duplex Stabilization
  作者：David Bartee、Kellie D. Nance、Jordan L. Meier

  DOI：10.1021/jacs.1c11985

  日期：2022.3.2

  post-transcriptional modification of RNA that is conserved across all domains of life. All characterized sites of ac4C in eukaryotic RNA occur in the central nucleotide of a 5′-CCG-3′ consensus sequence. However, the thermodynamic consequences of cytidine acetylation in this context have never been assessed due to its challenging synthesis. Here, we report the synthesis and biophysical characterization

  N4-乙酰胞苷 （ac4C） 是 RNA 的转录后修饰，在生命的所有领域中都是保守的。真核 RNA 中 ac4C 的所有特征位点都发生在 5'-CCG-3' 共有序列的中心核苷酸中。然而，由于其具有挑战性的合成，在这种情况下胞苷乙酰化的热力学后果从未被评估过。在这里，我们报道了 ac4C 在其内源性真核序列背景下的合成和生物物理表征。首先，我们开发了一种合成路线，用于含有亲电乙酰基团的均相 RNA。接下来，我们使用热变性来研究 ac4C 对人类 rRNA 中发现的天然序列中双链体稳定性和错配鉴别的生化影响。最后，我们证明了这种化学方法能够将 ac4C 整合到人类 tRNA 的复杂修饰景观中，并使用双链体熔解来强调 ac4C 在这种独特序列背景下的强制作用。通过在生理序列背景下对核酸乙酰化进行离体生物物理分析，这些研究为理解普遍保守的核碱基在生物学和疾病中的功能奠定了化学基础。