乙基2-脱氧-2-(1,3-二氢-1,3-二氧代-2H-异吲哚-2-基)-3-O-(苯基甲基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-1-硫代-BETA-D-吡喃葡萄糖苷 | 123212-53-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 异吲哚及其衍生物
• 中文名称: 乙基2-脱氧-2-(1,3-二氢-1,3-二氧代-2H-异吲哚-2-基)-3-O-(苯基甲基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-1-硫代-BETA-D-吡喃葡萄糖苷
• 英文名称: Ethyl 3-O-benzyl-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-phthalimido-1-thio-β-D-glucopyranoside
• 英文别名: Ethyl 3-O-benyl-4,6-O-[(R)-phenylmethylene]-1-thio-a-D-Mannopyranoside；2-[(2R,4aR,6S,7R,8R,8aS)-6-ethylsulfanyl-2-phenyl-8-phenylmethoxy-4,4a,6,7,8,8a-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxin-7-yl]isoindole-1,3-dione
• CAS: 123212-53-3
• 化学式: C₃₀H₂₉NO₆S
• 分子量: 531.629
• InChiKey: LTAVTXCDXZSJBC-UHHZLRDHSA-N

物化性质

• 沸点：
  683.0±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.36±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  99.6
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  乙基2-脱氧-2-(1,3-二氢-1,3-二氧代-2H-异吲哚-2-基)-3-O-(苯基甲基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-1-硫代-BETA-D-吡喃葡萄糖苷 在 盐酸 、 sodium cyanoborohydride 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 反应 22.83h， 生成 phenyl 3-O-benzyl-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-N-phthalamido-β-D-glucopyranosyl-(1-4)-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-N-phthalamido-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  ‘Naked’ and Hydrated Conformers of the Conserved Core Pentasaccharide of N-linked Glycoproteins and Its Building Blocks

  摘要：

  N-glycosylation of eukaryotic proteins is widespread and vital to survival. The pentasaccharide unit -Man(3)GlcNAc(2)- lies at the protein-junction core of all oligosaccharides attached to asparagine side chains during this process. Although its absolute conservation implies an indispensable role, associated perhaps with its structure, its unbiased conformation and the potential modulating role of solvation are unknown; both have now been explored through a combination of synthesis, laser spectroscopy, and computation. The proximal -GlcNAc-GlcNAc- unit acts as a rigid rod, while the central, and unusual, -Man-beta-1,4-GlcNAc- linkage is more flexible and is modulated by the distal Man-alpha-1,3- and Man-alpha-1,6- branching units. Solvation stiffens the 'rod' but leaves the distal residues flexible, through a beta-Man pivot, ensuring anchored projection from the protein shell while allowing flexible interaction of the distal portion of N-glycosylation with bulk water and biomolecular assemblies.

  DOI：

  10.1021/ja4056678
• 作为产物：
  描述：

  乙基3,4,6-三-O-乙酰基-2-脱氧-2-邻苯二甲酰亚胺基-1-硫代-β-D-吡喃葡萄糖苷 在 甲醇 、 sodium methylate 、 sodium hydride 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 mineral oil 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 乙基2-脱氧-2-(1,3-二氢-1,3-二氧代-2H-异吲哚-2-基)-3-O-(苯基甲基)-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-1-硫代-BETA-D-吡喃葡萄糖苷
  参考文献：
  名称：

  在碳水化合物-溶菌酶相互作用研究中结合了弱亲和色谱，NMR光谱和分子模拟†

  摘要：

  通过使用弱亲和色谱（WAC），NMR光谱学和分子模拟相结合的方法研究蛋清蛋白溶菌酶（HEWL）与市售和化学合成的碳水化合物配体之间的相互作用，我们报告了新的亲和力数据以及HEWL蛋白的详细结合模型。配位体的平衡解离常数既可以通过WAC获得，也可以通过NMR光谱获得，两者相吻合。使用1 H饱和转移差（STD）效应通过NMR光谱推导了溶液中的两种HEWL-二糖复合物的结构，并转移了1 H，1H-NOESY实验，弛豫矩阵计算，分子对接和分子动力学模拟。在溶液中两个二糖β- d -Gal p - （1→4）-β- d -Glc p NAC-OME和β- d -Glc p NAc-（1→4）-β- d -Glc p NAc- OMe在两个糖残基之间的糖苷键处以顺式构象结合HEWL的B和C位点。分子间氢键键合和CH /π相互作用以糖-蛋白相互作用的特征形式形成了蛋白-配体复合物的基础。显式的分子动力学

  DOI：

  10.1039/c2ob07066a

文献信息

• Efficient Routes to Ethyl‐2‐Deoxy‐2‐phthalimido‐1‐β‐<scp>D</scp>‐thio‐galactosamine Derivatives via Epimerization of the Corresponding Glucosamine Compounds
  作者：Markus Hederos、Peter Konradsson

  DOI：10.1081/car-200061584

  日期：2005.4.1

  Short synthetic routes to protected ethyl 2‐deoxy‐2‐phthalimido‐1‐β‐D‐thio‐galactosamine derivatives via epimerization of the corresponding glucosamine compounds are described. Starting from D‐glucosamine hydrochloride, the epimerizations were performed by displacement of presynthesized triflates with nitrite anions and by an oxidation/reduction route. The latter method involved Moffatt oxidation to

  描述了通过相应的葡糖胺化合物的差向异构化来生成受保护的乙基2-脱氧-2-邻苯二甲酰亚胺基-1-β-D-硫代-半乳糖胺衍生物的短合成路线。从D-氨基葡萄糖盐酸盐开始，差向异构化是通过用亚硝酸根阴离子置换预合成的三氟甲磺酸酯并通过氧化/还原途径进行的。后一种方法涉及将Moffatt氧化为相应的4-酮己糖，然后在THF中使用硼氢化钠/四丁基硼氢化铵，硼氢化锌或三仲丁基硼氢化锂还原。发现置换路线是3-O-酰基（苯甲酰基）衍生物差向异构化的首选方法。对于具有3-O-醚基（烯丙基或苄基）和6-O-苄基保护基的葡糖胺化合物，氧化/还原途径是获得相应的半乳糖胺化合物的最方便方法。产生的半乳糖胺衍生物将是合成抗冻糖蛋白物质及其类似物的有用组成部分。
• Synthesis of Neomycin Analogs to Investigate Aminoglycoside-RNA Interactions
  作者：Peter Seeberger、Michael Baumann、Guangtao Zhang、Takuya Kanemitsu、Eric Swayze、Steven Hofstadler、Richard Griffey

  DOI：10.1055/s-2003-40351

  日期：——

  A series of novel aminoglycoside oligosaccharide analogs containing a 2,5-dideoxystreptamine core scaffold was prepared to study aminoglycoside binding to the small subunit of 16S rRNA. A set of monosaccharide building blocks carrying amino groups in different positions and conformations around the pyranose ring was utilized in the assembly of oligosaccharides. These aminoglycoside analogs were analyzed for their RNA-binding capacity using a high throughput mass spectroscopy assay.

  为了研究氨基糖苷类药物与16S rRNA小亚基的结合作用，合成了一系列含有2,5-二脱氧链霉胺核心骨架的新型氨基糖苷低聚糖类似物。在组装低聚糖时，利用了一组在吡喃糖环周围不同位置和构象携带氨基的单糖砌块。通过高通量质谱法检测这些氨基糖苷类似物的RNA结合能力。
• [EN] NOVEL INTERMEDIATES FOR THE PREPARATION OF GBS POLYSACCHARIDE ANTIGENS<br/>[FR] NOUVEAUX INTERMÉDIAIRES POUR LA PRÉPARATION D'ANTIGÈNES DE POLYSACCHARIDE GBS
  申请人：GLAXOSMITHKLINE BIOLOGICALS SA

  公开号：WO2019012476A1

  公开（公告）日：2019-01-17

  The present invention generally refers to novel intermediate polysaccharide units, useful for the preparation of polysaccharide antigen of GBS Ia, Ib and III; the invention also refers to a process for their preparation and their use as intermediate for the preparation of conjugated derivatives useful in vaccines.

  本发明通常涉及新型中间聚糖单元，用于制备GBS Ia、Ib和III的多糖抗原；该发明还涉及一种用于其制备的过程以及它们作为用于疫苗中有用的共轭衍生物制备的中间体的用途。
• Regioselective Glycosylation Strategies for the Synthesis of Group Ia and Ib <i>Streptococcus</i> Related Glycans Enable Elucidating Unique Conformations of the Capsular Polysaccharides
  作者：Linda Del Bino、Ilaria Calloni、Davide Oldrini、Maria Michelina Raso、Rossella Cuffaro、Ana Ardá、Jeroen D. C. Codée、Jesús Jiménez‐Barbero、Roberto Adamo

  DOI：10.1002/chem.201903527

  日期：2019.12.18

  polysaccharides share high structural similarity. Both are composed of the same monosaccharide residues and differ only in the connection of the Neu5Acα2-3Gal side chain to the GlcNAc unit, which is a β1-4 linkage in serotype Ia and a β1-3 linkage in serotype Ib. The development of efficient regioselective routes for GlcNAcβ1-3[Glcβ1-4]Gal synthons is described, which give access to different group B Streptococcus

  B 组链球菌血清型 Ia 和 Ib 荚膜多糖是疫苗开发的关键目标。尽管它们具有免疫特异性，但这些多糖具有高度的结构相似性。两者均由相同的单糖残基组成，不同之处仅在于 Neu5Acα2-3Gal 侧链与 GlcNAc 单元的连接，在血清型 Ia 中为 β1-4 连接，在血清型 Ib 中为 β1-3 连接。描述了 GlcNAcβ1-3[Glcβ1-4]Gal 合成子的有效区域选择性途径的开发，该途径提供了不同 B 族链球菌 (GBS) Ia 和 Ib 重复单元移码的途径。这些聚糖用于探测两种多糖的构象和分子动力学，突出显示突出的 Neu5Acα2-3Gal 部分在多糖主链上的不同呈现方式，以及 Ib 聚合物相对于 Ia 具有更高的灵活性，这可能会影响表位暴露。
• Manual and Automated Syntheses of the N-Linked Glycoprotein Core Glycans
  作者：Salvatore G. Pistorio、Scott A. Geringer、Keith J. Stine、Alexei V. Demchenko

  DOI：10.1021/acs.joc.8b03056

  日期：2019.6.7

  Presented herein are two complementary approaches to the synthesis of the core N-glycan pentasaccharide. The first, a traditional manual approach in solution, makes use of the H-bond-mediated aglycone delivery method for the highly diastereoselective introduction of the β-mannosidic linkage at room temperature. The synthesis of the core pentasaccharide was also accomplished using an high-performance

  本文提出了两种合成核心N-聚糖五糖的互补方法。第一种方法是传统的手动解决方法，它利用H键介导的糖苷配基传递方法在室温下非对映选择性地引入β-甘露糖苷键。核心五糖的合成也使用高效液相色谱辅助的自动化方法完成。总体组装迅速（8小时），效率高（31％）。