胸苷酰(3'->5')胸苷铵盐 | 1969-54-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 中文名称: 胸苷酰(3'->5')胸苷铵盐
• 中文别名: 胸苷-3'→5'-胸苷铵盐
• 英文名称: thymidylyl (3',5')thymidine
• 英文别名: TpT；d[TpT]；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 1969-54-6
• 化学式: C₂₀H₂₇N₄O₁₂P
• 分子量: 546.428
• InChiKey: FCXGCSBZKOHCLB-KPRKPIBOSA-N

物化性质

• 熔点：
  4.0 °C
• 密度：
  1.66±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  可溶于DMSO（少许）、甲醇（少许）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.1
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  214
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  胸苷酰(3'->5')胸苷铵盐 在 ammonium cerium(IV) nitrate 作用下， 生成 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  Ce（IV）诱导的cAMP和DNA中磷酸二酯键水解的活性物质。

  摘要：

  动力学研究了Ce（NH4）2（NO3）6水解环状腺苷3'，5'-单磷酸酯和2'-脱氧胸苷基（3'-5'）2'-脱氧胸苷的过程。水解速率与[Ce2（IV）（OH）4] 4+的浓度成正比，表明这是催化活性物质。根据量子化学计算，该[Ce2（IV）（OH）4] 4+簇中的两个Ce（IV）离子被两个OH残基桥接。与H2 PO4-（磷酸二酯的模型化合物）形成络合物后，这两个Ce（IV）离子结合了底物的两个氧原子并增强了磷原子的亲电性。基于这些结果，提出了Ce（IV）诱导的磷酸二酯水解的催化机理。

  DOI：

  10.1080/15257770600684209
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 四(三苯基膦)钯 四氮唑 、 叔丁基过氧化氢 、 二氯乙酸 、 四乙基氢氧化铵 、 tert-butylammonium hexafluorophosphate(V) 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 23.08h， 生成 胸苷酰(3'->5')胸苷铵盐
  参考文献：
  名称：

  Hayakawa, Yoshihiro; Kawai, Rie; Wakabayashi, Shigeharu, Nucleosides and Nucleotides, 1998, vol. 17, # 1-3, p. 441 - 449

  摘要：

  DOI：

文献信息

• The 4-oxopentyl group as a labile phosphate/thiophosphate protecting group for synthetic oligodeoxyribonucleotides
  作者：Andrzej Wilk、Marcin K Chmielewski、Andrzej Grajkowski、Lawrence R Phillips、Serge L Beaucage

  DOI：10.1016/s0040-4039(01)01094-2

  日期：2001.8

  An efficient and economical method for the solid-phase synthesis of oligodeoxyribonucleotides and their phosphorothioate analogues is described. The method entails the use of the 4-oxopentyl group for phosphate/thiophosphate protection. Post-synthesis removal of the protecting group is easily and rapidly achieved under mild conditions at ambient temperature using either pressurized gaseous amines or

  描述了一种固相合成寡脱氧核糖核苷酸及其硫代磷酸酯类似物的有效且经济的方法。该方法需要使用4-氧戊基用于磷酸酯/硫代磷酸酯的保护。使用加压的气态胺或浓氢氧化铵，可在环境温度适中的条件下轻松，快速地完成合成后保护基的去除。
• Oligonucleotide with protected base
  申请人：Ajinomoto Co., Inc.

  公开号：US09371353B2

  公开（公告）日：2016-06-21

  The present invention provides a protected nucleotide for elongation, which can be purified efficiently and in a high yield by a liquid-liquid extraction operation, and can achieve an oligonucleotide production method by a phosphoramidite method. It has been found that the above-mentioned problem can be solved by a particular oligonucleotide comprising a protected base and/or particular oligonucleotide protected by a branched chain-containing aromatic group at 3′-position.

  本发明提供了一种用于延伸的受保护核苷酸，可以通过液液萃取操作高效地和高产率地纯化，并且可以通过磷酰胺酯法实现寡核苷酸的生产方法。已经发现，上述问题可以通过包含受保护碱基和/或在3'-位置含有支链含芳基团的特定寡核苷酸来解决。
• O-Selectivity and Utility of Phosphorylation Mediated by Phosphite Triester Intermediates in the N-Unprotected Phosphoramidite Method
  作者：Akihiro Ohkubo、Yusuke Ezawa、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ja048125h

  日期：2004.9.1

  molecular orbital interactions between the reactive intermediates and the nucleophiles such as the amino or hydroxyl groups of nucleosides. Furthermore, longer oligonucleotides were synthesized not only by a manual operation but also by a DNA synthesizer. The utility of our new method was demonstrated by the successful synthesis of a base-labile modified oligodeoxyribonucleotide having 4-N-acetyldeoxycytidine

  以前，由于 dA 和 dC 的氨基对三价磷 (III) 型亚磷酸化试剂具有高反应性，因此无法在 N-未保护的亚磷酰胺方法中进行聚合物载体上的 O 选择性磷酸化。在本文中，我们开发了一种名为“活化亚磷酸酯方法”的新偶联策略，其中亚磷酸三酯中间体 1 介导了亚磷酸化。将 1-羟基苯并三唑作为促进剂应用于固相合成导致了优异的 O-选择性超过 99.7%。这种 O 选择性可以通过反应中间体和亲核试剂（如核苷的氨基或羟基）之间的前沿分子轨道相互作用来解释。此外，更长的寡核苷酸不仅可以通过手动操作合成，也可以通过 DNA 合成仪合成。通过成功合成具有 4-N-乙酰脱氧胞苷残基的碱不稳定修饰寡脱氧核糖核苷酸，证明了我们新方法的实用性。最后，通过使用 6-三氟甲基-1-羟基苯并三唑和苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐的组合试剂，可以以良好的产率合成含有 dA 或 dC 的 DNA 20 聚体。
• Oxidation and Reduction of the 5-(2′-Deoxyuridinyl)methyl Radical
  作者：Gengjie Lin、Lei Li

  DOI：10.1002/anie.201209454

  日期：2013.5.17

  Sleeping beauty: The 5‐(2′‐Deoxyuridinyl)methyl radical 1 is a key intermediate in the thymine oxidative reaction mediated by reactive oxygen species. Evidence is presented that 1 is prone to both oxidation and reduction reactions at the absence of O2. These results question the current paradigm and suggest that the redox chemistry of 1, which has been largely overlooked in the past, may play a major

  睡美人：5-(2'-Deoxyuridinyl)methyl 自由基1是由活性氧介导的胸腺嘧啶氧化反应的关键中间体。有证据表明1在没有 O 2的情况下容易发生氧化和还原反应。这些结果对当前的范式提出了质疑，并表明1的氧化还原化学反应在过去很大程度上被忽视了，它可能在决定1的命运方面发挥着重要作用。
• Oligonucleotides and nucleotidopeptides. XLII. Efficacy of the intramolecular influence of the carboxy groups of amino acids in nucleotidyl-(P → N)-amino acids (peptides) as a function of their positions
  作者：B. A. Yuodka、L. E. Lioranchaite、V. R. Baltenas

  DOI：10.1007/bf00579428

  日期：1982.11

  has been established that remote carboxy groups in nucleotidyl-(5′ → N)-β-alanine and -alanylalanine do not affect the mechanism of the cleavage of the phosphoramide center. The situation is different in the case of nucleotidyl-(5′ → Nɛ)-lysine. It has been shown that in the 3′-phenylalanine derivative of dTMP, the influence of the α-carboxy group of the amino acid is only half as great as in the 5′-analog

  已经确定核苷酸基-(5' → N)-β-丙氨酸和-丙氨酸丙氨酸中的远程羧基不影响磷酰胺中心裂解的机制。核苷酸-(5′ → Nɛ)-赖氨酸的情况有所不同。已经表明，在 dTMP 的 3'-苯丙氨酸衍生物中，氨基酸的 α-羧基的影响仅为 5'-类似物的一半。寡核苷酸基-(Pin → N)-氨基酸中氨基酸的α-羧基也削弱了磷酰胺中心裂解的机制。